# TARGET T0413 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17823 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.626 0.210 0.093 0.047 0.019 0.005 0.001 2 N 0.613 0.213 0.100 0.052 0.016 0.005 0.001 3 A 0.548 0.226 0.122 0.070 0.026 0.008 0.001 4 M 0.477 0.265 0.143 0.078 0.027 0.009 0.001 5 K 0.302 0.254 0.200 0.147 0.069 0.026 0.003 6 P 0.201 0.191 0.179 0.196 0.150 0.074 0.009 7 A 0.199 0.189 0.200 0.198 0.138 0.067 0.008 8 D 0.294 0.277 0.194 0.131 0.069 0.032 0.004 9 L 0.189 0.175 0.185 0.206 0.154 0.078 0.012 10 T 0.217 0.196 0.189 0.185 0.134 0.069 0.010 11 N 0.295 0.245 0.186 0.144 0.081 0.042 0.007 12 A 0.321 0.214 0.178 0.149 0.088 0.042 0.007 13 D 0.339 0.246 0.168 0.133 0.074 0.035 0.005 14 R 0.257 0.216 0.204 0.172 0.097 0.048 0.007 15 I 0.255 0.210 0.188 0.175 0.111 0.054 0.008 16 A 0.249 0.232 0.181 0.165 0.109 0.057 0.008 17 L 0.209 0.173 0.197 0.208 0.134 0.069 0.010 18 E 0.359 0.276 0.165 0.112 0.058 0.027 0.004 19 L 0.243 0.208 0.185 0.182 0.114 0.059 0.009 20 G 0.185 0.156 0.177 0.206 0.170 0.092 0.014 21 H 0.267 0.283 0.194 0.135 0.077 0.039 0.006 22 A 0.188 0.178 0.188 0.203 0.148 0.079 0.015 23 G 0.213 0.235 0.197 0.177 0.115 0.054 0.009 24 R 0.204 0.254 0.219 0.175 0.092 0.047 0.009 25 N 0.099 0.125 0.160 0.239 0.234 0.123 0.020 26 A 0.087 0.198 0.196 0.237 0.170 0.098 0.014 27 I 0.047 0.060 0.097 0.189 0.307 0.259 0.042 28 P 0.121 0.251 0.237 0.216 0.117 0.052 0.006 29 Y 0.083 0.123 0.198 0.222 0.244 0.119 0.012 30 L 0.130 0.213 0.246 0.246 0.115 0.045 0.004 31 D 0.244 0.218 0.223 0.166 0.108 0.038 0.002 32 D 0.440 0.245 0.156 0.111 0.037 0.011 0.001 33 D 0.700 0.217 0.056 0.018 0.007 0.002 0.001 34 R 0.440 0.250 0.175 0.105 0.023 0.006 0.001 35 N 0.476 0.258 0.149 0.074 0.033 0.008 0.001 36 A 0.379 0.273 0.194 0.112 0.033 0.009 0.001 37 D 0.452 0.355 0.123 0.043 0.020 0.005 0.001 38 R 0.073 0.174 0.227 0.313 0.159 0.050 0.004 39 P 0.021 0.130 0.237 0.298 0.207 0.100 0.008 40 F 0.005 0.019 0.040 0.128 0.301 0.427 0.079 41 T 0.004 0.033 0.127 0.324 0.256 0.218 0.038 42 L 0.002 0.005 0.010 0.032 0.139 0.547 0.264 43 N 0.005 0.032 0.096 0.207 0.279 0.283 0.098 44 T 0.004 0.015 0.030 0.095 0.240 0.440 0.175 45 Y 0.006 0.026 0.065 0.125 0.251 0.394 0.132 46 R 0.022 0.080 0.145 0.260 0.292 0.175 0.026 47 P 0.069 0.155 0.210 0.220 0.227 0.110 0.010 48 Y 0.201 0.280 0.229 0.175 0.088 0.026 0.001 49 G 0.459 0.312 0.146 0.055 0.021 0.006 0.001 50 Y 0.260 0.208 0.241 0.214 0.063 0.013 0.001 51 T 0.657 0.238 0.068 0.024 0.010 0.002 0.001 