# TARGET T0413 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 161 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.599 0.216 0.092 0.055 0.026 0.009 0.002 2 N 0.381 0.241 0.187 0.129 0.042 0.017 0.003 3 A 0.207 0.202 0.222 0.201 0.099 0.057 0.011 4 M 0.139 0.084 0.104 0.194 0.228 0.197 0.054 5 K 0.142 0.203 0.216 0.201 0.126 0.086 0.026 6 P 0.094 0.084 0.084 0.142 0.203 0.268 0.125 7 A 0.110 0.133 0.147 0.183 0.179 0.164 0.083 8 D 0.095 0.138 0.160 0.199 0.175 0.159 0.073 9 L 0.081 0.084 0.100 0.163 0.203 0.235 0.135 10 T 0.095 0.100 0.121 0.191 0.202 0.201 0.090 11 N 0.124 0.180 0.186 0.189 0.144 0.123 0.053 12 A 0.098 0.101 0.129 0.189 0.214 0.192 0.077 13 D 0.125 0.189 0.176 0.195 0.167 0.116 0.032 14 R 0.091 0.136 0.172 0.216 0.192 0.151 0.042 15 I 0.077 0.088 0.106 0.191 0.247 0.226 0.065 16 A 0.100 0.156 0.177 0.209 0.195 0.135 0.028 17 L 0.114 0.139 0.176 0.231 0.201 0.118 0.021 18 E 0.246 0.285 0.200 0.144 0.082 0.037 0.005 19 L 0.152 0.161 0.191 0.229 0.168 0.087 0.011 20 G 0.230 0.198 0.189 0.179 0.131 0.065 0.008 21 H 0.322 0.247 0.183 0.138 0.073 0.033 0.004 22 A 0.372 0.235 0.168 0.125 0.066 0.029 0.004 23 G 0.372 0.244 0.163 0.119 0.067 0.030 0.004 24 R 0.319 0.248 0.187 0.137 0.070 0.033 0.006 25 N 0.276 0.213 0.162 0.156 0.120 0.061 0.012 26 A 0.150 0.211 0.188 0.195 0.148 0.089 0.018 27 I 0.085 0.094 0.110 0.179 0.254 0.226 0.053 28 P 0.101 0.168 0.169 0.197 0.192 0.143 0.030 29 Y 0.081 0.121 0.155 0.206 0.241 0.164 0.032 30 L 0.089 0.130 0.166 0.220 0.223 0.146 0.026 31 D 0.171 0.198 0.201 0.203 0.151 0.067 0.008 32 D 0.337 0.272 0.188 0.126 0.054 0.021 0.002 33 D 0.445 0.248 0.156 0.096 0.040 0.013 0.001 34 R 0.499 0.244 0.138 0.080 0.028 0.010 0.001 35 N 0.460 0.238 0.147 0.095 0.044 0.016 0.001 36 A 0.424 0.258 0.159 0.101 0.042 0.015 0.002 37 D 0.336 0.287 0.192 0.112 0.052 0.019 0.002 38 R 0.154 0.228 0.236 0.212 0.117 0.047 0.007 39 P 0.067 0.142 0.178 0.233 0.221 0.135 0.023 40 F 0.028 0.051 0.074 0.155 0.284 0.327 0.080 41 T 0.024 0.072 0.132 0.241 0.223 0.237 0.070 42 L 0.016 0.022 0.034 0.074 0.176 0.422 0.257 43 N 0.027 0.061 0.095 0.152 0.219 0.288 0.157 44 T 0.033 0.059 0.086 0.163 0.255 0.280 0.123 45 Y 0.044 0.087 0.129 0.181 0.233 0.248 0.078 46 R 0.081 0.144 0.177 0.230 0.217 0.130 0.021 47 P 0.184 0.213 0.189 0.174 0.152 0.078 0.009 48 Y 0.255 0.260 0.216 0.157 0.083 0.028 0.002 49 G 0.453 0.303 0.145 0.064 0.025 0.008 0.001 50 Y 0.246 0.201 0.225 0.219 0.086 0.022 0.001 51 T 0.519 0.267 0.125 0.058 0.026 0.006 