# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.014 0.001 0.005 0.005 0.009 0.012 0.002 0.952 2 K 0.018 0.001 0.018 0.008 0.014 0.033 0.002 0.905 3 S 0.038 0.001 0.037 0.024 0.035 0.055 0.002 0.809 4 V 0.030 0.001 0.099 0.029 0.076 0.043 0.002 0.721 5 V 0.033 0.001 0.394 0.166 0.201 0.057 0.001 0.147 6 T 0.007 0.001 0.385 0.124 0.138 0.034 0.001 0.312 7 L 0.003 0.001 0.340 0.262 0.251 0.020 0.001 0.123 8 K 0.003 0.001 0.241 0.182 0.250 0.116 0.001 0.206 9 T 0.005 0.001 0.080 0.128 0.213 0.127 0.002 0.444 10 T 0.018 0.002 0.044 0.053 0.101 0.162 0.008 0.612 11 D 0.025 0.001 0.007 0.006 0.009 0.121 0.008 0.824 12 G 0.326 0.002 0.016 0.043 0.034 0.260 0.060 0.260 13 W 0.187 0.004 0.057 0.039 0.057 0.104 0.016 0.535 14 I 0.014 0.002 0.098 0.303 0.284 0.073 0.001 0.225 15 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.985 16 V 0.013 0.001 0.089 0.248 0.417 0.073 0.001 0.159 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.991 18 F 0.009 0.001 0.043 0.086 0.291 0.055 0.001 0.513 19 S 0.039 0.003 0.034 0.053 0.110 0.132 0.004 0.626 20 K 0.178 0.006 0.020 0.044 0.076 0.217 0.014 0.446 21 V 0.245 0.035 0.086 0.123 0.174 0.074 0.020 0.242 22 M 0.012 0.020 0.060 0.412 0.426 0.023 0.002 0.044 23 Y 0.010 0.021 0.082 0.367 0.433 0.015 0.002 0.070 24 L 0.004 0.015 0.050 0.394 0.489 0.004 0.001 0.042 25 E 0.003 0.012 0.021 0.335 0.553 0.011 0.001 0.064 26 A 0.005 0.013 0.019 0.312 0.529 0.020 0.002 0.100 27 K 0.015 0.017 0.034 0.170 0.404 0.060 0.011 0.290 28 D 0.057 0.009 0.023 0.067 0.095 0.111 0.032 0.606 29 K 0.260 0.007 0.029 0.069 0.066 0.145 0.108 0.315 30 K 0.260 0.007 0.056 0.071 0.078 0.285 0.041 0.202 31 T 0.016 0.002 0.076 0.373 0.406 0.034 0.002 0.090 32 Y 0.003 0.001 0.067 0.321 0.521 0.019 0.001 0.068 33 V 0.002 0.001 0.044 0.443 0.458 0.005 0.001 0.048 34 N 0.001 0.001 0.080 0.312 0.536 0.016 0.001 0.055 35 A 0.001 0.001 0.037 0.366 0.480 0.020 0.001 0.095 36 E 0.003 0.002 0.040 0.216 0.490 0.072 0.002 0.175 37 E 0.017 0.002 0.019 0.062 0.138 0.291 0.007 0.464 38 L 0.168 0.008 0.028 0.090 0.156 0.120 0.053 0.376 39 T 0.112 0.013 0.033 0.055 0.089 0.198 0.022 0.477 40 G 0.034 0.010 0.037 0.191 0.239 0.057 0.005 0.426 41 T 0.037 0.020 0.058 0.158 0.338 0.144 0.005 0.241 42 H 0.024 0.022 0.041 0.272 0.400 0.044 0.002 0.194 43 K 0.019 0.052 0.052 0.106 0.286 0.060 0.005 0.421 44 Y 0.053 0.058 0.034 0.161 0.186 0.129 0.005 0.375 45 S 0.054 0.103 0.015 0.026 0.062 0.264 0.008 0.468 46 L 0.043 0.332 0.020 0.035 0.098 0.069 0.006 0.397 47 Q 0.008 0.198 0.007 0.006 0.014 0.304 0.003 0.461 48 E 0.022 0.265 0.002 0.001 0.002 0.484 0.003 0.221 49 F 0.036 0.919 0.006 0.001 0.002 0.005 0.003 0.028 50 E 0.009 0.975 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 51 Y 0.024 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 52 L 0.214 0.694 0.002 0.001 0.002 0.001 0.058 0.029 53 L 0.246 0.525 0.020 0.005 0.006 0.008 0.110 0.081 54 P 0.007 0.012 0.007 0.001 0.002 0.005 0.005 0.961 55 K 0.008 0.005 0.008 0.002 0.002 