# TARGET T0413 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2021 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.710 0.178 0.062 0.031 0.013 0.004 0.001 2 N 0.489 0.253 0.139 0.078 0.031 0.009 0.001 3 A 0.288 0.220 0.196 0.181 0.086 0.027 0.002 4 M 0.292 0.274 0.201 0.142 0.069 0.019 0.002 5 K 0.387 0.310 0.194 0.079 0.025 0.005 0.001 6 P 0.356 0.224 0.179 0.148 0.074 0.017 0.001 7 A 0.400 0.294 0.178 0.087 0.032 0.008 0.001 8 D 0.344 0.318 0.192 0.101 0.036 0.008 0.001 9 L 0.115 0.146 0.219 0.296 0.173 0.047 0.002 10 T 0.345 0.305 0.174 0.108 0.049 0.017 0.002 11 N 0.242 0.253 0.218 0.170 0.081 0.031 0.004 12 A 0.119 0.112 0.157 0.248 0.240 0.115 0.009 13 D 0.280 0.274 0.212 0.140 0.066 0.025 0.004 14 R 0.269 0.289 0.212 0.133 0.067 0.027 0.004 15 I 0.139 0.164 0.213 0.238 0.172 0.068 0.006 16 A 0.178 0.203 0.208 0.207 0.139 0.059 0.006 17 L 0.218 0.224 0.221 0.190 0.106 0.037 0.003 18 E 0.416 0.249 0.151 0.107 0.057 0.019 0.002 19 L 0.371 0.224 0.177 0.141 0.067 0.019 0.002 20 G 0.561 0.238 0.104 0.060 0.027 0.010 0.001 21 H 0.410 0.234 0.170 0.120 0.052 0.012 0.001 22 A 0.507 0.281 0.122 0.060 0.022 0.006 0.001 23 G 0.241 0.203 0.207 0.205 0.111 0.031 0.002 24 R 0.354 0.266 0.180 0.116 0.059 0.021 0.003 25 N 0.285 0.302 0.208 0.129 0.056 0.017 0.002 26 A 0.074 0.159 0.221 0.254 0.198 0.084 0.011 27 I 0.041 0.105 0.178 0.247 0.239 0.159 0.030 28 P 0.049 0.197 0.275 0.237 0.147 0.078 0.017 29 Y 0.012 0.031 0.083 0.235 0.359 0.246 0.032 30 L 0.054 0.204 0.275 0.247 0.146 0.065 0.010 31 D 0.056 0.096 0.172 0.281 0.262 0.120 0.011 32 D 0.305 0.365 0.194 0.090 0.033 0.011 0.002 33 D 0.278 0.225 0.196 0.177 0.093 0.029 0.003 34 R 0.315 0.338 0.204 0.098 0.035 0.010 0.001 35 N 0.488 0.290 0.135 0.063 0.020 0.004 0.001 36 A 0.303 0.210 0.193 0.178 0.094 0.022 0.001 37 D 0.680 0.235 0.061 0.018 0.005 0.001 0.001 38 R 0.185 0.286 0.284 0.186 0.051 0.007 0.001 39 P 0.350 0.442 0.151 0.046 0.009 0.002 0.001 40 F 0.021 0.063 0.160 0.318 0.323 0.106 0.009 41 T 0.020 0.143 0.338 0.321 0.137 0.037 0.004 42 L 0.005 0.012 0.034 0.124 0.346 0.416 0.062 43 N 0.014 0.063 0.160 0.289 0.286 0.162 0.026 44 T 0.007 0.030 0.065 0.124 0.235 0.424 0.115 45 Y 0.013 0.040 0.081 0.186 0.299 0.304 0.076 46 R 0.012 0.068 0.159 0.270 0.272 0.184 0.035 47 P 0.033 0.095 0.156 0.242 0.269 0.178 0.027 48 Y 0.105 0.307 0.278 0.185 0.091 0.031 0.003 49 G 0.316 0.348 0.197 0.096 0.034 0.008 0.001 50 Y 0.153 0.220 0.266 0.243 0.103 0.015 0.001 51 T 0.475 0.315 0.143 0.053 0.012 0.001 0.001 