# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 214.171 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.534 0.203 0.122 0.086 0.043 0.011 0.001 2 N 0.546 0.258 0.114 0.057 0.019 0.006 0.001 3 A 0.395 0.262 0.182 0.106 0.038 0.016 0.002 4 L 0.192 0.169 0.248 0.233 0.117 0.038 0.003 5 F 0.258 0.325 0.229 0.124 0.049 0.013 0.001 6 S 0.070 0.072 0.094 0.180 0.276 0.263 0.045 7 S 0.065 0.159 0.228 0.260 0.195 0.087 0.006 8 R 0.218 0.351 0.256 0.124 0.039 0.012 0.001 9 D 0.058 0.165 0.292 0.297 0.149 0.034 0.004 10 I 0.014 0.026 0.042 0.109 0.333 0.419 0.056 11 L 0.017 0.095 0.248 0.383 0.190 0.064 0.002 12 E 0.299 0.483 0.140 0.055 0.018 0.005 0.001 13 V 0.012 0.046 0.140 0.333 0.292 0.162 0.015 14 L 0.014 0.029 0.060 0.138 0.382 0.344 0.033 15 Q 0.097 0.321 0.313 0.185 0.067 0.016 0.001 16 D 0.146 0.337 0.267 0.174 0.062 0.014 0.001 17 I 0.026 0.036 0.082 0.221 0.342 0.271 0.022 18 H 0.113 0.196 0.247 0.250 0.153 0.038 0.002 19 M 0.378 0.366 0.150 0.069 0.028 0.008 0.001 20 E 0.266 0.285 0.198 0.154 0.071 0.024 0.003 21 T 0.120 0.117 0.138 0.208 0.235 0.154 0.027 22 G 0.153 0.206 0.223 0.188 0.134 0.077 0.019 23 E 0.053 0.064 0.095 0.142 0.230 0.278 0.138 24 T 0.022 0.025 0.039 0.079 0.148 0.307 0.380 25 V 0.007 0.008 0.012 0.026 0.078 0.300 0.569 26 A 0.014 0.023 0.035 0.068 0.139 0.291 0.430 27 I 0.009 0.014 0.021 0.045 0.124 0.349 0.437 28 A 0.010 0.021 0.034 0.080 0.139 0.379 0.336 29 T 0.024 0.054 0.113 0.223 0.262 0.243 0.081 30 K 0.064 0.129 0.216 0.273 0.191 0.109 0.017 31 N 0.291 0.306 0.187 0.118 0.068 0.028 0.003 32 D 0.351 0.342 0.158 0.089 0.039 0.017 0.003 33 I 0.100 0.132 0.181 0.250 0.228 0.096 0.013 34 Y 0.056 0.161 0.209 0.249 0.180 0.125 0.019 35 L 0.027 0.041 0.077 0.159 0.263 0.333 0.099 36 Q 0.022 0.049 0.102 0.185 0.261 0.286 0.095 37 Y 0.010 0.022 0.042 0.076 0.183 0.401 0.266 38 I 0.012 0.020 0.037 0.089 0.155 0.365 0.323 39 Q 0.040 0.108 0.148 0.206 0.244 0.188 0.065 40 I 0.035 0.094 0.159 0.242 0.226 0.188 0.056 41 I 0.033 0.050 0.086 0.170 0.302 0.296 0.063 42 E 0.106 0.196 0.200 0.199 0.170 0.105 0.023 43 S 0.110 0.123 0.127 0.194 0.212 0.177 0.056 44 V 0.156 0.197 0.222 0.196 0.133 0.078 0.018 45 H 0.124 0.169 0.220 0.234 0.136 0.093 0.024 46 A 0.108 0.107 0.131 0.180 0.205 0.184 0.086 47 L 0.044 0.037 0.038 0.089 0.181 0.376 0.236 48 R 0.062 0.106 0.146 0.208 0.191 0.199 0.087 49 F 0.044 0.058 0.076 0.136 0.226 0.319 0.140 50 H 0.079 0.129 0.153 0.199 0.198 0.176 0.066 51 V 0.068 0.078 0.118 0.212 0.247 0.214 0.063 52 D 0.220 0.286 0.219 0.141 0.083 0.042 0.008 53 E 0.220 0.201 0.190 0.197 0.112 0.066 0.013 54 N 0.328 0.221 0.140 0.123 0.111 0.062 0.015 55 A 0.197 0.245 0.190 0.176 0.108 0.067 0.018 56 I 0.079 0.092 0.138 0.201 0.247 0.185 0.058 57 R 0.077 0.108 0.125 0.172 0.209 0.224 0.086 58 P 0.055 0.059 0.067 0.110 0.169 0.288 0.252 59 L 0.031 0.024 0.033 0.077 0.117 0.277 0.441 60 