# TARGET T0413 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2021 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.060 0.017 0.091 0.042 0.440 0.351 2 N 0.084 0.013 0.100 0.044 0.422 0.337 3 A 0.122 0.028 0.061 0.044 0.356 0.389 4 M 0.181 0.061 0.021 0.031 0.263 0.443 5 K 0.167 0.028 0.017 0.027 0.264 0.497 6 P 0.086 0.011 0.121 0.103 0.345 0.334 7 A 0.101 0.015 0.207 0.117 0.321 0.240 8 D 0.111 0.020 0.229 0.121 0.310 0.208 9 L 0.082 0.021 0.132 0.148 0.269 0.348 10 T 0.076 0.024 0.046 0.150 0.222 0.481 11 N 0.051 0.014 0.035 0.162 0.245 0.493 12 A 0.015 0.005 0.090 0.516 0.199 0.174 13 D 0.027 0.005 0.085 0.480 0.218 0.185 14 R 0.020 0.004 0.096 0.630 0.161 0.090 15 I 0.039 0.009 0.037 0.759 0.078 0.077 16 A 0.050 0.007 0.046 0.735 0.074 0.087 17 L 0.043 0.004 0.054 0.772 0.050 0.077 18 E 0.032 0.005 0.046 0.796 0.046 0.075 19 L 0.017 0.005 0.039 0.802 0.050 0.087 20 G 0.016 0.005 0.032 0.322 0.126 0.499 21 H 0.031 0.015 0.032 0.097 0.228 0.597 22 A 0.049 0.015 0.035 0.036 0.260 0.605 23 G 0.045 0.011 0.030 0.010 0.269 0.634 24 R 0.080 0.015 0.024 0.004 0.256 0.621 25 N 0.191 0.010 0.014 0.003 0.207 0.575 26 A 0.452 0.013 0.009 0.002 0.123 0.401 27 I 0.706 0.010 0.004 0.001 0.064 0.214 28 P 0.880 0.006 0.002 0.001 0.027 0.085 29 Y 0.873 0.006 0.002 0.001 0.025 0.094 30 L 0.762 0.009 0.002 0.002 0.051 0.175 31 D 0.577 0.021 0.005 0.003 0.109 0.286 32 D 0.325 0.026 0.014 0.007 0.285 0.344 33 D 0.185 0.030 0.066 0.014 0.473 0.230 34 R 0.149 0.034 0.082 0.016 0.485 0.233 35 N 0.085 0.018 0.084 0.021 0.646 0.146 36 A 0.044 0.008 0.033 0.027 0.686 0.203 37 D 0.055 0.005 0.010 0.006 0.434 0.491 38 R 0.364 0.026 0.008 0.008 0.282 0.312 39 P 0.568 0.014 0.003 0.002 0.116 0.297 40 F 0.808 0.011 0.003 0.001 0.044 0.134 41 T 0.906 0.003 0.001 0.001 0.023 0.067 42 L 0.956 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 43 N 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 44 T 0.975 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 45 Y 0.945 0.003 0.001 0.001 0.012 0.038 46 R 0.774 0.010 0.002 0.001 0.044 0.169 47 P 0.214 0.019 0.009 0.003 0.655 0.100 48 Y 0.016 0.006 0.041 0.004 0.865 0.068 49 G 0.004 0.003 0.031 0.003 0.885 0.074 50 Y 0.015 0.031 0.026 0.004 0.831 0.093 51 T 0.020 0.021 0.015 0.003 0.414 0.528 52 P 0.018 0.015 0.047 0.007 0.615 0.299 53 D 0.023 0.007 0.023 0.002 0.488 0.457 54 R 0.233 0.019 0.005 0.001 0.288 0.455 55 P 0.549 0.003 0.001 0.001 0.081 0.367 56 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 60 Q 0.826 0.001 0.001 0.001 0.028 0.144 61 H 0.281 0.009 0.003 0.002 0.197 0.508 62 G 0.075 0.012 0.020 0.002 