# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.171 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.072 0.265 0.155 0.036 0.161 0.018 0.024 0.114 0.060 0.068 0.029 2 N 0.024 0.042 0.026 0.022 0.037 0.024 0.050 0.375 0.272 0.097 0.031 3 A 0.073 0.087 0.042 0.013 0.115 0.016 0.046 0.242 0.137 0.191 0.039 4 L 0.081 0.161 0.048 0.010 0.156 0.013 0.023 0.283 0.104 0.080 0.041 5 F 0.052 0.111 0.056 0.016 0.098 0.021 0.045 0.430 0.081 0.059 0.031 6 S 0.065 0.137 0.034 0.005 0.099 0.009 0.021 0.383 0.104 0.113 0.030 7 S 0.023 0.044 0.011 0.004 0.033 0.004 0.008 0.680 0.142 0.036 0.016 8 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.011 0.865 0.105 0.005 0.001 9 D 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.904 0.044 0.029 0.002 10 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.904 0.067 0.017 0.002 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.044 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 17 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.023 0.006 0.001 18 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.071 0.003 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.859 0.135 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.613 0.081 0.037 0.001 21 T 0.002 0.825 0.123 0.005 0.015 0.004 0.010 0.009 0.003 0.004 0.001 22 G 0.028 0.004 0.005 0.024 0.007 0.010 0.004 0.010 0.011 0.468 0.428 23 E 0.042 0.545 0.096 0.004 0.221 0.003 0.009 0.032 0.015 0.023 0.010 24 T 0.350 0.048 0.002 0.001 0.564 0.002 0.009 0.007 0.003 0.005 0.009 25 V 0.220 0.160 0.024 0.005 0.522 0.009 0.011 0.012 0.007 0.004 0.027 26 A 0.355 0.042 0.005 0.002 0.529 0.009 0.007 0.012 0.004 0.004 0.030 27 I 0.252 0.124 0.014 0.002 0.520 0.003 0.006 0.018 0.011 0.013 0.037 28 A 0.229 0.161 0.012 0.002 0.500 0.004 0.010 0.019 0.005 0.019 0.040 29 T 0.257 0.169 0.072 0.016 0.297 0.015 0.016 0.034 0.016 0.033 0.076 30 K 0.089 0.046 0.059 0.210 0.070 0.159 0.069 0.130 0.055 0.059 0.053 31 N 0.016 0.158 0.127 0.241 0.039 0.145 0.174 0.043 0.026 0.026 0.006 32 D 0.041 0.018 0.031 0.075 0.031 0.015 0.008 0.022 0.033 0.547 0.178 33 I 0.130 0.275 0.061 0.009 0.263 0.018 0.050 0.040 0.073 0.037 0.045 34 Y 0.208 0.171 0.017 0.007 0.506 0.013 0.019 0.012 0.005 0.015 0.028 35 L 0.322 0.053 0.004 0.001 0.603 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 36 Q 0.153 0.081 0.006 0.001 0.744 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 37 Y 0.392 0.040 0.002 0.001 0.535 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 38 I 0.330 0.067 0.006 0.002 0.490 0.009 0.013 0.011 0.009 0.007 0.056 39 Q 0.183 0.196 0.026 0.007 0.459 0.016 0.018 0.025 0.016 0.016 0.039 40 I 0.290 0.100 0.011 0.002 0.394 0.006 0.018 0.036 0.027 0.060 0.056 41 I 0.118 0.265 0.105 0.021 0.276 0.024 0.031 0.043 0.032 0.036 0.051 42 E 0.112 0.196 0.097 0.043 0.164 0.051 0.066 0.077 0.050 0.087 0.056 43 S 0.066 0.347 0.184 0.019 0.180 0.008 0.015 0.062 0.046 0.048 0.024 44 V 0.040 0.048 0.021 0.014 0.058 0.022 0.068 0.320 0.305 0.077 0.027 45 H 0.057 0.206 0.090 0.020 0.153 0.023 0.042 0.193 