# TARGET T0413 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2018 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.677 0.184 0.088 0.036 0.011 0.004 0.001 2 N 0.595 0.206 0.120 0.050 0.020 0.008 0.001 3 A 0.416 0.245 0.170 0.103 0.047 0.018 0.002 4 M 0.349 0.249 0.180 0.135 0.062 0.023 0.002 5 K 0.366 0.282 0.166 0.114 0.051 0.019 0.002 6 P 0.219 0.185 0.182 0.207 0.145 0.056 0.005 7 A 0.299 0.254 0.194 0.158 0.068 0.024 0.003 8 D 0.278 0.295 0.206 0.132 0.062 0.024 0.003 9 L 0.098 0.106 0.167 0.271 0.240 0.108 0.009 10 T 0.266 0.292 0.211 0.151 0.057 0.021 0.002 11 N 0.264 0.302 0.229 0.125 0.059 0.019 0.002 12 A 0.106 0.115 0.139 0.253 0.246 0.128 0.013 13 D 0.258 0.282 0.256 0.143 0.043 0.015 0.002 14 R 0.294 0.372 0.196 0.094 0.033 0.011 0.001 15 I 0.067 0.135 0.233 0.290 0.203 0.068 0.004 16 A 0.055 0.069 0.120 0.222 0.330 0.184 0.020 17 L 0.156 0.295 0.234 0.207 0.082 0.023 0.002 18 E 0.254 0.341 0.232 0.115 0.043 0.014 0.002 19 L 0.093 0.123 0.177 0.279 0.226 0.094 0.007 20 G 0.253 0.315 0.204 0.148 0.054 0.023 0.002 21 H 0.190 0.234 0.218 0.193 0.119 0.043 0.003 22 A 0.205 0.203 0.218 0.206 0.119 0.046 0.004 23 G 0.265 0.272 0.223 0.151 0.065 0.021 0.002 24 R 0.503 0.289 0.119 0.063 0.019 0.006 0.001 25 N 0.388 0.285 0.194 0.083 0.034 0.015 0.002 26 A 0.075 0.103 0.165 0.258 0.248 0.134 0.016 27 I 0.067 0.159 0.206 0.270 0.199 0.090 0.010 28 P 0.098 0.193 0.227 0.218 0.162 0.088 0.015 29 Y 0.050 0.070 0.116 0.202 0.267 0.255 0.039 30 L 0.082 0.147 0.193 0.262 0.203 0.097 0.015 31 D 0.193 0.218 0.192 0.208 0.125 0.056 0.009 32 D 0.413 0.293 0.178 0.075 0.028 0.012 0.001 33 D 0.309 0.222 0.197 0.157 0.085 0.027 0.003 34 R 0.476 0.296 0.125 0.076 0.021 0.006 0.001 35 N 0.585 0.228 0.120 0.044 0.017 0.005 0.001 36 A 0.367 0.250 0.186 0.129 0.055 0.013 0.001 37 D 0.521 0.338 0.091 0.038 0.008 0.003 0.001 38 R 0.227 0.269 0.184 0.172 0.122 0.025 0.002 39 P 0.170 0.330 0.188 0.206 0.072 0.030 0.004 40 F 0.018 0.036 0.096 0.216 0.403 0.206 0.023 41 T 0.034 0.108 0.215 0.277 0.203 0.128 0.035 42 L 0.009 0.026 0.061 0.120 0.269 0.368 0.146 43 N 0.016 0.049 0.079 0.133 0.189 0.321 0.213 44 T 0.014 0.028 0.053 0.103 0.190 0.341 0.271 45 Y 0.024 0.040 0.070 0.120 0.199 0.330 0.217 46 R 0.028 0.070 0.149 0.239 0.258 0.204 0.053 47 P 0.032 0.055 0.094 0.167 0.322 0.292 0.037 48 Y 0.082 0.202 0.255 0.254 0.143 0.059 0.005 49 G 0.256 0.457 0.164 0.083 0.029 0.010 0.001 50 Y 0.068 0.107 0.206 0.383 0.190 0.045 0.001 51 T 0.397 0.304 0.179 0.090 0.024 0.006 