52 P 0.290 0.377 0.223 0.091 0.017 0.001 0.001 53 D 0.096 0.413 0.305 0.142 0.038 0.006 0.001 54 R 0.001 0.006 0.054 0.291 0.474 0.168 0.007 55 P 0.001 0.001 0.003 0.027 0.199 0.631 0.140 56 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.356 0.615 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.081 0.915 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.961 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.936 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.161 0.815 61 H 0.001 0.001 0.003 0.011 0.051 0.299 0.636 62 G 0.002 0.007 0.018 0.060 0.169 0.397 0.347 63 V 0.006 0.018 0.039 0.097 0.211 0.410 0.218 64 L 0.028 0.067 0.108 0.189 0.242 0.268 0.098 65 R 0.042 0.084 0.129 0.204 0.248 0.226 0.067 66 N 0.121 0.203 0.224 0.212 0.142 0.074 0.023 67 G 0.155 0.212 0.216 0.198 0.135 0.067 0.016 68 A 0.395 0.266 0.152 0.097 0.053 0.027 0.010 69 D 0.219 0.284 0.215 0.147 0.081 0.042 0.011 70 Y 0.063 0.075 0.116 0.206 0.256 0.227 0.056 71 R 0.068 0.145 0.202 0.239 0.186 0.127 0.034 72 D 0.134 0.249 0.242 0.179 0.112 0.065 0.019 73 F 0.040 0.104 0.168 0.233 0.248 0.169 0.037 74 W 0.006 0.013 0.030 0.088 0.248 0.464 0.152 75 I 0.019 0.073 0.165 0.273 0.256 0.181 0.033 76 P 0.087 0.346 0.298 0.175 0.066 0.025 0.004 77 A 0.013 0.056 0.130 0.281 0.312 0.188 0.021 78 A 0.012 0.020 0.052 0.185 0.420 0.287 0.025 79 D 0.130 0.349 0.296 0.167 0.049 0.008 0.001 80 R 0.262 0.449 0.197 0.074 0.016 0.002 0.001 81 H 0.015 0.138 0.321 0.337 0.160 0.027 0.001 82 K 0.041 0.228 0.323 0.269 0.111 0.025 0.003 83 L 0.001 0.001 0.008 0.060 0.316 0.530 0.085 84 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.060 0.533 0.400 85 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.201 0.780 86 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.090 0.905 87 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.053 0.259 0.676 88 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.071 0.388 0.530 89 T 0.001 0.012 0.050 0.143 0.262 0.366 0.166 90 F 0.003 0.019 0.054 0.150 0.313 0.372 0.089 91 S 0.025 0.109 0.213 0.266 0.210 0.139 0.038 92 D 0.153 0.211 0.213 0.192 0.134 0.078 0.018 93 E 0.179 0.224 0.220 0.186 0.111 0.063 0.017 94 I 0.248 0.200 0.173 0.168 0.127 0.068 0.015 95 W 0.203 0.205 0.188 0.175 0.132 0.078 0.019 96 P 0.253 0.205 0.169 0.156 0.119 0.078 0.020 97 G 0.267 0.236 0.190 0.145 0.093 0.055 0.015 98 V 0.216 0.176 0.176 0.188 0.144 0.080 0.020 99 E 0.242 0.210 0.191 0.164 0.108 0.067 0.019 100 S 0.266 0.197 0.155 0.143 0.122 0.087 0.029 101 Y 0.109 