T 0.024 0.027 0.029 0.052 0.107 0.292 0.470 61 M 0.028 0.026 0.028 0.055 0.115 0.262 0.486 62 S 0.025 0.028 0.024 0.048 0.078 0.255 0.541 63 S 0.019 0.022 0.034 0.075 0.102 0.243 0.505 64 N 0.016 0.024 0.035 0.076 0.124 0.227 0.498 65 G 0.011 0.016 0.021 0.035 0.110 0.304 0.503 66 W 0.011 0.020 0.030 0.058 0.130 0.265 0.486 67 M 0.012 0.014 0.024 0.067 0.096 0.258 0.528 68 L 0.007 0.008 0.014 0.040 0.101 0.339 0.490 69 M 0.012 0.019 0.030 0.068 0.168 0.376 0.328 70 S 0.025 0.070 0.108 0.154 0.264 0.301 0.077 71 T 0.051 0.174 0.251 0.274 0.158 0.082 0.009 72 M 0.046 0.085 0.185 0.334 0.262 0.082 0.004 73 N 0.286 0.315 0.207 0.115 0.063 0.015 0.001 74 D 0.519 0.323 0.099 0.043 0.014 0.002 0.001 75 K 0.628 0.309 0.048 0.013 0.002 0.001 0.001 76 A 0.142 0.355 0.298 0.164 0.035 0.005 0.001 77 I 0.029 0.063 0.152 0.303 0.357 0.093 0.003 78 D 0.081 0.290 0.337 0.223 0.059 0.010 0.001 79 N 0.138 0.361 0.293 0.162 0.038 0.007 0.001 80 T 0.011 0.040 0.121 0.298 0.365 0.159 0.007 81 V 0.027 0.052 0.103 0.209 0.365 0.224 0.020 82 R 0.116 0.342 0.312 0.162 0.053 0.014 0.001 83 R 0.141 0.290 0.261 0.217 0.071 0.018 0.001 84 A 0.105 0.157 0.246 0.268 0.170 0.050 0.002 85 N 0.214 0.342 0.215 0.140 0.067 0.020 0.001 86 T 0.091 0.114 0.181 0.258 0.255 0.093 0.007 87 I 0.205 0.292 0.244 0.160 0.076 0.021 0.001 88 T 0.249 0.291 0.233 0.145 0.058 0.021 0.002 89 Q 0.176 0.163 0.190 0.225 0.169 0.069 0.008 90 K 0.225 0.236 0.214 0.178 0.099 0.042 0.005 91 D 0.323 0.296 0.177 0.117 0.058 0.026 0.004 92 G 0.166 0.220 0.228 0.208 0.115 0.054 0.009 93 I 0.072 0.099 0.111 0.178 0.282 0.229 0.030 94 R 0.054 0.127 0.238 0.250 0.194 0.123 0.015 95 F 0.063 0.126 0.203 0.284 0.220 0.093 0.012 96 E 0.123 0.242 0.250 0.184 0.140 0.056 0.005 97 V 0.045 0.101 0.171 0.307 0.247 0.122 0.007 98 D 0.446 0.411 0.102 0.027 0.011 0.003 0.001 99 D 0.080 0.306 0.340 0.229 0.039 0.006 0.001 100 M 0.007 0.017 0.041 0.098 0.429 0.378 0.030 101 M 0.005 0.060 0.227 0.506 0.164 0.037 0.001 102 A 0.318 0.554 0.086 0.028 0.012 0.002 0.001 103 R 0.008 0.062 0.250 0.485 0.165 0.029 0.001 104 I 0.004 0.009 0.019 0.051 0.344 0.532 0.041 105 R 0.037 0.224 0.401 0.257 0.069 0.012 0.001 106 Q 0.098 0.360 0.323 0.178 0.035 0.006 0.001 107 V 0.009 0.016 0.041 0.130 0.386 0.390 0.029 108 R 0.028 0.077 0.167 0.346 0.278 0.098 0.007 109 E 0.196 0.403 0.229 0.107 0.043 0.019 0.002 110 Q 0.069 0.161 0.318 0.321 0.097 0.031 0.004 111 G 0.093 0.121 0.117 0.181 0.266 0.196 0.027 112 Y 0.052 0.093 0.146 0.231 0.260 0.182 0.037 113 A 0.086 0.081 0.097 0.171 0.198 0.264 0.104 114 S 0.092 0.125 0.176 0.244 0.197 0.124 0.042 115 A 0.145 0.178 0.164 0.182 0.170 0.122 0.039 116 E 0.195 0.256 0.215 0.172 0.104 0.048 0.010 117 H 0.284 0.287 0.170 0.140 0.072 0.038 0.008 118 I 0.087 0.105 0.141 0.210 0.242 0.174 0.042 119 P 0.092 0.102 0.117 0.194 0.235 0.199 0.062 120 F 0.111 0.171 0.203 0.208 0.161 0.114 