0.001 52 P 0.432 0.324 0.168 0.059 0.014 0.003 0.001 53 D 0.314 0.360 0.234 0.065 0.020 0.006 0.001 54 R 0.006 0.045 0.142 0.304 0.350 0.143 0.009 55 P 0.002 0.014 0.051 0.165 0.392 0.326 0.051 56 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.057 0.488 0.440 57 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.215 0.771 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.098 0.895 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.078 0.915 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.135 0.847 61 H 0.001 0.002 0.004 0.016 0.055 0.249 0.673 62 G 0.003 0.008 0.017 0.045 0.115 0.331 0.480 63 V 0.011 0.021 0.040 0.095 0.188 0.363 0.283 64 L 0.044 0.070 0.096 0.157 0.236 0.262 0.134 65 R 0.104 0.131 0.166 0.191 0.177 0.164 0.065 66 N 0.138 0.137 0.152 0.178 0.191 0.153 0.051 67 G 0.193 0.186 0.183 0.185 0.133 0.091 0.029 68 A 0.335 0.254 0.162 0.132 0.070 0.037 0.010 69 D 0.208 0.234 0.215 0.165 0.106 0.061 0.012 70 Y 0.064 0.070 0.108 0.188 0.262 0.249 0.059 71 R 0.091 0.165 0.205 0.231 0.163 0.112 0.033 72 D 0.124 0.221 0.218 0.206 0.136 0.075 0.021 73 F 0.049 0.104 0.179 0.249 0.230 0.149 0.040 74 W 0.023 0.034 0.051 0.109 0.238 0.400 0.145 75 I 0.034 0.082 0.171 0.252 0.265 0.158 0.038 76 P 0.077 0.240 0.268 0.220 0.116 0.065 0.014 77 A 0.032 0.086 0.177 0.274 0.264 0.153 0.015 78 A 0.027 0.043 0.080 0.189 0.358 0.270 0.034 79 D 0.093 0.285 0.292 0.209 0.093 0.025 0.003 80 R 0.185 0.417 0.222 0.117 0.042 0.015 0.003 81 H 0.027 0.148 0.225 0.311 0.204 0.076 0.009 82 K 0.021 0.118 0.272 0.314 0.181 0.081 0.013 83 L 0.001 0.003 0.014 0.064 0.334 0.500 0.086 84 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.059 0.532 0.397 85 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.219 0.762 86 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.151 0.841 87 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.054 0.224 0.708 88 P 0.001 0.001 0.002 0.010 0.054 0.362 0.571 89 T 0.003 0.025 0.093 0.182 0.232 0.315 0.149 90 F 0.004 0.018 0.049 0.151 0.290 0.385 0.103 91 S 0.035 0.120 0.180 0.237 0.221 0.164 0.042 92 D 0.134 0.201 0.200 0.209 0.143 0.090 0.022 93 E 0.198 0.240 0.215 0.176 0.104 0.054 0.013 94 I 0.110 0.143 0.162 0.208 0.205 0.141 0.031 95 W 0.120 0.157 0.165 0.220 0.182 0.125 0.030 96 P 0.227 0.202 0.168 0.163 0.129 0.086 0.025 97 G 0.263 0.235 0.172 0.169 0.095 0.050 0.016 98 V 0.254 0.205 0.143 0.161 0.129 0.082 0.025 99 E 0.337 0.215 0.151 0.127 0.081 0.061 0.027 100 S 0.242 0.201 0.144 0.144 0.123 0.098 0.047 101 Y 