52 P 0.461 0.302 0.141 0.072 0.019 0.003 0.001 53 D 0.530 0.375 0.063 0.020 0.011 0.002 0.001 54 R 0.019 0.094 0.188 0.361 0.244 0.089 0.006 55 P 0.003 0.018 0.067 0.163 0.393 0.326 0.031 56 V 0.001 0.004 0.019 0.053 0.168 0.508 0.248 57 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.236 0.737 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.110 0.879 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.936 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.897 61 H 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.214 0.748 62 G 0.003 0.010 0.013 0.039 0.112 0.349 0.475 63 V 0.009 0.025 0.036 0.089 0.187 0.382 0.272 64 L 0.025 0.058 0.079 0.151 0.236 0.305 0.146 65 R 0.062 0.109 0.139 0.177 0.219 0.200 0.094 66 N 0.092 0.123 0.113 0.155 0.189 0.204 0.124 67 G 0.100 0.148 0.175 0.184 0.173 0.149 0.071 68 A 0.137 0.177 0.213 0.214 0.131 0.093 0.036 69 D 0.079 0.147 0.191 0.208 0.195 0.127 0.053 70 Y 0.022 0.035 0.047 0.110 0.246 0.379 0.162 71 R 0.028 0.100 0.188 0.277 0.215 0.162 0.030 72 D 0.050 0.151 0.212 0.258 0.187 0.117 0.025 73 F 0.009 0.031 0.071 0.159 0.309 0.323 0.098 74 W 0.005 0.013 0.022 0.068 0.234 0.483 0.176 75 I 0.014 0.086 0.237 0.301 0.205 0.136 0.022 76 P 0.021 0.095 0.228 0.313 0.219 0.106 0.017 77 A 0.004 0.015 0.038 0.097 0.304 0.466 0.076 78 A 0.012 0.047 0.133 0.295 0.345 0.152 0.016 79 D 0.138 0.413 0.238 0.123 0.064 0.021 0.002 80 R 0.074 0.232 0.237 0.277 0.132 0.045 0.004 81 H 0.026 0.092 0.245 0.329 0.226 0.077 0.005 82 K 0.031 0.181 0.347 0.264 0.128 0.044 0.005 83 L 0.001 0.002 0.007 0.033 0.295 0.557 0.105 84 L 0.001 0.003 0.016 0.079 0.232 0.531 0.139 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.251 0.737 86 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.138 0.843 87 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.122 0.864 88 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.304 0.652 89 T 0.004 0.030 0.076 0.162 0.232 0.328 0.169 90 F 0.007 0.027 0.058 0.137 0.333 0.368 0.069 91 S 0.049 0.110 0.166 0.221 0.275 0.161 0.017 92 D 0.261 0.280 0.195 0.139 0.082 0.038 0.004 93 E 0.343 0.299 0.164 0.111 0.059 0.021 0.002 94 I 0.265 0.245 0.184 0.166 0.097 0.039 0.004 95 W 0.206 0.182 0.207 0.209 0.134 0.056 0.006 96 P 0.377 0.271 0.170 0.109 0.050 0.020 0.003 97 G 0.286 0.231 0.191 0.155 0.092 0.039 0.006 98 V 0.186 0.164 0.171 0.196 0.175 0.091 0.016 99 E 0.240 0.237 0.181 0.162 0.106 0.063 0.012 100 S 0.235 0.207 0.189 0.171 0.108 0.074 0.018 101 Y 0.201 0.164 0.181 0.197 0.139 0.095 