# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.053 0.001 0.002 0.017 0.013 0.017 0.059 0.001 0.001 0.001 0.836 2 K 0.029 0.001 0.001 0.011 0.008 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.921 3 S 0.037 0.001 0.001 0.082 0.077 0.066 0.148 0.001 0.001 0.001 0.588 4 V 0.014 0.001 0.001 0.041 0.035 0.056 0.059 0.001 0.001 0.001 0.793 5 V 0.009 0.001 0.001 0.198 0.285 0.398 0.019 0.001 0.001 0.001 0.089 6 T 0.001 0.001 0.001 0.185 0.122 0.308 0.032 0.001 0.001 0.001 0.351 7 L 0.001 0.001 0.001 0.190 0.298 0.436 0.010 0.001 0.001 0.001 0.063 8 K 0.001 0.001 0.001 0.105 0.256 0.392 0.038 0.001 0.001 0.002 0.204 9 T 0.002 0.001 0.001 0.042 0.151 0.394 0.034 0.001 0.001 0.002 0.375 10 T 0.007 0.001 0.001 0.071 0.093 0.214 0.139 0.001 0.001 0.003 0.473 11 D 0.015 0.001 0.001 0.019 0.011 0.017 0.147 0.001 0.001 0.014 0.776 12 G 0.454 0.001 0.003 0.018 0.024 0.022 0.164 0.001 0.001 0.059 0.256 13 W 0.276 0.001 0.007 0.023 0.028 0.032 0.120 0.001 0.001 0.013 0.500 14 I 0.023 0.001 0.002 0.028 0.437 0.335 0.032 0.001 0.001 0.001 0.140 15 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.944 16 V 0.002 0.001 0.001 0.024 0.329 0.594 0.008 0.001 0.001 0.001 0.042 17 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.034 0.010 0.001 0.001 0.001 0.936 18 F 0.006 0.001 0.001 0.014 0.052 0.367 0.016 0.001 0.001 0.001 0.543 19 S 0.025 0.001 0.001 0.027 0.015 0.077 0.260 0.001 0.001 0.010 0.584 20 K 0.616 0.002 0.001 0.019 0.017 0.015 0.126 0.001 0.001 0.010 0.195 21 V 0.478 0.048 0.008 0.052 0.042 0.043 0.047 0.001 0.001 0.004 0.277 22 M 0.011 0.035 0.004 0.154 0.316 0.370 0.031 0.001 0.001 0.001 0.077 23 Y 0.005 0.020 0.001 0.082 0.254 0.509 0.019 0.001 0.001 0.001 0.108 24 L 0.005 0.018 0.001 0.164 0.357 0.376 0.010 0.001 0.001 0.001 0.067 25 E 0.004 0.012 0.002 0.065 0.271 0.439 0.017 0.001 0.001 0.001 0.188 26 A 0.005 0.009 0.006 0.081 0.256 0.453 0.025 0.001 0.001 0.002 0.161 27 K 0.010 0.005 0.003 0.070 0.162 0.421 0.051 0.001 0.001 0.003 0.274 28 D 0.030 0.004 0.002 0.049 0.058 0.100 0.079 0.001 0.001 0.008 0.670 29 K 0.193 0.003 0.006 0.038 0.076 0.081 0.110 0.001 0.001 0.026 0.466 30 K 0.209 0.002 0.004 0.036 0.063 0.070 0.182 0.001 0.001 0.010 0.424 31 T 0.036 0.002 0.005 0.073 0.358 0.329 0.058 0.001 0.001 0.002 0.136 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.046 0.316 0.551 0.015 0.001 0.001 0.001 0.070 33 V 0.001 0.001 0.001 0.068 0.425 0.448 0.007 0.001 0.001 0.001 0.050 34 N 0.001 0.001 0.001 0.059 0.410 0.459 0.010 0.001 0.001 0.001 0.060 35 A 0.001 0.001 0.001 0.050 0.302 0.516 0.019 0.001 0.001 0.001 0.112 36 E 0.002 0.001 0.001 0.051 0.178 0.482 0.075 0.001 0.001 0.002 0.208 