0.394 0.497 63 V 0.085 0.024 0.058 0.008 0.518 0.307 64 L 0.074 0.037 0.056 0.011 0.609 0.213 65 R 0.057 0.045 0.037 0.015 0.562 0.286 66 N 0.023 0.021 0.013 0.022 0.605 0.316 67 G 0.012 0.010 0.065 0.140 0.588 0.185 68 A 0.015 0.011 0.118 0.270 0.452 0.134 69 D 0.016 0.027 0.148 0.288 0.421 0.101 70 Y 0.007 0.010 0.226 0.486 0.209 0.062 71 R 0.011 0.011 0.171 0.580 0.147 0.080 72 D 0.010 0.005 0.222 0.474 0.215 0.075 73 F 0.007 0.005 0.135 0.626 0.136 0.092 74 W 0.012 0.008 0.054 0.763 0.090 0.073 75 I 0.016 0.006 0.048 0.657 0.146 0.127 76 P 0.009 0.002 0.062 0.736 0.112 0.079 77 A 0.012 0.007 0.136 0.693 0.114 0.037 78 A 0.011 0.006 0.179 0.636 0.143 0.027 79 D 0.005 0.001 0.291 0.547 0.120 0.036 80 R 0.012 0.005 0.249 0.397 0.204 0.134 81 H 0.038 0.006 0.146 0.096 0.389 0.324 82 K 0.067 0.002 0.005 0.002 0.182 0.743 83 L 0.722 0.007 0.002 0.001 0.042 0.227 84 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 85 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 V 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 87 A 0.834 0.001 0.001 0.001 0.039 0.124 88 P 0.417 0.006 0.001 0.001 0.106 0.469 89 T 0.137 0.025 0.004 0.001 0.273 0.561 90 F 0.104 0.043 0.009 0.003 0.456 0.386 91 S 0.051 0.024 0.035 0.007 0.585 0.298 92 D 0.057 0.036 0.051 0.012 0.622 0.222 93 E 0.060 0.031 0.058 0.017 0.611 0.223 94 I 0.055 0.046 0.034 0.030 0.483 0.352 95 W 0.045 0.040 0.020 0.026 0.489 0.379 96 P 0.050 0.042 0.033 0.050 0.474 0.350 97 G 0.066 0.051 0.046 0.054 0.473 0.311 98 V 0.056 0.047 0.187 0.117 0.431 0.162 99 E 0.078 0.047 0.217 0.129 0.380 0.150 100 S 0.083 0.031 0.195 0.134 0.453 0.103 101 Y 0.062 0.028 0.074 0.118 0.590 0.129 102 N 0.049 0.016 0.052 0.062 0.667 0.154 103 N 0.049 0.020 0.046 0.071 0.663 0.150 104 G 0.052 0.013 0.061 0.056 0.615 0.203 105 R 0.120 0.018 0.147 0.118 0.398 0.198 106 A 0.270 0.045 0.133 0.181 0.222 0.149 107 F 0.360 0.040 0.097 0.117 0.212 0.174 108 T 0.382 0.028 0.072 0.095 0.227 0.196 109 A 0.350 0.016 0.148 0.077 0.253 0.156 110 A 0.243 0.023 0.094 0.077 0.322 0.240 111 G 0.207 0.036 0.054 0.034 0.329 0.340 112 N 0.081 0.036 0.016 0.012 0.442 0.414 113 P 0.041 0.017 0.069 0.022 0.545 0.307 114 R 0.052 0.025 0.083 0.027 0.536 0.278 115 H 0.034 0.025 0.058 0.033 0.624 0.225 116 V 0.024 0.020 0.018 0.046 0.489 0.402 117 D 0.027 0.011 0.007 0.075 0.294 0.587 118 G 0.040 0.012 0.013 0.541 0.210 0.183 119 W 0.056 0.020 0.008 0.637 0.108 0.172 120 T 0.047 0.011 0.006 0.780 0.033 0.123 121 Y 0.004 0.001 0.003 0.984 0.003 0.006 122 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 123 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 