# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.171 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.214 0.107 0.048 0.097 0.094 0.081 0.114 0.088 0.072 0.053 0.032 2 N 0.306 0.193 0.073 0.153 0.092 0.056 0.056 0.034 0.021 0.012 0.006 3 A 0.142 0.103 0.066 0.158 0.124 0.109 0.121 0.077 0.054 0.031 0.016 4 L 0.074 0.049 0.042 0.088 0.096 0.111 0.159 0.132 0.114 0.077 0.057 5 F 0.062 0.097 0.065 0.202 0.188 0.118 0.116 0.075 0.041 0.022 0.014 6 S 0.019 0.022 0.023 0.034 0.046 0.055 0.117 0.135 0.194 0.198 0.157 7 S 0.051 0.068 0.051 0.159 0.170 0.148 0.167 0.082 0.056 0.034 0.015 8 R 0.287 0.130 0.163 0.184 0.093 0.052 0.045 0.023 0.013 0.007 0.003 9 D 0.114 0.096 0.054 0.167 0.164 0.139 0.135 0.069 0.035 0.018 0.010 10 I 0.004 0.022 0.011 0.019 0.027 0.044 0.121 0.139 0.226 0.230 0.156 11 L 0.025 0.030 0.055 0.135 0.219 0.220 0.193 0.068 0.033 0.014 0.007 12 E 0.378 0.114 0.368 0.108 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.003 0.007 0.015 0.039 0.074 0.163 0.294 0.154 0.133 0.084 0.035 14 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.082 0.113 0.262 0.300 0.208 15 Q 0.008 0.019 0.573 0.200 0.118 0.049 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 16 D 0.005 0.021 0.649 0.167 0.085 0.041 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.013 0.054 0.095 0.237 0.293 0.296 18 H 0.008 0.008 0.022 0.045 0.091 0.136 0.303 0.181 0.103 0.081 0.024 19 M 0.003 0.022 0.830 0.103 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.022 0.052 0.185 0.138 0.157 0.150 0.201 0.066 0.017 0.007 0.004 21 T 0.014 0.015 0.018 0.016 0.020 0.033 0.102 0.142 0.228 0.199 0.212 22 G 0.197 0.110 0.122 0.159 0.136 0.087 0.095 0.046 0.025 0.013 0.008 23 E 0.014 0.020 0.113 0.097 0.111 0.105 0.186 0.136 0.105 0.073 0.041 24 T 0.005 0.015 0.027 0.037 0.059 0.066 0.158 0.175 0.185 0.153 0.121 25 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.022 0.059 0.122 0.240 0.274 0.258 26 A 0.005 0.009 0.023 0.054 0.101 0.082 0.158 0.213 0.153 0.117 0.086 27 I 0.002 0.002 0.010 0.014 0.027 0.023 0.063 0.147 0.200 0.250 0.264 28 A 0.002 0.002 0.006 0.011 0.024 0.032 0.072 0.105 0.223 0.251 0.271 29 T 0.007 0.011 0.023 0.045 0.079 0.079 0.171 0.145 0.194 0.140 0.107 30 K 0.018 0.051 0.076 0.131 0.138 0.154 0.186 0.088 0.079 0.049 0.029 31 N 0.128 0.153 0.101 0.160 0.112 0.105 0.128 0.049 0.033 0.018 0.011 32 D 0.407 0.173 0.058 0.130 0.069 0.051 0.054 0.026 0.016 0.010 0.006 33 I 0.090 0.081 0.040 0.092 0.085 0.114 0.152 0.106 0.104 0.085 0.051 34 Y 0.056 0.124 0.071 0.182 0.154 0.131 0.125 0.068 0.045 0.028 0.015 35 L 0.012 0.013 0.026 0.039 0.051 0.104 0.142 0.134 0.175 