# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.007 0.008 0.036 0.009 0.066 0.005 0.113 0.496 0.004 0.256 0.001 2 K 0.035 0.207 0.642 0.042 0.023 0.025 0.009 0.003 0.010 0.003 0.002 3 S 0.077 0.272 0.371 0.156 0.052 0.036 0.015 0.005 0.010 0.002 0.003 4 V 0.006 0.738 0.115 0.018 0.095 0.009 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 5 V 0.001 0.770 0.131 0.002 0.077 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 6 T 0.001 0.688 0.195 0.003 0.067 0.030 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 7 L 0.002 0.803 0.110 0.002 0.042 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 8 K 0.018 0.659 0.168 0.010 0.061 0.059 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 9 T 0.035 0.551 0.203 0.030 0.114 0.019 0.008 0.001 0.037 0.002 0.001 10 T 0.202 0.272 0.199 0.127 0.060 0.038 0.039 0.007 0.038 0.011 0.007 11 D 0.062 0.074 0.082 0.385 0.052 0.013 0.288 0.017 0.019 0.007 0.002 12 G 0.040 0.026 0.078 0.024 0.102 0.007 0.219 0.365 0.007 0.130 0.003 13 W 0.036 0.282 0.487 0.119 0.014 0.032 0.013 0.001 0.012 0.001 0.003 14 I 0.009 0.532 0.316 0.006 0.040 0.016 0.003 0.001 0.076 0.001 0.001 15 P 0.023 0.020 0.785 0.008 0.003 0.128 0.007 0.001 0.002 0.001 0.022 16 V 0.011 0.449 0.340 0.004 0.104 0.030 0.001 0.001 0.056 0.003 0.001 17 P 0.011 0.004 0.837 0.001 0.002 0.124 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 18 F 0.707 0.041 0.174 0.040 0.006 0.020 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 19 S 0.687 0.076 0.093 0.097 0.011 0.010 0.015 0.004 0.005 0.002 0.001 20 K 0.369 0.190 0.084 0.233 0.080 0.013 0.019 0.002 0.009 0.001 0.001 21 V 0.197 0.552 0.185 0.020 0.014 0.019 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 22 M 0.266 0.499 0.151 0.026 0.024 0.024 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 23 Y 0.045 0.747 0.058 0.011 0.108 0.012 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 24 L 0.038 0.819 0.070 0.003 0.031 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 25 E 0.060 0.635 0.183 0.021 0.036 0.035 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 26 A 0.074 0.474 0.183 0.031 0.117 0.030 0.007 0.001 0.077 0.004 0.001 27 K 0.313 0.210 0.178 0.211 0.021 0.015 0.031 0.001 0.014 0.002 0.004 28 D 0.044 0.031 0.032 0.190 0.084 0.008 0.340 0.232 0.006 0.033 0.001 29 K 0.031 0.093 0.138 0.268 0.063 0.019 0.335 0.040 0.009 0.004 0.001 30 K 0.007 0.526 0.332 0.041 0.038 0.021 0.024 0.001 0.009 0.001 0.001 31 T 0.003 0.706 0.229 0.012 0.027 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 Y 0.002 0.775 0.128 0.006 0.059 0.021 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 33 V 0.001 0.866 0.062 0.001 0.046 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 N 0.006 0.607 0.202 0.005 0.062 0.085 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 35 A 0.044 0.501 0.265 0.014 0.094 0.038 0.005 0.001 0.034 0.003 0.001 36 E 0.240 0.378 0.210 0.056 0.050 0.028 0.009 0.001 0.023 0.003 0.002 37 E 0.194 0.146 0.117 0.335 0.078 0.025 0.075 0.010 0.014 0.005 0.002 38 L 0.185 0.196 0.183 0.150 0.087 0.044 0.087 0.028 0.029 0.009 0.001 39 T 0.174 0.313 0.226 0.183 0.019 0.012 0.053 0.001 0.017 0.001 0.001 40 G 0.104 0.106 0.234 0.038 0.230 0.042 0.054 0.106 0.011 0.073 0.002 41 T 0.130 0.431 0.267 0.072 0.037 0.041 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 42 H 0.126 0.486 0.210 0.056 0.067 0.030 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 43 K 0.264 0.269 0.226 0.063 0.034 0.085 0.040 0.004 0.011 0.002 0.002 44 Y 0.240 0.347 0.158 0.085 0.120 0.020 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 45 S 0.143 0.141 0.473 0.018 0.040 0.105 0.006 0.001 0.069 0.004 0.001 46 L 0.970 0.002 0.015 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.985 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.986 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.992 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.868 0.004 0.002 0.121 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.668 0.012 0.041 0.255 0.002 0.006 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 53 L 0.103 0.093 0.352 0.011 0.009 0.021 0.026 0.001 0.382 0.002 0.001 54 P 0.229 0.001 