# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.826 0.112 0.051 0.009 0.002 0.001 0.001 2 K 0.696 0.194 0.090 0.017 0.002 0.001 0.001 3 S 0.497 0.267 0.190 0.033 0.010 0.002 0.001 4 V 0.053 0.195 0.297 0.300 0.131 0.023 0.001 5 V 0.011 0.027 0.050 0.122 0.311 0.454 0.025 6 T 0.036 0.118 0.217 0.282 0.224 0.116 0.008 7 L 0.016 0.033 0.067 0.201 0.338 0.313 0.032 8 K 0.075 0.199 0.290 0.263 0.139 0.032 0.003 9 T 0.160 0.231 0.231 0.228 0.110 0.037 0.003 10 T 0.464 0.285 0.166 0.062 0.018 0.005 0.001 11 D 0.630 0.243 0.092 0.027 0.006 0.002 0.001 12 G 0.265 0.365 0.211 0.106 0.042 0.010 0.001 13 W 0.059 0.102 0.207 0.296 0.244 0.089 0.005 14 I 0.064 0.136 0.188 0.259 0.233 0.113 0.006 15 P 0.080 0.209 0.269 0.239 0.141 0.057 0.005 16 V 0.036 0.058 0.111 0.229 0.318 0.226 0.022 17 P 0.074 0.229 0.281 0.243 0.122 0.044 0.006 18 F 0.051 0.109 0.169 0.337 0.226 0.097 0.011 19 S 0.340 0.331 0.224 0.071 0.024 0.009 0.002 20 K 0.184 0.378 0.242 0.131 0.041 0.020 0.004 21 V 0.008 0.024 0.077 0.204 0.422 0.245 0.020 22 M 0.010 0.049 0.108 0.241 0.310 0.251 0.030 23 Y 0.016 0.041 0.087 0.124 0.217 0.400 0.115 24 L 0.007 0.015 0.030 0.075 0.164 0.557 0.151 25 E 0.019 0.079 0.173 0.326 0.258 0.123 0.022 26 A 0.029 0.071 0.149 0.261 0.289 0.172 0.029 27 K 0.132 0.257 0.291 0.179 0.092 0.040 0.008 28 D 0.316 0.380 0.180 0.090 0.021 0.011 0.002 29 K 0.123 0.236 0.300 0.170 0.127 0.042 0.003 30 K 0.013 0.058 0.167 0.298 0.292 0.153 0.019 31 T 0.002 0.006 0.012 0.041 0.187 0.618 0.134 32 Y 0.006 0.024 0.085 0.161 0.218 0.332 0.174 33 V 0.002 0.004 0.008 0.020 0.071 0.489 0.406 34 N 0.006 0.029 0.114 0.291 0.330 0.189 0.040 35 A 0.009 0.019 0.053 0.154 0.394 0.312 0.059 36 E 0.111 0.290 0.316 0.180 0.077 0.023 0.002 37 E 0.490 0.349 0.108 0.040 0.010 0.003 0.001 38 L 0.315 0.301 0.197 0.126 0.051 0.009 0.001 39 T 0.574 0.271 0.103 0.042 0.008 0.002 0.001 40 G 0.201 0.262 0.216 0.192 0.107 0.020 0.001 41 T 0.190 0.260 0.260 0.176 0.082 0.029 0.002 42 H 0.065 0.109 0.156 0.235 0.286 0.140 0.009 43 K 0.163 0.279 0.265 0.192 0.074 0.025 0.003 44 Y 0.128 0.248 0.217 0.221 0.132 0.051 0.004 45 S 0.079 0.200 0.296 0.243 0.134 0.043 0.005 46 L 0.011 0.020 0.063 0.206 0.411 0.271 0.018 47 Q 0.161 0.420 0.277 0.109 0.026 0.006 0.001 48 E 0.065 0.310 0.333 0.213 0.065 0.013 0.001 49 F 0.008 0.013 0.031 0.134 0.487 0.315 0.013 50 E 0.026 0.122 0.308 0.394 0.123 0.027 0.001 51 Y 0.400 0.453 0.126 0.017 0.003 0.001 0.001 52 L 0.053 0.227 0.352 0.278 0.081 0.009 0.001 53 L 0.022 0.034 0.086 0.322 0.428 0.105 0.003 54 P 0.350 0.372 0.215 0.051 0.011 0.001 0.001 55 K 0.712 0.226 