# TARGET T0413 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 320 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.636 0.175 0.089 0.055 0.028 0.013 0.003 2 N 0.456 0.183 0.122 0.107 0.080 0.042 0.010 3 A 0.378 0.186 0.113 0.132 0.105 0.068 0.020 4 M 0.348 0.120 0.078 0.098 0.121 0.155 0.080 5 K 0.231 0.103 0.105 0.150 0.153 0.165 0.093 6 P 0.220 0.090 0.070 0.091 0.129 0.235 0.165 7 A 0.195 0.071 0.076 0.123 0.162 0.218 0.155 8 D 0.140 0.055 0.059 0.089 0.139 0.312 0.205 9 L 0.063 0.040 0.054 0.105 0.182 0.320 0.236 10 T 0.071 0.037 0.056 0.083 0.159 0.349 0.244 11 N 0.140 0.071 0.079 0.135 0.197 0.280 0.098 12 A 0.211 0.085 0.087 0.127 0.184 0.232 0.075 13 D 0.198 0.102 0.091 0.136 0.189 0.228 0.057 14 R 0.297 0.142 0.109 0.142 0.148 0.134 0.028 15 I 0.300 0.163 0.118 0.143 0.134 0.112 0.029 16 A 0.332 0.151 0.117 0.138 0.136 0.104 0.023 17 L 0.327 0.194 0.145 0.138 0.111 0.070 0.016 18 E 0.365 0.194 0.133 0.123 0.098 0.069 0.019 19 L 0.260 0.173 0.151 0.156 0.136 0.099 0.025 20 G 0.322 0.188 0.146 0.142 0.112 0.073 0.016 21 H 0.316 0.208 0.153 0.140 0.102 0.065 0.017 22 A 0.291 0.176 0.154 0.161 0.125 0.075 0.017 23 G 0.394 0.221 0.141 0.115 0.074 0.043 0.012 24 R 0.364 0.209 0.151 0.124 0.085 0.053 0.015 25 N 0.303 0.210 0.158 0.144 0.103 0.066 0.017 26 A 0.201 0.178 0.168 0.179 0.147 0.102 0.024 27 I 0.120 0.116 0.141 0.198 0.212 0.173 0.039 28 P 0.113 0.115 0.142 0.195 0.216 0.180 0.040 29 Y 0.119 0.128 0.147 0.199 0.211 0.161 0.034 30 L 0.154 0.176 0.179 0.198 0.168 0.106 0.020 31 D 0.162 0.161 0.163 0.200 0.181 0.112 0.020 32 D 0.262 0.242 0.186 0.157 0.096 0.049 0.008 33 D 0.321 0.229 0.169 0.145 0.089 0.040 0.006 34 R 0.496 0.232 0.122 0.086 0.044 0.017 0.003 35 N 0.513 0.232 0.123 0.079 0.037 0.014 0.002 36 A 0.509 0.238 0.124 0.080 0.035 0.012 0.002 37 D 0.367 0.260 0.161 0.117 0.063 0.026 0.005 38 R 0.187 0.215 0.208 0.198 0.126 0.057 0.009 39 P 0.105 0.160 0.194 0.228 0.186 0.107 0.019 40 F 0.037 0.060 0.100 0.200 0.283 0.265 0.055 41 T 0.038 0.085 0.150 0.224 0.251 0.209 0.044 42 L 0.017 0.024 0.047 0.117 0.248 0.421 0.125 43 N 0.025 0.070 0.134 0.231 0.277 0.217 0.045 44 T 0.024 0.051 0.102 0.203 0.306 0.268 0.045 45 Y 0.054 0.141 0.196 0.244 0.222 0.128 0.015 46 R 0.080 0.171 0.231 0.276 0.174 0.063 0.006 47 P 0.197 0.255 0.203 0.186 0.111 0.042 0.006 48 Y 0.272 0.266 0.204 0.154 0.076 0.025 0.002 49 G 0.427 0.303 0.138 0.083 0.036 0.012 0.001 50 Y 0.246 0.241 0.213 0.197 0.084 0.017 0.001 51 T 0.454 0.288 0.141 0.082 0.030 0.005 0.001 52 P 0.372 0.370 0.163 0.076 0.017 0.002 0.001 53 D 0.131 0.442 0.278 0.122 0.025 0.002 0.001 54 R 0.002 0.032 0.126 0.349 0.379 0.109 0.002 55 P 0.001 0.005 0.039 0.233 0.437 0.274 0.012 56 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.088 0.587 0.317 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.217 0.770 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.939 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.953 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.097 0.894 61 