# TARGET T0413 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17884 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.551 0.209 0.125 0.073 0.029 0.010 0.002 2 N 0.475 0.232 0.153 0.096 0.030 0.012 0.002 3 A 0.334 0.208 0.164 0.145 0.095 0.048 0.007 4 M 0.258 0.182 0.169 0.184 0.128 0.068 0.011 5 K 0.307 0.262 0.191 0.131 0.071 0.033 0.005 6 P 0.270 0.246 0.184 0.155 0.091 0.046 0.009 7 A 0.257 0.191 0.181 0.177 0.125 0.058 0.011 8 D 0.325 0.271 0.176 0.123 0.065 0.034 0.006 9 L 0.179 0.170 0.179 0.204 0.154 0.095 0.018 10 T 0.164 0.148 0.166 0.207 0.186 0.111 0.019 11 N 0.265 0.255 0.196 0.148 0.084 0.044 0.008 12 A 0.284 0.218 0.178 0.155 0.103 0.052 0.010 13 D 0.263 0.237 0.179 0.161 0.101 0.050 0.009 14 R 0.181 0.183 0.203 0.206 0.139 0.076 0.012 15 I 0.192 0.197 0.196 0.197 0.135 0.072 0.011 16 A 0.180 0.190 0.180 0.195 0.156 0.087 0.012 17 L 0.182 0.168 0.193 0.211 0.154 0.080 0.011 18 E 0.342 0.270 0.176 0.121 0.060 0.027 0.004 19 L 0.281 0.205 0.188 0.173 0.099 0.048 0.007 20 G 0.294 0.212 0.184 0.160 0.099 0.046 0.006 21 H 0.333 0.269 0.178 0.123 0.064 0.030 0.004 22 A 0.242 0.200 0.185 0.180 0.124 0.059 0.009 23 G 0.268 0.262 0.190 0.146 0.090 0.039 0.005 24 R 0.232 0.257 0.225 0.169 0.079 0.032 0.005 25 N 0.183 0.216 0.193 0.196 0.147 0.057 0.007 26 A 0.090 0.201 0.200 0.249 0.165 0.086 0.010 27 I 0.046 0.073 0.143 0.238 0.289 0.191 0.020 28 P 0.136 0.294 0.259 0.199 0.078 0.031 0.003 29 Y 0.064 0.094 0.151 0.231 0.285 0.160 0.015 30 L 0.095 0.138 0.209 0.273 0.187 0.090 0.008 31 D 0.359 0.304 0.183 0.097 0.041 0.014 0.001 32 D 0.344 0.229 0.190 0.155 0.060 0.020 0.002 33 D 0.559 0.243 0.106 0.056 0.028 0.007 0.001 34 R 0.457 0.272 0.154 0.080 0.027 0.009 0.001 35 N 0.452 0.266 0.145 0.087 0.040 0.010 0.001 36 A 0.439 0.279 0.151 0.083 0.036 0.011 0.001 37 D 0.435 0.277 0.155 0.086 0.035 0.011 0.001 38 R 0.270 0.255 0.237 0.150 0.064 0.021 0.002 39 P 0.116 0.256 0.286 0.210 0.091 0.037 0.005 40 F 0.020 0.040 0.082 0.204 0.356 0.262 0.038 41 T 0.016 0.085 0.175 0.310 0.208 0.178 0.028 42 L 0.008 0.016 0.029 0.072 0.195 0.508 0.172 43 N 0.018 0.072 0.150 0.259 0.251 0.198 0.052 44 T 0.013 0.032 0.056 0.139 0.283 0.364 0.113 45 Y 0.013 0.039 0.080 0.139 0.254 0.361 0.114 46 R 0.032 0.099 0.165 0.272 0.267 0.145 0.020 47 P 0.088 0.174 0.222 0.213 0.203 0.091 0.008 48 Y 0.221 0.285 0.226 0.170 0.076 0.021 0.001 49 G 0.499 0.307 0.129 0.044 0.016 0.004 0.001 50 Y 0.232 0.192 0.267 0.236 0.061 0.011 0.001 51 T 0.697 0.225 0.054 0.017 0.007 0.001 0.001 52 P 