0.001 52 P 0.457 0.304 0.144 0.070 0.021 0.004 0.001 53 D 0.468 0.392 0.088 0.033 0.016 0.003 0.001 54 R 0.031 0.117 0.181 0.336 0.242 0.088 0.005 55 P 0.005 0.035 0.120 0.265 0.344 0.215 0.016 56 V 0.001 0.003 0.013 0.035 0.150 0.536 0.261 57 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.287 0.667 58 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.144 0.839 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.090 0.899 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.116 0.874 61 H 0.001 0.002 0.003 0.010 0.042 0.219 0.723 62 G 0.005 0.015 0.022 0.061 0.131 0.339 0.427 63 V 0.012 0.031 0.049 0.111 0.236 0.371 0.192 64 L 0.030 0.063 0.083 0.152 0.259 0.299 0.113 65 R 0.070 0.125 0.166 0.192 0.230 0.166 0.050 66 N 0.122 0.183 0.186 0.201 0.151 0.117 0.040 67 G 0.149 0.147 0.161 0.190 0.181 0.134 0.038 68 A 0.259 0.239 0.211 0.162 0.079 0.042 0.009 69 D 0.186 0.240 0.237 0.186 0.094 0.046 0.011 70 Y 0.066 0.066 0.086 0.165 0.273 0.275 0.069 71 R 0.067 0.143 0.197 0.257 0.200 0.121 0.017 72 D 0.149 0.263 0.240 0.188 0.102 0.051 0.007 73 F 0.052 0.116 0.187 0.264 0.240 0.120 0.021 74 W 0.027 0.052 0.069 0.142 0.300 0.341 0.069 75 I 0.039 0.123 0.234 0.286 0.202 0.103 0.012 76 P 0.087 0.247 0.286 0.226 0.106 0.044 0.005 77 A 0.019 0.064 0.155 0.272 0.312 0.163 0.016 78 A 0.020 0.046 0.105 0.250 0.385 0.177 0.017 79 D 0.128 0.393 0.244 0.126 0.087 0.021 0.001 80 R 0.088 0.288 0.229 0.226 0.122 0.042 0.005 81 H 0.007 0.045 0.143 0.292 0.325 0.177 0.012 82 K 0.003 0.025 0.139 0.349 0.280 0.186 0.018 83 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.091 0.570 0.330 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.234 0.750 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.919 86 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 0.932 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.915 88 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.243 0.727 89 T 0.002 0.022 0.065 0.164 0.226 0.322 0.200 90 F 0.002 0.010 0.027 0.079 0.322 0.466 0.094 91 S 0.018 0.059 0.107 0.190 0.314 0.268 0.044 92 D 0.086 0.197 0.251 0.212 0.152 0.089 0.013 93 E 0.139 0.225 0.238 0.222 0.110 0.056 0.011 94 I 0.122 0.121 0.128 0.175 0.248 0.172 0.034 95 W 0.119 0.152 0.168 0.215 0.181 0.135 0.029 96 P 0.178 0.193 0.186 0.187 0.136 0.097 0.024 97 G 0.202 0.207 0.172 0.176 0.129 0.087 0.027 98 V 0.154 0.136 0.130 0.153 0.206 0.166 0.056 99 E 0.215 0.209 0.172 0.163 0.117 0.091 0.033 100 S 0.225 0.210 0.153 0.147 0.119 0.107 0.039 101 Y 0.127 0.126 