# TARGET T0415 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0415.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1090 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.424 0.211 0.191 0.080 0.038 0.030 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.224 0.162 0.222 0.147 0.103 0.056 0.054 0.012 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.103 0.128 0.167 0.155 0.138 0.123 0.080 0.041 0.039 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 4 V 0.020 0.024 0.033 0.079 0.153 0.157 0.160 0.139 0.100 0.074 0.029 0.019 0.011 0.004 5 V 0.008 0.005 0.011 0.018 0.035 0.058 0.112 0.150 0.152 0.158 0.165 0.083 0.036 0.010 6 T 0.015 0.016 0.024 0.049 0.077 0.092 0.108 0.166 0.136 0.106 0.088 0.069 0.033 0.022 7 L 0.008 0.007 0.007 0.016 0.024 0.046 0.066 0.110 0.175 0.197 0.132 0.126 0.069 0.018 8 K 0.035 0.061 0.065 0.127 0.149 0.143 0.141 0.138 0.061 0.034 0.030 0.007 0.004 0.005 9 T 0.048 0.073 0.099 0.147 0.157 0.152 0.111 0.090 0.063 0.028 0.022 0.006 0.002 0.002 10 T 0.144 0.147 0.195 0.166 0.129 0.080 0.062 0.028 0.033 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 11 D 0.292 0.224 0.205 0.114 0.056 0.052 0.028 0.011 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 G 0.249 0.203 0.188 0.128 0.085 0.065 0.045 0.015 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 W 0.077 0.092 0.085 0.146 0.175 0.148 0.126 0.078 0.040 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 14 I 0.060 0.053 0.078 0.123 0.163 0.152 0.134 0.120 0.057 0.034 0.017 0.007 0.002 0.001 15 P 0.108 0.088 0.092 0.133 0.162 0.123 0.090 0.078 0.059 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 16 V 0.070 0.044 0.045 0.075 0.106 0.125 0.110 0.136 0.100 0.078 0.054 0.035 0.018 0.004 17 P 0.079 0.118 0.138 0.180 0.161 0.114 0.083 0.061 0.036 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 18 F 0.029 0.036 0.041 0.103 0.143 0.160 0.140 0.126 0.105 0.054 0.033 0.017 0.009 0.004 19 S 0.097 0.142 0.184 0.156 0.122 0.101 0.089 0.041 0.041 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 20 K 0.077 0.126 0.143 0.167 0.146 0.148 0.067 0.050 0.042 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 21 V 0.008 0.015 0.017 0.043 0.089 0.145 0.195 0.162 0.140 0.090 0.044 0.027 0.018 0.006 22 M 0.010 0.010 0.022 0.038 0.081 0.113 0.172 0.175 0.146 0.106 0.071 0.034 0.015 0.008 23 Y 0.013 0.014 0.021 0.041 0.075 0.084 0.140 0.184 0.135 0.120 0.085 0.045 0.025 0.018 24 L 0.022 0.016 0.014 0.030 0.039 0.067 0.065 0.088 0.148 0.165 0.114 0.135 0.075 0.021 25 E 0.025 0.048 0.055 0.099 0.151 0.148 0.164 0.149 0.070 0.042 0.027 0.012 0.005 0.005 26 A 0.010 0.022 0.029 0.063 0.118 0.132 0.181 0.171 0.123 0.061 0.063 0.013 0.008 0.005 27 K 0.040 0.105 0.112 0.226 0.185 0.162 0.073 0.047 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 28 D 0.159 0.185 0.219 0.141 0.087 0.090 0.052 0.020 0.030 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 29 K 0.030 0.086 0.129 0.184 0.192 0.164 0.092 0.062 0.039 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 30 K 0.015 0.029 0.035 0.085 0.148 0.172 0.178 0.144 0.097 0.056 0.018 0.012 0.006 0.003 31 T 0.005 0.004 0.007 0.015 0.038 0.069 0.143 0.164 0.164 0.158 0.126 0.062 0.032 0.013 32 Y 0.008 0.008 0.014 0.023 0.047 0.062 0.094 0.151 0.166 0.145 0.135 0.079 0.037 0.030 33 V 0.006 0.004 0.005 0.008 0.012 0.022 0.039 0.066 0.121 0.199 0.210 0.170 0.099 0.039 34 N 0.008 0.015 0.018 0.044 0.068 0.101 0.124 0.173 0.137 0.114 0.084 0.058 0.029 0.026 35 A 0.006 0.010 0.012 0.028 0.059 0.083 0.149 0.159 0.178 0.129 0.107 0.042 0.024 0.014 36 