0.490 0.306 0.125 0.061 0.016 0.003 0.001 53 D 0.548 0.366 0.059 0.017 0.009 0.001 0.001 54 R 0.030 0.134 0.222 0.352 0.196 0.062 0.004 55 P 0.005 0.033 0.120 0.244 0.369 0.214 0.016 56 V 0.001 0.004 0.020 0.056 0.188 0.525 0.206 57 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.284 0.676 58 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.127 0.859 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.927 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.097 0.894 61 H 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.208 0.753 62 G 0.003 0.010 0.014 0.041 0.112 0.344 0.477 63 V 0.009 0.025 0.036 0.089 0.187 0.383 0.272 64 L 0.025 0.057 0.078 0.149 0.236 0.308 0.146 65 R 0.061 0.109 0.140 0.178 0.221 0.199 0.093 66 N 0.092 0.125 0.115 0.155 0.188 0.202 0.123 67 G 0.098 0.146 0.175 0.184 0.175 0.151 0.072 68 A 0.134 0.176 0.215 0.216 0.131 0.092 0.036 69 D 0.077 0.144 0.191 0.209 0.198 0.128 0.053 70 Y 0.021 0.033 0.044 0.106 0.243 0.385 0.168 71 R 0.026 0.097 0.186 0.278 0.218 0.164 0.030 72 D 0.049 0.150 0.213 0.260 0.187 0.117 0.025 73 F 0.009 0.029 0.070 0.158 0.310 0.325 0.100 74 W 0.004 0.012 0.021 0.064 0.229 0.487 0.182 75 I 0.013 0.084 0.236 0.303 0.206 0.136 0.022 76 P 0.021 0.095 0.228 0.313 0.219 0.106 0.017 77 A 0.004 0.015 0.037 0.096 0.304 0.468 0.077 78 A 0.011 0.046 0.131 0.293 0.348 0.155 0.016 79 D 0.136 0.410 0.240 0.125 0.066 0.022 0.002 80 R 0.073 0.232 0.235 0.276 0.134 0.046 0.004 81 H 0.025 0.088 0.244 0.334 0.225 0.079 0.005 82 K 0.034 0.184 0.355 0.263 0.119 0.040 0.005 83 L 0.001 0.003 0.007 0.033 0.280 0.568 0.108 84 L 0.001 0.005 0.024 0.114 0.260 0.484 0.113 85 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.311 0.672 86 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.044 0.215 0.729 87 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.043 0.226 0.720 88 P 0.001 0.005 0.014 0.030 0.119 0.438 0.393 89 T 0.019 0.087 0.175 0.257 0.224 0.189 0.050 90 F 0.040 0.103 0.148 0.215 0.274 0.193 0.027 91 S 0.091 0.131 0.174 0.214 0.247 0.129 0.014 92 D 0.288 0.281 0.183 0.134 0.075 0.034 0.004 93 E 0.363 0.295 0.158 0.104 0.056 0.021 0.003 94 I 0.282 0.256 0.182 0.155 0.088 0.033 0.004 95 W 0.180 0.167 0.201 0.211 0.162 0.070 0.009 96 P 0.276 0.245 0.198 0.157 0.081 0.037 0.006 97 G 0.236 0.204 0.195 0.176 0.120 0.059 0.010 98 V 0.205 0.182 0.173 0.189 0.149 0.086 0.015 99 E 0.269 0.222 0.172 0.156 0.107 0.063 0.011 100 S 0.289 0.232 0.184 0.151 0.081 0.053 0.012 101 Y 0.239 0.171 0.186 0.185 0.127 0.076 0.016 102 N 