(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0412
                                                10                  20 
                                                |                   | 
   1 ...S.....N.....A....L....F....S...SR...D...I....LE..V....LQDIHMET
   2 cniK.....N.....E....N....N....I...FE...I...I....KK..H....MKNIRNLT
   3 cniK.....N.....E....N....N....I...FE...I...I....KK..H....MKNIRNLT
   4 cniK.....N.....E....N....N....I...FE...I...I....KK..H....MKNIRNLT
   5 yamL.....S.....N....L....S....I...RA...V...A....RP..L....MEEMAGYA
   6 ytmM.....A.....N....V....S....I...NN...L...V....TP..Y....MEELADYA
   7 yamL.....S.....N....L....S....I...RA...L...A....RP..L....MEEMAGYA
   8 yamL.....S.....N....L....S....I...RA...L...A....RP..L....MEEMAGYA
   9 yaaL.....A.....N....L....G....V...RH...L...S....EP..F....REELMRQT
  10 ytmM.....A.....N....I....S....I...NN...L...V....TP..Y....MEELAEYA
  11 yaaL.....A.....N....L....G....V...RH...L...S....QP..F....RDELMQQT
  12 el.G.....Y.....N....IksenS....I...FE...M...I....KK..H....MKNIRNLT
  13 yaaL.....S.....N....I....S....I...RN...I...A....HQ..Y....MEEMSQYV
  14 yaaL.....A.....N....L....G....V...RH...L...S....QP..Y....RDELMQQT
  15 yaaL.....A.....N....L....G....V...RH...L...S....QP..F....RDELMQQT
  16 yaaL.....S.....N....I....S....I...RN...I...A....HQ..Y....MEEMSQYV
  17 y..Syl...S.....A....T....P....L...WD...L...A....LP..Y....MEEVAETT
  18 yaaL.....A.....N....L....G....I...RH...L...S....EP..F....REELMRQT
  19 faiF.....A.....R....L....D....I...PQ...T...A....AP..I....LRTLSEEL
  20 faiF.....A.....R....L....D....I...PQ...T...A....AP..I....LRTLSEEL
  21 faiF.....A.....R....L....D....I...PQ...T...A....AP..I....LRTLSEEL
  22 ...Y.....A.....Y....Lsat.P....L...WD...L...A....LP..Y....MEEVAETT
  23 ...Y.....A.....Y....Lsat.P....L...WD...L...A....LP..Y....MEEVAETT
  24 yaaL.....A.....N....L....G....V...RH...L...S....EP..F....REQLMRET
  25 yaaL.....S.....N....L....G....V...RH...L...S....EP..F....REEVMRAT
  26 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTEFRDRL
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  29 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTEFRDRL
  30 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTEFRDRL
  31 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTEFRDRL
  32 ...-.....-.....-....-....-....-...--...M...I....NQ..E....MQGIVNSC
  33 vtaR.....S.....S....Y....R....G...YD...L...V....RR..K....VEEIAEVT
  34 alvD.....S.....A....A....G....S...RR...H...W....HA..V....AKRLAART
  35 alvD.....S.....A....A....G....S...RR...H...W....HA..V....AKRLAART
  36 alvD.....S.....A....A....G....S...RR...H...W....HA..V....AKRLAART