0.172 0.130 36 Q 0.024 0.043 0.064 0.117 0.128 0.168 0.179 0.110 0.085 0.051 0.030 37 Y 0.005 0.010 0.019 0.043 0.066 0.068 0.154 0.181 0.184 0.150 0.120 38 I 0.003 0.003 0.008 0.013 0.025 0.033 0.073 0.116 0.211 0.251 0.264 39 Q 0.038 0.077 0.121 0.197 0.161 0.113 0.126 0.068 0.053 0.031 0.014 40 I 0.018 0.028 0.063 0.120 0.141 0.133 0.178 0.134 0.090 0.058 0.037 41 I 0.029 0.026 0.032 0.047 0.059 0.098 0.169 0.146 0.159 0.139 0.096 42 E 0.058 0.093 0.073 0.168 0.146 0.110 0.145 0.091 0.060 0.035 0.020 43 S 0.049 0.053 0.056 0.068 0.074 0.083 0.142 0.120 0.140 0.124 0.090 44 V 0.092 0.095 0.080 0.176 0.153 0.124 0.127 0.065 0.046 0.028 0.015 45 H 0.144 0.125 0.110 0.167 0.105 0.096 0.112 0.065 0.043 0.024 0.011 46 A 0.027 0.038 0.039 0.107 0.119 0.122 0.159 0.132 0.116 0.079 0.062 47 L 0.005 0.007 0.009 0.015 0.023 0.040 0.093 0.124 0.216 0.245 0.221 48 R 0.017 0.035 0.067 0.159 0.190 0.154 0.140 0.093 0.068 0.049 0.027 49 F 0.017 0.012 0.031 0.040 0.058 0.094 0.165 0.168 0.173 0.152 0.090 50 H 0.021 0.043 0.038 0.118 0.118 0.110 0.169 0.129 0.119 0.082 0.052 51 V 0.009 0.008 0.008 0.017 0.026 0.045 0.108 0.122 0.221 0.214 0.223 52 D 0.220 0.224 0.120 0.203 0.114 0.048 0.034 0.017 0.011 0.006 0.004 53 E 0.191 0.133 0.059 0.150 0.115 0.095 0.114 0.063 0.040 0.025 0.016 54 N 0.204 0.114 0.030 0.080 0.068 0.071 0.096 0.082 0.094 0.086 0.075 55 A 0.199 0.172 0.049 0.165 0.120 0.090 0.086 0.051 0.035 0.021 0.012 56 I 0.056 0.055 0.050 0.106 0.101 0.132 0.141 0.110 0.106 0.086 0.057 57 R 0.027 0.047 0.043 0.113 0.119 0.147 0.187 0.123 0.099 0.059 0.036 58 P 0.027 0.034 0.038 0.084 0.085 0.094 0.157 0.137 0.150 0.112 0.082 59 L 0.005 0.007 0.011 0.023 0.032 0.049 0.092 0.121 0.211 0.216 0.234 60 T 0.021 0.031 0.033 0.089 0.111 0.092 0.148 0.144 0.146 0.111 0.074 61 M 0.005 0.006 0.012 0.023 0.034 0.043 0.094 0.141 0.204 0.203 0.237 62 S 0.009 0.012 0.022 0.052 0.092 0.079 0.143 0.177 0.157 0.123 0.134 63 S 0.007 0.011 0.027 0.036 0.049 0.059 0.139 0.135 0.213 0.183 0.142 64 N 0.006 0.013 0.030 0.071 0.119 0.083 0.173 0.171 0.149 0.102 0.082 65 G 0.010 0.018 0.028 0.041 0.038 0.051 0.108 0.112 0.218 0.238 0.137 66 W 0.003 0.011 0.015 0.050 0.083 0.111 0.208 0.160 0.160 0.112 0.087 67 M 0.002 0.003 0.011 0.015 0.031 0.031 0.075 0.175 0.187 0.243 0.226 68 L 0.001 0.002 0.009 0.014 0.030 0.040 0.104 0.157 0.217 0.260 0.166 69 M 0.001 0.002 0.006 0.010 0.019 0.030 0.070 0.091 0.229 0.287 0.255 70 S 0.003 0.004 0.013 0.023 0.044 0.077 0.146 0.123 0.223 0.199 0.144 71 T 0.013 0.026 0.065 0.106 0.143 0.154 0.231 0.105 0.083 0.050 0.023 72 M 0.007 0.013 0.017 0.024 0.042 0.083 0.184 0.154 