0.326 0.218 0.163 0.136 0.090 0.054 0.013 103 N 0.312 0.219 0.157 0.138 0.095 0.061 0.017 104 G 0.270 0.208 0.166 0.153 0.112 0.072 0.020 105 R 0.277 0.219 0.157 0.146 0.108 0.074 0.020 106 A 0.236 0.199 0.140 0.153 0.136 0.106 0.031 107 F 0.142 0.152 0.155 0.184 0.175 0.153 0.039 108 T 0.164 0.164 0.149 0.175 0.167 0.141 0.039 109 A 0.198 0.188 0.157 0.162 0.151 0.112 0.032 110 A 0.227 0.202 0.166 0.160 0.127 0.090 0.027 111 G 0.236 0.184 0.160 0.167 0.130 0.096 0.027 112 N 0.217 0.180 0.165 0.179 0.134 0.102 0.024 113 P 0.241 0.188 0.165 0.162 0.129 0.096 0.021 114 R 0.287 0.233 0.155 0.140 0.101 0.070 0.015 115 H 0.200 0.192 0.183 0.186 0.134 0.089 0.016 116 V 0.218 0.195 0.199 0.180 0.116 0.075 0.017 117 D 0.313 0.257 0.167 0.122 0.080 0.048 0.013 118 G 0.140 0.187 0.199 0.210 0.150 0.091 0.024 119 W 0.040 0.093 0.154 0.242 0.261 0.177 0.033 120 T 0.022 0.075 0.112 0.185 0.246 0.289 0.073 121 Y 0.006 0.019 0.046 0.113 0.253 0.441 0.121 122 A 0.011 0.054 0.127 0.245 0.275 0.234 0.054 123 L 0.003 0.019 0.073 0.133 0.336 0.300 0.136 124 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.051 0.450 0.490 125 A 0.001 0.015 0.079 0.255 0.302 0.283 0.064 126 R 0.007 0.067 0.219 0.346 0.198 0.130 0.032 127 V 0.001 0.003 0.013 0.039 0.239 0.566 0.140 128 L 0.001 0.004 0.010 0.044 0.208 0.554 0.180 129 A 0.021 0.189 0.331 0.266 0.131 0.056 0.005 130 N 0.016 0.110 0.308 0.388 0.138 0.037 0.003 131 I 0.003 0.007 0.017 0.057 0.324 0.540 0.052 132 R 0.017 0.080 0.196 0.372 0.256 0.075 0.005 133 A 0.204 0.429 0.200 0.103 0.046 0.017 0.001 134 A 0.113 0.209 0.278 0.277 0.096 0.026 0.002 135 E 0.142 0.184 0.240 0.230 0.152 0.050 0.003 136 I 0.141 0.295 0.298 0.170 0.072 0.023 0.002 137 A 0.090 0.111 0.166 0.259 0.272 0.093 0.009 138 D 0.145 0.276 0.272 0.188 0.088 0.029 0.003 139 C 0.121 0.263 0.274 0.205 0.100 0.033 0.004 140 E 0.173 0.329 0.166 0.153 0.132 0.042 0.005 141 Q 0.004 0.034 0.110 0.303 0.329 0.197 0.022 142 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.109 0.560 0.313 143 Y 0.001 0.001 0.004 0.017 0.065 0.356 0.557 144 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.105 0.887 145 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.928 146 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.927 147 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.131 0.846 148 S 0.001 0.002 0.004 0.015 0.054 0.270 0.655 149 A 0.001 0.003 0.006 0.021 0.101 0.376 0.491 150 G 0.001 0.005 0.008 0.024 0.085 0.295 0.581 151 G 0.001 0.003 0.005 0.011 0.047 0.239 0.695 152 