0.091 0.113 0.181 0.219 0.214 0.074 102 N 0.203 0.177 0.155 0.168 0.136 0.113 0.047 103 N 0.180 0.176 0.159 0.158 0.136 0.127 0.064 104 G 0.089 0.106 0.123 0.169 0.197 0.207 0.109 105 R 0.065 0.110 0.167 0.194 0.196 0.172 0.096 106 A 0.034 0.078 0.129 0.178 0.221 0.244 0.115 107 F 0.044 0.048 0.067 0.130 0.243 0.322 0.145 108 T 0.053 0.098 0.153 0.211 0.213 0.198 0.074 109 A 0.082 0.119 0.156 0.212 0.197 0.173 0.061 110 A 0.134 0.168 0.175 0.189 0.161 0.125 0.049 111 G 0.133 0.112 0.132 0.202 0.223 0.159 0.037 112 N 0.278 0.205 0.162 0.149 0.108 0.076 0.022 113 P 0.302 0.234 0.175 0.153 0.088 0.042 0.006 114 R 0.313 0.303 0.196 0.115 0.053 0.017 0.003 115 H 0.273 0.274 0.197 0.142 0.076 0.032 0.006 116 V 0.106 0.116 0.174 0.247 0.233 0.110 0.015 117 D 0.240 0.262 0.220 0.154 0.079 0.037 0.008 118 G 0.144 0.227 0.230 0.200 0.133 0.055 0.011 119 W 0.020 0.066 0.143 0.256 0.290 0.188 0.036 120 T 0.010 0.042 0.080 0.147 0.263 0.345 0.112 121 Y 0.002 0.013 0.048 0.163 0.328 0.372 0.073 122 A 0.012 0.086 0.204 0.274 0.238 0.157 0.029 123 L 0.001 0.006 0.029 0.110 0.282 0.462 0.111 124 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.073 0.516 0.397 125 A 0.002 0.017 0.092 0.281 0.341 0.236 0.031 126 R 0.005 0.046 0.181 0.349 0.292 0.112 0.016 127 V 0.001 0.005 0.011 0.032 0.159 0.619 0.173 128 L 0.001 0.004 0.012 0.076 0.323 0.510 0.075 129 A 0.037 0.269 0.384 0.222 0.070 0.015 0.002 130 N 0.023 0.133 0.275 0.375 0.164 0.029 0.002 131 I 0.007 0.013 0.029 0.143 0.397 0.381 0.030 132 R 0.038 0.196 0.349 0.302 0.104 0.012 0.001 133 A 0.504 0.392 0.085 0.016 0.003 0.001 0.001 134 A 0.173 0.304 0.299 0.167 0.049 0.008 0.001 135 E 0.181 0.291 0.248 0.173 0.080 0.027 0.002 136 I 0.122 0.198 0.239 0.244 0.151 0.043 0.004 137 A 0.035 0.067 0.137 0.263 0.307 0.176 0.016 138 D 0.113 0.246 0.230 0.201 0.137 0.064 0.009 139 C 0.023 0.081 0.186 0.325 0.275 0.097 0.012 140 E 0.086 0.321 0.281 0.179 0.083 0.038 0.013 141 Q 0.004 0.028 0.095 0.263 0.366 0.211 0.032 142 V 0.001 0.002 0.008 0.045 0.217 0.524 0.204 143 Y 0.001 0.002 0.004 0.012 0.053 0.316 0.613 144 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.128 0.857 145 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.139 0.831 146 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.170 0.789 147 H 0.001 0.002 0.003 0.012 0.044 0.203 0.736 148 S 0.001 0.007 0.017 0.038 0.068 0.232 0.636 149 A 0.002 0.005 0.015 0.040 0.100 0.271 0.567 150 G 0.003 0.006 0.011 0.032 0.085 0.257 0.606 151 G 0.006 0.009 0.009 0.020 0.052 