# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.171 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.197 0.109 0.003 0.018 0.012 0.021 0.081 0.011 0.001 0.051 0.495 2 N 0.056 0.096 0.002 0.020 0.016 0.030 0.112 0.005 0.001 0.101 0.562 3 A 0.025 0.057 0.004 0.022 0.017 0.028 0.128 0.004 0.001 0.204 0.510 4 L 0.047 0.149 0.006 0.027 0.047 0.043 0.136 0.007 0.001 0.126 0.410 5 F 0.067 0.287 0.006 0.021 0.016 0.026 0.070 0.017 0.003 0.104 0.384 6 S 0.082 0.552 0.006 0.007 0.006 0.010 0.034 0.013 0.002 0.039 0.249 7 S 0.035 0.785 0.002 0.005 0.004 0.007 0.016 0.006 0.001 0.016 0.122 8 R 0.040 0.748 0.002 0.003 0.004 0.008 0.018 0.005 0.001 0.031 0.141 9 D 0.007 0.858 0.001 0.003 0.003 0.007 0.016 0.001 0.001 0.036 0.067 10 I 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 11 L 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.044 0.005 12 E 0.009 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.038 0.012 13 V 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.007 14 L 0.004 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.005 15 Q 0.009 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.015 16 D 0.013 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.039 0.031 17 I 0.039 0.281 0.067 0.001 0.002 0.002 0.019 0.016 0.018 0.515 0.040 18 H 0.102 0.196 0.115 0.003 0.003 0.003 0.028 0.009 0.018 0.367 0.155 19 M 0.104 0.255 0.004 0.003 0.002 0.003 0.067 0.002 0.001 0.069 0.490 20 E 0.032 0.100 0.007 0.005 0.001 0.003 0.095 0.005 0.002 0.130 0.620 21 T 0.024 0.210 0.009 0.013 0.006 0.018 0.154 0.003 0.002 0.173 0.388 22 G 0.025 0.263 0.002 0.013 0.005 0.007 0.062 0.002 0.001 0.146 0.476 23 E 0.017 0.343 0.004 0.128 0.081 0.053 0.044 0.002 0.001 0.189 0.139 24 T 0.009 0.209 0.003 0.058 0.019 0.120 0.062 0.003 0.001 0.283 0.233 25 V 0.011 0.031 0.002 0.210 0.117 0.171 0.055 0.001 0.001 0.281 0.119 26 A 0.007 0.023 0.001 0.169 0.122 0.392 0.031 0.001 0.001 0.118 0.135 27 I 0.014 0.010 0.003 0.070 0.246 0.301 0.051 0.001 0.001 0.112 0.191 28 A 0.013 0.003 0.014 0.040 0.276 0.366 0.038 0.002 0.003 0.085 0.161 29 T 0.290 0.003 0.005 0.019 0.090 0.136 0.055 0.002 0.001 0.081 0.318 30 K 0.319 0.002 0.002 0.009 0.019 0.019 0.053 0.002 0.001 0.050 0.524 31 N 0.036 0.003 0.001 0.008 0.015 0.018 0.114 0.001 0.001 0.028 0.775 32 D 0.007 0.003 0.001 0.009 0.026 0.030 0.089 0.001 0.001 0.033 0.800 33 I 0.005 0.004 0.001 0.035 0.314 0.180 0.071 0.001 0.001 0.073 0.316 34 Y 0.002 0.009 0.001 0.081 0.247 0.460 0.028 0.001 0.001 0.059 0.112 35 L 0.002 0.008 0.001 0.076 0.308 0.365 0.021 0.001 0.001 0.059 0.161 36 Q 0.001 0.012 0.001 0.101 0.430 0.393 0.006 0.001 0.001 0.019 0.037 37 Y 0.006 0.030 0.001 0.054 0.291 0.503 0.012 0.001 0.001 0.027 0.075 38 I 0.022 0.030 0.001 0.073 0.305 0.353 0.036 0.003 0.001 0.055 0.121 39 Q 0.012 0.019 0.003 0.109 0.228 0.359 0.044 0.002 0.001 0.091 0.133 40 I 0.030 0.022 0.007 0.068 0.123 0.267 0.073 0.004 0.002 0.110 0.293 41 I 0.099 0.027 0.006 0.073 0.132 0.117 0.111 0.007 0.001 0.090 0.336 42 E 0.090 0.045 0.007 0.025 0.060 0.080 0.081 0.009 0.002 0.050 0.552 43 S 0.086 0.091 0.006 0.023 0.037 0.065 0.087 0.006 0.001 0.044 0.555 44 V 0.075 0.101 0.006 0.013 0.031 0.041 0.076 0.006 0.001 0.045 0.603 45 H 