# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.083 0.045 0.070 0.143 0.057 0.057 0.055 0.048 0.061 0.266 0.115 2 K 0.139 0.213 0.083 0.050 0.212 0.046 0.053 0.026 0.039 0.089 0.051 3 S 0.185 0.158 0.038 0.030 0.321 0.064 0.068 0.014 0.012 0.055 0.054 4 V 0.293 0.054 0.002 0.001 0.621 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 5 V 0.150 0.070 0.002 0.001 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 6 T 0.259 0.065 0.016 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 7 L 0.279 0.150 0.013 0.001 0.490 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 8 K 0.260 0.185 0.050 0.012 0.337 0.020 0.020 0.010 0.009 0.025 0.072 9 T 0.061 0.246 0.339 0.113 0.109 0.031 0.025 0.019 0.015 0.017 0.025 10 T 0.021 0.053 0.057 0.232 0.027 0.159 0.209 0.136 0.055 0.037 0.014 11 D 0.013 0.094 0.103 0.248 0.020 0.129 0.090 0.051 0.060 0.166 0.028 12 G 0.107 0.099 0.072 0.063 0.127 0.025 0.020 0.033 0.046 0.297 0.111 13 W 0.266 0.138 0.045 0.014 0.340 0.016 0.026 0.029 0.030 0.046 0.050 14 I 0.069 0.360 0.144 0.015 0.328 0.014 0.020 0.010 0.006 0.007 0.026 15 P 0.278 0.193 0.054 0.009 0.325 0.005 0.009 0.010 0.010 0.032 0.075 16 V 0.062 0.402 0.193 0.016 0.242 0.016 0.015 0.009 0.010 0.011 0.023 17 P 0.115 0.381 0.130 0.002 0.331 0.002 0.003 0.007 0.004 0.003 0.023 18 F 0.122 0.028 0.007 0.004 0.070 0.007 0.008 0.135 0.490 0.086 0.043 19 S 0.016 0.080 0.035 0.035 0.047 0.114 0.221 0.250 0.169 0.024 0.008 20 K 0.211 0.024 0.009 0.006 0.224 0.015 0.031 0.068 0.043 0.312 0.057 21 V 0.300 0.066 0.001 0.001 0.615 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.006 22 M 0.134 0.092 0.010 0.001 0.734 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.013 23 Y 0.539 0.037 0.005 0.001 0.373 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.035 24 L 0.231 0.138 0.011 0.003 0.538 0.006 0.012 0.016 0.007 0.008 0.030 25 E 0.249 0.175 0.082 0.003 0.358 0.005 0.013 0.015 0.008 0.009 0.084 26 A 0.136 0.248 0.118 0.058 0.179 0.038 0.030 0.054 0.033 0.037 0.070 27 K 0.016 0.072 0.087 0.187 0.028 0.170 0.261 0.078 0.061 0.029 0.012 28 D 0.055 0.050 0.068 0.138 0.034 0.077 0.062 0.044 0.065 0.320 0.086 29 K 0.079 0.221 0.067 0.044 0.171 0.055 0.080 0.032 0.040 0.148 0.062 30 K 0.262 0.103 0.007 0.003 0.552 0.006 0.005 0.004 0.004 0.018 0.037 31 T 0.180 0.113 0.003 0.001 0.689 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 32 Y 0.204 0.062 0.007 0.001 0.708 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 33 V 0.405 0.059 0.005 0.001 0.498 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 34 N 0.219 0.175 0.062 0.009 0.370 0.016 0.012 0.007 0.004 0.014 0.112 35 A 0.097 0.390 0.148 0.015 0.263 0.008 0.005 0.012 0.007 0.008 0.047 36 E 0.064 0.066 0.034 0.046 0.068 0.086 0.126 0.240 0.156 0.075 0.038 37 E 0.049 0.118 0.121 0.038 0.079 0.043 0.093 0.147 0.126 0.144 0.041 38 L 0.130 0.083 0.038 0.024 0.105 0.028 0.046 0.149 0.125 0.204 0.069 39 T 0.060 0.254 0.092 0.078 0.146 0.059 0.060 0.093 0.064 0.062 0.033 40 G 0.148 0.141 0.096 0.062 0.212 0.028 0.029 0.074 0.047 0.091 0.070 41 T 0.191 0.152 0.041 0.013 0.283 0.018 0.043 0.110 0.058 0.046 0.044 42 H 0.111 0.227 0.062 0.015 0.296 0.026 0.040 0.102 0.039 0.035 0.047 43 K 0.232 0.116 0.024 0.010 0.263 0.011 0.021 0.105 0.044 0.074 0.100 44 Y 0.060 0.258 0.122 0.018 0.205 0.043 0.046 0.093 0.037 0.062 0.056 45 S 0.141 0.416 0.089 0.003 0.236 0.002 0.003 0.042 0.009 0.025 0.033 46 L 0.014 0.026 0.004 0.001 0.023 0.002 0.002 0.538 0.351 0.030 0.008 47 Q 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 0.010 0.844 0.122 0.006 0.001 48 E 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.895 0.055 0.019 0.001 49 F 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.726 0.201 0.049 0.002 50 E 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.695 0.261 0.008 0.002 51 Y 0.008 0.014 0.005 0.002 0.028 0.006 0.042 0.605 0.203 0.083 0.003 52 L 0.061 0.022 0.018 0.004 0.040 0.006 0.221 0.308 0.051 0.254 0.015 53 L 0.039 0.420 0.294 0.013 0.113 0.005 