# TARGET T0413 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0413.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2041 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.664 0.183 0.098 0.038 0.013 0.004 0.001 2 N 0.684 0.184 0.089 0.031 0.009 0.002 0.001 3 A 0.621 0.201 0.115 0.044 0.014 0.004 0.001 4 M 0.593 0.230 0.121 0.041 0.012 0.003 0.001 5 K 0.508 0.300 0.111 0.056 0.019 0.006 0.001 6 P 0.241 0.225 0.212 0.189 0.102 0.029 0.002 7 A 0.264 0.275 0.200 0.171 0.069 0.020 0.002 8 D 0.162 0.235 0.253 0.206 0.111 0.031 0.003 9 L 0.060 0.064 0.110 0.227 0.333 0.191 0.015 10 T 0.185 0.260 0.248 0.202 0.076 0.026 0.003 11 N 0.317 0.303 0.207 0.103 0.051 0.017 0.002 12 A 0.160 0.160 0.186 0.252 0.162 0.072 0.008 13 D 0.374 0.281 0.188 0.101 0.038 0.016 0.002 14 R 0.346 0.326 0.183 0.093 0.037 0.013 0.002 15 I 0.143 0.157 0.180 0.232 0.193 0.088 0.007 16 A 0.148 0.191 0.231 0.218 0.143 0.063 0.007 17 L 0.208 0.232 0.196 0.208 0.113 0.040 0.004 18 E 0.299 0.288 0.216 0.124 0.054 0.017 0.002 19 L 0.181 0.144 0.172 0.233 0.192 0.071 0.007 20 G 0.426 0.293 0.159 0.086 0.026 0.009 0.001 21 H 0.472 0.280 0.135 0.073 0.030 0.009 0.001 22 A 0.332 0.245 0.191 0.139 0.067 0.023 0.002 23 G 0.284 0.242 0.197 0.153 0.087 0.033 0.003 24 R 0.287 0.266 0.184 0.168 0.071 0.023 0.003 25 N 0.410 0.278 0.177 0.083 0.035 0.015 0.002 26 A 0.126 0.160 0.198 0.239 0.176 0.088 0.012 27 I 0.088 0.140 0.182 0.250 0.215 0.111 0.014 28 P 0.116 0.201 0.227 0.212 0.147 0.083 0.015 29 Y 0.073 0.093 0.135 0.218 0.250 0.200 0.030 30 L 0.110 0.178 0.206 0.250 0.169 0.077 0.010 31 D 0.233 0.223 0.186 0.194 0.108 0.049 0.007 32 D 0.451 0.279 0.168 0.066 0.024 0.010 0.001 33 D 0.335 0.220 0.192 0.147 0.080 0.024 0.002 34 R 0.485 0.301 0.116 0.073 0.019 0.005 0.001 35 N 0.608 0.221 0.115 0.038 0.015 0.004 0.001 36 A 0.324 0.240 0.197 0.154 0.068 0.016 0.001 37 D 0.500 0.351 0.096 0.041 0.009 0.003 0.001 38 R 0.230 0.274 0.183 0.169 0.119 0.023 0.002 39 P 0.185 0.339 0.186 0.194 0.065 0.027 0.004 40 F 0.019 0.038 0.098 0.220 0.405 0.198 0.022 41 T 0.035 0.112 0.219 0.279 0.199 0.123 0.033 42 L 0.009 0.027 0.064 0.125 0.274 0.363 0.139 43 N 0.017 0.053 0.084 0.139 0.193 0.314 0.199 44 T 0.015 0.030 0.057 0.109 0.197 0.336 0.255 45 Y 0.024 0.040 0.069 0.118 0.199 0.334 0.215 46 R 0.029 0.073 0.153 0.242 0.255 0.198 0.050 47 P 0.034 0.059 0.098 0.171 0.319 0.284 0.036 48 Y 0.085 0.205 0.255 0.252 0.141 0.058 0.005 49 G 0.261 0.459 0.161 0.081 0.028 0.010 0.001 50 Y 0.068 0.107 0.206 0.383 0.190 