0.094 0.103 0.006 0.033 0.116 0.158 0.090 0.006 0.001 0.070 0.324 46 A 0.028 0.051 0.004 0.037 0.057 0.165 0.096 0.004 0.001 0.086 0.471 47 L 0.021 0.026 0.002 0.084 0.196 0.282 0.076 0.002 0.001 0.048 0.263 48 R 0.016 0.021 0.001 0.063 0.139 0.363 0.048 0.002 0.001 0.058 0.288 49 F 0.011 0.010 0.001 0.069 0.241 0.257 0.061 0.001 0.001 0.038 0.309 50 H 0.025 0.006 0.006 0.075 0.243 0.296 0.048 0.002 0.001 0.086 0.210 51 V 0.061 0.006 0.004 0.068 0.168 0.133 0.082 0.003 0.001 0.048 0.425 52 D 0.332 0.013 0.004 0.028 0.044 0.045 0.058 0.007 0.001 0.044 0.423 53 E 0.132 0.009 0.002 0.019 0.029 0.036 0.091 0.005 0.001 0.030 0.648 54 N 0.066 0.004 0.002 0.016 0.030 0.041 0.112 0.001 0.001 0.039 0.688 55 A 0.004 0.002 0.001 0.043 0.095 0.164 0.154 0.001 0.001 0.033 0.505 56 I 0.014 0.004 0.001 0.039 0.063 0.085 0.105 0.001 0.001 0.070 0.618 57 R 0.025 0.008 0.001 0.059 0.298 0.212 0.076 0.002 0.001 0.063 0.257 58 P 0.013 0.010 0.001 0.033 0.060 0.136 0.106 0.001 0.001 0.079 0.560 59 L 0.009 0.004 0.001 0.054 0.154 0.315 0.099 0.001 0.001 0.048 0.314 60 T 0.011 0.007 0.002 0.157 0.079 0.175 0.089 0.001 0.001 0.118 0.360 61 M 0.007 0.014 0.006 0.134 0.131 0.131 0.101 0.001 0.001 0.093 0.382 62 S 0.211 0.213 0.003 0.034 0.056 0.056 0.056 0.005 0.001 0.052 0.315 63 S 0.184 0.495 0.001 0.011 0.014 0.021 0.029 0.004 0.001 0.039 0.201 64 N 0.005 0.678 0.001 0.006 0.004 0.016 0.033 0.001 0.001 0.031 0.224 65 G 0.011 0.677 0.001 0.007 0.029 0.068 0.023 0.002 0.001 0.077 0.105 66 W 0.010 0.117 0.002 0.019 0.110 0.106 0.020 0.001 0.001 0.569 0.046 67 M 0.007 0.058 0.006 0.031 0.088 0.117 0.021 0.002 0.001 0.597 0.072 68 L 0.086 0.213 0.012 0.039 0.128 0.111 0.035 0.017 0.002 0.196 0.160 69 M 0.160 0.105 0.012 0.027 0.038 0.039 0.045 0.015 0.003 0.270 0.286 70 S 0.020 0.064 0.002 0.010 0.024 0.037 0.086 0.002 0.001 0.064 0.691 71 T 0.015 0.099 0.002 0.019 0.008 0.013 0.092 0.002 0.001 0.083 0.668 72 M 0.006 0.299 0.004 0.015 0.005 0.005 0.114 0.006 0.001 0.127 0.418 73 N 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 74 D 0.020 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.007 75 K 0.003 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.474 0.022 76 A 0.004 0.165 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.810 0.009 77 I 0.005 0.928 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.048 0.007 78 D 0.004 0.874 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.095 0.017 79 N 0.012 0.842 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.064 0.057 80 T 0.067 0.749 0.015 0.001 0.001 0.002 0.018 0.015 0.007 0.063 0.063 81 V 0.153 0.146 0.083 0.004 0.002 0.003 0.053 0.023 0.022 0.314 0.197 82 R 0.124 0.046 0.012 0.005 0.003 0.005 0.122 0.003 0.005 0.181 0.494 83 R 0.055 0.048 0.002 0.006 0.001 0.003 0.091 0.004 0.001 0.037 0.750 84 A 0.036 0.017 0.006 0.016 0.004 0.007 0.175 0.004 0.002 0.130 0.603 85 N 0.018 0.025 0.003 0.024 0.013 0.024 0.165 0.002 0.002 0.051 0.673 86 T 0.059 0.028 0.001 0.016 0.013 0.022 0.092 0.004 0.001 0.035 0.729 87 I 0.053 0.009 0.002 0.035 0.056 0.080 0.155 0.003 0.001 0.060 0.547 88 T 0.018 0.006 0.004 0.038 0.028 0.074 0.124 0.001 0.001 0.047 0.659 89 Q 0.052 0.004 0.001 0.039 0.025 0.047 0.105 0.002 0.001 0.049 