0.186 0.166 0.124 73 N 0.056 0.476 0.094 0.149 0.077 0.054 0.052 0.020 0.012 0.007 0.003 74 D 0.443 0.160 0.057 0.120 0.082 0.058 0.051 0.017 0.008 0.003 0.002 75 K 0.920 0.042 0.016 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.032 0.079 0.054 0.189 0.168 0.170 0.169 0.075 0.036 0.020 0.007 77 I 0.001 0.004 0.006 0.010 0.022 0.062 0.131 0.150 0.224 0.258 0.133 78 D 0.008 0.026 0.269 0.207 0.187 0.156 0.093 0.034 0.012 0.006 0.001 79 N 0.008 0.030 0.698 0.171 0.054 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 80 T 0.002 0.003 0.014 0.020 0.037 0.101 0.208 0.165 0.195 0.163 0.091 81 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.016 0.035 0.113 0.143 0.241 0.272 0.167 82 R 0.013 0.047 0.487 0.216 0.126 0.055 0.032 0.014 0.006 0.003 0.001 83 R 0.015 0.044 0.257 0.154 0.141 0.142 0.144 0.058 0.025 0.014 0.006 84 A 0.030 0.024 0.025 0.038 0.052 0.100 0.205 0.175 0.160 0.111 0.079 85 N 0.290 0.175 0.088 0.170 0.107 0.053 0.058 0.034 0.014 0.007 0.004 86 T 0.047 0.033 0.062 0.080 0.086 0.115 0.158 0.111 0.123 0.115 0.069 87 I 0.072 0.075 0.067 0.120 0.127 0.141 0.178 0.088 0.067 0.043 0.021 88 T 0.122 0.141 0.117 0.190 0.128 0.097 0.094 0.053 0.032 0.019 0.009 89 Q 0.034 0.062 0.043 0.076 0.079 0.125 0.168 0.124 0.119 0.101 0.069 90 K 0.133 0.165 0.050 0.157 0.140 0.100 0.105 0.069 0.042 0.026 0.014 91 D 0.560 0.151 0.054 0.105 0.050 0.026 0.025 0.015 0.007 0.004 0.002 92 G 0.256 0.159 0.058 0.154 0.107 0.087 0.079 0.043 0.028 0.018 0.010 93 I 0.053 0.052 0.019 0.059 0.073 0.099 0.161 0.141 0.149 0.111 0.083 94 R 0.145 0.178 0.080 0.193 0.155 0.094 0.077 0.040 0.021 0.012 0.006 95 F 0.081 0.033 0.037 0.068 0.091 0.125 0.184 0.133 0.111 0.084 0.053 96 E 0.066 0.547 0.080 0.153 0.071 0.032 0.025 0.013 0.006 0.004 0.001 97 V 0.023 0.034 0.015 0.072 0.122 0.189 0.257 0.141 0.088 0.042 0.019 98 D 0.930 0.029 0.021 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.055 0.098 0.148 0.358 0.186 0.080 0.055 0.014 0.004 0.002 0.001 100 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.014 0.045 0.078 0.232 0.334 0.286 101 M 0.002 0.003 0.023 0.055 0.166 0.290 0.332 0.085 0.029 0.012 0.002 102 A 0.001 0.005 0.946 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.001 0.005 0.054 0.095 0.149 0.279 0.324 0.071 0.014 0.005 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.200 0.360 0.392 105 R 0.004 0.012 0.447 0.188 0.196 0.082 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.007 0.875 0.076 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.039 0.132 0.120 0.222 0.234 0.232 108 R 0.003 0.004 0.009 0.021 0.047 0.095 0.275 0.206 0.172 0.127 0.039 109 E 