0.149 0.178 0.188 0.170 0.062 102 N 0.182 0.170 0.151 0.167 0.153 0.127 0.050 103 N 0.203 0.203 0.160 0.145 0.135 0.109 0.046 104 G 0.167 0.181 0.157 0.164 0.160 0.119 0.052 105 R 0.148 0.165 0.143 0.163 0.165 0.151 0.065 106 A 0.102 0.108 0.091 0.134 0.193 0.255 0.116 107 F 0.077 0.095 0.098 0.133 0.188 0.276 0.132 108 T 0.103 0.108 0.098 0.154 0.193 0.231 0.113 109 A 0.131 0.147 0.137 0.157 0.191 0.175 0.061 110 A 0.186 0.200 0.184 0.174 0.137 0.092 0.026 111 G 0.268 0.228 0.171 0.145 0.103 0.066 0.019 112 N 0.206 0.182 0.179 0.183 0.141 0.089 0.019 113 P 0.263 0.207 0.186 0.159 0.108 0.065 0.012 114 R 0.326 0.255 0.169 0.129 0.074 0.041 0.007 115 H 0.231 0.203 0.190 0.184 0.116 0.066 0.010 116 V 0.208 0.175 0.196 0.201 0.134 0.075 0.011 117 D 0.370 0.287 0.153 0.096 0.057 0.031 0.006 118 G 0.153 0.177 0.194 0.214 0.156 0.088 0.018 119 W 0.083 0.135 0.171 0.209 0.223 0.149 0.030 120 T 0.047 0.116 0.150 0.199 0.214 0.216 0.058 121 Y 0.018 0.039 0.076 0.152 0.264 0.344 0.107 122 A 0.019 0.051 0.107 0.187 0.267 0.268 0.101 123 L 0.005 0.014 0.033 0.066 0.178 0.389 0.314 124 V 0.002 0.007 0.013 0.035 0.129 0.462 0.352 125 A 0.010 0.064 0.184 0.301 0.254 0.156 0.030 126 R 0.016 0.092 0.236 0.323 0.224 0.092 0.017 127 V 0.001 0.005 0.011 0.033 0.190 0.615 0.144 128 L 0.006 0.030 0.095 0.297 0.348 0.205 0.019 129 A 0.107 0.390 0.275 0.145 0.059 0.024 0.001 130 N 0.025 0.110 0.296 0.384 0.148 0.036 0.002 131 I 0.017 0.021 0.044 0.126 0.384 0.377 0.031 132 R 0.080 0.233 0.313 0.244 0.104 0.025 0.001 133 A 0.283 0.374 0.178 0.106 0.043 0.015 0.001 134 A 0.142 0.218 0.259 0.248 0.100 0.031 0.002 135 E 0.162 0.218 0.215 0.209 0.137 0.054 0.004 136 I 0.120 0.211 0.252 0.214 0.137 0.060 0.007 137 A 0.084 0.095 0.136 0.232 0.279 0.149 0.026 138 D 0.094 0.227 0.251 0.207 0.140 0.070 0.011 139 C 0.044 0.118 0.192 0.256 0.231 0.133 0.026 140 E 0.068 0.202 0.195 0.216 0.203 0.099 0.018 141 Q 0.006 0.032 0.091 0.238 0.320 0.258 0.055 142 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.080 0.462 0.441 143 Y 0.001 0.002 0.007 0.026 0.070 0.317 0.577 144 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.140 0.840 145 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.115 0.871 146 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.108 0.881 147 H 0.001 0.002 0.003 0.008 0.028 0.160 0.799 148 S 0.002 0.006 0.009 0.029 0.079 0.288 0.587 149 A 0.003 0.008 0.013 0.039 0.128 0.343 0.466 150 G 0.005 0.010 0.016 0.041 0.099 0.282 0.547 151 G 0.003 0.007 0.011 0.022 0.071 