0.050 0.010 0.002 0.001 0.001 56 D 0.453 0.286 0.195 0.046 0.017 0.003 0.001 57 S 0.121 0.289 0.235 0.220 0.104 0.028 0.002 58 F 0.025 0.055 0.107 0.195 0.312 0.272 0.035 59 I 0.017 0.033 0.071 0.132 0.216 0.425 0.106 60 R 0.026 0.074 0.147 0.251 0.252 0.178 0.073 61 C 0.015 0.028 0.048 0.089 0.207 0.345 0.268 62 H 0.014 0.028 0.037 0.081 0.166 0.326 0.348 63 R 0.022 0.058 0.094 0.179 0.205 0.251 0.191 64 S 0.030 0.083 0.125 0.198 0.221 0.218 0.125 65 F 0.023 0.059 0.087 0.164 0.237 0.309 0.120 66 I 0.020 0.034 0.047 0.091 0.192 0.390 0.228 67 V 0.018 0.040 0.077 0.138 0.207 0.363 0.157 68 N 0.018 0.043 0.057 0.137 0.245 0.348 0.153 69 V 0.017 0.053 0.158 0.287 0.261 0.170 0.054 70 N 0.177 0.344 0.294 0.102 0.042 0.031 0.010 71 H 0.014 0.065 0.179 0.311 0.306 0.109 0.017 72 I 0.004 0.006 0.019 0.086 0.400 0.433 0.053 73 K 0.047 0.234 0.406 0.206 0.080 0.024 0.002 74 A 0.083 0.344 0.303 0.193 0.061 0.014 0.001 75 I 0.020 0.041 0.063 0.174 0.389 0.289 0.023 76 Y 0.072 0.160 0.224 0.321 0.171 0.048 0.004 77 P 0.408 0.352 0.152 0.064 0.020 0.004 0.001 78 D 0.440 0.268 0.172 0.086 0.027 0.006 0.001 79 T 0.411 0.291 0.187 0.068 0.031 0.010 0.001 80 H 0.284 0.389 0.172 0.104 0.038 0.012 0.002 81 S 0.213 0.330 0.202 0.148 0.081 0.022 0.003 82 T 0.046 0.174 0.221 0.300 0.181 0.070 0.008 83 F 0.003 0.009 0.030 0.108 0.423 0.398 0.029 84 L 0.007 0.027 0.120 0.236 0.324 0.227 0.059 85 L 0.002 0.006 0.013 0.021 0.086 0.600 0.272 86 S 0.011 0.071 0.176 0.378 0.242 0.106 0.017 87 M 0.011 0.025 0.060 0.183 0.418 0.266 0.038 88 D 0.152 0.347 0.273 0.163 0.050 0.014 0.001 89 N 0.429 0.338 0.150 0.058 0.021 0.004 0.001 90 G 0.439 0.363 0.130 0.054 0.012 0.002 0.001 91 E 0.431 0.317 0.159 0.066 0.022 0.004 0.001 92 R 0.120 0.344 0.231 0.209 0.077 0.019 0.001 93 V 0.020 0.042 0.117 0.255 0.385 0.173 0.008 94 P 0.055 0.180 0.276 0.265 0.156 0.060 0.007 95 V 0.015 0.032 0.082 0.148 0.293 0.357 0.072 96 S 0.023 0.050 0.102 0.184 0.294 0.294 0.052 97 Q 0.060 0.174 0.233 0.258 0.160 0.095 0.021 98 S 0.087 0.264 0.321 0.182 0.092 0.047 0.008 99 Y 0.018 0.041 0.078 0.202 0.382 0.249 0.029 100 A 0.027 0.080 0.205 0.347 0.238 0.094 0.009 101 S 0.351 0.385 0.200 0.048 0.012 0.004 0.001 102 Y 0.056 0.214 0.359 0.272 0.088 0.011 0.001 103 F 0.016 0.019 0.032 0.116 0.468 0.334 0.015 104 R 0.124 0.292 0.310 0.221 0.045 0.007 0.001 105 K 0.446 0.414 0.107 0.026 0.006 0.001 0.001 106 L 0.104 0.200 0.268 0.301 0.106 0.021 0.001 107 L 0.131 0.166 0.219 0.286 0.164 0.032 0.002 108 G 0.626 0.313 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 109 F 0.391 0.207 0.182 0.143 0.066 0.011 0.001