0.205 0.698 152 Q 0.005 0.008 0.011 0.027 0.056 0.179 0.714 153 F 0.002 0.005 0.010 0.023 0.051 0.161 0.749 154 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.030 0.155 0.798 155 H 0.001 0.002 0.004 0.015 0.042 0.195 0.741 156 R 0.001 0.002 0.004 0.018 0.067 0.265 0.644 157 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.058 0.309 0.600 158 M 0.001 0.004 0.008 0.028 0.101 0.399 0.459 159 S 0.003 0.011 0.027 0.078 0.185 0.427 0.269 160 S 0.007 0.048 0.110 0.228 0.291 0.253 0.064 161 Q 0.013 0.082 0.190 0.297 0.264 0.128 0.025 162 P 0.074 0.178 0.206 0.231 0.183 0.098 0.029 163 H 0.202 0.282 0.203 0.150 0.095 0.053 0.016 164 A 0.027 0.111 0.221 0.301 0.228 0.097 0.016 165 P 0.009 0.053 0.132 0.265 0.290 0.194 0.058 166 F 0.001 0.002 0.006 0.027 0.126 0.464 0.375 167 H 0.001 0.005 0.020 0.097 0.266 0.380 0.232 168 A 0.001 0.001 0.003 0.013 0.056 0.303 0.624 169 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.177 0.795 170 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.131 0.832 171 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.148 0.812 172 A 0.001 0.003 0.007 0.021 0.067 0.251 0.651 173 N 0.003 0.012 0.025 0.064 0.129 0.320 0.447 174 P 0.006 0.015 0.030 0.074 0.163 0.328 0.384 175 G 0.010 0.021 0.037 0.076 0.159 0.383 0.314 176 W 0.010 0.019 0.041 0.097 0.185 0.336 0.311 177 Y 0.015 0.025 0.040 0.077 0.156 0.349 0.338 178 T 0.028 0.058 0.084 0.144 0.197 0.276 0.213 179 L 0.031 0.051 0.081 0.141 0.224 0.279 0.194 180 P 0.080 0.141 0.171 0.198 0.186 0.150 0.074 181 T 0.067 0.106 0.136 0.184 0.205 0.212 0.090 182 F 0.045 0.066 0.101 0.196 0.274 0.248 0.069 183 E 0.162 0.230 0.219 0.183 0.117 0.071 0.018 184 H 0.183 0.233 0.216 0.179 0.108 0.063 0.019 185 R 0.178 0.205 0.179 0.174 0.138 0.099 0.027 186 F 0.105 0.125 0.182 0.231 0.203 0.127 0.028 187 P 0.217 0.219 0.202 0.174 0.112 0.063 0.013 188 E 0.291 0.248 0.194 0.141 0.083 0.036 0.007 189 G 0.223 0.215 0.195 0.173 0.120 0.062 0.011 190 L 0.085 0.090 0.155 0.255 0.256 0.145 0.016 191 D 0.211 0.243 0.228 0.180 0.096 0.038 0.004 192 G 0.307 0.237 0.178 0.147 0.089 0.036 0.005 193 V 0.268 0.203 0.177 0.175 0.122 0.050 0.005 194 G 0.312 0.260 0.190 0.134 0.071 0.031 0.003 195 L 0.349 0.228 0.164 0.135 0.087 0.033 0.004 196 T 0.339 0.254 0.175 0.130 0.073 0.026 0.003 197 E 0.221 0.223 0.217 0.186 0.107 0.041 0.005 198 D 0.201 0.257 0.231 0.183 0.091 0.033 0.004 199 H 0.186 0.283 0.242 0.173 0.086 0.026 0.003 200 L 0.024 0.057 0.126 0.253 0.314 0.203 0.024 201 A 0.015 0.030 0.080 0.237 0.367 