37 E 0.008 0.001 0.001 0.040 0.030 0.070 0.307 0.001 0.001 0.018 0.525 38 L 0.370 0.005 0.004 0.017 0.042 0.049 0.170 0.001 0.001 0.048 0.295 39 T 0.113 0.012 0.004 0.023 0.035 0.043 0.244 0.001 0.001 0.011 0.515 40 G 0.069 0.016 0.005 0.031 0.138 0.185 0.090 0.001 0.001 0.006 0.458 41 T 0.030 0.022 0.004 0.056 0.183 0.258 0.101 0.001 0.001 0.004 0.340 42 H 0.030 0.028 0.003 0.045 0.265 0.296 0.064 0.001 0.001 0.003 0.266 43 K 0.040 0.041 0.006 0.055 0.133 0.283 0.080 0.001 0.001 0.005 0.355 44 Y 0.058 0.068 0.005 0.057 0.123 0.234 0.128 0.002 0.001 0.007 0.318 45 S 0.058 0.060 0.002 0.018 0.030 0.065 0.243 0.001 0.001 0.003 0.520 46 L 0.068 0.142 0.005 0.033 0.032 0.102 0.089 0.002 0.001 0.003 0.524 47 Q 0.015 0.206 0.003 0.008 0.014 0.046 0.193 0.001 0.001 0.004 0.510 48 E 0.055 0.270 0.002 0.007 0.003 0.006 0.370 0.002 0.001 0.002 0.283 49 F 0.050 0.832 0.003 0.002 0.003 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.092 50 E 0.011 0.931 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.040 51 Y 0.044 0.864 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.015 0.001 0.001 0.064 52 L 0.245 0.594 0.007 0.002 0.002 0.003 0.003 0.086 0.001 0.001 0.058 53 L 0.164 0.610 0.083 0.002 0.005 0.005 0.005 0.076 0.001 0.001 0.050 54 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 55 K 0.012 0.003 0.004 0.003 0.002 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.943 56 D 0.238 0.024 0.007 0.005 0.004 0.006 0.074 0.001 0.001 0.008 0.632 57 S 0.336 0.038 0.012 0.010 0.005 0.005 0.179 0.001 0.001 0.005 0.408 58 F 0.194 0.092 0.020 0.036 0.020 0.033 0.148 0.002 0.001 0.004 0.451 59 I 0.041 0.216 0.014 0.116 0.087 0.120 0.100 0.002 0.001 0.003 0.301 60 R 0.011 0.200 0.002 0.091 0.102 0.156 0.080 0.002 0.001 0.002 0.354 61 C 0.022 0.276 0.004 0.067 0.087 0.153 0.056 0.003 0.001 0.002 0.330 62 H 0.028 0.310 0.006 0.111 0.106 0.189 0.045 0.004 0.001 0.002 0.201 63 R 0.029 0.337 0.008 0.066 0.078 0.120 0.041 0.004 0.001 0.002 0.315 64 S 0.066 0.431 0.012 0.067 0.075 0.102 0.052 0.006 0.001 0.003 0.185 65 F 0.180 0.350 0.011 0.052 0.069 0.101 0.046 0.009 0.001 0.002 0.179 66 I 0.070 0.350 0.024 0.056 0.105 0.176 0.032 0.010 0.001 0.001 0.174 67 V 0.039 0.215 0.019 0.081 0.129 0.212 0.070 0.012 0.001 0.002 0.222 68 N 0.054 0.258 0.022 0.071 0.086 0.102 0.096 0.012 0.001 0.003 0.295 69 V 0.021 0.187 0.009 0.029 0.027 0.064 0.064 0.003 0.001 0.002 0.594 70 N 0.011 0.068 0.003 0.017 0.010 0.032 0.403 0.001 0.001 0.004 0.451 71 H 0.158 0.156 0.006 0.015 0.008 0.014 0.372 0.004 0.001 0.007 0.260 72 I 0.058 0.788 0.020 0.008 0.011 0.014 0.017 0.005 0.001 0.001 0.078 73 K 0.017 0.799 0.008 0.009 0.017 0.025 0.009 