ConstraintSet try6.sheets

SheetConstraint (T0413)W261 (T0413)P267	(T0413)M208 (T0413)D214	hbond (T0413)V266	1
SheetConstraint (T0413)M208 (T0413)A212	(T0413)V169 (T0413)N173	hbond (T0413)L211	1
SheetConstraint (T0413)A168 (T0413)A172	(T0413)Y143 (T0413)H147	hbond (T0413)A172	1
SheetConstraint (T0413)Q141 (T0413)G146	(T0413)P55 (T0413)Q60	hbond (T0413)F145	1
SheetConstraint (T0413)L83 (T0413)A87	(T0413)P55 (T0413)V59	hbond (T0413)V86	1
SheetConstraint (T0413)L42 (T0413)R46	(T0413)P88 (T0413)L84	hbond (T0413)Y45	1
SheetConstraint (T0413)N25 (T0413)N35	(T0413)Y48 (T0413)R38	hbond (T0413)I27	1
SheetConstraint (T0413)R14 (T0413)L19	(T0413)D33 (T0413)P28	hbond (T0413)I15	1


ConstraintSet try5.helices
HelixConstraint (T0413)M4	(T0413)T10

# Wanted to merge these, but P76 breaks the helix
HelixConstraint (T0413)Y70	(T0413)I75
HelixConstraint (T0413)F73	(T0413)H81

#MERGE
# HelixConstraint (T0413)D117	(T0413)A122
# HelixConstraint (T0413)A125	(T0413)A133
HelixConstraint (T0413)D117	(T0413)A133	7

HelixConstraint (T0413)S148	(T0413)S160
HelixConstraint (T0413)T196	(T0413)A201

# Remove---not predicted to be helix.
# HelixConstraint (T0413)P222	(T0413)E227

HelixConstraint (T0413)P225	(T0413)Q233
HelixConstraint (T0413)Y238	(T0413)R255
HelixConstraint (T0413)Q274	(T0413)M289

# shrink
# HelixConstraint (T0413)R288	(T0413)G300
HelixConstraint (T0413)P290	(T0413)G300

SetCost \
	align_constraints 150 \
	try6.sheets 15 \
	try5.helices 15 \
	pred_nb11_back 40 \
	pred_alpha_back 10 \
	pred_n_notor_back 5 \
	pred_bys_back 5 \
	pred_pb_back 3 \
	wet6.5 15  dry5 15 dry6.5 25 dry8 60 dry12 60 \
	phobic_fit 3 \
	sidechain 5 \
	n_ca_c	2 bad_peptide 5 \
	soft_clashes 150  backbone_clashes 10 \
	break 500  \
	hbond_geom 40 \
	hbond_geom_backbone 10 \
	hbond_geom_beta 20 \
	hbond_geom_beta_pair 60