127 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 128 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 129 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 130 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 131 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.008 132 R 0.001 0.001 0.007 0.968 0.012 0.011 133 A 0.001 0.001 0.009 0.944 0.020 0.025 134 A 0.003 0.001 0.020 0.701 0.080 0.195 135 E 0.011 0.003 0.034 0.403 0.189 0.360 136 I 0.052 0.011 0.035 0.194 0.291 0.417 137 A 0.077 0.022 0.032 0.187 0.246 0.437 138 D 0.079 0.014 0.030 0.059 0.385 0.432 139 C 0.028 0.003 0.331 0.140 0.378 0.121 140 E 0.075 0.003 0.274 0.082 0.435 0.131 141 Q 0.371 0.014 0.155 0.067 0.303 0.090 142 V 0.759 0.011 0.010 0.031 0.069 0.120 143 Y 0.913 0.016 0.003 0.019 0.020 0.029 144 L 0.866 0.016 0.004 0.030 0.045 0.039 145 F 0.656 0.016 0.011 0.059 0.131 0.128 146 G 0.217 0.010 0.035 0.091 0.321 0.326 147 H 0.101 0.018 0.063 0.132 0.344 0.342 148 S 0.035 0.029 0.057 0.346 0.258 0.275 149 A 0.007 0.013 0.031 0.810 0.078 0.060 150 G 0.002 0.003 0.021 0.900 0.036 0.038 151 G 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.004 152 Q 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 153 F 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 154 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 155 H 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 157 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 158 M 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.002 159 S 0.001 0.001 0.007 0.970 0.013 0.008 160 S 0.001 0.001 0.007 0.871 0.041 0.079 161 Q 0.001 0.005 0.005 0.075 0.375 0.539 162 P 0.001 0.003 0.021 0.027 0.576 0.373 163 H 0.005 0.004 0.021 0.012 0.629 0.330 164 A 0.043 0.012 0.035 0.016 0.641 0.253 165 P 0.163 0.012 0.031 0.020 0.334 0.441 166 F 0.631 0.014 0.010 0.009 0.111 0.224 167 H 0.915 0.003 0.003 0.003 0.029 0.047 168 A 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 169 V 0.985 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 170 T 0.964 0.002 0.001 0.004 0.007 0.021 171 A 0.858 0.005 0.003 0.006 0.039 0.089 172 A 0.474 0.020 0.009 0.008 0.181 0.309 173 N 0.152 0.028 0.011 0.007 0.424 0.378 174 P 0.078 0.023 0.022 0.009 0.573 0.296 175 G 0.076 0.027 0.046 0.011 0.621 0.220 176 W 0.100 0.059 0.079 0.028 0.555 0.179 177 Y 0.071 0.063 0.053 0.031 0.516 0.266 178 T 0.042 0.046 0.038 0.072 0.482 0.320 179 L 0.015 0.011 0.184 0.208 0.434 0.149 180 P 0.013 0.009 0.305 0.288 0.305 0.081 181 T 0.011 0.012 0.403 0.266 0.268 0.041 182 F 0.015 0.019 0.248 0.304 0.312 0.102 183 E 0.027 