This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA G A 2 2 NATAA K A 3 3 NATAA S A 4 4 NATAA V A 5 5 NATAA V A 6 6 NATAA T A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA K A 9 9 NATAA T A 10 10 NATAA T A 11 11 NATAA D A 12 12 NATAA G A 13 13 NATAA W A 14 14 NATAA I A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA V A 17 17 NATRO P A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA S A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA V A 22 22 NATAA M A 23 23 NATAA Y A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA K A 28 28 NATAA D A 29 29 NATAA K A 30 30 NATAA K A 31 31 NATAA T A 32 32 NATAA Y A 33 33 NATAA V A 34 34 NATAA N A 35 35 NATAA A A 36 36 NATAA E A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA T A 40 40 NATAA G A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA H A 43 43 NATAA K A 44 44 NATAA Y A 45 45 NATAA S A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA Q A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA F A 50 50 NATAA E A 51 51 NATAA Y A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA L A 54 54 NATRO P A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA D A 57 57 NATAA S A 58 58 NATAA F A 59 59 NATAA I A 60 60 NATAA R A 61 61 NATRO C A 62 62 NATAA H A 63 63 NATAA R A 64 64 NATAA S A 65 65 NATAA F A 66 66 NATAA I A 67 67 NATAA V A 68 68 NATAA N A 69 69 NATAA V A 70 70 NATAA N A 71 71 NATAA H A 72 72 NATAA I A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA I A 76 76 NATAA Y A 77 77 NATRO P A 78 78 NATAA D A 79 79 NATAA T A 80 80 NATAA H A 81 81 NATAA S A 82 82 NATAA T A 83 83 NATAA F A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA S A 87 87 NATAA M A 88 88 NATAA D A 89 89 NATAA N A 90 90 NATAA G A 91 91 NATAA E A 92 92 NATAA R A 93 93 NATAA V A 94 94 NATRO P A 95 95 NATAA V A 96 96 NATAA S A 97 97 NATAA Q A 98 98 NATAA S A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA A A 101 101 NATAA S A 102 102 NATAA Y A 103 103 NATAA F A 104 104 NATAA R A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA L A 107 107 NATAA L A 108 108 NATAA G A 109 109 NATAA F