# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.483 0.236 0.036 0.082 0.049 0.031 0.035 0.021 0.013 0.009 0.005 2 K 0.301 0.127 0.041 0.141 0.119 0.080 0.071 0.048 0.034 0.023 0.014 3 S 0.203 0.189 0.068 0.149 0.108 0.089 0.088 0.053 0.029 0.017 0.007 4 V 0.023 0.048 0.035 0.165 0.185 0.183 0.159 0.090 0.061 0.033 0.019 5 V 0.008 0.005 0.009 0.010 0.016 0.035 0.098 0.137 0.227 0.248 0.208 6 T 0.015 0.062 0.078 0.319 0.225 0.129 0.087 0.039 0.026 0.013 0.007 7 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.010 0.036 0.068 0.193 0.278 0.401 8 K 0.039 0.111 0.086 0.280 0.238 0.103 0.068 0.036 0.020 0.011 0.007 9 T 0.063 0.107 0.069 0.117 0.105 0.114 0.160 0.101 0.078 0.055 0.031 10 T 0.320 0.199 0.048 0.158 0.105 0.063 0.050 0.028 0.015 0.009 0.006 11 D 0.584 0.177 0.032 0.078 0.039 0.027 0.027 0.016 0.010 0.006 0.003 12 G 0.266 0.178 0.048 0.169 0.117 0.077 0.069 0.037 0.020 0.012 0.007 13 W 0.051 0.068 0.031 0.071 0.083 0.121 0.141 0.112 0.127 0.123 0.072 14 I 0.047 0.065 0.044 0.117 0.122 0.169 0.175 0.111 0.079 0.048 0.021 15 P 0.129 0.200 0.095 0.245 0.128 0.083 0.063 0.029 0.016 0.008 0.004 16 V 0.011 0.005 0.006 0.010 0.018 0.030 0.079 0.123 0.203 0.228 0.288 17 P 0.153 0.405 0.065 0.212 0.101 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 18 F 0.040 0.029 0.020 0.059 0.085 0.097 0.151 0.146 0.143 0.120 0.110 19 S 0.381 0.184 0.057 0.159 0.099 0.047 0.036 0.020 0.009 0.005 0.003 20 K 0.070 0.124 0.052 0.259 0.174 0.107 0.112 0.053 0.028 0.013 0.007 21 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.026 0.050 0.075 0.201 0.284 0.341 22 M 0.004 0.018 0.024 0.099 0.136 0.165 0.234 0.141 0.098 0.060 0.020 23 Y 0.001 0.005 0.023 0.036 0.046 0.111 0.167 0.125 0.200 0.183 0.103 24 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.016 0.051 0.082 0.202 0.263 0.372 25 E 0.004 0.008 0.017 0.059 0.084 0.117 0.208 0.162 0.165 0.119 0.055 26 A 0.003 0.006 0.015 0.018 0.030 0.051 0.125 0.144 0.201 0.221 0.185 27 K 0.027 0.103 0.078 0.218 0.193 0.143 0.122 0.055 0.032 0.018 0.010 28 D 0.322 0.161 0.078 0.151 0.091 0.075 0.062 0.030 0.016 0.010 0.005 29 K 0.126 0.122 0.065 0.161 0.132 0.131 0.131 0.069 0.035 0.020 0.010 30 K 0.043 0.084 0.040 0.179 0.178 0.143 0.138 0.088 0.052 0.034 0.021 31 T 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.014 0.043 0.079 0.212 0.303 0.334 32 Y 0.005 0.032 0.043 0.191 0.249 0.224 0.142 0.054 0.033 0.016 0.011 33 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.006 0.022 0.070 0.160 0.253 0.476 34 N 0.004 0.011 0.015 0.077 0.132 0.191 0.238 0.138 0.100 0.057 0.036 35 A 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.009 0.036 0.066 0.214 0.259 0.402 36 E 0.102 0.135 0.088 0.281 0.218 0.084 0.050 0.022 