This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA A A 4 4 NATAA M A 5 5 NATAA K A 6 6 NATRO P A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA D A 9 9 NATAA L A 10 10 NATAA T A 11 11 NATAA N A 12 12 NATAA A A 13 13 NATAA D A 14 14 NATAA R A 15 15 NATAA I A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA L A 20 20 NATAA G A 21 21 NATAA H A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA N A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA I A 28 28 NATRO P A 29 29 NATAA Y A 30 30 NATAA L A 31 31 NATAA D A 32 32 NATAA D A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA R A 35 35 NATAA N A 36 36 NATAA A A 37 37 NATAA D A 38 38 NATAA R A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA F A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA N A 44 44 NATAA T A 45 45 NATAA Y A 46 46 NATAA R A 47 47 NATRO P A 48 48 NATAA Y A 49 49 NATAA G A 50 50 NATAA Y A 51 51 NATAA T A 52 52 NATRO P A 53 53 NATAA D A 54 54 NATAA R A 55 55 NATRO P A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA V A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA Q A 61 61 NATAA H A 62 62 NATAA G A 63 63 NATAA V A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA R A 66 66 NATAA N A 67 67 NATAA G A 68 68 NATAA A A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA Y A 71 71 NATAA R A 72 72 NATAA D A 73 73 NATAA F A 74 74 NATAA W A 75 75 NATAA I A 76 76 NATRO P A 77 77 NATAA A A 78 78 NATAA A A 79 79 NATAA D A 80 80 NATAA R A 81 81 NATAA H A 82 82 NATAA K A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA I A 86 86 NATAA V A 87 87 NATAA A A 88 88 NATRO P A 89 89 NATAA T A 90 90 NATAA F A 91 91 NATAA S A 92 92 NATAA D A 93 93 NATAA E A 94 94 NATAA I A 95 95 NATAA W A 96 96 NATRO P A 97 97 NATAA G A 98 98 NATAA V A 99 99 NATAA E A 100 100 NATAA S A 101 101 NATAA Y A 102 102 NATAA N A 103 103 NATAA N A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA R A 106 106 NATAA A A 107 107 NATAA F A 108 108 NATAA T A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA G A 112 112 NATAA N A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA H A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA D A 118 118 NATAA G A 119 119 NATAA W A 120 120 NATAA T A 121 121 NATAA Y A 122 122 NATAA A A 123 123 NATAA L A 124 124 NATAA V A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA R A 127 127 NATAA V A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA A A 130 130 NATAA N A 131 131 NATAA I A 132 132 NATAA R A 133 133 NATAA A A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA I A 137 137 NATAA A A 138 138 NATAA D A 139 139 NATRO C A 140 140 NATAA E A 141 141 NATAA Q A 142 142 NATAA V A 143 143 NATAA Y A 144 144 NATAA L A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA G A 147 147 NATAA H A 148 148 NATAA S A 149 149 NATAA A A 150 150 NATAA G A 151 151 NATAA G A 152 152 NATAA Q A 153 153 NATAA F A 154 154 NATAA V A 155 155 NATAA H A 156 156 NATAA R A 157 157 NATAA L A 158 158 NATAA M A 159 159 NATAA S A 160 160 NATAA S A 161 161 NATAA Q A 162 162 NATRO P A 163 163 NATAA H A 164 164 NATAA A A 165 165 NATRO P A 166 166 NATAA F A 167 167 NATAA H A 168 168 NATAA A A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA T A 171 171 NATAA A A 172 172 NATAA A A 173 173 NATAA N A 174 174 NATRO P A 175 175 NATAA G A 176 176 NATAA W A 177 177 NATAA Y A 178 178 NATAA T A 179 179 NATAA L A 180 180 NATRO P A 181 181 NATAA T A 182 182 NATAA F A 183 183 NATAA E A 184 184 NATAA H A 185 185 NATAA R A 186 186 NATAA F A 187 187 NATRO P A 188 188 NATAA E A 189 189 NATAA G A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA D A 192 192 NATAA G A 193 193 NATAA V A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA L A 196 196 NATAA T A 197 197 NATAA E A 198 198 NATAA D A 199 199 NATAA H A 200 200 NATAA L A 201 201 NATAA A A 202 202 NATAA R A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA L A 205 205 NATAA A A 206 206 NATAA Y A 207 207 NATRO P A 208 208 NATAA M A 209 209 NATAA T A 210 210 NATAA I A 211 211 NATAA L A 212 212 NATAA A A 213 213 NATAA G A 214 214 NATAA D A 215 215 NATAA Q A 216 216 NATAA D A 217 217 NATAA I A 218 218 NATAA A A 219 219 NATAA T A 220 220 NATAA D A 221 221 NATAA D A 222 222 NATRO P A 223 223 NATAA N A 224 224 NATAA L A 225 225 NATRO P A 226 226 NATAA S A 227 227 NATAA E A 228 228 NATRO P A 229 229 NATAA A A 230 230 NATAA A A 231 231 NATAA L A 232 232 NATAA R A 233 233 NATAA Q A 234 234 NATAA G A 235 235 NATRO P A 236 236 NATAA H A 237 237 NATAA R A 238 238 NATAA Y A 239 239 NATAA A A 240 240 NATAA R A 241 241 NATAA A A 242 242 NATAA R A 243 243 NATAA H A 244 244 NATAA Y A 245 245 NATAA Y A 246 246 NATAA E A 247 247 NATAA A A 248 248 NATAA G A 249 249 NATAA Q A 250 250 NATAA R A 251 251 NATAA A A 252 252 NATAA A A 253 253 NATAA A A 254 254 NATAA Q A 255 255 NATAA R A 256 256 NATAA G A 257 257 NATAA L A 258 258 NATRO P A 259 259 NATAA F A 260 260 NATAA G A 261 261 NATAA W A 262 262 NATAA Q A 263 263 NATAA L A 264 264 NATAA Q A 265 265 NATAA V A 266 266 NATAA V A 267 267 NATRO P A 268 268 NATAA G A 269 269 NATAA I A 270 270 NATAA G A 271 271 NATAA H A 272 272 NATAA D A 273 273 NATAA G A 274 274 NATAA Q A 275 275 NATAA A A 276 276 NATAA M A 277 277 NATAA S A 278 278 NATAA Q A 279 279 NATAA V A 280 280 NATRO C A 281 281 NATAA A A 282 282 NATAA S A 283 283 NATAA L A 284 284 NATAA W A 285 285 NATAA F A 286 286 NATAA D A 287 287 NATAA G A 288 288 NATAA R A 289 289 NATAA M A 290 290 NATRO P A 291 291 NATAA D A 292 292 NATAA A A 293 293 NATAA A A 294 294 NATAA E A 295 295 NATAA L A 296 296 NATAA A A 297 297 NATAA R A 298 298 NATAA L A 299 299 NATAA A A 300 300 NATAA G A 301 301 NATAA S A 302 302 NATAA Q A 303 303 NATAA S A 304 304 NATAA A