0.017 0.211 0.278 0.319 0.147 184 H 0.041 0.025 0.131 0.218 0.381 0.204 185 R 0.047 0.030 0.064 0.144 0.381 0.334 186 F 0.037 0.028 0.027 0.039 0.411 0.459 187 P 0.029 0.015 0.095 0.045 0.463 0.353 188 E 0.049 0.027 0.175 0.065 0.468 0.217 189 G 0.061 0.037 0.145 0.056 0.499 0.202 190 L 0.057 0.046 0.104 0.055 0.496 0.242 191 D 0.055 0.033 0.062 0.050 0.513 0.288 192 G 0.042 0.022 0.056 0.058 0.541 0.280 193 V 0.042 0.025 0.044 0.058 0.512 0.319 194 G 0.044 0.026 0.043 0.072 0.469 0.347 195 L 0.040 0.046 0.039 0.093 0.399 0.382 196 T 0.043 0.045 0.037 0.129 0.356 0.391 197 E 0.045 0.020 0.067 0.221 0.325 0.323 198 D 0.020 0.008 0.116 0.417 0.269 0.170 199 H 0.021 0.009 0.190 0.498 0.197 0.086 200 L 0.031 0.013 0.228 0.507 0.145 0.076 201 A 0.033 0.009 0.296 0.444 0.159 0.060 202 R 0.031 0.005 0.280 0.449 0.158 0.077 203 L 0.038 0.008 0.246 0.376 0.194 0.137 204 L 0.052 0.018 0.052 0.176 0.309 0.394 205 A 0.057 0.010 0.012 0.024 0.195 0.703 206 Y 0.111 0.007 0.005 0.011 0.294 0.572 207 P 0.188 0.003 0.004 0.003 0.241 0.560 208 M 0.909 0.007 0.002 0.002 0.028 0.051 209 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 210 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 211 L 0.944 0.003 0.001 0.004 0.012 0.037 212 A 0.470 0.005 0.003 0.005 0.128 0.388 213 G 0.106 0.010 0.022 0.007 0.428 0.427 214 D 0.059 0.025 0.128 0.015 0.520 0.253 215 Q 0.073 0.035 0.183 0.038 0.436 0.234 216 D 0.031 0.022 0.179 0.036 0.585 0.147 217 I 0.014 0.011 0.204 0.048 0.518 0.206 218 A 0.020 0.028 0.069 0.018 0.474 0.392 219 T 0.022 0.076 0.019 0.008 0.361 0.513 220 D 0.010 0.028 0.011 0.006 0.382 0.563 221 D 0.002 0.010 0.183 0.027 0.688 0.090 222 P 0.001 0.006 0.240 0.040 0.654 0.059 223 N 0.001 0.007 0.244 0.060 0.634 0.054 224 L 0.002 0.008 0.068 0.090 0.639 0.193 225 P 0.002 0.012 0.114 0.404 0.260 0.208 226 S 0.006 0.026 0.098 0.550 0.182 0.137 227 E 0.005 0.006 0.049 0.785 0.077 0.078 228 P 0.001 0.001 0.015 0.959 0.012 0.012 229 A 0.001 0.001 0.022 0.964 0.009 0.004 230 A 0.001 0.001 0.013 0.976 0.008 0.002 231 L 0.001 0.001 0.008 0.972 0.017 0.002 232 R 0.001 0.001 0.005 0.946 0.039 0.008 233 Q 0.001 0.001 0.008 0.781 0.149 0.061 234 G 0.003 0.004 0.012 0.101 0.529 0.352 235 P 0.012 0.008 0.037 0.037 0.449 0.457 236 H 0.058 0.024 0.071 0.031 0.497 0.319 237 R 0.078 0.010 0.080 0.066 0.432 0.334 238 Y 0.094 0.013 0.078 0.171 0.345 0.299 239 A 0.143 0.013 0.070 0.145 0.338 0.291 240 R 0.201 0.023 0.055 0.206 0.286 0.229 241 A 0.258 0.027 0.039 0.176 0.247 0.253 242 R 0.274 0.026 0.038 0.224 0.202 0.236 243 H 0.241 0.022 0.047 0.259 0.203 0.229 244 Y 0.178 0.025 