0.045 0.001 51 T 0.399 0.304 0.179 0.089 0.023 0.006 0.001 52 P 0.432 0.326 0.166 0.059 0.014 0.003 0.001 53 D 0.318 0.361 0.231 0.064 0.019 0.006 0.001 54 R 0.006 0.046 0.144 0.306 0.347 0.141 0.009 55 P 0.002 0.015 0.054 0.174 0.396 0.312 0.047 56 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.060 0.495 0.430 57 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.217 0.768 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.099 0.894 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 0.913 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.137 0.843 61 H 0.001 0.002 0.005 0.017 0.058 0.254 0.664 62 G 0.003 0.009 0.018 0.048 0.121 0.334 0.467 63 V 0.011 0.021 0.040 0.095 0.191 0.364 0.278 64 L 0.045 0.072 0.101 0.160 0.236 0.256 0.131 65 R 0.101 0.128 0.166 0.195 0.179 0.167 0.064 66 N 0.131 0.137 0.154 0.180 0.196 0.154 0.048 67 G 0.177 0.173 0.180 0.190 0.145 0.103 0.031 68 A 0.349 0.259 0.162 0.126 0.064 0.032 0.008 69 D 0.209 0.244 0.214 0.167 0.101 0.055 0.011 70 Y 0.068 0.076 0.113 0.190 0.257 0.243 0.054 71 R 0.088 0.156 0.204 0.234 0.170 0.114 0.034 72 D 0.137 0.257 0.224 0.197 0.113 0.057 0.016 73 F 0.040 0.091 0.171 0.250 0.247 0.161 0.040 74 W 0.019 0.028 0.044 0.099 0.232 0.423 0.154 75 I 0.027 0.071 0.161 0.244 0.280 0.173 0.045 76 P 0.065 0.228 0.262 0.230 0.127 0.071 0.017 77 A 0.026 0.078 0.172 0.273 0.272 0.164 0.016 78 A 0.022 0.036 0.069 0.173 0.361 0.300 0.040 79 D 0.082 0.273 0.296 0.217 0.101 0.028 0.003 80 R 0.170 0.417 0.225 0.123 0.045 0.016 0.003 81 H 0.026 0.144 0.223 0.313 0.206 0.078 0.009 82 K 0.022 0.122 0.273 0.312 0.177 0.082 0.013 83 L 0.001 0.003 0.015 0.069 0.348 0.483 0.081 84 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.063 0.540 0.384 85 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.229 0.751 86 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.152 0.840 87 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.053 0.217 0.714 88 P 0.001 0.001 0.002 0.010 0.052 0.346 0.589 89 T 0.003 0.024 0.092 0.183 0.227 0.309 0.162 90 F 0.004 0.015 0.039 0.127 0.278 0.413 0.124 91 S 0.027 0.100 0.164 0.238 0.237 0.184 0.051 92 D 0.123 0.193 0.195 0.205 0.152 0.104 0.028 93 E 0.165 0.215 0.211 0.194 0.125 0.070 0.019 94 I 0.105 0.137 0.153 0.202 0.208 0.155 0.038 95 W 0.121 0.160 0.166 0.214 0.179 0.126 0.034 96 P 0.222 0.194 0.161 0.164 0.135 0.094 0.030 97 G 0.257 0.234 0.171 0.168 0.097 0.054 0.019 98 V 0.251 0.204 0.143 0.161 0.129 0.084 0.027 99 E 0.327 0.213 0.151 0.131 0.085 0.065 0.029 100 S 