0.253 0.634 152 Q 0.005 0.009 0.015 0.035 0.084 0.198 0.656 153 F 0.001 0.002 0.002 0.006 0.024 0.168 0.797 154 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.117 0.853 155 H 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.141 0.830 156 R 0.001 0.002 0.005 0.015 0.055 0.211 0.710 157 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.038 0.237 0.710 158 M 0.004 0.008 0.013 0.046 0.091 0.312 0.526 159 S 0.010 0.023 0.043 0.118 0.196 0.361 0.248 160 S 0.026 0.075 0.147 0.252 0.242 0.204 0.055 161 Q 0.068 0.124 0.188 0.224 0.202 0.163 0.032 162 P 0.188 0.205 0.195 0.190 0.134 0.073 0.015 163 H 0.282 0.278 0.186 0.128 0.077 0.040 0.009 164 A 0.066 0.105 0.155 0.225 0.250 0.158 0.041 165 P 0.027 0.070 0.102 0.180 0.277 0.265 0.080 166 F 0.010 0.030 0.062 0.139 0.273 0.356 0.130 167 H 0.004 0.013 0.034 0.088 0.225 0.404 0.232 168 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.077 0.352 0.546 169 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.166 0.816 170 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.116 0.870 171 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.134 0.837 172 A 0.001 0.002 0.003 0.011 0.043 0.243 0.697 173 N 0.002 0.007 0.012 0.034 0.103 0.325 0.518 174 P 0.008 0.019 0.028 0.064 0.135 0.314 0.432 175 G 0.016 0.034 0.048 0.088 0.164 0.307 0.343 176 W 0.022 0.040 0.053 0.096 0.190 0.304 0.295 177 Y 0.029 0.047 0.056 0.088 0.173 0.320 0.286 178 T 0.039 0.074 0.089 0.155 0.207 0.265 0.169 179 L 0.044 0.070 0.092 0.143 0.226 0.289 0.137 180 P 0.085 0.130 0.166 0.241 0.209 0.135 0.034 181 T 0.225 0.283 0.213 0.142 0.084 0.044 0.009 182 F 0.115 0.133 0.204 0.264 0.177 0.091 0.015 183 E 0.306 0.287 0.180 0.120 0.068 0.034 0.005 184 H 0.161 0.191 0.226 0.230 0.122 0.061 0.009 185 R 0.200 0.243 0.196 0.171 0.119 0.061 0.010 186 F 0.092 0.112 0.126 0.200 0.244 0.191 0.034 187 P 0.115 0.168 0.182 0.211 0.177 0.123 0.024 188 E 0.122 0.175 0.204 0.207 0.158 0.107 0.026 189 G 0.086 0.115 0.113 0.170 0.235 0.216 0.065 190 L 0.074 0.108 0.151 0.200 0.226 0.191 0.049 191 D 0.163 0.215 0.219 0.210 0.108 0.069 0.016 192 G 0.211 0.221 0.194 0.170 0.122 0.068 0.013 193 V 0.128 0.114 0.134 0.201 0.237 0.158 0.027 194 G 0.256 0.294 0.197 0.130 0.077 0.041 0.005 195 L 0.181 0.195 0.216 0.216 0.120 0.064 0.009 196 T 0.299 0.232 0.182 0.146 0.093 0.043 0.006 197 E 0.365 0.270 0.169 0.112 0.057 0.024 0.004 198 D 0.322 0.267 0.181 0.128 0.069 0.028 0.004 199 H 0.110 0.190 0.221 0.237 0.155 0.077 0.010 200 L 0.060 0.102 0.144 0.228 