0.047 0.233 0.292 0.226 245 Y 0.148 0.019 0.063 0.242 0.311 0.217 246 E 0.134 0.010 0.040 0.367 0.272 0.177 247 A 0.089 0.004 0.022 0.600 0.196 0.089 248 G 0.135 0.006 0.011 0.621 0.120 0.107 249 Q 0.144 0.006 0.008 0.747 0.038 0.057 250 R 0.099 0.003 0.009 0.858 0.016 0.015 251 A 0.065 0.002 0.011 0.893 0.015 0.014 252 A 0.038 0.003 0.018 0.885 0.030 0.026 253 A 0.042 0.004 0.039 0.771 0.073 0.071 254 Q 0.036 0.006 0.073 0.592 0.155 0.138 255 R 0.033 0.009 0.075 0.299 0.267 0.317 256 G 0.030 0.009 0.023 0.016 0.296 0.627 257 L 0.034 0.007 0.024 0.012 0.340 0.584 258 P 0.062 0.008 0.016 0.003 0.257 0.654 259 F 0.270 0.018 0.008 0.002 0.230 0.471 260 G 0.391 0.005 0.002 0.001 0.120 0.481 261 W 0.831 0.005 0.001 0.001 0.029 0.135 262 Q 0.951 0.001 0.001 0.001 0.010 0.037 263 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 264 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 265 V 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.032 266 V 0.777 0.013 0.001 0.001 0.151 0.057 267 P 0.166 0.018 0.002 0.001 0.651 0.162 268 G 0.016 0.005 0.004 0.001 0.904 0.070 269 I 0.050 0.042 0.005 0.002 0.850 0.051 270 G 0.073 0.045 0.013 0.009 0.536 0.324 271 H 0.068 0.054 0.023 0.022 0.586 0.247 272 D 0.042 0.014 0.027 0.027 0.462 0.428 273 G 0.061 0.034 0.054 0.078 0.304 0.469 274 Q 0.076 0.033 0.076 0.101 0.332 0.382 275 A 0.050 0.024 0.109 0.220 0.290 0.308 276 M 0.035 0.016 0.103 0.466 0.180 0.200 277 S 0.042 0.006 0.079 0.592 0.154 0.127 278 Q 0.027 0.002 0.062 0.717 0.122 0.068 279 V 0.031 0.006 0.045 0.781 0.085 0.051 280 C 0.040 0.007 0.042 0.789 0.071 0.050 281 A 0.035 0.002 0.067 0.811 0.045 0.039 282 S 0.042 0.002 0.076 0.803 0.040 0.037 283 L 0.048 0.005 0.068 0.788 0.048 0.044 284 W 0.061 0.011 0.051 0.659 0.094 0.123 285 F 0.058 0.011 0.085 0.545 0.158 0.142 286 D 0.050 0.007 0.142 0.334 0.296 0.172 287 G 0.031 0.008 0.183 0.249 0.328 0.202 288 R 0.025 0.022 0.098 0.203 0.339 0.313 289 M 0.015 0.015 0.031 0.095 0.400 0.444 290 P 0.006 0.005 0.056 0.193 0.348 0.391 291 D 0.007 0.004 0.064 0.443 0.278 0.204 292 A 0.008 0.004 0.047 0.757 0.126 0.058 293 A 0.014 0.003 0.021 0.846 0.055 0.062 294 E 0.022 0.003 0.017 0.890 0.037 0.031 295 L 0.039 0.003 0.020 0.867 0.037 0.034 296 A 0.050 0.004 0.020 0.852 0.035 0.040 297 R 0.050 0.004 0.019 0.804 0.051 0.072 298 L 0.040 0.006 0.016 0.720 0.075 0.144 299 A 0.044 0.009 0.017 0.557 0.134 0.239 300 G 0.043 0.007 0.038 0.232 0.298 0.383 301 S 0.049 0.010 0.067 0.157 0.318 0.399 302 Q 0.063 0.019 0.055 0.138 0.252 0.473 303 S 0.049 0.019 0.013 0.078 0.161 0.680 304 A 0.030 0.006 0.005 0.049 0.089 0.820