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.213 0.755 62 G 0.001 0.001 0.004 0.014 0.069 0.273 0.639 63 V 0.002 0.007 0.018 0.045 0.116 0.335 0.477 64 L 0.011 0.028 0.051 0.110 0.201 0.340 0.259 65 R 0.030 0.050 0.079 0.147 0.223 0.282 0.188 66 N 0.066 0.114 0.144 0.180 0.183 0.197 0.116 67 G 0.060 0.081 0.110 0.173 0.219 0.228 0.130 68 A 0.122 0.163 0.155 0.176 0.162 0.142 0.080 69 D 0.092 0.137 0.158 0.168 0.171 0.166 0.107 70 Y 0.033 0.054 0.076 0.137 0.223 0.309 0.168 71 R 0.040 0.088 0.131 0.197 0.225 0.219 0.099 72 D 0.090 0.162 0.208 0.202 0.159 0.132 0.047 73 F 0.023 0.045 0.069 0.147 0.260 0.316 0.140 74 W 0.013 0.020 0.034 0.085 0.212 0.412 0.225 75 I 0.030 0.086 0.169 0.268 0.232 0.168 0.047 76 P 0.053 0.165 0.196 0.237 0.199 0.121 0.029 77 A 0.011 0.030 0.060 0.154 0.286 0.355 0.103 78 A 0.010 0.022 0.055 0.169 0.338 0.349 0.056 79 D 0.103 0.299 0.272 0.209 0.088 0.027 0.003 80 R 0.124 0.328 0.260 0.183 0.084 0.019 0.001 81 H 0.014 0.112 0.249 0.345 0.222 0.055 0.002 82 K 0.004 0.066 0.225 0.356 0.265 0.081 0.003 83 L 0.001 0.001 0.006 0.049 0.235 0.589 0.119 84 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.076 0.507 0.406 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.125 0.868 86 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.921 87 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.149 0.831 88 P 0.001 0.001 0.002 0.009 0.048 0.233 0.707 89 T 0.001 0.004 0.016 0.049 0.152 0.393 0.385 90 F 0.004 0.021 0.054 0.124 0.233 0.347 0.217 91 S 0.018 0.047 0.088 0.161 0.246 0.298 0.142 92 D 0.057 0.100 0.134 0.179 0.215 0.239 0.077 93 E 0.068 0.145 0.179 0.212 0.189 0.148 0.060 94 I 0.139 0.183 0.173 0.173 0.157 0.132 0.044 95 W 0.104 0.150 0.175 0.203 0.185 0.141 0.042 96 P 0.255 0.215 0.182 0.151 0.107 0.070 0.019 97 G 0.238 0.226 0.164 0.148 0.112 0.084 0.027 98 V 0.190 0.150 0.163 0.184 0.166 0.119 0.028 99 E 0.252 0.204 0.174 0.159 0.116 0.074 0.020 100 S 0.221 0.178 0.156 0.166 0.141 0.107 0.030 101 Y 0.207 0.169 0.155 0.169 0.152 0.112 0.035 102 N 0.245 0.181 0.170 0.157 0.123 0.094 0.029 103 N 0.216 0.167 0.147 0.163 0.153 0.121 0.034 104 G 0.247 0.186 0.150 0.148 0.131 0.105 0.033 105 R 0.176 0.151 0.155 0.182 0.164 0.130 0.041 106 A 0.169 0.134 0.129 0.168 0.190 0.166 0.046 107 F 0.171 0.154 0.143 0.171 0.169 0.143 0.048 108 T 0.201 0.171 0.160 0.179 0.155 0.105 0.029 109 A 0.201 0.169 0.149 0.169 0.154 0.121 0.036 110 A 0.225 0.171 0.142 0.159 0.148 0.117 0.040 111 G 0.255 0.209 0.170 0.152 0.110 0.077 0.028 112 N 0.256 0.174 0.146 0.157 0.136 0.100 0.031 113 P 0.249 0.191 0.151 0.154 0.128 0.093 0.034 114 R 0.251 0.192 0.172 0.171 0.125 0.069 0.020 115 H 0.310 0.225 0.158 0.140 0.098 0.054 0.016 116 V 0.235 0.182 0.166 0.171 0.137 0.083 0.027 117 D 0.205 0.219 0.176 0.179 0.128 0.071 0.023 118 G 0.083 0.123 0.155 0.219 0.229 0.152 0.040 119 W 0.039 0.068 0.108 0.200 0.276 0.235 0.074 120 T 0.017 0.038 0.058 0.128 0.229 0.367 0.163 121 Y 0.008 0.031 0.075 0.183 0.325 0.296 0.082 122 A 0.013 0.050 0.112 0.234 0.292 0.245 0.054 123 L 0.002 0.006 0.015 