0.170 0.175 0.154 0.190 0.135 0.119 0.057 102 N 0.139 0.147 0.139 0.160 0.178 0.161 0.077 103 N 0.108 0.128 0.125 0.168 0.170 0.177 0.122 104 G 0.049 0.060 0.100 0.152 0.239 0.232 0.168 105 R 0.039 0.069 0.097 0.137 0.181 0.277 0.200 106 A 0.039 0.071 0.135 0.213 0.237 0.204 0.101 107 F 0.017 0.022 0.038 0.084 0.227 0.386 0.226 108 T 0.038 0.090 0.134 0.186 0.224 0.222 0.106 109 A 0.057 0.119 0.148 0.213 0.214 0.178 0.071 110 A 0.100 0.178 0.198 0.228 0.154 0.110 0.033 111 G 0.086 0.115 0.162 0.221 0.210 0.165 0.041 112 N 0.129 0.175 0.166 0.181 0.187 0.133 0.030 113 P 0.181 0.218 0.212 0.204 0.118 0.055 0.013 114 R 0.284 0.299 0.176 0.139 0.067 0.029 0.006 115 H 0.178 0.236 0.204 0.200 0.116 0.057 0.008 116 V 0.089 0.081 0.133 0.220 0.283 0.168 0.026 117 D 0.200 0.335 0.199 0.156 0.068 0.035 0.007 118 G 0.120 0.209 0.223 0.213 0.157 0.067 0.011 119 W 0.040 0.098 0.157 0.263 0.246 0.164 0.032 120 T 0.039 0.122 0.164 0.216 0.190 0.191 0.077 121 Y 0.010 0.029 0.082 0.189 0.346 0.277 0.066 122 A 0.023 0.123 0.260 0.273 0.183 0.108 0.030 123 L 0.003 0.014 0.050 0.115 0.258 0.407 0.152 124 V 0.001 0.002 0.006 0.018 0.097 0.518 0.357 125 A 0.006 0.046 0.155 0.279 0.272 0.175 0.067 126 R 0.012 0.133 0.278 0.305 0.173 0.074 0.025 127 V 0.002 0.007 0.024 0.082 0.283 0.498 0.104 128 L 0.002 0.007 0.030 0.119 0.381 0.381 0.081 129 A 0.034 0.313 0.379 0.188 0.061 0.023 0.003 130 N 0.017 0.123 0.262 0.360 0.187 0.047 0.004 131 I 0.012 0.022 0.044 0.145 0.410 0.333 0.034 132 R 0.073 0.221 0.268 0.266 0.128 0.039 0.004 133 A 0.328 0.348 0.197 0.087 0.032 0.008 0.001 134 A 0.230 0.305 0.222 0.162 0.057 0.021 0.002 135 E 0.166 0.229 0.198 0.202 0.134 0.063 0.007 136 I 0.104 0.243 0.244 0.207 0.137 0.060 0.004 137 A 0.033 0.048 0.117 0.229 0.314 0.238 0.021 138 D 0.059 0.192 0.213 0.264 0.176 0.082 0.014 139 C 0.057 0.168 0.237 0.246 0.177 0.089 0.026 140 E 0.082 0.241 0.288 0.235 0.091 0.048 0.015 141 Q 0.005 0.031 0.107 0.271 0.361 0.187 0.039 142 V 0.001 0.003 0.008 0.033 0.203 0.545 0.207 143 Y 0.001 0.002 0.007 0.020 0.060 0.326 0.584 144 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.171 0.814 145 F 0.001 0.002 0.004 0.017 0.044 0.155 0.777 146 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.118 0.855 147 H 0.002 0.005 0.007 0.019 0.051 0.183 0.734 148 S 0.004 0.010 0.014 0.038 0.092 0.257 0.585 149 A 0.006 0.018 0.023 0.066 0.151 0.247 0.490 150 G 0.005 0.009 0.014 0.031 0.081 0.239 0.622 151 G 0.003 0.005 0.009 0.023 0.060 0.226 0.674 152 Q 0.003 0.006 0.012 