Q 0.002 0.004 0.009 0.023 0.066 0.193 0.703 153 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.152 0.820 154 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.102 0.880 155 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.150 0.821 156 R 0.001 0.003 0.008 0.020 0.077 0.256 0.634 157 L 0.001 0.003 0.006 0.020 0.078 0.342 0.550 158 M 0.003 0.009 0.017 0.059 0.136 0.423 0.354 159 S 0.014 0.049 0.115 0.219 0.296 0.250 0.057 160 S 0.050 0.162 0.270 0.288 0.152 0.070 0.007 161 Q 0.117 0.175 0.232 0.239 0.162 0.069 0.005 162 P 0.360 0.276 0.159 0.117 0.065 0.021 0.002 163 H 0.502 0.309 0.109 0.051 0.021 0.007 0.001 164 A 0.179 0.223 0.255 0.215 0.096 0.029 0.003 165 P 0.093 0.231 0.262 0.225 0.136 0.047 0.007 166 F 0.015 0.041 0.088 0.193 0.343 0.272 0.050 167 H 0.011 0.056 0.127 0.247 0.313 0.216 0.029 168 A 0.003 0.015 0.050 0.126 0.269 0.413 0.123 169 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.297 0.663 170 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.150 0.835 171 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.094 0.886 172 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.155 0.811 173 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.220 0.747 174 P 0.002 0.006 0.008 0.020 0.060 0.232 0.672 175 G 0.008 0.017 0.021 0.058 0.108 0.297 0.490 176 W 0.013 0.023 0.033 0.077 0.170 0.363 0.322 177 Y 0.029 0.055 0.068 0.120 0.209 0.306 0.212 178 T 0.063 0.104 0.104 0.149 0.199 0.238 0.143 179 L 0.124 0.152 0.156 0.185 0.176 0.140 0.066 180 P 0.225 0.208 0.171 0.160 0.125 0.084 0.028 181 T 0.206 0.195 0.181 0.178 0.129 0.087 0.024 182 F 0.186 0.157 0.172 0.199 0.164 0.102 0.021 183 E 0.291 0.241 0.180 0.144 0.090 0.046 0.007 184 H 0.308 0.239 0.195 0.143 0.079 0.033 0.004 185 R 0.275 0.223 0.199 0.172 0.092 0.036 0.004 186 F 0.242 0.204 0.187 0.182 0.132 0.049 0.004 187 P 0.415 0.276 0.156 0.095 0.044 0.013 0.001 188 E 0.530 0.290 0.105 0.050 0.018 0.005 0.001 189 G 0.285 0.243 0.211 0.166 0.070 0.023 0.002 190 L 0.195 0.163 0.260 0.244 0.106 0.029 0.002 191 D 0.589 0.291 0.081 0.028 0.009 0.002 0.001 192 G 0.372 0.283 0.169 0.120 0.042 0.013 0.001 193 V 0.147 0.125 0.167 0.245 0.220 0.090 0.007 194 G 0.238 0.330 0.213 0.131 0.058 0.027 0.002 195 L 0.177 0.192 0.225 0.210 0.132 0.058 0.006 196 T 0.178 0.214 0.210 0.195 0.135 0.060 0.008 197 E 0.180 0.210 0.216 0.191 0.134 0.061 0.009 198 D 0.249 0.273 0.227 0.146 0.070 0.030 0.005 199 H 0.182 0.243 0.220 0.210 0.098 0.041 0.006 200 L 0.049 0.121 0.197 0.279 0.204 0.133 0.017 201 A 