0.676 90 K 0.358 0.007 0.002 0.052 0.022 0.027 0.093 0.003 0.001 0.056 0.380 91 D 0.010 0.005 0.001 0.021 0.021 0.021 0.100 0.001 0.001 0.013 0.809 92 G 0.034 0.011 0.002 0.043 0.037 0.047 0.075 0.002 0.001 0.039 0.709 93 I 0.051 0.028 0.001 0.061 0.083 0.104 0.109 0.004 0.001 0.032 0.527 94 R 0.010 0.013 0.001 0.064 0.036 0.035 0.085 0.001 0.001 0.088 0.667 95 F 0.002 0.035 0.001 0.048 0.096 0.104 0.113 0.001 0.001 0.049 0.551 96 E 0.089 0.788 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.007 0.001 0.036 0.067 97 V 0.037 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.010 98 D 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.016 99 D 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 0.008 100 M 0.006 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.005 101 M 0.008 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.008 102 A 0.009 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.143 0.023 103 R 0.002 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.014 104 I 0.001 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 105 R 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 106 Q 0.018 0.813 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.003 0.103 0.029 107 V 0.054 0.106 0.360 0.005 0.001 0.004 0.016 0.035 0.099 0.269 0.049 108 R 0.884 0.040 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.051 109 E 0.034 0.049 0.002 0.002 0.002 0.003 0.042 0.001 0.001 0.013 0.851 110 Q 0.007 0.032 0.005 0.011 0.004 0.013 0.136 0.001 0.001 0.055 0.736 111 G 0.077 0.057 0.005 0.046 0.042 0.093 0.147 0.006 0.003 0.105 0.419 112 Y 0.016 0.008 0.001 0.027 0.080 0.063 0.098 0.002 0.001 0.037 0.667 113 A 0.009 0.002 0.004 0.044 0.181 0.273 0.059 0.001 0.001 0.051 0.374 114 S 0.150 0.007 0.002 0.045 0.054 0.089 0.060 0.003 0.001 0.062 0.528 115 A 0.343 0.004 0.002 0.042 0.023 0.024 0.065 0.002 0.001 0.052 0.442 116 E 0.006 0.001 0.001 0.007 0.013 0.022 0.101 0.001 0.001 0.005 0.843 117 H 0.032 0.002 0.001 0.011 0.021 0.022 0.055 0.001 0.001 0.014 0.842 118 I 0.017 0.002 0.003 0.028 0.109 0.077 0.128 0.001 0.001 0.063 0.572 119 P 0.104 0.013 0.001 0.015 0.032 0.046 0.097 0.004 0.001 0.050 0.638 120 F 0.283 0.009 0.001 0.012 0.050 0.054 0.066 0.003 0.001 0.062 0.459 121 V 0.018 0.006 0.001 0.030 0.033 0.076 0.130 0.001 0.001 0.076 0.629 122 G 0.008 0.004 0.002 0.089 0.095 0.285 0.091 0.001 0.001 0.119 0.305 123 G 0.004 0.002 0.001 0.088 0.193 0.291 0.089 0.001 0.001 0.039 0.292 124 G 0.004 0.003 0.001 0.216 0.287 0.314 0.025 0.001 0.001 0.033 0.115 125 T 0.005 0.002 0.001 0.230 0.207 0.290 0.030 0.001 0.001 0.063 0.171 126 I 0.002 0.001 0.001 0.579 0.174 0.169 0.016 0.001 0.001 0.015 0.044 127 C 0.008 0.001 0.001 0.332 0.179 0.188 0.040 0.001 0.001 0.031 0.219 128 V 0.001 0.001 0.001 0.139 0.331 0.297 0.072 0.001 0.001 0.018 0.140 129 L 0.025 0.004 0.002 0.086 0.053 0.094 0.104 0.002 0.001 0.082 0.548 130 L 0.061 0.003 0.001 0.035 0.074 0.089 0.205 0.003 0.001 0.055 0.474 131 P 0.103 0.010 0.004 0.026 0.008 0.021 0.125 0.007 0.002 0.056 0.638 132 M 0.183 0.004 0.011 0.013 0.013 0.020 0.100 0.007 0.003 0.066 0.581 133 T 0.371 0.004 0.004 0.007 0.007 0.012 0.074 0.003 0.001 0.066 0.452 134 I 0.118 0.002 0.001 0.008 0.007 