0.030 0.080 0.232 0.637 153 F 0.001 0.002 0.003 0.011 0.046 0.207 0.730 154 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.160 0.806 155 H 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.228 0.740 156 R 0.002 0.008 0.019 0.068 0.151 0.262 0.491 157 L 0.002 0.004 0.009 0.022 0.078 0.332 0.552 158 M 0.005 0.009 0.019 0.043 0.121 0.445 0.359 159 S 0.018 0.037 0.071 0.191 0.281 0.296 0.107 160 S 0.090 0.199 0.234 0.218 0.153 0.086 0.021 161 Q 0.104 0.168 0.202 0.226 0.173 0.109 0.018 162 P 0.165 0.267 0.184 0.195 0.116 0.063 0.012 163 H 0.239 0.320 0.212 0.140 0.060 0.025 0.004 164 A 0.037 0.125 0.187 0.303 0.255 0.082 0.010 165 P 0.019 0.081 0.196 0.282 0.234 0.152 0.036 166 F 0.002 0.007 0.023 0.078 0.297 0.464 0.128 167 H 0.005 0.029 0.108 0.236 0.270 0.220 0.131 168 A 0.001 0.002 0.004 0.010 0.053 0.379 0.552 169 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.240 0.709 170 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.130 0.849 171 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.133 0.838 172 A 0.003 0.005 0.008 0.025 0.060 0.208 0.691 173 N 0.007 0.014 0.020 0.049 0.111 0.250 0.550 174 P 0.013 0.020 0.027 0.056 0.123 0.294 0.467 175 G 0.025 0.038 0.048 0.093 0.157 0.298 0.342 176 W 0.046 0.053 0.078 0.122 0.188 0.277 0.235 177 Y 0.077 0.091 0.118 0.162 0.190 0.214 0.149 178 T 0.082 0.090 0.111 0.155 0.203 0.231 0.127 179 L 0.087 0.097 0.141 0.184 0.224 0.200 0.066 180 P 0.163 0.210 0.192 0.193 0.123 0.092 0.026 181 T 0.127 0.163 0.207 0.214 0.170 0.097 0.021 182 F 0.099 0.107 0.136 0.213 0.234 0.175 0.036 183 E 0.175 0.225 0.220 0.209 0.110 0.053 0.009 184 H 0.355 0.324 0.179 0.090 0.034 0.015 0.003 185 R 0.157 0.186 0.209 0.216 0.147 0.076 0.010 186 F 0.105 0.128 0.174 0.252 0.217 0.111 0.012 187 P 0.185 0.228 0.213 0.211 0.114 0.044 0.005 188 E 0.468 0.283 0.147 0.067 0.024 0.009 0.001 189 G 0.306 0.280 0.193 0.128 0.067 0.024 0.003 190 L 0.198 0.180 0.192 0.235 0.136 0.053 0.006 191 D 0.410 0.285 0.164 0.089 0.036 0.014 0.002 192 G 0.334 0.267 0.178 0.130 0.065 0.022 0.003 193 V 0.283 0.251 0.169 0.172 0.086 0.034 0.005 194 G 0.356 0.277 0.169 0.111 0.056 0.027 0.004 195 L 0.179 0.162 0.188 0.220 0.161 0.078 0.013 196 T 0.157 0.202 0.186 0.198 0.145 0.089 0.022 197 E 0.133 0.195 0.164 0.190 0.156 0.121 0.040 198 D 0.105 0.129 0.172 0.213 0.199 0.134 0.048 199 H 0.086 0.162 0.189 0.219 0.172 0.129 0.043 200 L 0.040 0.057 0.103 0.171 0.255 0.288 0.087 201 A 0.030 0.039 0.083 0.159 0.302 0.295 0.092 202 R 0.066 0.232 0.256 