# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.024 0.922 2 K 0.087 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.007 0.048 0.792 3 S 0.034 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.001 0.057 0.764 4 V 0.018 0.001 0.002 0.001 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.001 0.044 0.798 5 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.842 0.001 0.021 0.080 6 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.060 0.013 0.483 0.001 0.036 0.324 7 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.182 0.237 0.093 0.025 0.359 0.001 0.014 0.073 8 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.049 0.004 0.120 0.025 0.012 0.007 0.523 0.001 0.045 0.183 9 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.236 0.073 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.175 0.001 0.043 0.198 10 T 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.039 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.002 0.152 0.512 11 D 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.023 0.135 0.778 12 G 0.269 0.004 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.103 0.227 0.327 13 W 0.141 0.015 0.135 0.020 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.021 0.169 0.377 14 I 0.004 0.002 0.004 0.007 0.230 0.064 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.339 0.001 0.184 0.139 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 16 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.116 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.007 0.002 0.004 0.618 0.001 0.047 0.123 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 18 F 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.001 0.039 0.476 19 S 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.002 0.200 0.497 20 K 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.014 0.035 0.079 21 V 0.221 0.057 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.436 0.007 0.062 0.187 22 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.001 0.015 0.015 23 Y 0.004 0.011 0.001 0.001 0.045 0.071 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.012 0.497 0.003 0.022 0.268 24 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.100 0.459 0.142 0.026 0.212 0.001 0.006 0.033 25 E 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.002 0.431 0.058 0.019 0.008 0.306 0.001 0.027 0.091 26 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.419 0.032 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.278 0.001 0.020 0.096 27 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.001 0.043 0.113 28 D 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.021 0.120 0.765 29 K 0.168 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.232 0.130 0.352 30 K 0.160 0.003 0.199 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.012 0.267 0.251 31 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.001 0.035 0.063 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.207 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.131 0.001 0.010 0.039 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.046 0.051 0.023 0.731 0.001 0.014 0.054 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.012 0.003 0.037 0.023 0.017 0.017 0.767 0.001 0.023 0.082 35 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.030 0.024 0.008 0.016 0.008 0.005 0.008 0.641 0.001 0.031 0.190 36 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.368 0.001 0.193 0.369 37 E 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.015 0.264 0.540 38 L 0.162 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.055 0.192 0.463 39 T 0.058 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.009 0.229 0.580 40 G 0.033 0.019 0.010 0.004 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.006 0.101 0.588 41 T 0.050 0.031 0.023 0.007 0.079 0.041 0.023 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.168 0.007 0.127 0.421 42 H 0.017 0.029 0.002 0.001 0.007 0.010 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.393 0.005 0.120 0.387 43 K 0.035 0.056 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.238 0.008 0.163 0.470 44 Y 0.036 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.004 0.217 0.380 45 S 0.032 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.007 0.355 0.474 46 L 0.032 0.244 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.020 0.043 0.446 47 Q 0.006 0.202 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.448 0.324 48 E 0.020 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.727 0.075 49 F 0.044 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.014 50 E 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 51 Y 0.026 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.026 52 L 0.384 0.466 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.001 0.012 53 L 0.354 0.487 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.006 0.065 54 P 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 55 K 0.031 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.016 0.917 56 D 0.175 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.053 0.697 57 S 0.465 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.026 0.095 0.339 58 F 0.230 0.123 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.009 0.108 0.391 59 I 0.052 0.085 0.005 0.002 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.343 0.004 0.134 0.345 60 R 0.032 0.102 0.003 0.001 0.007 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.003 0.003 0.351 0.006 0.091 0.353 61 C 0.034 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.352 0.007 0.068 0.353 62 H 0.025 0.208 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.466 0.009 0.058 0.218 63 R 0.032 0.211 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.019 0.071 0.335 64 S 0.058 0.206 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.033 0.107 0.378 65 F 0.160 0.196 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.261 0.045 0.087 0.219 66 I 0.070 0.324 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.005 0.002 0.270 0.016 0.047 0.197 67 V 0.040 0.283 0.022 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.350 0.009 0.115 0.156 68 N 0.040 0.381 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.025 0.079 0.272 69 V 0.028 0.236 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.011 0.041 0.331 70 N 0.013 0.123 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.017 0.410 0.388 71 H 0.544 0.028 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.095 0.123 0.173 72 I 0.154 0.578 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.010 0.037 0.108 73 K 0.022 0.390 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.362 0.010 0.064 0.127 74 A 0.113 0.261 0.011 0.002 0.014 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.213 0.044 0.044 0.275 75 I 0.382 0.229 0.032 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.023 0.003 0.066 0.092 0.023 0.116 76 Y 0.072 0.146 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.103 0.104 0.035 0.010 0.222 0.017 0.052 0.202 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 78 D 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.209 0.043 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.139 0.009 0.178 0.331 79 T 0.051 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.186 0.698 80 H 0.100 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.077 0.286 0.425 81 S 0.279 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.063 0.257 0.351 82 T 0.145 0.006 0.012 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.008 0.408 0.330 83 F 0.017 0.003 0.005 0.006 0.112 0.072 0.043 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.003 0.109 0.178 84 L 0.003 0.001 0.001 0.002 0.096 0.221 0.170 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.283 0.001 0.034 0.135 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.160 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.080 0.017 0.570 0.001 0.009 0.042 86 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.029 0.002 0.361 0.149 0.097 0.046 0.214 0.001 0.012 0.071 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.096 0.005 0.003 0.016 0.004 0.003 0.004 0.800 0.001 0.006 0.058 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.621 0.014 0.048 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.095 0.129 89 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.001 0.145 0.658 90 G 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.255 0.084 0.113 0.492 91 E 0.567 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.029 0.175 0.174 92 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.976 93 V 0.003 0.001 0.003 0.002 0.466 0.201 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.001 0.094 0.083 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 V 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.330 0.001 0.111 0.449 96 S 0.021 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.002 0.230 0.631 97 Q 0.027 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.003 0.051 0.761 98 S 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.545 0.404 99 Y 0.142 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.617 0.162 100 A 0.089 0.675 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.046 0.174 101 S 0.017 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.170 102 Y 0.006 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.105 103 F 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 104 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 K 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 106 L 0.017 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 107 L 0.031 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.004 108 G 0.375 0.190 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.389 0.001 0.034 109 F 0.060 0.015 0.883 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030