  37 alvD.....S.....A....A....G....S...RR...H...W....HA..V....AKRLAART
  38 ...T.....A.....Y....L....D....-...RD...R...A....LP..HalaaLERIRDET
  39 amiS.....N.....K....V....N....V...VQ...L...A....SA..P....LHRIVAYT
  40 amiS.....N.....K....V....N....V...VQ...L...A....SA..P....LHRIVAYT
  41 ...T.....A.....Y....L....D....-...RD...K...A....LP..HalaaLERIRDET
  42 ...-.....-.....-....-....-....V...RR...Q...A....--..V....LSAVADRI
  43 alvD.....S.....T....A....G....S...RR...Y...W....HA..V....AKRLAVRT
  44 ...Dwia..N.....S....L....F....S...SR...D...I....LE..V....LQDIHMET
  45 itmV.....S.....N....L....R....L...RR...I...A....RP..Y....MQDFADRY
  46 rlyR.....A.....H....D....D....L...IS...R...T....ET..A....LKDVCART
  47 rlhR.....A.....H....D....D....L...LA...I...A....ER..E....LRDVCART
  48 gkyE.....K.....Q....H....S....I...ID...V...F....HE..V....IVNHPTLL
  49 yliN.....E.....N....L....G....Y...QR...V...L....YD..I....MKEVSNEL
  50 rlhR.....A.....H....D....D....L...IS...M...A....ER..E....LREVCART
  51 ...Tayl..D.....R....D....P....V...ME...H...V....SG..V....LEKVRNAT
  52 ...Y.....R.....H....Laas.G....L...RA...A...A....RP..H....MQALANAA
  53 q..P.....Ki....S....H....Dv...L...RA...A...A....MD..P....MTQLNASV
  54 ...S.....Afsr..Q....Q....P....L...SR...L...G....RT..I....VAGVVDAL
  55 rlhR.....A.....H....D....D....L...IA...T...A....ER..E....LRDVCART
  56 ...-.....-.....-....-....-....-...ME...H...V....SG..I....LEKVRNAT
  57 ...Elg6ylS.....R....L....D....E...VQ...E...F....YR..F....CEQAPTLS
  58 el.G.....Aaylg.R....M....D....E...VQ...E...F....YR..Y....CEQASVLS
  59 qryL.....H.....G....L....G....L...PG...L...V....QP..I....LDDVAAHC
  60 ypyL.....T.....G....L....Q....V...RH...V...A....RP..L....MQALADRI
  61 saaS.....S.....N....S....D....L...TA...I...A....RP..S....LEWLRDQT
  62 ariG.....S.....A....S....D....F...ES...T...A....RQ..V....LQEVAELT
  63 ypyM.....A.....G....L....Q....V...RH...L...A....RP..L....MQALANQI
  64 ...E.....Aiag..N....D....P....L...AA...V...A....AE..A....TEFLTGKT
  65 rqiA.....E.....N....D....P....L...TT...V...A....QE..A....IEQVSART
  66 nlyH.....S.....N....L....N....I...KT...L...V....DD..M....VRELVEKT
  67 ...S.....G.....SprqfD....D....V...RM...E...L....RP..A....LAETAAIT
  68 lvaS.....D.....R....F....G....L...HN...F...V....GQ..P....VRRLAATT
  69 gvrE.....A.....T....H....P....L...RS...V...L....RP..I....VEDIARQV
  70 ...-.....-.....-....-....-....-...--...M...A....RS..Y....LMEILLQT
  71 qryL.....H.....G....L....G....L...PG...L...V....QP..I....LDEVAAQC
  72 pqrG.....E.....S....T....D....L...SG...K...L....GP..V....LTRVSQAC
  73 ltaA.....S.....Q....F....K....L...RE...I...C....EP..C....LERIAKKT
  74 ...T.....G.....R....H....S....A...QSalaE...V....GPa.V....LSSIVDAL