0.229 0.127 0.070 0.019 203 L 0.037 0.141 0.196 0.265 0.216 0.121 0.024 204 L 0.010 0.035 0.073 0.179 0.340 0.279 0.084 205 A 0.024 0.176 0.228 0.286 0.146 0.097 0.043 206 Y 0.003 0.025 0.066 0.197 0.407 0.256 0.046 207 P 0.003 0.022 0.078 0.215 0.310 0.275 0.098 208 M 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.431 0.517 209 T 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.280 0.683 210 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.186 0.796 211 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.037 0.219 0.732 212 A 0.001 0.002 0.004 0.019 0.072 0.327 0.576 213 G 0.002 0.011 0.036 0.098 0.204 0.373 0.276 214 D 0.020 0.086 0.146 0.208 0.216 0.221 0.103 215 Q 0.031 0.116 0.175 0.260 0.215 0.153 0.050 216 D 0.014 0.024 0.054 0.131 0.325 0.365 0.087 217 I 0.052 0.140 0.202 0.248 0.196 0.136 0.026 218 A 0.080 0.151 0.201 0.232 0.199 0.115 0.021 219 T 0.061 0.094 0.136 0.238 0.257 0.183 0.032 220 D 0.178 0.282 0.211 0.177 0.095 0.049 0.008 221 D 0.238 0.239 0.211 0.178 0.098 0.032 0.004 222 P 0.465 0.308 0.124 0.069 0.022 0.009 0.001 223 N 0.213 0.260 0.212 0.170 0.104 0.037 0.004 224 L 0.096 0.123 0.176 0.262 0.225 0.112 0.007 225 P 0.231 0.288 0.258 0.149 0.056 0.017 0.002 226 S 0.195 0.353 0.219 0.152 0.059 0.019 0.002 227 E 0.061 0.095 0.136 0.219 0.297 0.173 0.019 228 P 0.042 0.079 0.178 0.335 0.236 0.113 0.017 229 A 0.185 0.342 0.306 0.107 0.040 0.017 0.003 230 A 0.044 0.139 0.234 0.320 0.192 0.064 0.007 231 L 0.022 0.027 0.040 0.129 0.348 0.369 0.065 232 R 0.146 0.264 0.271 0.186 0.088 0.039 0.006 233 Q 0.289 0.274 0.189 0.142 0.071 0.029 0.006 234 G 0.241 0.281 0.185 0.157 0.085 0.043 0.008 235 P 0.278 0.238 0.166 0.156 0.097 0.052 0.013 236 H 0.276 0.253 0.166 0.149 0.097 0.049 0.010 237 R 0.243 0.242 0.176 0.160 0.103 0.061 0.015 238 Y 0.154 0.159 0.177 0.236 0.167 0.088 0.019 239 A 0.304 0.254 0.177 0.130 0.079 0.045 0.012 240 R 0.177 0.180 0.184 0.203 0.150 0.084 0.022 241 A 0.130 0.135 0.151 0.188 0.212 0.145 0.038 242 R 0.144 0.202 0.189 0.215 0.142 0.084 0.025 243 H 0.185 0.251 0.181 0.184 0.115 0.067 0.017 244 Y 0.096 0.123 0.157 0.219 0.218 0.154 0.033 245 Y 0.108 0.139 0.167 0.236 0.199 0.120 0.031 246 E 0.258 0.289 0.189 0.138 0.073 0.042 0.012 247 A 0.178 0.183 0.169 0.206 0.155 0.089 0.020 248 G 0.234 0.217 0.165 0.167 0.118 0.077 0.022 249 Q 0.292 0.246 0.172 0.147 0.086 0.044 0.013 250 R 0.315 0.242 0.153 0.152 0.087 0.042 0.009 251 A 0.333 0.249 0.155 0.135 0.082 0.039 0.007 252 A 0.349 0.215 0.166 0.142 0.083 