0.023 102 N 0.257 0.192 0.151 0.152 0.129 0.094 0.026 103 N 0.238 0.182 0.152 0.160 0.132 0.104 0.032 104 G 0.260 0.203 0.164 0.153 0.115 0.082 0.023 105 R 0.282 0.214 0.161 0.148 0.106 0.070 0.019 106 A 0.290 0.226 0.141 0.133 0.111 0.077 0.021 107 F 0.187 0.172 0.171 0.179 0.153 0.111 0.027 108 T 0.231 0.196 0.170 0.172 0.122 0.086 0.022 109 A 0.248 0.202 0.178 0.160 0.120 0.074 0.018 110 A 0.290 0.224 0.165 0.147 0.100 0.059 0.015 111 G 0.251 0.193 0.155 0.168 0.129 0.085 0.018 112 N 0.208 0.186 0.170 0.188 0.132 0.099 0.017 113 P 0.235 0.192 0.178 0.168 0.122 0.089 0.017 114 R 0.270 0.216 0.162 0.155 0.110 0.073 0.015 115 H 0.213 0.195 0.179 0.178 0.133 0.086 0.016 116 V 0.219 0.193 0.199 0.178 0.116 0.078 0.017 117 D 0.338 0.258 0.153 0.114 0.076 0.048 0.013 118 G 0.150 0.187 0.194 0.202 0.146 0.095 0.026 119 W 0.051 0.103 0.158 0.229 0.250 0.172 0.037 120 T 0.027 0.082 0.115 0.179 0.241 0.277 0.079 121 Y 0.007 0.022 0.049 0.114 0.253 0.429 0.126 122 A 0.013 0.059 0.133 0.245 0.269 0.227 0.055 123 L 0.004 0.020 0.076 0.137 0.334 0.293 0.136 124 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.051 0.451 0.489 125 A 0.001 0.015 0.078 0.251 0.300 0.288 0.066 126 R 0.008 0.068 0.223 0.349 0.195 0.127 0.031 127 V 0.001 0.003 0.013 0.038 0.238 0.567 0.140 128 L 0.001 0.004 0.010 0.043 0.205 0.557 0.179 129 A 0.022 0.194 0.333 0.264 0.127 0.054 0.005 130 N 0.016 0.115 0.314 0.383 0.133 0.035 0.003 131 I 0.003 0.007 0.017 0.057 0.329 0.535 0.051 132 R 0.017 0.077 0.193 0.381 0.253 0.075 0.004 133 A 0.216 0.434 0.196 0.096 0.042 0.016 0.001 134 A 0.122 0.214 0.270 0.271 0.096 0.026 0.002 135 E 0.129 0.173 0.230 0.232 0.174 0.059 0.003 136 I 0.131 0.287 0.302 0.176 0.077 0.025 0.002 137 A 0.095 0.120 0.176 0.257 0.257 0.087 0.008 138 D 0.155 0.275 0.264 0.185 0.090 0.029 0.003 139 C 0.123 0.254 0.272 0.207 0.104 0.035 0.004 140 E 0.176 0.328 0.168 0.153 0.127 0.042 0.005 141 Q 0.004 0.035 0.114 0.302 0.325 0.196 0.023 142 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.110 0.558 0.315 143 Y 0.001 0.001 0.004 0.016 0.063 0.355 0.561 144 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.105 0.887 145 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.928 146 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.927 147 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.131 0.846 148 S 0.001 0.002 0.004 0.015 0.053 0.269 0.656 149 A 0.001 0.003 0.006 0.021 0.101 0.375 0.493 150 G 0.001 0.005 0.008 0.024 0.085 0.294 0.583 151 G 0.001 0.003 0.004 0.010 