0.108 0.079 0.026 46 A 0.260 0.091 0.011 0.002 0.278 0.005 0.028 0.152 0.075 0.058 0.039 47 L 0.183 0.134 0.018 0.005 0.378 0.015 0.040 0.111 0.048 0.030 0.039 48 R 0.253 0.096 0.017 0.008 0.424 0.017 0.022 0.057 0.023 0.030 0.051 49 F 0.168 0.167 0.037 0.008 0.386 0.014 0.022 0.068 0.027 0.046 0.057 50 H 0.210 0.113 0.043 0.009 0.419 0.008 0.020 0.039 0.016 0.056 0.067 51 V 0.116 0.266 0.172 0.032 0.201 0.024 0.030 0.040 0.023 0.051 0.046 52 D 0.060 0.269 0.361 0.048 0.127 0.019 0.012 0.042 0.019 0.020 0.022 53 E 0.013 0.133 0.037 0.045 0.025 0.064 0.192 0.217 0.237 0.027 0.010 54 N 0.023 0.033 0.044 0.093 0.028 0.035 0.025 0.050 0.058 0.524 0.088 55 A 0.103 0.200 0.066 0.010 0.254 0.009 0.018 0.081 0.073 0.128 0.058 56 I 0.178 0.135 0.048 0.024 0.243 0.024 0.048 0.082 0.058 0.089 0.070 57 R 0.064 0.329 0.188 0.044 0.181 0.035 0.033 0.054 0.027 0.025 0.021 58 P 0.224 0.125 0.035 0.009 0.346 0.012 0.020 0.102 0.057 0.035 0.036 59 L 0.233 0.138 0.020 0.003 0.380 0.007 0.019 0.084 0.046 0.030 0.039 60 T 0.176 0.134 0.034 0.012 0.326 0.022 0.030 0.088 0.030 0.054 0.095 61 M 0.166 0.149 0.043 0.016 0.232 0.021 0.028 0.130 0.053 0.083 0.080 62 S 0.085 0.145 0.096 0.035 0.149 0.025 0.047 0.220 0.061 0.087 0.048 63 S 0.046 0.063 0.032 0.025 0.060 0.021 0.043 0.469 0.131 0.081 0.028 64 N 0.018 0.035 0.018 0.035 0.027 0.028 0.042 0.600 0.106 0.071 0.020 65 G 0.015 0.024 0.025 0.032 0.018 0.016 0.015 0.676 0.126 0.039 0.015 66 W 0.018 0.029 0.003 0.001 0.025 0.001 0.004 0.837 0.052 0.026 0.004 67 M 0.016 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.866 0.038 0.025 0.003 68 L 0.010 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.012 0.818 0.119 0.016 0.004 69 M 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.030 0.667 0.273 0.012 0.002 70 S 0.006 0.017 0.009 0.002 0.011 0.004 0.111 0.548 0.250 0.040 0.004 71 T 0.026 0.049 0.040 0.005 0.034 0.007 0.108 0.285 0.123 0.284 0.039 72 M 0.027 0.449 0.184 0.011 0.078 0.012 0.020 0.086 0.024 0.088 0.022 73 N 0.034 0.435 0.190 0.009 0.092 0.004 0.008 0.128 0.052 0.030 0.017 74 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.705 0.274 0.006 0.002 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.908 0.079 0.005 0.001 76 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.032 0.027 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.048 0.005 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.027 0.004 0.001 80 T 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.042 0.013 0.001 81 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.840 0.139 0.008 0.001 82 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.798 0.147 0.011 0.001 83 R 0.015 0.022 0.017 0.003 0.019 0.005 0.115 0.540 0.125 0.129 0.010 84 A 0.039 0.319 0.098 0.008 0.103 0.011 0.034 0.217 0.081 0.066 0.023 85 N 0.065 0.053 0.027 0.019 0.065 0.021 0.050 0.217 0.123 0.254 0.107 86 T 0.128 0.160 0.047 0.006 0.217 0.008 0.028 0.162 0.103 0.101 0.039 87 I 0.090 0.176 0.053 0.012 0.230 0.023 0.058 0.172 0.097 0.052 0.036 88 T 0.122 0.166 0.062 0.010 0.285 0.014 