0.011 0.003 0.961 56 D 0.185 0.019 0.039 0.009 0.006 0.110 0.034 0.597 57 S 0.610 0.010 0.022 0.005 0.004 0.062 0.024 0.263 58 F 0.075 0.054 0.279 0.028 0.037 0.127 0.008 0.393 59 I 0.062 0.043 0.193 0.168 0.149 0.171 0.004 0.209 60 R 0.048 0.059 0.154 0.145 0.178 0.076 0.003 0.337 61 C 0.016 0.079 0.172 0.099 0.227 0.041 0.003 0.362 62 H 0.022 0.091 0.131 0.163 0.324 0.068 0.006 0.196 63 R 0.036 0.108 0.067 0.119 0.225 0.052 0.011 0.381 64 S 0.060 0.110 0.062 0.086 0.186 0.058 0.021 0.416 65 F 0.165 0.156 0.109 0.089 0.123 0.069 0.029 0.261 66 I 0.056 0.148 0.133 0.190 0.247 0.023 0.013 0.190 67 V 0.045 0.128 0.267 0.177 0.203 0.060 0.005 0.115 68 N 0.035 0.106 0.066 0.144 0.217 0.058 0.008 0.367 69 V 0.032 0.163 0.073 0.091 0.196 0.052 0.007 0.384 70 N 0.009 0.047 0.009 0.014 0.022 0.516 0.006 0.377 71 H 0.217 0.105 0.008 0.012 0.020 0.370 0.035 0.232 72 I 0.116 0.629 0.050 0.022 0.044 0.016 0.011 0.112 73 K 0.031 0.527 0.049 0.097 0.096 0.042 0.008 0.151 74 A 0.136 0.262 0.024 0.045 0.088 0.022 0.020 0.404 75 I 0.145 0.325 0.057 0.080 0.165 0.013 0.026 0.190 76 Y 0.054 0.099 0.045 0.250 0.180 0.082 0.017 0.273 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 78 D 0.019 0.012 0.043 0.129 0.249 0.137 0.007 0.405 79 T 0.217 0.007 0.014 0.050 0.045 0.112 0.011 0.543 80 H 0.104 0.020 0.027 0.048 0.064 0.227 0.026 0.484 81 S 0.261 0.011 0.029 0.054 0.056 0.214 0.053 0.322 82 T 0.194 0.010 0.044 0.092 0.079 0.324 0.034 0.223 83 F 0.018 0.003 0.028 0.472 0.398 0.029 0.003 0.048 84 L 0.002 0.001 0.025 0.377 0.544 0.018 0.001 0.032 85 L 0.001 0.001 0.007 0.557 0.425 0.002 0.001 0.008 86 S 0.001 0.001 0.016 0.334 0.622 0.004 0.001 0.023 87 M 0.001 0.001 0.010 0.433 0.532 0.004 0.001 0.020 88 D 0.001 0.001 0.020 0.335 0.544 0.037 0.001 0.060 89 N 0.005 0.001 0.014 0.105 0.174 0.083 0.004 0.614 90 G 0.069 0.001 0.016 0.033 0.049 0.261 0.062 0.509 91 E 0.247 0.001 0.011 0.035 0.017 0.525 0.022 0.142 92 R 0.009 0.001 0.010 0.008 0.026 0.034 0.002 0.910 93 V 0.016 0.001 0.038 0.268 0.469 0.078 0.001 0.128 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.998 95 V 0.004 0.001 0.019 0.105 0.281 0.058 0.001 0.532 96 S 0.038 0.008 0.047 0.072 0.186 0.210 0.001 0.437 97 Q 0.044 0.017 0.014 0.014 0.035 0.045 0.001 0.830 98 S 0.026 0.048 0.010 0.006 0.016 0.354 0.002 0.538 99 Y 0.169 0.117 0.002 0.001 0.003 0.504 0.008 0.195 100 A 0.111 0.768 0.003 0.001 0.004 0.014 0.006 0.093 101 S 0.013 0.772 0.002 0.001 0.001 0.075 0.003 0.135 102 Y 0.016 0.752 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.181 103 F 0.021 0.937 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 104 R 0.008 0.968 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 105 K 0.009 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 106 L 0.037 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 107 L 0.039 0.904 0.006 0.001 0.001 0.003 0.027 0.020 108 G 0.183 0.464 0.078 0.006 0.005 0.013 0.107 0.144 109 F 0.152 0.183 0.288 0.021 0.010 0.020 0.038 0.288