0.254 0.188 0.024 201 A 0.105 0.197 0.233 0.235 0.146 0.075 0.008 202 R 0.105 0.204 0.236 0.235 0.144 0.068 0.008 203 L 0.047 0.081 0.132 0.225 0.266 0.213 0.036 204 L 0.048 0.087 0.154 0.255 0.275 0.155 0.026 205 A 0.145 0.285 0.219 0.168 0.108 0.062 0.013 206 Y 0.049 0.100 0.175 0.264 0.239 0.144 0.029 207 P 0.054 0.132 0.175 0.231 0.215 0.154 0.038 208 M 0.016 0.029 0.052 0.124 0.249 0.376 0.154 209 T 0.017 0.026 0.039 0.092 0.182 0.368 0.277 210 I 0.013 0.021 0.031 0.066 0.138 0.355 0.377 211 L 0.012 0.020 0.032 0.072 0.153 0.321 0.390 212 A 0.019 0.037 0.056 0.109 0.188 0.317 0.275 213 G 0.039 0.077 0.109 0.176 0.228 0.240 0.131 214 D 0.094 0.172 0.207 0.214 0.152 0.116 0.045 215 Q 0.088 0.123 0.170 0.213 0.204 0.154 0.049 216 D 0.114 0.126 0.135 0.183 0.199 0.184 0.059 217 I 0.120 0.117 0.121 0.173 0.215 0.199 0.055 218 A 0.177 0.202 0.163 0.178 0.148 0.108 0.026 219 T 0.184 0.169 0.173 0.185 0.162 0.104 0.023 220 D 0.276 0.246 0.178 0.159 0.088 0.044 0.009 221 D 0.354 0.239 0.174 0.125 0.070 0.033 0.005 222 P 0.362 0.242 0.186 0.130 0.055 0.023 0.003 223 N 0.356 0.277 0.176 0.113 0.051 0.023 0.003 224 L 0.159 0.119 0.158 0.238 0.209 0.104 0.012 225 P 0.413 0.300 0.152 0.084 0.038 0.012 0.001 226 S 0.501 0.300 0.113 0.056 0.022 0.008 0.001 227 E 0.312 0.258 0.185 0.146 0.069 0.025 0.004 228 P 0.142 0.160 0.200 0.237 0.172 0.080 0.009 229 A 0.186 0.259 0.230 0.176 0.094 0.048 0.007 230 A 0.095 0.112 0.161 0.226 0.233 0.150 0.023 231 L 0.115 0.153 0.179 0.209 0.194 0.129 0.020 232 R 0.183 0.193 0.183 0.187 0.154 0.085 0.014 233 Q 0.223 0.224 0.191 0.169 0.112 0.066 0.015 234 G 0.169 0.148 0.152 0.187 0.183 0.131 0.029 235 P 0.305 0.273 0.191 0.126 0.064 0.034 0.008 236 H 0.208 0.213 0.188 0.191 0.122 0.064 0.014 237 R 0.092 0.139 0.175 0.202 0.216 0.146 0.031 238 Y 0.072 0.089 0.124 0.216 0.248 0.205 0.047 239 A 0.150 0.225 0.201 0.179 0.152 0.078 0.015 240 R 0.072 0.132 0.196 0.245 0.192 0.127 0.035 241 A 0.038 0.053 0.071 0.131 0.255 0.339 0.113 242 R 0.068 0.158 0.258 0.265 0.147 0.087 0.018 243 H 0.056 0.111 0.189 0.248 0.205 0.150 0.041 244 Y 0.034 0.047 0.065 0.128 0.251 0.361 0.114 245 Y 0.042 0.066 0.102 0.210 0.272 0.248 0.060 246 E 0.115 0.265 0.263 0.194 0.104 0.050 0.008 247 A 0.061 0.121 0.175 0.259 0.237 0.130 0.017 248 G 0.068 0.110 0.154 0.232 0.274 0.147 0.015 249 Q 0.147 0.245 0.256 0.198 0.109 0.042 0.003 250 R 0.196 0.256 0.249 0.184 0.085 0.027 0.002 251 A 0.139 0.196 0.239 0.243 0.136 0.044 0.002 252 A 0.185 0.180 0.224 0.221 0.143 0.045 