0.009 0.001 0.001 0.106 74 A 0.111 0.505 0.005 0.017 0.024 0.037 0.014 0.024 0.001 0.001 0.262 75 I 0.253 0.367 0.021 0.029 0.034 0.062 0.011 0.047 0.001 0.002 0.174 76 Y 0.083 0.230 0.052 0.022 0.188 0.125 0.047 0.037 0.001 0.003 0.214 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 78 D 0.026 0.007 0.010 0.032 0.088 0.314 0.081 0.003 0.001 0.003 0.436 79 T 0.355 0.014 0.010 0.011 0.017 0.020 0.101 0.002 0.001 0.025 0.445 80 H 0.085 0.012 0.010 0.023 0.020 0.022 0.167 0.001 0.001 0.017 0.643 81 S 0.206 0.004 0.017 0.019 0.088 0.076 0.188 0.001 0.001 0.082 0.319 82 T 0.136 0.003 0.004 0.027 0.055 0.049 0.226 0.001 0.001 0.021 0.478 83 F 0.027 0.005 0.002 0.056 0.383 0.387 0.064 0.001 0.001 0.003 0.073 84 L 0.002 0.002 0.001 0.041 0.262 0.620 0.025 0.001 0.001 0.001 0.048 85 L 0.001 0.001 0.001 0.033 0.501 0.447 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 86 S 0.001 0.001 0.001 0.015 0.424 0.499 0.004 0.001 0.001 0.001 0.057 87 M 0.001 0.001 0.001 0.025 0.342 0.613 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 88 D 0.001 0.001 0.001 0.031 0.334 0.500 0.057 0.001 0.001 0.001 0.076 89 N 0.003 0.001 0.001 0.040 0.132 0.218 0.083 0.001 0.001 0.007 0.516 90 G 0.132 0.001 0.007 0.019 0.036 0.106 0.175 0.001 0.001 0.226 0.298 91 E 0.507 0.001 0.002 0.015 0.007 0.007 0.313 0.001 0.001 0.019 0.130 92 R 0.024 0.001 0.001 0.018 0.018 0.022 0.075 0.001 0.001 0.001 0.841 93 V 0.015 0.001 0.002 0.038 0.235 0.365 0.026 0.001 0.001 0.001 0.317 94 P 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 0.032 0.016 0.001 0.001 0.001 0.917 95 V 0.007 0.001 0.001 0.046 0.118 0.302 0.050 0.001 0.001 0.001 0.476 96 S 0.022 0.009 0.001 0.088 0.089 0.210 0.162 0.001 0.001 0.005 0.414 97 Q 0.039 0.021 0.001 0.019 0.023 0.077 0.071 0.001 0.001 0.004 0.745 98 S 0.017 0.054 0.001 0.012 0.003 0.012 0.336 0.001 0.001 0.004 0.561 99 Y 0.250 0.132 0.001 0.003 0.003 0.009 0.251 0.002 0.001 0.005 0.344 100 A 0.069 0.758 0.003 0.001 0.001 0.003 0.028 0.003 0.001 0.001 0.134 101 S 0.009 0.734 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.235 102 Y 0.030 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.001 0.001 0.236 103 F 0.032 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.041 104 R 0.006 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 105 K 0.013 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.018 106 L 0.100 0.865 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.014 107 L 0.096 0.828 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.022 108 G 0.218 0.375 0.060 0.005 0.004 0.007 0.012 0.141 0.001 0.002 0.175 109 F 0.203 0.192 0.241 0.025 0.005 0.007 0.020 0.044 0.001 0.002 0.261