0.233 0.197 0.145 0.146 0.127 0.103 0.049 101 Y 0.160 0.166 0.155 0.193 0.142 0.127 0.059 102 N 0.138 0.145 0.140 0.161 0.177 0.161 0.078 103 N 0.110 0.130 0.129 0.171 0.169 0.174 0.117 104 G 0.052 0.064 0.103 0.155 0.237 0.230 0.159 105 R 0.043 0.074 0.102 0.145 0.187 0.268 0.182 106 A 0.044 0.079 0.142 0.215 0.231 0.194 0.095 107 F 0.021 0.026 0.045 0.094 0.232 0.375 0.207 108 T 0.044 0.096 0.134 0.186 0.221 0.218 0.102 109 A 0.066 0.128 0.153 0.214 0.207 0.166 0.067 110 A 0.116 0.185 0.197 0.218 0.147 0.105 0.033 111 G 0.096 0.123 0.167 0.220 0.199 0.155 0.039 112 N 0.136 0.167 0.158 0.176 0.190 0.140 0.033 113 P 0.194 0.221 0.208 0.197 0.114 0.054 0.013 114 R 0.284 0.294 0.177 0.138 0.069 0.031 0.007 115 H 0.163 0.213 0.198 0.211 0.133 0.071 0.011 116 V 0.094 0.087 0.140 0.217 0.268 0.165 0.028 117 D 0.200 0.327 0.198 0.158 0.071 0.038 0.008 118 G 0.116 0.199 0.223 0.214 0.163 0.072 0.013 119 W 0.038 0.093 0.151 0.253 0.249 0.179 0.037 120 T 0.037 0.118 0.164 0.218 0.192 0.193 0.078 121 Y 0.010 0.029 0.080 0.186 0.349 0.280 0.066 122 A 0.023 0.124 0.262 0.273 0.182 0.107 0.029 123 L 0.003 0.014 0.048 0.111 0.254 0.412 0.158 124 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.100 0.520 0.351 125 A 0.006 0.049 0.163 0.287 0.268 0.165 0.062 126 R 0.012 0.134 0.281 0.302 0.173 0.074 0.024 127 V 0.001 0.007 0.021 0.076 0.273 0.511 0.111 128 L 0.001 0.006 0.030 0.121 0.384 0.375 0.081 129 A 0.031 0.310 0.382 0.189 0.062 0.023 0.003 130 N 0.014 0.108 0.252 0.373 0.199 0.050 0.004 131 I 0.011 0.019 0.038 0.127 0.409 0.358 0.039 132 R 0.068 0.214 0.271 0.271 0.132 0.040 0.004 133 A 0.323 0.353 0.199 0.086 0.031 0.007 0.001 134 A 0.225 0.305 0.223 0.164 0.058 0.022 0.002 135 E 0.171 0.234 0.198 0.199 0.130 0.061 0.006 136 I 0.103 0.244 0.243 0.207 0.139 0.060 0.004 137 A 0.032 0.048 0.119 0.230 0.312 0.238 0.021 138 D 0.056 0.187 0.211 0.265 0.180 0.086 0.015 139 C 0.053 0.159 0.230 0.248 0.186 0.096 0.028 140 E 0.074 0.230 0.287 0.245 0.097 0.051 0.016 141 Q 0.004 0.029 0.102 0.266 0.363 0.193 0.042 142 V 0.001 0.002 0.007 0.030 0.190 0.550 0.220 143 Y 0.001 0.002 0.006 0.020 0.059 0.320 0.592 144 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.165 0.821 145 F 0.001 0.002 0.003 0.016 0.042 0.152 0.785 146 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.116 0.857 147 H 0.002 0.004 0.007 0.019 0.049 0.180 0.739 148 S 0.004 0.010 0.013 0.036 0.089 0.256 0.594 149 A 0.005 0.017 0.022 0.064 0.150 0.248 0.493 150 G 0.004 0.009 0.013 0.030 0.079 0.239 0.626 