0.047 0.239 0.697 152 Q 0.002 0.004 0.009 0.022 0.065 0.192 0.706 153 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.151 0.821 154 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.101 0.881 155 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.147 0.825 156 R 0.001 0.003 0.008 0.019 0.075 0.252 0.641 157 L 0.001 0.003 0.006 0.019 0.076 0.339 0.556 158 M 0.003 0.009 0.016 0.058 0.135 0.422 0.357 159 S 0.013 0.047 0.112 0.217 0.297 0.255 0.059 160 S 0.049 0.159 0.271 0.290 0.154 0.071 0.007 161 Q 0.116 0.174 0.234 0.241 0.162 0.068 0.005 162 P 0.373 0.280 0.154 0.111 0.061 0.020 0.002 163 H 0.504 0.308 0.109 0.051 0.020 0.007 0.001 164 A 0.178 0.224 0.256 0.215 0.095 0.028 0.003 165 P 0.093 0.233 0.262 0.224 0.135 0.047 0.007 166 F 0.014 0.040 0.087 0.193 0.344 0.271 0.049 167 H 0.011 0.055 0.126 0.247 0.314 0.218 0.029 168 A 0.003 0.015 0.047 0.121 0.266 0.421 0.127 169 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.292 0.668 170 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.147 0.838 171 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.094 0.887 172 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.157 0.809 173 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.221 0.745 174 P 0.002 0.005 0.008 0.020 0.060 0.234 0.670 175 G 0.008 0.017 0.021 0.058 0.109 0.297 0.491 176 W 0.012 0.022 0.032 0.074 0.168 0.363 0.329 177 Y 0.028 0.052 0.066 0.117 0.208 0.309 0.220 178 T 0.058 0.099 0.100 0.146 0.201 0.246 0.150 179 L 0.114 0.147 0.154 0.186 0.183 0.147 0.069 180 P 0.209 0.205 0.174 0.166 0.130 0.087 0.028 181 T 0.196 0.196 0.184 0.182 0.131 0.088 0.024 182 F 0.174 0.153 0.174 0.204 0.169 0.105 0.021 183 E 0.295 0.243 0.181 0.144 0.086 0.044 0.007 184 H 0.308 0.234 0.193 0.145 0.080 0.035 0.005 185 R 0.261 0.219 0.197 0.178 0.099 0.041 0.005 186 F 0.240 0.196 0.182 0.186 0.136 0.056 0.005 187 P 0.394 0.262 0.154 0.109 0.057 0.021 0.002 188 E 0.490 0.280 0.121 0.067 0.030 0.011 0.001 189 G 0.265 0.220 0.205 0.181 0.089 0.036 0.004 190 L 0.223 0.175 0.238 0.207 0.112 0.041 0.004 191 D 0.480 0.273 0.141 0.071 0.025 0.009 0.001 192 G 0.485 0.241 0.130 0.088 0.040 0.014 0.002 193 V 0.306 0.204 0.169 0.167 0.103 0.045 0.005 194 G 0.301 0.289 0.178 0.124 0.068 0.036 0.004 195 L 0.183 0.187 0.208 0.207 0.137 0.069 0.009 196 T 0.184 0.211 0.209 0.186 0.134 0.067 0.010 197 E 0.173 0.200 0.212 0.197 0.137 0.069 0.011 198 D 0.239 0.266 0.226 0.153 0.077 0.033 0.006 199 H 0.180 0.241 0.213 0.209 0.104 0.046 0.006 200 L 0.047 0.119 0.194 