0.055 0.176 0.494 0.252 124 V 0.001 0.001 0.003 0.018 0.106 0.514 0.357 125 A 0.003 0.032 0.138 0.296 0.295 0.208 0.030 126 R 0.002 0.025 0.108 0.287 0.328 0.219 0.031 127 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.093 0.577 0.317 128 L 0.001 0.004 0.021 0.126 0.344 0.446 0.059 129 A 0.014 0.221 0.339 0.259 0.123 0.039 0.004 130 N 0.008 0.051 0.165 0.372 0.300 0.097 0.007 131 I 0.004 0.012 0.032 0.126 0.381 0.407 0.038 132 R 0.068 0.196 0.258 0.273 0.149 0.049 0.006 133 A 0.321 0.392 0.156 0.083 0.033 0.012 0.003 134 A 0.101 0.234 0.284 0.225 0.107 0.038 0.010 135 E 0.119 0.181 0.206 0.226 0.175 0.080 0.013 136 I 0.149 0.205 0.196 0.215 0.153 0.069 0.013 137 A 0.113 0.129 0.139 0.234 0.238 0.126 0.022 138 D 0.203 0.262 0.204 0.178 0.108 0.041 0.005 139 C 0.123 0.202 0.238 0.236 0.150 0.046 0.004 140 E 0.091 0.306 0.275 0.212 0.090 0.025 0.002 141 Q 0.006 0.058 0.170 0.344 0.294 0.119 0.010 142 V 0.001 0.001 0.006 0.042 0.216 0.531 0.203 143 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.057 0.322 0.610 144 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.113 0.878 145 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.127 0.854 146 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.156 0.811 147 H 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.246 0.696 148 S 0.001 0.002 0.006 0.022 0.085 0.269 0.615 149 A 0.001 0.003 0.011 0.033 0.070 0.245 0.637 150 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.061 0.260 0.658 151 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.064 0.255 0.664 152 Q 0.001 0.001 0.004 0.013 0.055 0.226 0.702 153 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.143 0.819 154 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.124 0.853 155 H 0.001 0.002 0.004 0.015 0.052 0.251 0.675 156 R 0.001 0.002 0.006 0.025 0.103 0.363 0.500 157 L 0.001 0.002 0.007 0.023 0.080 0.336 0.551 158 M 0.002 0.007 0.017 0.050 0.126 0.373 0.425 159 S 0.007 0.024 0.048 0.118 0.242 0.359 0.201 160 S 0.019 0.052 0.097 0.207 0.285 0.259 0.080 161 Q 0.030 0.103 0.167 0.240 0.252 0.158 0.051 162 P 0.099 0.174 0.199 0.222 0.161 0.107 0.038 163 H 0.171 0.236 0.180 0.171 0.144 0.078 0.019 164 A 0.048 0.106 0.176 0.247 0.248 0.148 0.028 165 P 0.016 0.036 0.066 0.150 0.271 0.359 0.102 166 F 0.008 0.033 0.077 0.171 0.272 0.324 0.115 167 H 0.002 0.008 0.022 0.071 0.192 0.405 0.301 168 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.065 0.294 0.623 169 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.171 0.799 170 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.122 0.855 171 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.115 0.861 172 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.120 0.854 173 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.168 0.785 174 P 0.001 0.003 0.007 0.019 0.056 0.206 0.709 175 G 0.003 0.008 0.015 0.036 0.082 0.246 0.610 176 W 0.009 0.017 0.026 0.055 0.124 0.300 0.469 177 Y 0.015 0.022 0.038 0.071 0.122 0.289 0.443 178 T 0.027 0.043 0.063 0.105 0.169 0.303 0.290 179 L 0.033 0.060 