0.042 0.144 0.054 0.060 0.042 89 Q 0.181 0.135 0.089 0.012 0.202 0.012 0.032 0.048 0.027 0.168 0.093 90 K 0.027 0.329 0.447 0.051 0.072 0.016 0.006 0.022 0.009 0.009 0.012 91 D 0.011 0.144 0.049 0.058 0.022 0.077 0.279 0.202 0.128 0.021 0.009 92 G 0.018 0.029 0.033 0.061 0.023 0.015 0.008 0.036 0.056 0.644 0.077 93 I 0.070 0.373 0.061 0.005 0.293 0.009 0.014 0.051 0.049 0.050 0.025 94 R 0.180 0.105 0.041 0.012 0.269 0.012 0.029 0.108 0.062 0.079 0.105 95 F 0.039 0.342 0.159 0.053 0.107 0.059 0.052 0.068 0.020 0.076 0.025 96 E 0.015 0.577 0.295 0.005 0.072 0.001 0.002 0.015 0.005 0.006 0.006 97 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.654 0.336 0.002 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.061 0.001 0.001 99 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.015 0.005 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.002 0.001 101 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.076 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.011 0.004 0.001 107 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.073 0.012 0.001 108 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.857 0.130 0.002 0.001 109 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.094 0.779 0.092 0.026 0.001 110 Q 0.011 0.418 0.132 0.014 0.043 0.017 0.095 0.152 0.046 0.061 0.012 111 G 0.069 0.066 0.049 0.046 0.063 0.027 0.020 0.081 0.058 0.314 0.207 112 Y 0.130 0.262 0.055 0.007 0.307 0.006 0.013 0.069 0.028 0.080 0.042 113 A 0.209 0.188 0.032 0.006 0.437 0.006 0.017 0.034 0.014 0.027 0.031 114 S 0.144 0.239 0.115 0.033 0.263 0.029 0.032 0.047 0.025 0.029 0.045 115 A 0.119 0.184 0.104 0.048 0.187 0.041 0.037 0.107 0.066 0.054 0.053 116 E 0.061 0.138 0.064 0.040 0.100 0.038 0.084 0.168 0.151 0.113 0.045 117 H 0.073 0.088 0.067 0.039 0.106 0.029 0.043 0.066 0.072 0.306 0.111 118 I 0.113 0.323 0.099 0.008 0.334 0.007 0.011 0.026 0.019 0.031 0.030 119 P 0.180 0.207 0.089 0.016 0.296 0.015 0.029 0.038 0.028 0.043 0.060 120 F 0.123 0.243 0.183 0.043 0.186 0.029 0.026 0.048 0.027 0.038 0.053 121 V 0.039 0.145 0.083 0.115 0.063 0.117 0.164 0.117 0.073 0.053 0.031 122 G 0.059 0.050 0.075 0.207 0.062 0.050 0.031 0.050 0.045 0.286 0.084 123 G 0.086 0.171 0.106 0.060 0.178 0.034 0.042 0.077 0.078 0.120 0.049 124 G 0.114 0.164 0.090 0.054 0.208 0.040 0.052 0.066 0.063 0.089 0.061 125 T 0.218 0.164 0.034 0.009 0.374 0.013 0.026 0.041 0.036 0.043 0.042 126 I 0.227 0.102 0.020 0.009 0.471 0.016 0.029 0.031 0.031 0.022 0.043 127 C 0.237 0.108 0.033 0.014 0.346 0.035 0.050 0.028 0.032 0.046 0.072 128 V 0.083 0.321 0.106 0.013 0.386 0.011 0.017 0.013 0.009 0.016 0.026 129 L 0.380 0.066 0.012 0.002 0.472 0.002 0.005 0.003 0.004 0.022 0.032 130 L 0.015 0.580 0.302 0.009 0.077 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 131 P 0.062 0.340 0.131 0.034 0.135 0.029 0.061 0.084 0.067 0.022 0.035 132 M 0.079 0.125 0.124 0.026 0.120 0.015 0.029 0.120 0.115 0.197 0.048 133 T 0.053 0.102 0.172 0.057 0.084 0.046 0.042 0.190 0.110 0.105 0.040 134 I 0.022 0.160 0.083 0.115 0.040 0.138 0.175 0.129 