0.282 0.204 0.136 0.017 201 A 0.044 0.064 0.104 0.215 0.271 0.261 0.042 202 R 0.148 0.316 0.222 0.174 0.095 0.041 0.004 203 L 0.061 0.158 0.201 0.276 0.189 0.098 0.016 204 L 0.023 0.049 0.109 0.226 0.320 0.233 0.040 205 A 0.058 0.210 0.233 0.219 0.167 0.093 0.020 206 Y 0.013 0.044 0.102 0.206 0.304 0.248 0.082 207 P 0.008 0.033 0.076 0.163 0.296 0.326 0.099 208 M 0.003 0.008 0.017 0.044 0.143 0.448 0.337 209 T 0.003 0.005 0.011 0.033 0.084 0.309 0.554 210 I 0.003 0.004 0.008 0.023 0.064 0.273 0.626 211 L 0.002 0.005 0.008 0.021 0.073 0.295 0.595 212 A 0.008 0.024 0.040 0.091 0.170 0.328 0.339 213 G 0.021 0.051 0.082 0.160 0.232 0.292 0.162 214 D 0.063 0.140 0.196 0.219 0.191 0.144 0.047 215 Q 0.113 0.172 0.193 0.203 0.169 0.116 0.035 216 D 0.099 0.114 0.146 0.199 0.237 0.166 0.039 217 I 0.119 0.180 0.198 0.223 0.158 0.105 0.017 218 A 0.111 0.139 0.161 0.200 0.222 0.149 0.019 219 T 0.127 0.157 0.201 0.241 0.178 0.085 0.011 220 D 0.317 0.274 0.193 0.127 0.064 0.022 0.002 221 D 0.464 0.277 0.151 0.079 0.023 0.006 0.001 222 P 0.603 0.254 0.089 0.039 0.012 0.003 0.001 223 N 0.374 0.320 0.167 0.097 0.031 0.010 0.001 224 L 0.104 0.103 0.175 0.274 0.248 0.091 0.006 225 P 0.283 0.373 0.206 0.095 0.035 0.008 0.001 226 S 0.251 0.368 0.208 0.114 0.048 0.011 0.001 227 E 0.048 0.113 0.173 0.287 0.276 0.097 0.007 228 P 0.040 0.142 0.242 0.327 0.188 0.060 0.003 229 A 0.154 0.321 0.275 0.162 0.067 0.019 0.001 230 A 0.034 0.115 0.278 0.371 0.163 0.037 0.002 231 L 0.030 0.046 0.087 0.181 0.397 0.244 0.015 232 R 0.129 0.276 0.297 0.210 0.071 0.016 0.001 233 Q 0.428 0.355 0.130 0.062 0.019 0.005 0.001 234 G 0.171 0.180 0.241 0.254 0.115 0.035 0.003 235 P 0.338 0.231 0.189 0.142 0.073 0.025 0.002 236 H 0.386 0.271 0.166 0.107 0.048 0.020 0.003 237 R 0.306 0.230 0.186 0.146 0.087 0.039 0.006 238 Y 0.257 0.216 0.182 0.158 0.114 0.062 0.011 239 A 0.290 0.228 0.165 0.142 0.101 0.060 0.014 240 R 0.281 0.214 0.171 0.148 0.107 0.062 0.017 241 A 0.289 0.197 0.141 0.146 0.123 0.081 0.023 242 R 0.247 0.221 0.171 0.147 0.115 0.079 0.021 243 H 0.193 0.182 0.159 0.179 0.150 0.111 0.026 244 Y 0.173 0.183 0.152 0.171 0.163 0.130 0.028 245 Y 0.177 0.169 0.194 0.192 0.141 0.103 0.025 246 E 0.316 0.221 0.165 0.139 0.089 0.054 0.016 247 A 0.232 0.187 0.171 0.170 0.134 0.083 0.023 248 G 0.214 0.184 0.156 0.181 0.142 0.099 0.024 249 Q 0.204 0.203 0.176 0.175 0.127 0.096 0.019 250 R 0.200 0.196 0.161 0.177 0.146 0.101 0.020 251 A 0.153 0.173 0.156 0.192 0.177 0.130 0.020 252 A 0.147 0.159 0.189 0.206 0.167 