0.088 0.140 0.189 0.271 0.218 180 P 0.056 0.086 0.109 0.165 0.214 0.232 0.138 181 T 0.099 0.160 0.178 0.181 0.161 0.143 0.079 182 F 0.116 0.136 0.143 0.177 0.182 0.171 0.075 183 E 0.183 0.190 0.162 0.165 0.140 0.116 0.044 184 H 0.162 0.148 0.164 0.182 0.168 0.137 0.039 185 R 0.198 0.193 0.161 0.164 0.142 0.110 0.033 186 F 0.128 0.122 0.133 0.173 0.197 0.187 0.060 187 P 0.134 0.121 0.146 0.186 0.184 0.171 0.057 188 E 0.144 0.118 0.129 0.168 0.189 0.188 0.064 189 G 0.143 0.122 0.121 0.156 0.181 0.189 0.088 190 L 0.152 0.128 0.132 0.163 0.175 0.172 0.077 191 D 0.202 0.182 0.155 0.158 0.139 0.114 0.051 192 G 0.225 0.190 0.148 0.147 0.131 0.111 0.047 193 V 0.192 0.160 0.144 0.167 0.158 0.130 0.050 194 G 0.250 0.181 0.146 0.150 0.132 0.105 0.036 195 L 0.251 0.197 0.155 0.150 0.122 0.094 0.031 196 T 0.227 0.191 0.155 0.164 0.139 0.097 0.027 197 E 0.204 0.189 0.158 0.164 0.141 0.110 0.034 198 D 0.194 0.175 0.160 0.185 0.153 0.103 0.031 199 H 0.246 0.229 0.176 0.152 0.109 0.067 0.022 200 L 0.173 0.173 0.165 0.193 0.159 0.106 0.032 201 A 0.162 0.163 0.163 0.197 0.174 0.112 0.030 202 R 0.247 0.256 0.190 0.155 0.092 0.049 0.011 203 L 0.153 0.182 0.171 0.206 0.185 0.091 0.012 204 L 0.059 0.135 0.194 0.281 0.228 0.096 0.008 205 A 0.080 0.245 0.263 0.230 0.133 0.046 0.003 206 Y 0.006 0.028 0.083 0.230 0.367 0.258 0.027 207 P 0.003 0.031 0.114 0.277 0.327 0.222 0.025 208 M 0.001 0.001 0.004 0.024 0.128 0.513 0.330 209 T 0.001 0.001 0.002 0.011 0.061 0.386 0.539 210 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.241 0.724 211 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.039 0.256 0.691 212 A 0.001 0.004 0.012 0.039 0.120 0.373 0.452 213 G 0.004 0.015 0.035 0.097 0.231 0.384 0.234 214 D 0.022 0.091 0.159 0.217 0.246 0.193 0.072 215 Q 0.052 0.137 0.194 0.230 0.199 0.145 0.043 216 D 0.054 0.092 0.126 0.205 0.240 0.222 0.060 217 I 0.074 0.102 0.139 0.195 0.232 0.214 0.043 218 A 0.094 0.142 0.173 0.211 0.196 0.148 0.037 219 T 0.114 0.114 0.145 0.202 0.219 0.161 0.045 220 D 0.227 0.238 0.196 0.156 0.107 0.060 0.016 221 D 0.218 0.222 0.200 0.172 0.107 0.062 0.020 222 P 0.360 0.258 0.153 0.112 0.068 0.038 0.012 223 N 0.174 0.196 0.197 0.181 0.143 0.087 0.022 224 L 0.091 0.110 0.135 0.220 0.241 0.164 0.039 225 P 0.208 0.284 0.226 0.156 0.081 0.036 0.008 226 S 0.212 0.270 0.226 0.165 0.084 0.036 0.007 227 E 0.073 0.094 0.101 0.166 0.252 0.248 0.065 228 P 0.049 0.080 0.140 0.242 0.264 0.184 0.041 229 A 0.190 0.303 0.233 0.148 0.075 0.041 0.011 230 A 0.087 0.132 0.180 0.240 0.210 0.123 0.028 231 L 0.036 0.043 0.065 0.132 0.253 0.353 0.118 232 R 0.091 0.123 0.169 0.224 0.203 0.145 0.044 233 Q 0.237 0.260 0.179 0.137 0.095 0.066 0.026 234 G 0.109 0.110 0.134 0.190 0.202 0.180 0.075 235 P 0.125 0.113 0.125 0.162 0.182 0.198 0.095 236 H 0.177 0.141 0.128 0.157 0.177 0.155 0.065 237 R 0.176 0.151 0.145 0.172 0.168 0.131 0.058 238 Y 0.164 0.115 0.118 0.161 0.179 0.177 0.087 239 A 0.200 0.143 0.123 0.142 0.147 0.155 0.091 240 R 0.186 0.134 0.125 0.148 0.157 0.154 0.096 241 A 0.216 0.146 0.118 0.135 0.143 