0.009 0.037 0.671 0.155 0.056 0.032 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 110 Q 0.007 0.018 0.145 0.116 0.147 0.187 0.223 0.093 0.038 0.018 0.009 111 G 0.037 0.031 0.032 0.038 0.039 0.069 0.175 0.189 0.173 0.140 0.078 112 Y 0.012 0.014 0.024 0.050 0.078 0.129 0.196 0.158 0.147 0.110 0.082 113 A 0.012 0.009 0.035 0.032 0.054 0.063 0.118 0.144 0.178 0.178 0.177 114 S 0.023 0.036 0.060 0.086 0.112 0.104 0.179 0.125 0.125 0.086 0.063 115 A 0.044 0.078 0.062 0.109 0.118 0.115 0.175 0.109 0.094 0.057 0.039 116 E 0.272 0.127 0.069 0.162 0.112 0.077 0.082 0.046 0.028 0.016 0.009 117 H 0.362 0.180 0.069 0.140 0.072 0.051 0.054 0.031 0.020 0.013 0.007 118 I 0.093 0.099 0.043 0.118 0.109 0.119 0.134 0.097 0.084 0.062 0.042 119 P 0.154 0.127 0.054 0.121 0.107 0.096 0.115 0.082 0.065 0.048 0.032 120 F 0.071 0.093 0.082 0.150 0.127 0.139 0.133 0.079 0.058 0.044 0.025 121 V 0.078 0.101 0.090 0.157 0.127 0.123 0.142 0.082 0.053 0.032 0.016 122 G 0.092 0.088 0.054 0.158 0.130 0.117 0.147 0.088 0.065 0.038 0.022 123 G 0.013 0.012 0.018 0.030 0.036 0.056 0.123 0.135 0.213 0.191 0.173 124 G 0.010 0.030 0.039 0.111 0.139 0.148 0.215 0.118 0.099 0.055 0.035 125 T 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.010 0.030 0.074 0.185 0.256 0.422 126 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.025 0.064 0.130 0.218 0.262 0.263 127 C 0.001 0.002 0.005 0.012 0.023 0.024 0.060 0.128 0.224 0.274 0.247 128 V 0.002 0.002 0.007 0.014 0.034 0.036 0.085 0.196 0.209 0.221 0.195 129 L 0.004 0.007 0.016 0.034 0.058 0.055 0.120 0.189 0.201 0.191 0.126 130 L 0.003 0.004 0.010 0.018 0.028 0.034 0.086 0.139 0.227 0.223 0.227 131 P 0.036 0.048 0.060 0.132 0.148 0.135 0.177 0.097 0.084 0.050 0.032 132 M 0.056 0.054 0.069 0.113 0.111 0.116 0.176 0.105 0.095 0.062 0.045 133 T 0.128 0.126 0.070 0.142 0.115 0.105 0.126 0.066 0.053 0.039 0.029 134 I 0.092 0.099 0.045 0.109 0.097 0.108 0.149 0.091 0.084 0.071 0.055 135 Q 0.191 0.149 0.066 0.159 0.121 0.097 0.091 0.050 0.035 0.024 0.017 136 G 0.099 0.097 0.062 0.149 0.123 0.126 0.143 0.076 0.060 0.040 0.025 137 Q 0.012 0.020 0.023 0.057 0.072 0.106 0.171 0.130 0.165 0.128 0.114 138 P 0.005 0.012 0.019 0.046 0.065 0.094 0.166 0.138 0.180 0.149 0.125 139 V 0.001 0.003 0.008 0.015 0.025 0.051 0.109 0.114 0.234 0.219 0.221 140 T 0.001 0.002 0.007 0.011 0.023 0.023 0.068 0.119 0.206 0.225 0.315 141 M 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.012 0.036 0.091 0.208 0.291 0.341 142 G 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.017 0.047 0.112 0.212 0.275 0.309 143 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.022 0.055 0.144 