0.011 0.005 0.004 37 E 0.371 0.213 0.085 0.151 0.068 0.039 0.035 0.017 0.011 0.006 0.004 38 L 0.106 0.100 0.026 0.112 0.115 0.134 0.151 0.104 0.068 0.049 0.034 39 T 0.178 0.221 0.057 0.167 0.124 0.090 0.073 0.043 0.024 0.015 0.009 40 G 0.145 0.069 0.066 0.101 0.096 0.130 0.155 0.094 0.069 0.046 0.028 41 T 0.090 0.125 0.072 0.183 0.142 0.115 0.120 0.065 0.045 0.027 0.016 42 H 0.019 0.023 0.017 0.031 0.042 0.068 0.162 0.149 0.198 0.176 0.114 43 K 0.092 0.116 0.103 0.260 0.199 0.106 0.064 0.031 0.016 0.009 0.005 44 Y 0.160 0.058 0.099 0.124 0.112 0.120 0.146 0.090 0.049 0.030 0.013 45 S 0.036 0.225 0.081 0.261 0.164 0.096 0.074 0.036 0.016 0.008 0.004 46 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.029 0.101 0.135 0.241 0.222 0.248 47 Q 0.334 0.104 0.267 0.182 0.080 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 48 E 0.054 0.077 0.280 0.274 0.163 0.073 0.053 0.017 0.005 0.002 0.001 49 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.029 0.090 0.113 0.270 0.312 0.165 50 E 0.006 0.010 0.022 0.072 0.121 0.208 0.321 0.124 0.067 0.040 0.009 51 Y 0.004 0.021 0.839 0.099 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.009 0.015 0.064 0.089 0.125 0.261 0.297 0.091 0.032 0.014 0.004 53 L 0.002 0.003 0.003 0.003 0.004 0.012 0.062 0.119 0.226 0.308 0.258 54 P 0.082 0.330 0.251 0.196 0.095 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 55 K 0.598 0.115 0.129 0.091 0.039 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 56 D 0.519 0.119 0.046 0.084 0.059 0.054 0.061 0.031 0.015 0.008 0.004 57 S 0.068 0.125 0.034 0.141 0.139 0.139 0.174 0.096 0.051 0.023 0.011 58 F 0.006 0.008 0.019 0.025 0.040 0.063 0.109 0.137 0.202 0.201 0.189 59 I 0.008 0.015 0.049 0.064 0.085 0.133 0.210 0.143 0.136 0.097 0.059 60 R 0.009 0.028 0.091 0.156 0.145 0.146 0.171 0.100 0.077 0.049 0.028 61 C 0.001 0.001 0.006 0.009 0.017 0.030 0.082 0.135 0.219 0.227 0.271 62 H 0.005 0.010 0.023 0.049 0.069 0.078 0.163 0.160 0.181 0.154 0.107 63 R 0.010 0.024 0.070 0.120 0.134 0.135 0.183 0.112 0.104 0.070 0.039 64 S 0.021 0.036 0.063 0.091 0.100 0.119 0.171 0.129 0.124 0.094 0.052 65 F 0.006 0.014 0.015 0.041 0.054 0.089 0.202 0.189 0.174 0.138 0.078 66 I 0.015 0.013 0.025 0.038 0.048 0.053 0.108 0.146 0.168 0.187 0.201 67 V 0.006 0.008 0.021 0.029 0.053 0.072 0.132 0.161 0.187 0.181 0.150 68 N 0.002 0.013 0.026 0.036 0.057 0.057 0.143 0.172 0.194 0.177 0.122 69 V 0.004 0.005 0.014 0.038 0.080 0.137 0.231 0.158 0.158 0.107 0.068 70 N 0.277 0.144 0.262 0.181 0.066 0.032 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 71 H 0.008 0.018 0.031 0.112 0.154 0.155 0.270 0.142 0.064 0.030 0.017 72 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.019 0.042 0.166 0.317 0.442 73 K 0.020 