0.012 0.123 0.002 0.001 0.064 0.664 135 Q 0.004 0.001 0.001 0.014 0.010 0.027 0.198 0.001 0.001 0.036 0.709 136 G 0.005 0.002 0.001 0.025 0.038 0.060 0.137 0.001 0.001 0.084 0.648 137 Q 0.003 0.003 0.001 0.135 0.260 0.243 0.069 0.001 0.001 0.129 0.158 138 P 0.003 0.007 0.001 0.165 0.133 0.252 0.051 0.001 0.001 0.135 0.252 139 V 0.003 0.003 0.001 0.314 0.216 0.268 0.030 0.001 0.001 0.067 0.098 140 T 0.002 0.003 0.001 0.513 0.096 0.226 0.020 0.001 0.001 0.056 0.081 141 M 0.003 0.003 0.001 0.599 0.108 0.160 0.026 0.001 0.001 0.031 0.069 142 G 0.012 0.004 0.001 0.418 0.129 0.169 0.055 0.002 0.001 0.064 0.146 143 L 0.005 0.006 0.001 0.347 0.129 0.133 0.093 0.001 0.001 0.047 0.238 144 G 0.021 0.023 0.004 0.184 0.066 0.092 0.108 0.003 0.001 0.096 0.401 145 G 0.033 0.058 0.005 0.097 0.059 0.073 0.161 0.010 0.001 0.078 0.425 146 A 0.228 0.359 0.004 0.018 0.007 0.016 0.056 0.039 0.002 0.034 0.237 147 L 0.228 0.243 0.003 0.012 0.009 0.020 0.071 0.020 0.002 0.068 0.323 148 D 0.037 0.240 0.004 0.017 0.009 0.029 0.088 0.006 0.001 0.070 0.499 149 R 0.039 0.183 0.008 0.039 0.018 0.036 0.093 0.007 0.002 0.218 0.356 150 I 0.042 0.379 0.012 0.023 0.020 0.018 0.073 0.017 0.003 0.085 0.327 151 K 0.170 0.625 0.003 0.002 0.004 0.005 0.019 0.020 0.002 0.035 0.115 152 Q 0.078 0.595 0.006 0.002 0.003 0.005 0.030 0.011 0.002 0.051 0.217 153 N 0.032 0.694 0.008 0.002 0.002 0.004 0.028 0.007 0.002 0.042 0.179 154 Y 0.041 0.867 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.014 0.054 155 D 0.026 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.014 0.038 156 R 0.013 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.036 157 Y 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.016 158 L 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 159 E 0.027 0.353 0.007 0.004 0.004 0.005 0.007 0.003 0.001 0.568 0.020 160 L 0.033 0.598 0.006 0.007 0.001 0.003 0.015 0.010 0.005 0.240 0.082 161 L 0.027 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.084 0.043 162 L 0.004 0.898 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.054 0.026 163 N 0.004 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.026 164 G 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.011 165 V 0.020 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.008 0.010 166 Q 0.064 0.771 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.049 0.094 167 Q 0.043 0.364 0.007 0.002 0.001 0.001 0.033 0.002 0.002 0.260 0.286 168 L 0.036 0.261 0.021 0.008 0.001 0.002 0.083 0.008 0.006 0.287 0.286 169 K 0.137 0.130 0.037 0.008 0.002 0.002 0.085 0.023 0.012 0.270 0.293 170 K 0.147 0.063 0.016 0.009 0.002 0.003 0.078 0.010 0.010 0.109 0.554 171 S 0.079 0.037 0.006 0.006 0.002 0.004 0.066 0.005 0.002 0.027 0.767 172 D 0.090 0.024 0.005 0.013 0.005 0.008 0.098 0.007 0.002 0.034 0.714 173 S 0.084 0.007 0.005 0.012 0.005 0.009 0.104 0.003 0.002 0.039 0.730 174 F 0.017 0.003 0.001 0.048 0.016 0.022 0.109 0.001 0.001 0.025 0.758 175 H 0.026 0.002 0.001 0.034 0.008 0.013 0.094 0.001 0.001 0.025 0.797 176 Q 0.008 0.001 0.001 0.054 0.041 0.060 0.203 0.001 0.001 0.020 0.613 177 P 0.013 0.003 0.001 0.040 0.006 0.016 0.094 0.001 0.001 0.017 0.810 178 I 0.014 0.003 0.001 0.045 0.047 0.054 0.174 0.001 0.001 0.022 0.640