  75 ...L.....A.....R....A....R....P...SR...LlvaA....NP..S....LRRASAEI
  76 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
  77 ...F.....Aylt..S....M....P....F...WN...L...A....EP..V....MEQLSAQI
  78 ...F.....Aylt..S....M....P....F...WN...L...A....EP..V....MEQLSAQI
  79 ...S.....A.....G....E....Rsat.L...AX...R...V....YP..V....VRSVSLQL
  80 v..Svq...R.....K....L....G....L...QR...I...A....RP..H....MEALSQRF
  81 ...Sraa..P.....A....E....G....L...AA...A...A....IP..Y....MSDVHAVL
  82 ag.Y.....D.....R....H....Q....A...VGt..I...V....AP..A....LTAFRTAV
  83 ...Sgsg..A.....E....Q....K....R...RS...T...V....VD..T....MARWRDAI
  84 ...-.....N.....R....L....A....G...RQ...P...V....ST..VthadLEDVHASS
  85 g..Ssg...A.....Q....E....K....R...RS...A...V....ND..V....LAHWHDSI
  86 taaS.....A.....G....Q....P....N...MA...Vr..L....QP..V....LERVSAGC
  87 maaQ.....S.....S....L....R....L...RP...A...V....AE..V....IGSVAETV
  88 qkqL.....A.....R....L....Q....V...SD...L...R....QP..I....LNDLAERT
  89 ...A.....Afrr..S....S....G....L...IG...R...A....SE..V....MSEVGLRF
  90 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTALRDQL
  91 vlgP.....A.....E....N....S....I...VL...L...I....ED..V....LSEISART
  92 ...T.....Syir..D....H....P....V...LG...I...G....LG..H....LEQALPHV
  93 ...-.....H.....R....H....PpmnrL...IS...E...A....LP..L....MQRFATEA
  94 ...P.....Y.....L....L....N....LmagRH...L...VtqvgHQ..E....LEAVHADA
  95 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTALRDQL
  96 ...-.....-.....-....-....-....-...PA...S...V....AD..S....LGHWRDVI
  97 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
  98 ghyS.....A.....S....H....S....L...VD...A...A....MP..R....LVELSEHT
  99 vm.P.....K.....Gm...L....H....I...SE...A...A....IP..R....ALALTKEI
 100 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 101 ...Stla..G.....S....R....P....V...DQ...V...T....HE..M....LEDVVEET
 102 vheI.....A.....W....H....F....G...RN...Lr..L....DD..Q....LRAAAVKL
 103 ...-.....Alg7viN....T....P....L...LG...P...L....RL..P....MQALADRV
 104 larL.....A.....R....V....D....G...VK...L...A....RI..A....LTALRDQL
 105 dg.A.....A.....G....Q....Ga...L...LA...L...V....GP..Y....LSRAVEET
 106 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....TA..D....LETLHREA
 107 ...Nvia..G.....R....P....P....V...TS...I...S....HE..Q....LQQVHAEA
 108 ...H.....S.....G....F....N....-...QN...N...I....LD..R....LTHIANEI
 109 ef.A.....A.....P....Llga.N....P...AD...L...I....RP..T....LTAIAQE-
 110 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 111 ...Y.....Nmrq..S....D....P....T...LT...A...A....KP..V....IQKLVQVT
 112 aavR.....G.....G....V....S....E...CH...G...G....RPdhC....LEELNKET