151 G 0.002 0.005 0.008 0.021 0.058 0.225 0.681 152 Q 0.003 0.005 0.010 0.028 0.077 0.232 0.645 153 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.043 0.205 0.737 154 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.156 0.814 155 H 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.221 0.749 156 R 0.002 0.007 0.018 0.065 0.145 0.260 0.503 157 L 0.002 0.004 0.009 0.022 0.078 0.334 0.550 158 M 0.005 0.009 0.018 0.043 0.122 0.443 0.360 159 S 0.018 0.040 0.075 0.194 0.278 0.291 0.103 160 S 0.096 0.200 0.233 0.217 0.152 0.082 0.019 161 Q 0.123 0.178 0.203 0.226 0.160 0.095 0.016 162 P 0.230 0.280 0.176 0.163 0.095 0.048 0.008 163 H 0.325 0.312 0.181 0.116 0.046 0.017 0.003 164 A 0.106 0.195 0.204 0.257 0.172 0.059 0.007 165 P 0.063 0.146 0.223 0.259 0.179 0.111 0.020 166 F 0.016 0.027 0.061 0.151 0.335 0.334 0.076 167 H 0.036 0.108 0.198 0.249 0.205 0.142 0.062 168 A 0.015 0.029 0.050 0.089 0.163 0.367 0.287 169 V 0.014 0.021 0.030 0.063 0.130 0.342 0.400 170 T 0.027 0.048 0.059 0.119 0.162 0.245 0.340 171 A 0.030 0.044 0.050 0.086 0.147 0.251 0.393 172 A 0.022 0.031 0.035 0.069 0.120 0.297 0.426 173 N 0.038 0.057 0.061 0.116 0.166 0.244 0.318 174 P 0.047 0.064 0.066 0.110 0.168 0.238 0.307 175 G 0.035 0.045 0.048 0.084 0.136 0.279 0.372 176 W 0.038 0.040 0.058 0.095 0.151 0.278 0.340 177 Y 0.046 0.057 0.068 0.117 0.187 0.267 0.257 178 T 0.056 0.084 0.106 0.156 0.197 0.225 0.175 179 L 0.041 0.039 0.065 0.114 0.212 0.330 0.198 180 P 0.089 0.143 0.166 0.199 0.170 0.158 0.075 181 T 0.083 0.134 0.182 0.210 0.196 0.146 0.049 182 F 0.064 0.076 0.108 0.185 0.257 0.243 0.067 183 E 0.126 0.190 0.214 0.219 0.141 0.087 0.023 184 H 0.202 0.275 0.208 0.163 0.093 0.049 0.011 185 R 0.127 0.158 0.191 0.223 0.170 0.110 0.021 186 F 0.094 0.115 0.145 0.230 0.230 0.155 0.030 187 P 0.215 0.254 0.210 0.171 0.093 0.048 0.010 188 E 0.287 0.255 0.179 0.144 0.080 0.044 0.010 189 G 0.191 0.200 0.190 0.190 0.134 0.079 0.017 190 L 0.157 0.153 0.157 0.216 0.178 0.113 0.026 191 D 0.289 0.260 0.186 0.139 0.077 0.041 0.009 192 G 0.227 0.240 0.191 0.176 0.106 0.051 0.010 193 V 0.170 0.170 0.169 0.206 0.168 0.102 0.015 194 G 0.245 0.237 0.203 0.167 0.095 0.047 0.006 195 L 0.207 0.213 0.207 0.206 0.118 0.044 0.005 196 T 0.290 0.303 0.176 0.133 0.063 0.031 0.005 197 E 0.199 0.223 0.194 0.192 0.124 0.057 0.010 198 D 0.321 0.317 0.189 0.123 0.035 0.012 0.002 199 H 0.130 0.226 0.242 0.220 0.130 0.047 0.005 200 L 0.042 0.076 0.145 0.233 0.299 0.186 0.019 201 A 0.023 0.042 0.103 0.220 0.356 