# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.171 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.279 0.191 0.212 0.099 0.092 0.041 0.031 0.008 0.033 0.013 0.001 2 N 0.560 0.073 0.108 0.149 0.040 0.018 0.028 0.005 0.011 0.006 0.001 3 A 0.288 0.073 0.093 0.378 0.043 0.026 0.064 0.014 0.015 0.006 0.001 4 L 0.282 0.175 0.268 0.115 0.038 0.029 0.051 0.007 0.028 0.005 0.001 5 F 0.255 0.140 0.363 0.086 0.028 0.078 0.026 0.002 0.019 0.002 0.002 6 S 0.427 0.154 0.220 0.097 0.030 0.047 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 7 S 0.796 0.049 0.076 0.037 0.015 0.016 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 8 R 0.945 0.009 0.015 0.018 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.913 0.010 0.014 0.049 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 10 I 0.921 0.018 0.010 0.041 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.990 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 T 0.082 0.002 0.011 0.886 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.356 0.596 0.001 0.034 0.001 23 E 0.073 0.310 0.491 0.042 0.036 0.035 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 24 T 0.029 0.571 0.258 0.028 0.040 0.055 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 25 V 0.012 0.823 0.077 0.006 0.062 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 26 A 0.009 0.771 0.126 0.004 0.044 0.038 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 I 0.007 0.867 0.057 0.003 0.040 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 28 A 0.010 0.670 0.123 0.006 0.136 0.034 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 29 T 0.011 0.750 0.161 0.005 0.023 0.034 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 30 K 0.125 0.384 0.310 0.030 0.033 0.081 0.009 0.001 0.023 0.001 0.003 31 N 0.094 0.098 0.138 0.270 0.080 0.045 0.215 0.017 0.025 0.019 0.001 32 D 0.028 0.048 0.056 0.074 0.078 0.018 0.395 0.242 0.015 0.045 0.001 33 I 0.051 0.384 0.413 0.057 0.049 0.014 0.013 0.002 0.013 0.002 0.002 34 Y 0.027 0.603 0.226 0.028 0.066 0.023 0.007 0.001 0.015 0.001 0.002 35 L 0.005 0.842 0.089 0.003 0.046 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 Q 0.004 0.847 0.095 0.002 0.027 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 37 Y 0.006 0.789 0.120 0.002 0.035 0.039 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 38 I 0.023 0.756 0.134 0.004 0.044 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 39 Q 0.075 0.539 0.169 0.017 0.127 0.037 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 40 I 0.108 0.584 0.134 0.032 0.084 0.023 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 41 I 0.092 0.520 0.218 0.031 0.067 0.029 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 42 E 0.121 0.366 0.298 0.073 0.062 0.039 0.012 0.001 0.024 0.002 0.002 43 S 0.118 0.226 0.275 0.077 0.140 0.052 0.040 0.011 0.044 0.015 0.001 44 V 0.347 0.180 0.232 0.136 0.054 0.020 0.010 0.002 0.013 0.003 0.003 45 H 0.165 0.306 0.185 0.105 0.117 0.036 0.034 0.007 0.038 0.006 0.001 46 A 0.168 0.256 0.402 0.055 0.034 0.055 0.011 0.001 0.014 0.001 0.004 47 L 0.085 0.593 0.191 0.047 0.031 0.029 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 48 R 0.041 0.548 0.226 0.026 0.087 0.036 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 49 F 0.042 0.641 0.171 0.030 0.054 0.032 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 50 H 0.033 0.498 0.256 0.029 0.073 0.064 0.007 0.001 0.037 0.001 0.001 51 V 0.083 0.457 0.275 0.047 0.059 0.042 0.004 0.001 0.028 0.002 0.001 52 D 0.037 0.223 0.389 0.035 0.056 0.128 0.028 0.001 0.096 0.006 0.002 53 E 0.484 0.042 0.242 0.150 0.019 0.013 0.015 0.002 0.011 0.007 0.015 54 N 0.065 0.016 0.046 0.105 0.052 0.015 0.107 0.470 0.003 0.121 0.001 55 A 0.189 0.150 0.352 0.156 0.063 0.027 0.031 0.009 0.014 0.007 0.002 56 I 0.202 0.308 0.298 0.112 0.021 0.028 0.011 0.002 0.014 0.002 0.002 57 R 0.044 0.443 0.330 0.007 0.049 0.012 0.004 0.001 0.108 