 113 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 114 hgfL.....R.....N....F....D....I...RA...R...S....RP..F....MIELAERT
 115 la.Y.....A.....Rs...L....D....F...MS...I...A....TH..E....MHDLCRQA
 116 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 117 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 118 qaaA.....D.....A....L....D....V...VD...L...A....RP..A....MHELADTA
 119 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 120 ...N.....Gflr..N....F....D....I...RA...R...S....RP..F....LVELAEKT
 121 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 122 ...-.....-.....-....-....-....-...-A...A...F....RP..T....VERVARAT
 123 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 124 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 125 ...-.....-.....-....-....-....-...--...-...-....--..-....--------
 126 gl.Sl....A.....Q....L....R....Q...VD...R...A....RA..E....LERLAAET


                 30               40                 50               6
                 |                |                  |                
   1 ....GETVAIATK..N...DIY..LQYIQIIE.S...V.H..ALR..FH...V.DENA.IRP..L
   2 ....NQTCQMGIL..K...DGN..VLYLEKID.A...N.N..TVQ..LK...S.FIGT.SYP..A
   3 ....NQTCQMGIL..K...DGN..VLYLEKID.A...N.N..TVQ..LK...S.FIGT.SYP..A
   4 ....NQTCQMGIL..K...DGN..VLYLEKID.A...N.N..TVQ..LK...S.FIGT.SYP..A
   5 ....KAAVAMAAR..D...RLS..MVYLDVVH.G...E.A..NLT..MR...R.QVGS.HLS..L
   6 ....NSAVAMATR..D...RLT..MVYLNVVQ.G...D.G..TTT..MR...R.NVGS.YLP..I
   7 ....KAAVAMAAR..D...RLS..MVYLDVVH.G...E.A..NLT..MR...R.QVGS.HLS..L
   8 ....KAAVAMAAR..D...RLS..MVYLDVVH.G...E.A..NLT..MR...R.QVGS.HLS..L
   9 ....GGAVAIGAR..D...RHN..MIYFGQAR.S...S.L..TIG..VQ...L.DVGS.RVP..I
  10 ....NSAVAMATR..D...RLT..MVYLNVVQ.G...D.G..TTT..MR...R.NVGS.YLP..I
  11 ....GGAVAVGAR..D...RIS..MIYVGQAR.S...S.L..TVG..VQ...L.DVGS.RIP..I
  12 ....NQTCQMGIL..K...EEN..VLYLEKID.A...N.N..PVQ..LK...S.FIGT.SYP..A
  13 ....QAPVAMATR..D...RLN..MVYIDVVQ.I...E.T..ALN..MR...R.PIGS.TLP..L
  14 ....GGAVAVGAR..D...RIS..MIYVGQAR.S...S.L..TVG..VQ...L.DVGS.RIP..I
  15 ....GGAVAVGAR..D...RTS..MIYVGQAR.S...S.L..TVG..VQ...L.DVGS.RIP..I
  16 ....QAPVAMATR..D...RLN..MVYIDVVQ.I...E.T..ALN..MR...R.PIGS.TLP..L
  17 ....RESCSVSVL..D...GAD..VVYILRLS.T...H.K..VMS..IN...L.SVGS.RLP..A
  18 ....GGAVAIGGR..D...RHS..MIYFGQAR.S...S.L..TVG..VQ...L.DVGS.RVP..I
  19 ....RETVHIGAL..D...GRT..VRFIAALE.S...P.S..AVR..VA...S.RLGK.VMP..A
  20 ....RETVHIGAL..D...GRT..VRFIAALE.S...P.S..AVR..VA...S.RLGK.VMP..A
  21 ....RETVHIGAL..D...GRT..VRFIAALE.S...P.S..AVR..VA...S.RLGK.IMP..A
  22 ....RESCSVSVL..D...GVD..IVYILRLS.T...H.K..VMT..IN...L.AVGS.RLP..A
  23 ....RESCSVSVL..D...GVD..IVYILRLS.T...H.K..VMT..IN...L.AVGS.RLP..A