0.114 0.017 253 A 0.296 0.215 0.189 0.158 0.085 0.049 0.008 254 Q 0.418 0.235 0.157 0.102 0.056 0.026 0.005 255 R 0.307 0.212 0.178 0.162 0.090 0.045 0.007 256 G 0.324 0.273 0.164 0.119 0.072 0.042 0.006 257 L 0.174 0.200 0.221 0.217 0.112 0.068 0.009 258 P 0.219 0.266 0.209 0.153 0.096 0.048 0.008 259 F 0.074 0.142 0.207 0.278 0.192 0.095 0.013 260 G 0.060 0.200 0.235 0.233 0.169 0.091 0.012 261 W 0.015 0.046 0.100 0.252 0.313 0.240 0.034 262 Q 0.014 0.088 0.175 0.312 0.241 0.152 0.018 263 L 0.006 0.020 0.041 0.123 0.291 0.440 0.080 264 Q 0.011 0.070 0.147 0.269 0.294 0.187 0.022 265 V 0.010 0.053 0.113 0.252 0.359 0.187 0.026 266 V 0.011 0.039 0.081 0.184 0.342 0.288 0.055 267 P 0.083 0.218 0.256 0.233 0.146 0.055 0.009 268 G 0.114 0.201 0.305 0.252 0.073 0.042 0.012 269 I 0.061 0.078 0.189 0.268 0.218 0.157 0.029 270 G 0.139 0.149 0.141 0.204 0.150 0.164 0.054 271 H 0.075 0.055 0.058 0.094 0.172 0.344 0.202 272 D 0.139 0.162 0.147 0.196 0.138 0.133 0.085 273 G 0.140 0.108 0.095 0.113 0.182 0.214 0.147 274 Q 0.159 0.173 0.127 0.149 0.140 0.146 0.105 275 A 0.137 0.149 0.164 0.168 0.165 0.143 0.075 276 M 0.145 0.158 0.163 0.190 0.151 0.129 0.064 277 S 0.208 0.199 0.174 0.155 0.129 0.097 0.037 278 Q 0.196 0.186 0.171 0.171 0.135 0.105 0.036 279 V 0.189 0.196 0.196 0.185 0.133 0.082 0.020 280 C 0.093 0.150 0.185 0.214 0.200 0.126 0.032 281 A 0.052 0.089 0.109 0.182 0.249 0.252 0.068 282 S 0.040 0.115 0.182 0.236 0.231 0.171 0.024 283 L 0.059 0.170 0.243 0.258 0.172 0.085 0.012 284 W 0.013 0.049 0.150 0.263 0.330 0.163 0.032 285 F 0.006 0.015 0.021 0.066 0.238 0.513 0.141 286 D 0.015 0.115 0.283 0.366 0.165 0.053 0.002 287 G 0.101 0.382 0.261 0.189 0.052 0.015 0.001 288 R 0.007 0.036 0.143 0.369 0.324 0.118 0.003 289 M 0.014 0.031 0.085 0.223 0.429 0.211 0.007 290 P 0.213 0.460 0.224 0.079 0.022 0.003 0.001 291 D 0.475 0.405 0.082 0.030 0.007 0.001 0.001 292 A 0.236 0.253 0.254 0.192 0.058 0.007 0.001 293 A 0.477 0.299 0.140 0.061 0.021 0.003 0.001 294 E 0.568 0.302 0.093 0.029 0.007 0.001 0.001 295 L 0.328 0.225 0.235 0.153 0.050 0.008 0.001 296 A 0.502 0.265 0.143 0.065 0.021 0.004 0.001 297 R 0.585 0.258 0.103 0.040 0.012 0.003 0.001 298 L 0.449 0.223 0.164 0.111 0.042 0.010 0.001 299 A 0.571 0.236 0.112 0.054 0.021 0.006 0.001 300 G 0.622 0.219 0.094 0.045 0.016 0.005 0.001 301 S 0.617 0.214 0.095 0.047 0.020 0.007 0.001 302 Q 0.488 0.221 0.143 0.092 0.039 0.016 0.002 303 S 0.540 0.207 0.122 0.076 0.036 0.016 0.002 304 A 0.572 0.201 0.110 0.068 0.030 0.016 0.003