0.215 0.264 0.267 144 G 0.003 0.004 0.014 0.025 0.052 0.051 0.117 0.206 0.194 0.184 0.150 145 G 0.007 0.009 0.026 0.046 0.085 0.072 0.155 0.222 0.166 0.125 0.088 146 A 0.010 0.025 0.042 0.062 0.071 0.074 0.161 0.146 0.175 0.136 0.099 147 L 0.024 0.026 0.035 0.089 0.130 0.156 0.237 0.117 0.097 0.052 0.037 148 D 0.313 0.130 0.157 0.146 0.090 0.054 0.061 0.025 0.014 0.007 0.004 149 R 0.045 0.055 0.069 0.140 0.147 0.138 0.197 0.091 0.060 0.036 0.023 150 I 0.010 0.017 0.014 0.018 0.025 0.045 0.116 0.104 0.200 0.238 0.214 151 K 0.090 0.253 0.198 0.239 0.123 0.047 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 152 Q 0.369 0.124 0.184 0.159 0.075 0.038 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 153 N 0.249 0.186 0.104 0.165 0.095 0.067 0.065 0.036 0.017 0.011 0.005 154 Y 0.028 0.059 0.037 0.100 0.109 0.148 0.211 0.148 0.088 0.053 0.018 155 D 0.094 0.071 0.152 0.144 0.126 0.138 0.133 0.072 0.037 0.025 0.009 156 R 0.061 0.090 0.401 0.221 0.103 0.058 0.040 0.017 0.006 0.003 0.001 157 Y 0.020 0.037 0.068 0.102 0.116 0.147 0.217 0.136 0.082 0.054 0.021 158 L 0.004 0.007 0.012 0.018 0.031 0.070 0.161 0.158 0.226 0.199 0.114 159 E 0.053 0.062 0.241 0.220 0.176 0.103 0.081 0.037 0.016 0.008 0.004 160 L 0.047 0.040 0.230 0.167 0.144 0.122 0.134 0.063 0.028 0.017 0.008 161 L 0.003 0.008 0.017 0.024 0.043 0.086 0.189 0.159 0.205 0.166 0.099 162 L 0.002 0.005 0.011 0.019 0.040 0.081 0.209 0.172 0.204 0.170 0.087 163 N 0.036 0.046 0.457 0.216 0.125 0.060 0.037 0.014 0.006 0.003 0.001 164 G 0.042 0.062 0.252 0.201 0.158 0.106 0.118 0.040 0.012 0.006 0.003 165 V 0.002 0.004 0.011 0.014 0.025 0.048 0.139 0.161 0.236 0.219 0.141 166 Q 0.022 0.019 0.074 0.084 0.119 0.159 0.266 0.124 0.072 0.046 0.015 167 Q 0.008 0.039 0.710 0.160 0.051 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 168 L 0.016 0.023 0.106 0.070 0.100 0.148 0.248 0.137 0.077 0.050 0.025 169 K 0.044 0.048 0.050 0.064 0.067 0.090 0.203 0.159 0.133 0.103 0.039 170 K 0.080 0.182 0.343 0.205 0.089 0.043 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 171 S 0.164 0.103 0.249 0.171 0.114 0.077 0.067 0.033 0.012 0.007 0.003 172 D 0.291 0.189 0.111 0.120 0.074 0.065 0.076 0.040 0.019 0.010 0.005 173 S 0.127 0.090 0.052 0.088 0.091 0.105 0.157 0.120 0.087 0.052 0.032 174 F 0.197 0.126 0.101 0.148 0.111 0.072 0.091 0.067 0.044 0.028 0.016 175 H 0.114 0.078 0.090 0.130 0.111 0.110 0.151 0.092 0.064 0.040 0.019 176 Q 0.138 0.177 0.138 0.186 0.119 0.082 0.073 0.044 0.024 0.012 0.007 177 P 0.154 0.114 0.056 0.141 0.133 0.091 0.126 0.097 0.048 0.026 0.015 178 I 0.172 0.073 0.044 0.085 0.086 0.078 0.137 0.120 0.095 0.069 0.041