0.246 0.025 202 R 0.153 0.388 0.285 0.126 0.037 0.009 0.001 203 L 0.110 0.230 0.259 0.235 0.124 0.038 0.004 204 L 0.009 0.033 0.104 0.258 0.385 0.197 0.015 205 A 0.120 0.375 0.274 0.144 0.056 0.024 0.007 206 Y 0.007 0.036 0.108 0.296 0.360 0.172 0.021 207 P 0.002 0.010 0.038 0.135 0.294 0.414 0.106 208 M 0.001 0.001 0.003 0.015 0.084 0.507 0.389 209 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.306 0.637 210 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.226 0.733 211 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.044 0.261 0.685 212 A 0.001 0.003 0.009 0.039 0.150 0.465 0.335 213 G 0.003 0.017 0.058 0.161 0.318 0.343 0.100 214 D 0.060 0.183 0.256 0.245 0.156 0.076 0.024 215 Q 0.116 0.279 0.241 0.179 0.109 0.060 0.016 216 D 0.050 0.082 0.136 0.221 0.276 0.199 0.035 217 I 0.083 0.141 0.190 0.215 0.198 0.141 0.031 218 A 0.095 0.146 0.173 0.197 0.190 0.154 0.044 219 T 0.066 0.076 0.114 0.222 0.277 0.204 0.040 220 D 0.201 0.246 0.225 0.173 0.100 0.048 0.007 221 D 0.309 0.289 0.208 0.127 0.050 0.015 0.002 222 P 0.640 0.240 0.075 0.029 0.012 0.004 0.001 223 N 0.181 0.218 0.231 0.204 0.117 0.044 0.005 224 L 0.096 0.116 0.157 0.236 0.233 0.147 0.016 225 P 0.387 0.333 0.167 0.076 0.027 0.007 0.001 226 S 0.215 0.380 0.258 0.108 0.031 0.007 0.001 227 E 0.038 0.079 0.133 0.251 0.302 0.182 0.016 228 P 0.034 0.079 0.178 0.328 0.275 0.099 0.008 229 A 0.181 0.463 0.250 0.083 0.019 0.004 0.001 230 A 0.050 0.135 0.264 0.323 0.176 0.050 0.004 231 L 0.011 0.019 0.049 0.194 0.379 0.314 0.033 232 R 0.067 0.240 0.309 0.232 0.106 0.039 0.006 233 Q 0.159 0.229 0.198 0.191 0.142 0.071 0.011 234 G 0.062 0.134 0.216 0.234 0.202 0.130 0.021 235 P 0.124 0.162 0.207 0.230 0.172 0.091 0.014 236 H 0.201 0.192 0.182 0.185 0.146 0.076 0.016 237 R 0.294 0.255 0.181 0.136 0.084 0.041 0.008 238 Y 0.219 0.186 0.184 0.197 0.132 0.071 0.012 239 A 0.364 0.232 0.158 0.125 0.077 0.037 0.007 240 R 0.319 0.224 0.188 0.144 0.081 0.037 0.007 241 A 0.277 0.181 0.155 0.174 0.131 0.071 0.010 242 R 0.207 0.201 0.195 0.185 0.128 0.071 0.013 243 H 0.227 0.218 0.185 0.162 0.122 0.070 0.016 244 Y 0.078 0.112 0.159 0.223 0.225 0.167 0.036 245 Y 0.114 0.144 0.186 0.219 0.187 0.123 0.027 246 E 0.258 0.237 0.173 0.135 0.099 0.074 0.024 247 A 0.177 0.152 0.160 0.199 0.179 0.110 0.023 248 G 0.206 0.160 0.154 0.174 0.158 0.117 0.031 249 Q 0.155 0.175 0.182 0.204 0.153 0.109 0.022 250 R 0.256 0.261 0.192 0.149 0.090 0.042 0.010 251 A 0.158 0.197 0.205 0.212 0.140 0.075 0.013 252 A 0.141 0.141 0.176 0.239 