0.060 0.201 0.262 0.229 0.117 0.069 0.023 0.011 0.005 0.002 74 A 0.027 0.061 0.351 0.248 0.139 0.083 0.048 0.022 0.011 0.006 0.004 75 I 0.002 0.002 0.004 0.005 0.010 0.028 0.077 0.106 0.210 0.247 0.308 76 Y 0.062 0.084 0.042 0.126 0.137 0.124 0.180 0.112 0.070 0.043 0.019 77 P 0.173 0.150 0.187 0.192 0.108 0.071 0.055 0.028 0.018 0.012 0.007 78 D 0.364 0.143 0.064 0.112 0.090 0.066 0.077 0.038 0.022 0.014 0.010 79 T 0.316 0.211 0.028 0.092 0.066 0.063 0.089 0.057 0.039 0.026 0.013 80 H 0.239 0.183 0.035 0.136 0.112 0.086 0.074 0.053 0.036 0.027 0.018 81 S 0.237 0.168 0.052 0.142 0.117 0.084 0.088 0.055 0.029 0.018 0.010 82 T 0.084 0.089 0.046 0.202 0.188 0.133 0.103 0.070 0.043 0.028 0.015 83 F 0.003 0.005 0.007 0.015 0.024 0.070 0.156 0.156 0.232 0.225 0.106 84 L 0.005 0.021 0.027 0.153 0.190 0.220 0.181 0.082 0.063 0.037 0.021 85 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.011 0.035 0.069 0.197 0.304 0.370 86 S 0.005 0.018 0.023 0.118 0.162 0.193 0.218 0.102 0.086 0.049 0.027 87 M 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.012 0.049 0.090 0.215 0.247 0.371 88 D 0.078 0.236 0.126 0.259 0.167 0.067 0.034 0.015 0.008 0.005 0.004 89 N 0.156 0.234 0.054 0.147 0.109 0.088 0.102 0.053 0.030 0.018 0.010 90 G 0.721 0.124 0.012 0.052 0.032 0.020 0.015 0.011 0.006 0.004 0.003 91 E 0.415 0.208 0.038 0.118 0.069 0.047 0.047 0.029 0.016 0.009 0.004 92 R 0.061 0.145 0.061 0.217 0.172 0.136 0.095 0.052 0.031 0.019 0.010 93 V 0.005 0.005 0.006 0.010 0.018 0.045 0.104 0.127 0.235 0.210 0.235 94 P 0.097 0.147 0.107 0.283 0.182 0.082 0.054 0.027 0.012 0.006 0.004 95 V 0.005 0.004 0.010 0.012 0.021 0.029 0.076 0.121 0.216 0.233 0.273 96 S 0.014 0.046 0.035 0.121 0.147 0.126 0.166 0.128 0.100 0.072 0.045 97 Q 0.090 0.058 0.091 0.165 0.151 0.136 0.156 0.069 0.049 0.024 0.011 98 S 0.297 0.150 0.157 0.204 0.100 0.042 0.027 0.013 0.005 0.003 0.002 99 Y 0.007 0.028 0.024 0.061 0.077 0.122 0.232 0.164 0.140 0.107 0.038 100 A 0.016 0.020 0.024 0.058 0.101 0.184 0.269 0.137 0.097 0.068 0.026 101 S 0.084 0.078 0.571 0.177 0.056 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.022 0.034 0.103 0.167 0.163 0.210 0.205 0.059 0.023 0.010 0.004 103 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.049 0.190 0.295 0.439 104 R 0.006 0.015 0.078 0.136 0.242 0.220 0.171 0.071 0.034 0.020 0.008 105 K 0.012 0.041 0.725 0.146 0.048 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.006 0.008 0.022 0.038 0.064 0.181 0.320 0.170 0.100 0.062 0.030 107 L 0.006 0.006 0.006 0.008 0.011 0.028 0.091 0.127 0.257 0.249 0.210 108 G 0.148 0.171 0.237 0.226 0.122 0.043 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 109 F 0.123 0.059 0.129 0.108 0.121 0.099 0.149 0.090 0.058 0.037 0.027