0.227 0.030 202 R 0.091 0.319 0.285 0.192 0.081 0.028 0.004 203 L 0.043 0.192 0.226 0.266 0.182 0.081 0.011 204 L 0.010 0.036 0.078 0.204 0.363 0.254 0.055 205 A 0.031 0.207 0.247 0.280 0.129 0.076 0.031 206 Y 0.005 0.034 0.081 0.220 0.400 0.223 0.037 207 P 0.003 0.027 0.092 0.233 0.315 0.249 0.081 208 M 0.001 0.001 0.003 0.008 0.056 0.456 0.477 209 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.303 0.653 210 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.206 0.771 211 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.234 0.708 212 A 0.001 0.002 0.005 0.021 0.079 0.335 0.557 213 G 0.002 0.012 0.039 0.105 0.211 0.367 0.263 214 D 0.024 0.097 0.158 0.214 0.210 0.205 0.093 215 Q 0.034 0.124 0.179 0.262 0.210 0.145 0.045 216 D 0.015 0.025 0.056 0.134 0.327 0.362 0.082 217 I 0.054 0.141 0.203 0.249 0.194 0.134 0.025 218 A 0.084 0.161 0.210 0.234 0.189 0.104 0.018 219 T 0.060 0.095 0.138 0.237 0.255 0.183 0.031 220 D 0.171 0.277 0.208 0.179 0.100 0.055 0.010 221 D 0.219 0.235 0.217 0.185 0.104 0.035 0.005 222 P 0.423 0.322 0.135 0.081 0.027 0.011 0.002 223 N 0.183 0.256 0.226 0.180 0.112 0.040 0.004 224 L 0.066 0.089 0.141 0.259 0.279 0.155 0.011 225 P 0.191 0.286 0.276 0.163 0.063 0.018 0.002 226 S 0.169 0.352 0.228 0.163 0.064 0.021 0.002 227 E 0.055 0.092 0.134 0.222 0.300 0.177 0.020 228 P 0.039 0.077 0.177 0.336 0.238 0.115 0.017 229 A 0.185 0.346 0.306 0.104 0.039 0.017 0.003 230 A 0.041 0.137 0.234 0.324 0.192 0.064 0.008 231 L 0.022 0.026 0.039 0.124 0.351 0.371 0.066 232 R 0.139 0.255 0.273 0.197 0.090 0.038 0.006 233 Q 0.317 0.293 0.180 0.122 0.059 0.024 0.005 234 G 0.199 0.239 0.187 0.184 0.116 0.063 0.012 235 P 0.270 0.237 0.168 0.159 0.098 0.055 0.014 236 H 0.291 0.267 0.163 0.137 0.089 0.044 0.009 237 R 0.248 0.241 0.169 0.160 0.102 0.063 0.017 238 Y 0.152 0.154 0.170 0.220 0.174 0.103 0.026 239 A 0.258 0.245 0.176 0.152 0.095 0.056 0.018 240 R 0.167 0.168 0.178 0.198 0.162 0.097 0.030 241 A 0.117 0.124 0.145 0.187 0.213 0.163 0.052 242 R 0.111 0.153 0.172 0.211 0.178 0.130 0.044 243 H 0.132 0.187 0.170 0.202 0.161 0.114 0.034 244 Y 0.105 0.136 0.155 0.209 0.201 0.153 0.042 245 Y 0.124 0.147 0.161 0.216 0.193 0.122 0.037 246 E 0.303 0.286 0.168 0.129 0.064 0.037 0.012 247 A 0.230 0.190 0.165 0.187 0.136 0.076 0.017 248 G 0.311 0.233 0.157 0.139 0.089 0.055 0.015 249 Q 0.320 0.244 0.169 0.135 0.080 0.040 0.011 250 R 0.315 0.247 0.158 0.147 0.085 0.039 0.008 251 A 0.282 0.244 0.162 0.160 0.098 0.047 0.007 252 A 0.266 0.188 0.186 0.173 0.120 