0.002 0.001 58 P 0.102 0.016 0.783 0.009 0.004 0.044 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 59 L 0.214 0.410 0.226 0.055 0.045 0.020 0.004 0.002 0.022 0.001 0.001 60 T 0.144 0.361 0.229 0.047 0.135 0.040 0.008 0.001 0.034 0.002 0.001 61 M 0.237 0.397 0.163 0.075 0.066 0.031 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 62 S 0.410 0.188 0.162 0.078 0.084 0.037 0.011 0.002 0.023 0.005 0.001 63 S 0.656 0.074 0.096 0.069 0.050 0.023 0.010 0.002 0.014 0.005 0.001 64 N 0.588 0.032 0.076 0.223 0.023 0.010 0.034 0.005 0.006 0.003 0.001 65 G 0.489 0.017 0.061 0.020 0.055 0.009 0.056 0.204 0.003 0.085 0.001 66 W 0.904 0.032 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 M 0.904 0.043 0.010 0.009 0.026 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 68 L 0.919 0.041 0.019 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 M 0.919 0.031 0.015 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 S 0.887 0.011 0.011 0.059 0.017 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 71 T 0.429 0.025 0.023 0.481 0.007 0.007 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 72 M 0.278 0.074 0.183 0.274 0.022 0.052 0.087 0.005 0.022 0.004 0.001 73 N 0.121 0.071 0.491 0.058 0.018 0.137 0.035 0.001 0.060 0.007 0.001 74 D 0.955 0.001 0.024 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.975 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.943 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.981 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.980 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.983 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.951 0.004 0.003 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.733 0.015 0.021 0.204 0.006 0.005 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 84 A 0.581 0.028 0.086 0.251 0.007 0.009 0.028 0.002 0.007 0.001 0.001 85 N 0.346 0.051 0.108 0.239 0.024 0.028 0.170 0.015 0.012 0.007 0.001 86 T 0.235 0.163 0.332 0.128 0.038 0.044 0.030 0.003 0.025 0.002 0.001 87 I 0.299 0.184 0.361 0.068 0.018 0.041 0.006 0.001 0.019 0.001 0.002 88 T 0.196 0.271 0.334 0.076 0.027 0.058 0.009 0.001 0.026 0.001 0.002 89 Q 0.156 0.248 0.304 0.122 0.059 0.057 0.017 0.004 0.027 0.005 0.001 90 K 0.104 0.322 0.285 0.066 0.054 0.053 0.021 0.002 0.085 0.007 0.002 91 D 0.319 0.048 0.375 0.142 0.023 0.019 0.045 0.002 0.012 0.007 0.006 92 G 0.041 0.011 0.032 0.042 0.067 0.011 0.060 0.557 0.003 0.176 0.001 93 I 0.237 0.231 0.325 0.109 0.045 0.027 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 94 R 0.273 0.306 0.242 0.076 0.025 0.045 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 95 F 0.198 0.276 0.249 0.103 0.081 0.050 0.011 0.002 0.026 0.004 0.001 96 E 0.054 0.083 0.509 0.033 0.053 0.173 0.009 0.001 0.079 0.005 0.001 97 V 0.963 0.001 0.025 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.983 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.951 0.002 0.003 0.038 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.167 0.006 0.033 0.752 0.002 0.002 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 111 G 0.021 0.004 0.025 0.008 0.016 0.003 0.212 0.648 0.001 0.061 0.001 112 Y 0.132 0.411 0.325 0.051 0.030 0.036 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 113 A 0.100 0.396 0.297 0.043 0.076 0.055 0.005 0.001 0.025 0.002 0.001 114 S 0.228 0.392 0.210 0.058 0.054 0.034 0.004 0.001 0.016 0.001 0.002 115 A 0.240 0.243 0.192 0.103 0.108 0.046 0.022 0.002 0.038 0.004 0.001 116 E 0.337 0.142 0.138 0.263 0.046 0.017 0.033 0.003 0.014 0.003 0.003 117 H 0.144 0.122 0.149 0.262 0.077 0.034 0.149 0.033 0.019 0.011 0.001 118 I 0.017 0.333 0.443 0.006 0.021 0.009 0.007 0.001 0.161 0.001 0.001 119 P 0.056 0.009 0.857 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 120 F 0.047 0.261 0.515 0.045 0.023 0.060 0.004 0.002 0.040 0.001 0.002 121 V 0.133 0.283 0.405 0.081 0.045 0.010 0.009 0.001 0.027 0.003 0.003 122 G 0.022 0.020 0.076 