0.037 0.007 253 A 0.371 0.257 0.164 0.120 0.062 0.022 0.004 254 Q 0.382 0.291 0.143 0.115 0.048 0.018 0.002 255 R 0.348 0.235 0.172 0.135 0.084 0.023 0.003 256 G 0.400 0.361 0.119 0.081 0.026 0.011 0.001 257 L 0.103 0.136 0.194 0.257 0.239 0.066 0.005 258 P 0.162 0.351 0.205 0.183 0.063 0.032 0.004 259 F 0.032 0.084 0.144 0.287 0.335 0.108 0.011 260 G 0.074 0.242 0.274 0.261 0.093 0.047 0.010 261 W 0.010 0.024 0.061 0.167 0.361 0.329 0.048 262 Q 0.030 0.130 0.226 0.309 0.185 0.098 0.022 263 L 0.015 0.031 0.062 0.128 0.252 0.400 0.114 264 Q 0.047 0.112 0.160 0.205 0.198 0.213 0.064 265 V 0.050 0.110 0.170 0.258 0.228 0.152 0.033 266 V 0.061 0.089 0.133 0.239 0.274 0.171 0.035 267 P 0.294 0.272 0.226 0.119 0.053 0.030 0.007 268 G 0.344 0.292 0.177 0.108 0.049 0.024 0.005 269 I 0.221 0.192 0.178 0.197 0.138 0.064 0.010 270 G 0.319 0.297 0.182 0.116 0.053 0.028 0.006 271 H 0.149 0.113 0.134 0.195 0.222 0.156 0.031 272 D 0.217 0.254 0.182 0.182 0.102 0.053 0.011 273 G 0.157 0.135 0.155 0.180 0.194 0.145 0.033 274 Q 0.229 0.199 0.177 0.179 0.119 0.076 0.021 275 A 0.186 0.190 0.188 0.173 0.139 0.095 0.029 276 M 0.154 0.153 0.163 0.210 0.175 0.114 0.031 277 S 0.268 0.236 0.191 0.152 0.082 0.054 0.016 278 Q 0.188 0.202 0.192 0.180 0.134 0.081 0.021 279 V 0.110 0.133 0.171 0.208 0.194 0.143 0.040 280 C 0.080 0.093 0.127 0.189 0.220 0.215 0.075 281 A 0.125 0.170 0.175 0.202 0.161 0.125 0.042 282 S 0.141 0.178 0.189 0.192 0.150 0.112 0.038 283 L 0.095 0.108 0.134 0.186 0.212 0.199 0.065 284 W 0.085 0.111 0.154 0.208 0.205 0.183 0.053 285 F 0.105 0.143 0.156 0.209 0.208 0.149 0.030 286 D 0.177 0.222 0.216 0.195 0.117 0.061 0.012 287 G 0.291 0.265 0.195 0.135 0.068 0.039 0.007 288 R 0.126 0.176 0.209 0.236 0.171 0.075 0.008 289 M 0.119 0.137 0.201 0.257 0.194 0.085 0.006 290 P 0.368 0.309 0.194 0.096 0.026 0.007 0.001 291 D 0.336 0.395 0.185 0.063 0.017 0.004 0.001 292 A 0.065 0.071 0.143 0.309 0.328 0.084 0.002 293 A 0.325 0.333 0.208 0.114 0.017 0.003 0.001 294 E 0.569 0.349 0.069 0.010 0.002 0.001 0.001 295 L 0.112 0.172 0.268 0.343 0.096 0.010 0.001 296 A 0.574 0.298 0.097 0.027 0.004 0.001 0.001 297 R 0.544 0.390 0.048 0.015 0.002 0.001 0.001 298 L 0.403 0.286 0.207 0.080 0.023 0.002 0.001 299 A 0.382 0.402 0.145 0.061 0.009 0.001 0.001 300 G 0.592 0.327 0.056 0.022 0.003 0.001 0.001 301 S 0.639 0.239 0.093 0.023 0.005 0.001 0.001 302 Q 0.570 0.284 0.107 0.033 0.005 0.001 0.001 303 S 0.680 0.243 0.059 0.015 0.002 0.001 0.001 304 A 0.633 0.266 0.074 0.022 0.005 0.001 0.001