0.032 121 V 0.076 0.129 0.188 0.220 0.196 0.144 0.047 122 G 0.044 0.072 0.101 0.168 0.218 0.244 0.154 123 G 0.006 0.009 0.016 0.045 0.162 0.390 0.373 124 G 0.003 0.008 0.019 0.043 0.127 0.343 0.457 125 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.188 0.780 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.896 127 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.095 0.893 128 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.126 0.860 129 L 0.001 0.002 0.003 0.012 0.037 0.210 0.736 130 L 0.002 0.004 0.008 0.027 0.089 0.360 0.509 131 P 0.012 0.039 0.079 0.156 0.248 0.313 0.151 132 M 0.026 0.065 0.114 0.202 0.258 0.263 0.073 133 T 0.084 0.152 0.189 0.204 0.193 0.143 0.035 134 I 0.139 0.169 0.173 0.202 0.176 0.112 0.029 135 Q 0.182 0.208 0.174 0.158 0.152 0.098 0.028 136 G 0.061 0.126 0.171 0.220 0.205 0.160 0.057 137 Q 0.016 0.027 0.049 0.110 0.256 0.363 0.179 138 P 0.006 0.011 0.021 0.054 0.151 0.382 0.374 139 V 0.001 0.002 0.003 0.008 0.036 0.250 0.700 140 T 0.001 0.001 0.003 0.010 0.026 0.142 0.818 141 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.110 0.879 142 G 0.001 0.002 0.003 0.009 0.024 0.141 0.821 143 L 0.001 0.003 0.004 0.015 0.041 0.230 0.706 144 G 0.007 0.015 0.025 0.073 0.147 0.354 0.379 145 G 0.012 0.027 0.045 0.094 0.219 0.355 0.247 146 A 0.029 0.064 0.081 0.128 0.200 0.302 0.195 147 L 0.057 0.113 0.167 0.207 0.224 0.169 0.062 148 D 0.127 0.202 0.185 0.177 0.174 0.111 0.023 149 R 0.056 0.112 0.180 0.252 0.227 0.147 0.027 150 I 0.059 0.067 0.107 0.228 0.293 0.217 0.029 151 K 0.209 0.305 0.243 0.148 0.073 0.021 0.001 152 Q 0.450 0.328 0.131 0.066 0.020 0.004 0.001 153 N 0.348 0.310 0.182 0.110 0.040 0.009 0.001 154 Y 0.139 0.172 0.254 0.272 0.124 0.038 0.002 155 D 0.290 0.278 0.220 0.127 0.065 0.018 0.001 156 R 0.372 0.373 0.158 0.072 0.020 0.005 0.001 157 Y 0.072 0.152 0.240 0.271 0.194 0.065 0.007 158 L 0.033 0.059 0.086 0.164 0.317 0.303 0.039 159 E 0.048 0.180 0.294 0.288 0.140 0.048 0.003 160 L 0.086 0.221 0.265 0.245 0.132 0.047 0.005 161 L 0.013 0.040 0.096 0.203 0.307 0.304 0.038 162 L 0.021 0.044 0.098 0.237 0.350 0.228 0.022 163 N 0.173 0.403 0.252 0.116 0.045 0.011 0.001 164 G 0.182 0.353 0.230 0.163 0.059 0.012 0.001 165 V 0.042 0.067 0.136 0.280 0.319 0.149 0.006 166 Q 0.164 0.242 0.255 0.207 0.110 0.021 0.001 167 Q 0.490 0.374 0.098 0.029 0.008 0.001 0.001 168 L 0.237 0.243 0.249 0.195 0.064 0.011 0.001 169 K 0.271 0.206 0.219 0.184 0.099 0.020 0.001 170 K 0.584 0.270 0.090 0.039 0.014 0.003 0.001 171 S 0.636 0.227 0.083 0.039 0.011 0.003 0.001 172 D 0.538 0.231 0.129 0.072 0.022 0.007 0.001 173 S 0.473 0.205 0.142 0.102 0.053 0.023 0.003 174 F 0.407 0.194 0.144 0.129 0.082 0.039 0.006 175 H 0.407 0.219 0.150 0.108 0.072 0.038 0.006 176 Q 0.515 0.241 0.118 0.073 0.034 0.016 0.003 177 P 0.639 0.189 0.078 0.050 0.026 0.014 0.004 178 I 0.563 0.158 0.103 0.087 0.051 0.030 0.009