E 0.044 0.086 0.103 0.170 0.162 0.153 0.097 0.093 0.049 0.020 0.015 0.004 0.002 0.002 37 E 0.269 0.197 0.207 0.098 0.062 0.063 0.042 0.016 0.028 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 38 L 0.087 0.114 0.137 0.197 0.176 0.137 0.078 0.038 0.024 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 39 T 0.348 0.202 0.194 0.094 0.058 0.048 0.028 0.010 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.173 0.120 0.103 0.148 0.160 0.121 0.080 0.054 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 41 T 0.188 0.146 0.145 0.146 0.134 0.090 0.066 0.044 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 42 H 0.082 0.042 0.057 0.104 0.152 0.153 0.140 0.118 0.074 0.045 0.021 0.008 0.003 0.001 43 K 0.163 0.144 0.159 0.158 0.132 0.097 0.061 0.040 0.028 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.356 0.155 0.123 0.117 0.105 0.058 0.037 0.026 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 45 S 0.064 0.102 0.106 0.201 0.191 0.156 0.082 0.051 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 46 L 0.018 0.022 0.032 0.086 0.166 0.196 0.198 0.151 0.083 0.025 0.015 0.005 0.003 0.001 47 Q 0.406 0.243 0.217 0.069 0.033 0.019 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.329 0.286 0.212 0.093 0.039 0.029 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.014 0.020 0.026 0.108 0.188 0.225 0.233 0.120 0.048 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 50 E 0.061 0.132 0.213 0.233 0.181 0.106 0.043 0.015 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.740 0.178 0.047 0.017 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.111 0.151 0.178 0.234 0.173 0.106 0.029 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.049 0.068 0.089 0.203 0.273 0.171 0.081 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.454 0.234 0.181 0.071 0.030 0.018 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.617 0.139 0.151 0.046 0.023 0.013 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.248 0.169 0.283 0.119 0.078 0.049 0.035 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.111 0.120 0.126 0.179 0.179 0.140 0.079 0.037 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 58 F 0.046 0.035 0.032 0.089 0.143 0.166 0.191 0.158 0.071 0.039 0.014 0.010 0.005 0.001 59 I 0.034 0.019 0.026 0.051 0.096 0.120 0.149 0.163 0.123 0.088 0.062 0.047 0.015 0.006 60 R 0.058 0.049 0.052 0.079 0.112 0.111 0.123 0.128 0.100 0.076 0.052 0.036 0.014 0.010 61 C 0.017 0.015 0.014 0.027 0.051 0.075 0.107 0.114 0.148 0.143 0.147 0.071 0.048 0.021 62 H 0.011 0.018 0.025 0.051 0.088 0.120 0.161 0.184 0.126 0.100 0.062 0.026 0.016 0.013 63 R 0.013 0.019 0.024 0.053 0.093 0.110 0.151 0.157 0.129 0.112 0.065 0.039 0.020 0.015 64 S 0.016 0.028 0.036 0.065 0.099 0.138 0.138 0.133 0.144 0.104 0.043 0.031 0.018 0.008 65 F 0.009 0.010 0.018 0.035 0.074 0.106 0.176 0.174 0.127 0.114 0.078 0.044 0.023 0.012 66 I 0.020 0.024 0.030 0.044 0.066 0.105 0.121 0.145 0.150 0.114 0.075 0.058 0.036 0.014 67 V 0.051 0.047 0.050 0.061 0.086 0.113 0.140 0.151 0.105 0.081 0.053 0.032 0.020 0.008 68 N 0.020 0.033 0.043 0.098 0.139 0.171 0.169 0.127 0.103 0.051 0.025 0.012 0.004 0.005 69 V 0.020 0.031 0.053 0.104 0.168 0.177 0.154 0.128 0.081 0.043 0.023 0.009 0.005 0.003 70 N 0.256 0.199 0.185 0.123 0.088 0.064 0.037 0.020 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 71 H 0.033 0.063 0.096 0.175 0.218 0.169 0.101 0.079 0.039 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 72 I 0.013 0.017 0.017 0.046 0.100 0.146 0.226 0.202 0.123 0.048 0.040 0.011 0.009 0.003 73 K 0.115 0.180 0.207 0.176 0.120 