0.010 0.026 0.011 0.025 0.043 54 P 0.040 0.368 0.220 0.053 0.068 0.013 0.020 0.142 0.049 0.014 0.012 55 K 0.005 0.015 0.013 0.003 0.010 0.012 0.058 0.574 0.277 0.027 0.005 56 D 0.014 0.045 0.022 0.007 0.020 0.015 0.088 0.465 0.192 0.115 0.015 57 S 0.039 0.081 0.026 0.011 0.060 0.016 0.043 0.371 0.134 0.176 0.043 58 F 0.102 0.097 0.026 0.014 0.165 0.019 0.023 0.273 0.128 0.108 0.047 59 I 0.127 0.151 0.032 0.015 0.292 0.018 0.031 0.194 0.079 0.031 0.028 60 R 0.201 0.108 0.039 0.013 0.277 0.011 0.068 0.177 0.036 0.034 0.037 61 C 0.204 0.097 0.031 0.014 0.195 0.015 0.042 0.212 0.051 0.081 0.057 62 H 0.139 0.191 0.044 0.017 0.301 0.019 0.023 0.139 0.054 0.030 0.044 63 R 0.099 0.047 0.021 0.020 0.110 0.031 0.043 0.349 0.182 0.060 0.038 64 S 0.067 0.064 0.025 0.018 0.131 0.033 0.078 0.341 0.144 0.068 0.031 65 F 0.141 0.119 0.013 0.007 0.432 0.009 0.040 0.154 0.035 0.025 0.027 66 I 0.431 0.065 0.005 0.002 0.382 0.001 0.011 0.050 0.006 0.013 0.035 67 V 0.094 0.274 0.070 0.006 0.404 0.013 0.015 0.038 0.010 0.013 0.063 68 N 0.239 0.247 0.038 0.002 0.395 0.001 0.002 0.029 0.004 0.005 0.038 69 V 0.008 0.014 0.003 0.001 0.016 0.003 0.004 0.420 0.500 0.024 0.006 70 N 0.003 0.009 0.007 0.003 0.004 0.007 0.068 0.737 0.139 0.019 0.002 71 H 0.032 0.045 0.011 0.003 0.041 0.004 0.020 0.616 0.102 0.113 0.013 72 I 0.037 0.015 0.006 0.006 0.028 0.010 0.011 0.607 0.229 0.040 0.011 73 K 0.005 0.011 0.005 0.009 0.009 0.034 0.049 0.657 0.204 0.013 0.003 74 A 0.068 0.025 0.009 0.005 0.127 0.008 0.053 0.447 0.118 0.129 0.012 75 I 0.223 0.093 0.020 0.005 0.219 0.010 0.086 0.204 0.039 0.074 0.027 76 Y 0.095 0.275 0.139 0.002 0.358 0.003 0.005 0.023 0.008 0.006 0.086 77 P 0.122 0.196 0.039 0.013 0.148 0.017 0.033 0.233 0.116 0.045 0.037 78 D 0.059 0.077 0.095 0.040 0.075 0.055 0.111 0.205 0.128 0.124 0.031 79 T 0.056 0.163 0.105 0.072 0.082 0.058 0.123 0.133 0.099 0.082 0.027 80 H 0.061 0.073 0.090 0.173 0.058 0.073 0.091 0.070 0.065 0.170 0.077 81 S 0.072 0.098 0.077 0.111 0.085 0.083 0.067 0.033 0.057 0.232 0.084 82 T 0.255 0.137 0.019 0.012 0.387 0.025 0.025 0.012 0.012 0.061 0.055 83 F 0.202 0.102 0.004 0.002 0.665 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.010 84 L 0.216 0.045 0.003 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 85 L 0.245 0.082 0.008 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 86 S 0.263 0.097 0.014 0.001 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 87 M 0.440 0.109 0.027 0.006 0.269 0.012 0.009 0.007 0.006 0.015 0.101 88 D 0.021 0.037 0.047 0.356 0.034 0.308 0.074 0.037 0.024 0.044 0.017 89 N 0.006 0.056 0.074 0.603 0.012 0.098 0.098 0.024 0.010 0.015 0.005 90 G 0.013 0.009 0.014 0.076 0.006 0.041 0.010 0.016 0.024 0.694 0.097 91 E 0.097 0.351 0.066 0.015 0.365 0.016 0.016 0.017 0.016 0.023 0.019 92 R 0.415 0.066 0.022 0.012 0.317 0.015 0.022 0.022 0.019 0.034 0.056 93 V 0.075 0.355 0.160 0.011 0.326 0.008 0.014 0.008 0.005 0.006 0.032 94 P 0.198 0.301 0.072 0.003 0.330 0.003 0.006 0.013 0.004 0.011 0.059 95 V 0.051 0.503 0.170 0.007 0.128 0.011 0.016 0.025 0.015 0.031 0.043 96 S 0.082 0.443 0.121 0.004 0.273 0.002 0.002 0.038 0.008 0.005 0.020 97 Q 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.665 0.299 0.009 0.002 98 S 0.001 0.008 0.005 0.001 0.002 0.004 0.021 0.823 0.114 0.020 0.002 99 Y 0.005 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.831 0.066 0.073 0.003 100 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.951 0.035 0.002 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.022 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.082 0.012 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.086 0.001 0.001 105 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.875 0.078 0.018 0.001 106 L 0.013 0.003 0.005 0.002 0.005 0.004 0.120 0.698 0.070 0.076 0.004 107 L 0.024 0.595 0.096 0.015 0.100 0.009 0.026 0.072 0.034 0.017 0.012 108 G 0.037 0.017 0.017 0.021 0.020 0.029 0.041 0.170 0.116 0.373 0.160 109 F 0.081 0.266 0.091 0.008 0.233 0.010 0.030 0.117 0.066 0.071 0.027