0.707 0.012 0.002 0.014 0.002 0.001 0.002 0.008 0.023 55 K 0.702 0.009 0.117 0.148 0.003 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 56 D 0.277 0.048 0.121 0.409 0.027 0.022 0.053 0.030 0.009 0.004 0.001 57 S 0.328 0.157 0.173 0.218 0.051 0.016 0.031 0.006 0.016 0.002 0.001 58 F 0.118 0.479 0.201 0.083 0.069 0.019 0.014 0.001 0.014 0.001 0.001 59 I 0.026 0.772 0.110 0.011 0.049 0.016 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 60 R 0.013 0.744 0.153 0.003 0.036 0.028 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 61 C 0.051 0.512 0.270 0.017 0.028 0.094 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 62 H 0.134 0.252 0.197 0.118 0.127 0.076 0.047 0.005 0.036 0.007 0.001 63 R 0.272 0.259 0.194 0.090 0.109 0.022 0.022 0.003 0.023 0.004 0.001 64 S 0.328 0.228 0.189 0.115 0.075 0.027 0.016 0.002 0.016 0.001 0.001 65 F 0.223 0.475 0.120 0.063 0.080 0.013 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 66 I 0.126 0.626 0.110 0.008 0.008 0.062 0.046 0.001 0.014 0.001 0.001 67 V 0.146 0.572 0.164 0.007 0.059 0.038 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 68 N 0.027 0.067 0.425 0.009 0.014 0.388 0.007 0.001 0.059 0.002 0.001 69 V 0.894 0.013 0.044 0.035 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 N 0.771 0.027 0.025 0.139 0.006 0.005 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 71 H 0.538 0.069 0.038 0.205 0.090 0.014 0.032 0.004 0.010 0.001 0.001 72 I 0.766 0.075 0.109 0.030 0.002 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 73 K 0.838 0.073 0.036 0.037 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 74 A 0.463 0.225 0.078 0.075 0.119 0.011 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 75 I 0.509 0.217 0.135 0.083 0.009 0.031 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 76 Y 0.029 0.220 0.241 0.002 0.018 0.028 0.005 0.001 0.457 0.001 0.001 77 P 0.608 0.001 0.325 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 78 D 0.378 0.046 0.062 0.419 0.017 0.018 0.019 0.024 0.013 0.003 0.001 79 T 0.232 0.046 0.057 0.609 0.014 0.007 0.021 0.003 0.009 0.001 0.001 80 H 0.051 0.052 0.053 0.392 0.046 0.012 0.310 0.060 0.013 0.010 0.001 81 S 0.041 0.204 0.266 0.142 0.095 0.030 0.160 0.041 0.013 0.008 0.001 82 T 0.020 0.499 0.276 0.114 0.047 0.016 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 83 F 0.003 0.694 0.156 0.014 0.117 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 84 L 0.001 0.845 0.060 0.001 0.080 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 85 L 0.001 0.886 0.054 0.001 0.048 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 86 S 0.001 0.778 0.136 0.001 0.029 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 87 M 0.007 0.709 0.204 0.005 0.035 0.016 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 88 D 0.126 0.290 0.237 0.068 0.047 0.056 0.089 0.008 0.041 0.030 0.009 89 N 0.009 0.016 0.030 0.150 0.040 0.003 0.679 0.050 0.006 0.016 0.001 90 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.001 0.031 0.788 0.001 0.159 0.001 91 E 0.050 0.245 0.567 0.090 0.010 0.024 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 92 R 0.057 0.398 0.345 0.114 0.014 0.053 0.006 0.001 0.010 0.001 0.002 93 V 0.010 0.484 0.283 0.001 0.074 0.028 0.001 0.001 0.118 0.001 0.001 94 P 0.056 0.002 0.810 0.003 0.003 0.064 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 95 V 0.141 0.379 0.261 0.079 0.052 0.049 0.003 0.002 0.033 0.001 0.001 96 S 0.112 0.160 0.416 0.052 0.062 0.113 0.009 0.003 0.059 0.012 0.001 97 Q 0.777 0.033 0.108 0.048 0.010 0.009 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 98 S 0.873 0.018 0.018 0.072 0.006 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 99 Y 0.703 0.028 0.048 0.172 0.019 0.014 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 100 A 0.981 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.995 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.936 0.002 0.004 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.500 0.015 0.033 0.397 0.002 0.004 0.039 0.001 0.009 0.001 0.001 108 G 0.162 0.008 0.032 0.062 0.039 0.010 0.380 0.223 0.003 0.079 0.001 109 F 0.209 0.164 0.348 0.196 0.019 0.033 0.012 0.003 0.015 0.001 0.001