0.096 0.047 0.026 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 A 0.277 0.233 0.156 0.115 0.077 0.078 0.030 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 75 I 0.045 0.044 0.056 0.144 0.173 0.204 0.134 0.098 0.054 0.024 0.010 0.007 0.005 0.001 76 Y 0.076 0.102 0.133 0.228 0.205 0.129 0.067 0.039 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 P 0.496 0.205 0.116 0.074 0.050 0.029 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.391 0.196 0.187 0.102 0.060 0.033 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.455 0.199 0.145 0.091 0.049 0.027 0.023 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.245 0.213 0.167 0.152 0.095 0.063 0.042 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 S 0.251 0.182 0.221 0.122 0.085 0.056 0.042 0.016 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 82 T 0.050 0.088 0.096 0.146 0.182 0.158 0.103 0.069 0.056 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 83 F 0.006 0.007 0.012 0.030 0.065 0.105 0.147 0.164 0.158 0.140 0.073 0.059 0.027 0.006 84 L 0.006 0.007 0.013 0.027 0.065 0.072 0.122 0.164 0.151 0.136 0.122 0.062 0.030 0.022 85 L 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.018 0.033 0.065 0.140 0.201 0.231 0.180 0.088 0.021 86 S 0.012 0.020 0.022 0.051 0.074 0.102 0.122 0.171 0.126 0.102 0.089 0.053 0.028 0.029 87 M 0.006 0.009 0.010 0.023 0.041 0.070 0.100 0.138 0.180 0.166 0.114 0.081 0.045 0.017 88 D 0.033 0.079 0.079 0.174 0.175 0.159 0.118 0.102 0.043 0.020 0.013 0.003 0.002 0.002 89 N 0.147 0.148 0.207 0.147 0.101 0.099 0.059 0.030 0.036 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 90 G 0.275 0.159 0.258 0.113 0.073 0.039 0.044 0.012 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 91 E 0.274 0.207 0.179 0.131 0.073 0.062 0.042 0.013 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 92 R 0.090 0.120 0.117 0.169 0.180 0.146 0.085 0.050 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 93 V 0.052 0.039 0.049 0.086 0.146 0.139 0.165 0.149 0.077 0.051 0.027 0.013 0.006 0.002 94 P 0.135 0.082 0.101 0.124 0.141 0.115 0.092 0.089 0.055 0.031 0.021 0.009 0.003 0.002 95 V 0.065 0.035 0.040 0.075 0.110 0.115 0.124 0.135 0.108 0.085 0.051 0.035 0.016 0.005 96 S 0.054 0.057 0.067 0.108 0.158 0.145 0.140 0.106 0.081 0.044 0.025 0.008 0.003 0.003 97 Q 0.206 0.129 0.120 0.141 0.132 0.094 0.067 0.049 0.029 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 98 S 0.416 0.213 0.144 0.090 0.060 0.034 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.047 0.048 0.068 0.144 0.202 0.204 0.134 0.073 0.060 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 100 A 0.061 0.115 0.177 0.203 0.208 0.121 0.060 0.022 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 101 S 0.697 0.223 0.053 0.014 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.113 0.220 0.257 0.214 0.109 0.061 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.010 0.012 0.018 0.068 0.164 0.192 0.260 0.173 0.079 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 104 R 0.122 0.220 0.329 0.173 0.089 0.044 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.777 0.159 0.039 0.012 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.032 0.070 0.101 0.245 0.234 0.190 0.086 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.039 0.034 0.055 0.119 0.231 0.208 0.149 0.107 0.037 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 108 G 0.578 0.214 0.130 0.036 0.017 0.014 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.258 0.103 0.111 0.161 0.161 0.096 0.055 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001