0.042 0.198 0.019 0.098 0.251 0.007 0.267 0.001 123 G 0.080 0.195 0.248 0.138 0.190 0.026 0.033 0.042 0.017 0.031 0.001 124 G 0.083 0.307 0.234 0.081 0.167 0.030 0.021 0.025 0.018 0.033 0.001 125 T 0.050 0.510 0.180 0.059 0.142 0.029 0.008 0.003 0.013 0.004 0.001 126 I 0.080 0.567 0.179 0.050 0.079 0.023 0.005 0.001 0.013 0.001 0.002 127 C 0.054 0.532 0.162 0.052 0.145 0.028 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 128 V 0.014 0.739 0.141 0.007 0.044 0.012 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 129 L 0.014 0.054 0.764 0.008 0.004 0.139 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 130 L 0.006 0.449 0.205 0.002 0.020 0.010 0.002 0.001 0.305 0.001 0.001 131 P 0.117 0.005 0.744 0.009 0.005 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.084 132 M 0.236 0.206 0.195 0.194 0.057 0.045 0.018 0.020 0.023 0.005 0.001 133 T 0.279 0.162 0.323 0.101 0.056 0.025 0.016 0.004 0.020 0.012 0.002 134 I 0.385 0.120 0.148 0.229 0.031 0.019 0.032 0.003 0.024 0.007 0.004 135 Q 0.082 0.028 0.175 0.312 0.028 0.019 0.270 0.046 0.006 0.034 0.001 136 G 0.019 0.018 0.068 0.028 0.050 0.010 0.085 0.563 0.004 0.155 0.001 137 Q 0.039 0.323 0.565 0.007 0.022 0.009 0.002 0.001 0.031 0.002 0.001 138 P 0.065 0.031 0.825 0.009 0.004 0.051 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 139 V 0.166 0.573 0.119 0.031 0.080 0.012 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 140 T 0.111 0.527 0.140 0.020 0.154 0.023 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 141 M 0.081 0.702 0.102 0.020 0.049 0.015 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 142 G 0.119 0.289 0.230 0.035 0.210 0.060 0.009 0.002 0.043 0.003 0.001 143 L 0.141 0.535 0.163 0.064 0.053 0.016 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 144 G 0.178 0.182 0.178 0.125 0.219 0.023 0.038 0.017 0.017 0.023 0.001 145 G 0.103 0.128 0.233 0.022 0.325 0.027 0.020 0.018 0.058 0.066 0.001 146 A 0.540 0.033 0.348 0.034 0.008 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 147 L 0.695 0.071 0.123 0.058 0.017 0.021 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 148 D 0.771 0.044 0.055 0.071 0.028 0.010 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 149 R 0.592 0.108 0.063 0.147 0.046 0.013 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 150 I 0.501 0.138 0.196 0.075 0.029 0.033 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 151 K 0.623 0.077 0.173 0.057 0.014 0.033 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 152 Q 0.894 0.010 0.036 0.041 0.004 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 153 N 0.744 0.011 0.028 0.174 0.008 0.014 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 154 Y 0.811 0.026 0.038 0.083 0.007 0.015 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 155 D 0.956 0.007 0.015 0.012 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 156 R 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 Y 0.981 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.981 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 N 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 G 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.982 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 K 0.954 0.002 0.004 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 171 S 0.934 0.002 0.007 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 172 D 0.670 0.007 0.022 0.268 0.003 0.005 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 173 S 0.362 0.024 0.051 0.402 0.007 0.009 0.124 0.013 0.005 0.003 0.001 174 F 0.231 0.044 0.125 0.158 0.018 0.028 0.353 0.024 0.007 0.011 0.001 175 H 0.181 0.124 0.201 0.325 0.026 0.049 0.069 0.009 0.011 0.003 0.002 176 Q 0.027 0.363 0.402 0.009 0.029 0.011 0.007 0.001 0.148 0.003 0.001 177 P 0.091 0.011 0.808 0.008 0.003 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 178 I 0.210 0.286 0.333 0.077 0.029 0.033 0.004 0.002 0.023 0.001 0.002