0.046 0.065 0.103 0.208 0.270 0.264 0.044 202 R 0.150 0.318 0.222 0.172 0.093 0.040 0.004 203 L 0.061 0.159 0.202 0.275 0.188 0.099 0.016 204 L 0.022 0.048 0.108 0.224 0.321 0.236 0.041 205 A 0.055 0.205 0.230 0.219 0.173 0.097 0.021 206 Y 0.012 0.041 0.096 0.200 0.307 0.258 0.087 207 P 0.007 0.029 0.070 0.155 0.296 0.340 0.104 208 M 0.002 0.007 0.015 0.040 0.135 0.451 0.350 209 T 0.002 0.004 0.010 0.030 0.080 0.306 0.569 210 I 0.002 0.004 0.007 0.021 0.060 0.267 0.640 211 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.068 0.292 0.607 212 A 0.008 0.023 0.039 0.090 0.170 0.330 0.341 213 G 0.020 0.051 0.082 0.160 0.235 0.294 0.159 214 D 0.062 0.141 0.198 0.219 0.191 0.143 0.046 215 Q 0.114 0.174 0.192 0.202 0.169 0.115 0.034 216 D 0.101 0.115 0.148 0.200 0.236 0.164 0.037 217 I 0.121 0.184 0.201 0.223 0.154 0.101 0.016 218 A 0.112 0.141 0.164 0.201 0.219 0.145 0.018 219 T 0.127 0.157 0.202 0.243 0.178 0.083 0.010 220 D 0.329 0.278 0.188 0.121 0.062 0.021 0.002 221 D 0.470 0.279 0.148 0.075 0.022 0.006 0.001 222 P 0.604 0.255 0.089 0.039 0.012 0.003 0.001 223 N 0.369 0.323 0.169 0.097 0.031 0.010 0.001 224 L 0.102 0.101 0.174 0.275 0.251 0.091 0.006 225 P 0.283 0.375 0.206 0.094 0.035 0.008 0.001 226 S 0.258 0.370 0.205 0.111 0.045 0.010 0.001 227 E 0.049 0.114 0.177 0.287 0.273 0.093 0.006 228 P 0.043 0.145 0.244 0.324 0.184 0.057 0.002 229 A 0.166 0.330 0.273 0.152 0.061 0.017 0.001 230 A 0.037 0.124 0.286 0.367 0.151 0.034 0.002 231 L 0.033 0.049 0.096 0.196 0.394 0.221 0.012 232 R 0.147 0.290 0.289 0.195 0.064 0.014 0.001 233 Q 0.466 0.354 0.111 0.050 0.015 0.004 0.001 234 G 0.187 0.193 0.239 0.243 0.105 0.030 0.002 235 P 0.336 0.238 0.194 0.139 0.069 0.023 0.002 236 H 0.369 0.272 0.173 0.112 0.050 0.021 0.003 237 R 0.277 0.217 0.189 0.160 0.103 0.047 0.007 238 Y 0.233 0.209 0.186 0.167 0.121 0.071 0.013 239 A 0.271 0.215 0.163 0.149 0.112 0.072 0.018 240 R 0.279 0.218 0.164 0.143 0.108 0.067 0.020 241 A 0.277 0.189 0.133 0.142 0.133 0.096 0.030 242 R 0.237 0.218 0.169 0.147 0.116 0.086 0.026 243 H 0.187 0.172 0.154 0.176 0.154 0.123 0.035 244 Y 0.180 0.181 0.143 0.161 0.162 0.135 0.037 245 Y 0.168 0.165 0.180 0.185 0.151 0.118 0.033 246 E 0.275 0.208 0.161 0.150 0.108 0.074 0.024 247 A 0.222 0.191 0.167 0.167 0.135 0.091 0.028 248 G 0.191 0.166 0.151 0.187 0.157 0.117 0.031 249 Q 0.203 0.198 0.175 0.174 0.129 0.099 0.021 250 R 0.198 0.190 0.159 0.178 0.148 0.105 0.021 251 A 0.157 0.177 0.158 0.189 0.171 0.126 0.021 252 A 0.157 0.162 0.184 0.203 0.164 0.112 0.017 253 