0.002 253 A 0.484 0.302 0.119 0.062 0.026 0.007 0.001 254 Q 0.529 0.274 0.121 0.055 0.017 0.005 0.001 255 R 0.356 0.250 0.200 0.138 0.044 0.011 0.001 256 G 0.375 0.340 0.177 0.073 0.026 0.008 0.001 257 L 0.104 0.113 0.185 0.292 0.217 0.082 0.008 258 P 0.224 0.362 0.210 0.115 0.061 0.025 0.002 259 F 0.059 0.110 0.170 0.281 0.229 0.137 0.015 260 G 0.102 0.256 0.271 0.202 0.116 0.047 0.006 261 W 0.027 0.052 0.094 0.206 0.296 0.270 0.055 262 Q 0.039 0.142 0.203 0.258 0.218 0.121 0.019 263 L 0.018 0.054 0.103 0.226 0.299 0.262 0.038 264 Q 0.053 0.167 0.206 0.234 0.220 0.107 0.013 265 V 0.032 0.110 0.165 0.252 0.281 0.141 0.020 266 V 0.019 0.042 0.070 0.168 0.311 0.306 0.084 267 P 0.075 0.192 0.243 0.236 0.162 0.080 0.012 268 G 0.116 0.195 0.275 0.268 0.082 0.050 0.013 269 I 0.053 0.053 0.089 0.150 0.273 0.306 0.075 270 G 0.086 0.108 0.106 0.179 0.197 0.234 0.089 271 H 0.064 0.075 0.090 0.147 0.231 0.273 0.120 272 D 0.117 0.203 0.204 0.216 0.138 0.091 0.031 273 G 0.147 0.186 0.185 0.182 0.162 0.102 0.036 274 Q 0.204 0.248 0.210 0.166 0.101 0.054 0.017 275 A 0.090 0.155 0.210 0.238 0.168 0.108 0.031 276 M 0.042 0.043 0.063 0.127 0.206 0.341 0.178 277 S 0.039 0.047 0.062 0.129 0.200 0.341 0.181 278 Q 0.101 0.185 0.234 0.221 0.134 0.089 0.035 279 V 0.037 0.072 0.104 0.181 0.252 0.258 0.096 280 C 0.027 0.072 0.127 0.197 0.233 0.250 0.093 281 A 0.021 0.055 0.111 0.202 0.251 0.271 0.089 282 S 0.051 0.155 0.226 0.242 0.171 0.111 0.043 283 L 0.008 0.015 0.024 0.076 0.228 0.452 0.198 284 W 0.012 0.038 0.077 0.197 0.233 0.317 0.127 285 F 0.012 0.023 0.040 0.097 0.215 0.420 0.192 286 D 0.030 0.085 0.152 0.233 0.236 0.193 0.071 287 G 0.025 0.041 0.071 0.151 0.270 0.348 0.094 288 R 0.096 0.228 0.254 0.218 0.129 0.065 0.010 289 M 0.083 0.136 0.190 0.251 0.215 0.113 0.011 290 P 0.229 0.226 0.201 0.178 0.118 0.044 0.004 291 D 0.430 0.300 0.142 0.079 0.035 0.013 0.001 292 A 0.355 0.254 0.179 0.126 0.060 0.023 0.003 293 A 0.302 0.219 0.193 0.164 0.087 0.032 0.004 294 E 0.296 0.291 0.190 0.127 0.064 0.028 0.004 295 L 0.093 0.124 0.163 0.233 0.208 0.145 0.034 296 A 0.070 0.089 0.102 0.170 0.248 0.256 0.066 297 R 0.092 0.158 0.207 0.231 0.158 0.122 0.032 298 L 0.059 0.063 0.078 0.128 0.223 0.312 0.136 299 A 0.078 0.080 0.097 0.157 0.186 0.268 0.133 300 G 0.090 0.090 0.124 0.209 0.210 0.205 0.072 301 S 0.286 0.282 0.192 0.129 0.070 0.035 0.006 302 Q 0.342 0.232 0.161 0.144 0.078 0.038 0.005 303 S 0.579 0.217 0.093 0.061 0.033 0.014 0.002 304 A 0.672 0.204 0.067 0.035 0.014 0.006 0.001