0.072 0.047 0.018 135 Q 0.029 0.065 0.062 0.264 0.034 0.062 0.045 0.029 0.033 0.281 0.094 136 G 0.045 0.080 0.097 0.151 0.061 0.046 0.018 0.021 0.029 0.325 0.127 137 Q 0.061 0.462 0.185 0.019 0.213 0.006 0.008 0.010 0.007 0.012 0.016 138 P 0.350 0.101 0.018 0.007 0.370 0.010 0.027 0.031 0.033 0.015 0.039 139 V 0.214 0.156 0.026 0.009 0.442 0.025 0.030 0.030 0.019 0.017 0.033 140 T 0.329 0.068 0.009 0.003 0.510 0.007 0.007 0.013 0.005 0.012 0.038 141 M 0.242 0.121 0.028 0.008 0.456 0.012 0.014 0.024 0.014 0.019 0.062 142 G 0.222 0.142 0.034 0.010 0.415 0.012 0.016 0.030 0.014 0.033 0.071 143 L 0.199 0.124 0.031 0.018 0.253 0.019 0.029 0.075 0.043 0.114 0.096 144 G 0.080 0.115 0.084 0.140 0.108 0.083 0.080 0.087 0.049 0.114 0.059 145 G 0.029 0.231 0.254 0.120 0.077 0.042 0.043 0.101 0.049 0.040 0.014 146 A 0.142 0.077 0.025 0.006 0.203 0.007 0.027 0.226 0.178 0.083 0.025 147 L 0.043 0.053 0.013 0.005 0.071 0.011 0.038 0.340 0.344 0.061 0.022 148 D 0.036 0.060 0.022 0.013 0.067 0.030 0.087 0.428 0.162 0.064 0.030 149 R 0.086 0.075 0.032 0.006 0.127 0.008 0.038 0.372 0.098 0.123 0.035 150 I 0.093 0.192 0.042 0.006 0.174 0.009 0.024 0.241 0.062 0.122 0.036 151 K 0.055 0.231 0.099 0.019 0.123 0.013 0.016 0.291 0.090 0.036 0.026 152 Q 0.004 0.013 0.005 0.002 0.007 0.004 0.016 0.748 0.183 0.014 0.004 153 N 0.009 0.014 0.006 0.002 0.013 0.003 0.025 0.722 0.117 0.084 0.007 154 Y 0.012 0.037 0.007 0.001 0.020 0.002 0.008 0.713 0.129 0.062 0.009 155 D 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.849 0.110 0.013 0.003 156 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.913 0.069 0.006 0.001 157 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.026 0.014 0.001 158 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.945 0.041 0.005 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.008 0.005 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.003 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.039 0.001 0.001 164 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.025 0.009 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.085 0.005 0.001 166 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.074 0.002 0.001 167 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.047 0.003 0.001 168 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.907 0.057 0.015 0.001 169 K 0.006 0.015 0.003 0.001 0.008 0.001 0.009 0.840 0.089 0.025 0.003 170 K 0.007 0.007 0.004 0.002 0.006 0.003 0.038 0.742 0.148 0.037 0.005 171 S 0.010 0.030 0.025 0.005 0.015 0.008 0.068 0.610 0.164 0.059 0.007 172 D 0.028 0.086 0.045 0.015 0.041 0.019 0.114 0.318 0.156 0.149 0.029 173 S 0.057 0.126 0.058 0.028 0.079 0.024 0.050 0.157 0.103 0.241 0.078 174 F 0.074 0.126 0.066 0.040 0.115 0.028 0.051 0.110 0.073 0.227 0.091 175 H 0.131 0.152 0.091 0.041 0.194 0.026 0.042 0.066 0.047 0.147 0.064 176 Q 0.086 0.332 0.150 0.023 0.257 0.016 0.022 0.039 0.025 0.030 0.020 177 P 0.211 0.154 0.041 0.007 0.408 0.010 0.021 0.049 0.039 0.029 0.031 178 I 0.205 0.169 0.035 0.006 0.377 0.010 0.022 0.050 0.046 0.033 0.047