0.198 0.094 0.010 253 A 0.311 0.310 0.207 0.113 0.043 0.013 0.002 254 Q 0.445 0.308 0.145 0.069 0.025 0.007 0.001 255 R 0.108 0.190 0.260 0.259 0.142 0.038 0.002 256 G 0.443 0.274 0.141 0.087 0.041 0.013 0.002 257 L 0.192 0.217 0.255 0.221 0.095 0.018 0.001 258 P 0.482 0.326 0.121 0.049 0.017 0.005 0.001 259 F 0.044 0.129 0.252 0.326 0.192 0.053 0.005 260 G 0.122 0.326 0.272 0.171 0.073 0.030 0.006 261 W 0.005 0.018 0.057 0.170 0.345 0.341 0.064 262 Q 0.006 0.042 0.134 0.259 0.290 0.224 0.045 263 L 0.002 0.007 0.018 0.064 0.206 0.486 0.217 264 Q 0.009 0.053 0.115 0.229 0.283 0.239 0.072 265 V 0.010 0.062 0.135 0.220 0.254 0.259 0.061 266 V 0.012 0.034 0.079 0.192 0.338 0.283 0.062 267 P 0.143 0.257 0.251 0.199 0.100 0.040 0.010 268 G 0.258 0.290 0.186 0.134 0.072 0.045 0.015 269 I 0.046 0.105 0.177 0.258 0.246 0.147 0.022 270 G 0.062 0.120 0.234 0.288 0.194 0.083 0.018 271 H 0.032 0.030 0.038 0.078 0.187 0.427 0.208 272 D 0.071 0.134 0.161 0.212 0.212 0.155 0.054 273 G 0.041 0.063 0.101 0.185 0.253 0.266 0.091 274 Q 0.068 0.149 0.186 0.240 0.196 0.128 0.033 275 A 0.079 0.190 0.218 0.218 0.158 0.107 0.031 276 M 0.062 0.113 0.152 0.214 0.225 0.180 0.054 277 S 0.136 0.212 0.218 0.195 0.133 0.082 0.024 278 Q 0.160 0.241 0.224 0.167 0.104 0.072 0.032 279 V 0.063 0.114 0.151 0.207 0.224 0.191 0.049 280 C 0.035 0.041 0.060 0.121 0.224 0.364 0.155 281 A 0.073 0.115 0.156 0.208 0.196 0.194 0.060 282 S 0.062 0.128 0.190 0.214 0.190 0.167 0.049 283 L 0.040 0.052 0.089 0.175 0.269 0.286 0.089 284 W 0.037 0.066 0.113 0.191 0.255 0.269 0.068 285 F 0.066 0.055 0.089 0.184 0.307 0.258 0.041 286 D 0.174 0.235 0.235 0.197 0.114 0.040 0.005 287 G 0.312 0.319 0.205 0.112 0.042 0.010 0.001 288 R 0.181 0.326 0.258 0.156 0.061 0.016 0.002 289 M 0.059 0.100 0.191 0.323 0.256 0.068 0.002 290 P 0.432 0.308 0.160 0.073 0.023 0.004 0.001 291 D 0.685 0.228 0.063 0.019 0.004 0.001 0.001 292 A 0.271 0.228 0.229 0.182 0.074 0.015 0.001 293 A 0.320 0.285 0.206 0.127 0.050 0.012 0.001 294 E 0.382 0.303 0.188 0.090 0.030 0.005 0.001 295 L 0.144 0.178 0.247 0.260 0.141 0.030 0.001 296 A 0.238 0.219 0.220 0.198 0.100 0.023 0.001 297 R 0.488 0.287 0.132 0.064 0.023 0.006 0.001 298 L 0.338 0.228 0.203 0.154 0.065 0.012 0.001 299 A 0.601 0.235 0.093 0.048 0.018 0.004 0.001 300 G 0.614 0.223 0.101 0.047 0.013 0.002 0.001 301 S 0.754 0.170 0.050 0.020 0.006 0.001 0.001 302 Q 0.706 0.189 0.068 0.028 0.008 0.001 0.001 303 S 0.634 0.206 0.096 0.047 0.014 0.003 0.001 304 A 0.635 0.206 0.097 0.046 0.014 0.002 0.001