0.151 0.090 242 R 0.167 0.161 0.152 0.163 0.154 0.137 0.066 243 H 0.115 0.107 0.114 0.166 0.187 0.208 0.103 244 Y 0.065 0.063 0.065 0.110 0.174 0.312 0.211 245 Y 0.041 0.045 0.069 0.132 0.215 0.330 0.169 246 E 0.074 0.148 0.177 0.197 0.174 0.167 0.062 247 A 0.042 0.076 0.109 0.190 0.253 0.249 0.082 248 G 0.022 0.033 0.052 0.116 0.239 0.401 0.137 249 Q 0.054 0.116 0.155 0.238 0.233 0.173 0.031 250 R 0.136 0.282 0.217 0.167 0.119 0.066 0.012 251 A 0.104 0.177 0.219 0.249 0.167 0.075 0.008 252 A 0.102 0.117 0.147 0.237 0.241 0.141 0.014 253 A 0.369 0.288 0.166 0.106 0.051 0.018 0.002 254 Q 0.524 0.260 0.117 0.064 0.025 0.009 0.001 255 R 0.393 0.246 0.170 0.119 0.053 0.017 0.002 256 G 0.482 0.263 0.130 0.072 0.036 0.014 0.002 257 L 0.241 0.203 0.190 0.201 0.120 0.039 0.005 258 P 0.292 0.296 0.199 0.133 0.059 0.019 0.003 259 F 0.117 0.147 0.169 0.241 0.219 0.094 0.012 260 G 0.124 0.212 0.232 0.229 0.142 0.054 0.007 261 W 0.059 0.091 0.132 0.235 0.283 0.173 0.027 262 Q 0.077 0.178 0.220 0.251 0.168 0.088 0.019 263 L 0.027 0.041 0.068 0.150 0.265 0.340 0.109 264 Q 0.039 0.093 0.141 0.211 0.256 0.199 0.062 265 V 0.052 0.105 0.149 0.197 0.211 0.208 0.078 266 V 0.040 0.051 0.079 0.167 0.266 0.282 0.116 267 P 0.142 0.220 0.202 0.177 0.128 0.093 0.038 268 G 0.168 0.188 0.163 0.169 0.146 0.116 0.051 269 I 0.072 0.092 0.110 0.183 0.216 0.221 0.107 270 G 0.097 0.113 0.118 0.155 0.180 0.216 0.120 271 H 0.057 0.048 0.062 0.112 0.191 0.293 0.237 272 D 0.095 0.147 0.161 0.184 0.171 0.155 0.087 273 G 0.089 0.124 0.154 0.204 0.191 0.151 0.087 274 Q 0.166 0.213 0.175 0.157 0.126 0.103 0.060 275 A 0.083 0.135 0.178 0.224 0.192 0.130 0.058 276 M 0.031 0.039 0.059 0.115 0.222 0.353 0.182 277 S 0.049 0.074 0.103 0.185 0.234 0.244 0.110 278 Q 0.131 0.182 0.171 0.174 0.150 0.129 0.063 279 V 0.048 0.068 0.097 0.166 0.231 0.252 0.137 280 C 0.039 0.046 0.060 0.106 0.183 0.335 0.230 281 A 0.042 0.069 0.100 0.172 0.216 0.260 0.142 282 S 0.066 0.097 0.128 0.172 0.202 0.219 0.117 283 L 0.027 0.032 0.041 0.088 0.187 0.374 0.250 284 W 0.036 0.052 0.089 0.155 0.213 0.298 0.156 285 F 0.042 0.054 0.079 0.140 0.196 0.318 0.170 286 D 0.028 0.036 0.058 0.126 0.228 0.360 0.164 287 G 0.034 0.044 0.063 0.138 0.274 0.332 0.115 288 R 0.097 0.182 0.226 0.234 0.158 0.080 0.023 289 M 0.126 0.183 0.207 0.219 0.162 0.082 0.022 290 P 0.343 0.264 0.161 0.120 0.067 0.035 0.011 291 D 0.358 0.240 0.151 0.126 0.080 0.037 0.008 292 A 0.395 0.237 0.171 0.114 0.057 0.022 0.004 293 A 0.571 0.225 0.101 0.061 0.029 0.011 0.002 294 E 0.496 0.237 0.134 0.077 0.038 0.014 0.004 295 L 0.541 0.211 0.122 0.078 0.035 0.011 0.002 296 A 0.573 0.244 0.105 0.053 0.019 0.006 0.002 297 R 0.557 0.215 0.118 0.067 0.030 0.010 0.003 298 L 0.543 0.198 0.115 0.079 0.045 0.016 0.004 299 A 0.599 0.202 0.100 0.056 0.027 0.012 0.003 300 G 0.550 0.204 0.113 0.082 0.037 0.012 0.002 301 S 0.581 0.260 0.094 0.044 0.016 0.005 0.001 302 Q 0.578 0.219 0.105 0.068 0.023 0.006 0.001 303 S 0.678 0.197 0.077 0.035 0.010 0.003 0.001 304 A 0.708 0.175 0.066 0.034 0.013 0.004 0.001