0.057 0.009 253 A 0.273 0.256 0.203 0.151 0.084 0.029 0.004 254 Q 0.328 0.294 0.165 0.135 0.056 0.019 0.002 255 R 0.352 0.259 0.158 0.136 0.073 0.020 0.002 256 G 0.352 0.349 0.153 0.100 0.033 0.012 0.001 257 L 0.140 0.163 0.204 0.238 0.203 0.049 0.004 258 P 0.285 0.397 0.148 0.125 0.032 0.011 0.001 259 F 0.115 0.191 0.192 0.237 0.199 0.061 0.005 260 G 0.131 0.227 0.237 0.221 0.111 0.062 0.010 261 W 0.030 0.062 0.131 0.245 0.315 0.188 0.029 262 Q 0.051 0.158 0.244 0.266 0.165 0.093 0.023 263 L 0.022 0.036 0.076 0.136 0.258 0.371 0.101 264 Q 0.050 0.099 0.137 0.191 0.211 0.236 0.076 265 V 0.058 0.116 0.179 0.248 0.226 0.141 0.032 266 V 0.065 0.086 0.127 0.223 0.280 0.179 0.039 267 P 0.246 0.274 0.229 0.144 0.063 0.035 0.008 268 G 0.337 0.286 0.181 0.112 0.053 0.026 0.005 269 I 0.220 0.195 0.180 0.198 0.135 0.062 0.010 270 G 0.314 0.303 0.186 0.115 0.051 0.026 0.006 271 H 0.139 0.113 0.137 0.201 0.229 0.152 0.028 272 D 0.214 0.264 0.186 0.182 0.096 0.049 0.009 273 G 0.147 0.133 0.157 0.185 0.202 0.148 0.029 274 Q 0.220 0.203 0.187 0.186 0.117 0.071 0.016 275 A 0.172 0.194 0.202 0.182 0.141 0.086 0.021 276 M 0.142 0.153 0.168 0.221 0.181 0.110 0.024 277 S 0.275 0.255 0.199 0.148 0.071 0.041 0.010 278 Q 0.210 0.258 0.208 0.165 0.096 0.052 0.011 279 V 0.076 0.114 0.172 0.234 0.228 0.144 0.032 280 C 0.046 0.076 0.130 0.207 0.245 0.228 0.066 281 A 0.072 0.150 0.168 0.208 0.186 0.160 0.056 282 S 0.058 0.116 0.177 0.217 0.204 0.160 0.067 283 L 0.028 0.052 0.073 0.128 0.223 0.344 0.151 284 W 0.028 0.076 0.161 0.240 0.223 0.198 0.074 285 F 0.013 0.021 0.030 0.080 0.232 0.447 0.178 286 D 0.032 0.092 0.185 0.262 0.249 0.143 0.036 287 G 0.144 0.304 0.223 0.172 0.086 0.057 0.015 288 R 0.041 0.117 0.244 0.322 0.193 0.074 0.009 289 M 0.033 0.044 0.073 0.185 0.363 0.275 0.027 290 P 0.143 0.255 0.309 0.205 0.070 0.017 0.002 291 D 0.436 0.379 0.131 0.041 0.010 0.003 0.001 292 A 0.105 0.168 0.235 0.264 0.168 0.058 0.003 293 A 0.140 0.156 0.197 0.291 0.159 0.053 0.004 294 E 0.391 0.395 0.154 0.045 0.012 0.003 0.001 295 L 0.181 0.198 0.211 0.251 0.129 0.028 0.001 296 A 0.255 0.275 0.225 0.165 0.064 0.016 0.001 297 R 0.565 0.314 0.085 0.029 0.006 0.001 0.001 298 L 0.345 0.262 0.189 0.139 0.056 0.008 0.001 299 A 0.377 0.308 0.177 0.100 0.031 0.006 0.001 300 G 0.470 0.314 0.134 0.065 0.015 0.002 0.001 301 S 0.697 0.206 0.070 0.022 0.005 0.001 0.001 302 Q 0.665 0.239 0.064 0.026 0.005 0.001 0.001 303 S 0.658 0.221 0.081 0.031 0.008 0.001 0.001 304 A 0.631 0.227 0.097 0.034 0.009 0.001 0.001