A 0.311 0.218 0.181 0.149 0.083 0.049 0.009 254 Q 0.386 0.227 0.170 0.116 0.064 0.031 0.006 255 R 0.307 0.213 0.176 0.159 0.092 0.046 0.007 256 G 0.302 0.267 0.168 0.128 0.080 0.048 0.007 257 L 0.163 0.189 0.222 0.224 0.119 0.074 0.010 258 P 0.223 0.266 0.209 0.152 0.094 0.048 0.008 259 F 0.076 0.144 0.207 0.275 0.191 0.094 0.013 260 G 0.062 0.203 0.233 0.231 0.168 0.091 0.012 261 W 0.015 0.047 0.101 0.253 0.312 0.239 0.034 262 Q 0.015 0.088 0.175 0.310 0.241 0.153 0.018 263 L 0.006 0.019 0.040 0.122 0.292 0.441 0.080 264 Q 0.010 0.067 0.143 0.265 0.297 0.194 0.024 265 V 0.009 0.048 0.107 0.248 0.368 0.193 0.028 266 V 0.009 0.035 0.071 0.166 0.340 0.315 0.065 267 P 0.068 0.194 0.255 0.246 0.165 0.062 0.011 268 G 0.108 0.200 0.300 0.259 0.076 0.045 0.013 269 I 0.059 0.078 0.189 0.263 0.231 0.156 0.024 270 G 0.144 0.171 0.164 0.222 0.140 0.128 0.030 271 H 0.106 0.083 0.088 0.127 0.207 0.291 0.099 272 D 0.174 0.207 0.185 0.212 0.109 0.083 0.030 273 G 0.210 0.181 0.163 0.152 0.168 0.098 0.028 274 Q 0.286 0.317 0.178 0.117 0.064 0.029 0.009 275 A 0.145 0.192 0.196 0.181 0.166 0.094 0.025 276 M 0.086 0.134 0.176 0.232 0.187 0.143 0.041 277 S 0.121 0.212 0.256 0.210 0.121 0.068 0.013 278 Q 0.107 0.233 0.267 0.230 0.109 0.046 0.008 279 V 0.018 0.047 0.090 0.192 0.350 0.260 0.043 280 C 0.013 0.042 0.074 0.178 0.285 0.340 0.067 281 A 0.026 0.133 0.231 0.293 0.183 0.119 0.015 282 S 0.055 0.181 0.239 0.281 0.165 0.070 0.008 283 L 0.006 0.028 0.072 0.166 0.340 0.348 0.041 284 W 0.008 0.025 0.060 0.155 0.291 0.373 0.088 285 F 0.015 0.054 0.121 0.263 0.285 0.222 0.038 286 D 0.137 0.293 0.258 0.187 0.097 0.027 0.002 287 G 0.179 0.282 0.224 0.189 0.094 0.030 0.002 288 R 0.161 0.232 0.223 0.206 0.130 0.044 0.003 289 M 0.159 0.187 0.249 0.233 0.129 0.040 0.003 290 P 0.403 0.317 0.165 0.076 0.030 0.009 0.001 291 D 0.328 0.277 0.180 0.132 0.061 0.020 0.002 292 A 0.186 0.190 0.222 0.225 0.131 0.044 0.003 293 A 0.326 0.300 0.202 0.111 0.046 0.014 0.001 294 E 0.207 0.267 0.232 0.180 0.084 0.028 0.003 295 L 0.096 0.116 0.157 0.260 0.250 0.113 0.009 296 A 0.160 0.237 0.251 0.208 0.106 0.037 0.002 297 R 0.285 0.342 0.217 0.108 0.036 0.011 0.001 298 L 0.114 0.125 0.198 0.294 0.199 0.066 0.003 299 A 0.211 0.200 0.242 0.210 0.108 0.028 0.001 300 G 0.595 0.263 0.094 0.035 0.011 0.002 0.001 301 S 0.758 0.190 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 302 Q 0.655 0.211 0.081 0.040 0.011 0.003 0.001 303 S 0.637 0.201 0.098 0.045 0.015 0.004 0.001 304 A 0.680 0.205 0.073 0.030 0.009 0.003 0.001