  24 ....GGAVAIGGR..D...RLS..MIYIGQSR.H...-.G..VVN..VQ...L.DVGS.RIP..I
  25 ....GGAVAIGGR..D...RHS..MIYFGQSR.G...S.E..TVG..VQ...L.DVGS.RVP..I
  26 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  27 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  28 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  29 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  30 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  31 ....DQTVGIAVW..G...NQG..PTIVHWME.S...S.H..PAK..AS...L.KLGD.VMP..L
  32 ....NEVCQMGIL..D...RGE..VLYIDKIQ.S...D.Q..AVQ..LV...S.NIGT.RLP..A
  33 ....GERAQFFVE..E...HGK..VVYLSRAV.G...N.Q..AVR..TD...P.GIGS.RIP..L
  34 ....HEAVVIAVQ..S...DLY..VQYIDAVE.G...S.HsiPVQ..FY...A.PIGT.RRE..I
  35 ....HEAVVIAVQ..S...DLY..VQYIDAVE.G...S.HsiPVQ..FY...A.PIGT.RRE..I
  36 ....HEAVVIAVQ..S...DLY..VQYIDAVE.G...S.HsiPVQ..FY...A.PIGT.RRE..I
  37 ....HEAVVIAVQ..S...DLY..VQYIDAVE.G...S.HsiPVQ..FY...A.PIGT.RRE..I
  38 ....GYTAHYARR..E...GDR..VLYLATRE.T...T.E..SRR..AT...S.RVGR.QLP..A
  39 ....NESCALALY..R...DQDatLVFAKQVE.S...A.N..QLR..YQ...L.DLYR.PVS..V
  40 ....NESCALALY..R...DQDatLVFAKQVE.S...A.N..QLR..YQ...L.DLYR.PVS..V
  41 ....GYTAHYARR..E...GDR..VLYLATRE.T...T.E..SRR..AT...S.RVGR.QLP..A
  42 ....GEQCEIGVV..R...DHA..VVYVDSVR.S...K.E..QQS..LQ...F.NPSD.SAP..L
  43 ....REAVVIAVQ..S...DLY..VQYIDAVE.G...A.HtlPIQ..FY...A.PIGT.RRE..I
  44 ....GETVAIATK..N...DIY..LQYIQIIE.S...V.H..ALR..FH...V.DENA.IRP..L
  45 ....DISVSLGIR..N...GLS..VLYVENCR.S...G.T..PLS..LG...L.DLGA.RLP..V
  46 ....GHTGYIAVL..D...GCD..QLVLRMVP.G...S.N..PLR..VV...S.PAGQ.RGS..A
  47 ....GHTGYIAVL..D...GYQ..QVVLRIVP.G...S.N..PLR..VV...N.PPGQ.RTP..A
  48 ....QHTVTLSKI..D...GKE..VVFLACHE.S...P.A..PLG..FT...F.RSGV.RVP..A
  49 ....GAITYFAVL..R...GQK..VFYLCSAY.PhkkD.N..HFP..YR...T.IIGE.TAP..L
  50 ....GHTGYIAVL..D...GYE..QVVLRIVP.G...S.N..PLR..VV...N.PPGQ.RTP..A
  51 ....TFTTHYARL..D...RSD..VIYLATRQ.A...V.D..RRR..LS...S.RVGR.KLP..A
  52 ....DCAIAMGTP..D...RLS..MIYTEVCH.G...A.G..PMI..LR...L.GVGS.RIP..I
  53 ....RETVQVMAL..S...GGN..IRFLDGVE.S...D.A..ILR..VS...R.RVGD.EMP..A
  54 ....GESGHVAVL..H...GRD..VVYIVEER.A...P.R..RPR..LV...T.EVGV.RLP..A
  55 ....GHTGYIAVL..D...GYQ..QVVLRIVT.G...S.N..PLR..VV...N.PPGQ.RTP..A
  56 ....SFTTHYARL..D...RSD..VIYLATRQ.A...V.D..RRR..LS...S.RVGR.KLP..A
  57 ....GETVRIAML..D...GTN..VIYLARYE.G...H.P..AVR..LT...S.NIGD.KMP..V
  58 ....GETVRIAML..D...GTS..VIYLARYE.G...H.P..AVR..LT...S.NIGD.KMP..V
  59 ....RELVRLTVA..S...EGT..LAWLASSQ.G...AaP..GLM..YS...P.SMDS.PIT..L
  60 ....EGAVSMGVA..H...RLD..VTYLQSCT.H...N.E..GTP..AR...P.GTGA.VRS..V
  61 ....NETCDVFAR..K...GMT..RILVAQAR.S...T.R..SLL..YS...A.QEGT.VVP..L
  62 ....GETALIGTFsqD...RNA..AVYKLRVV.S...P.H..PVR..FA...P.EVGD.TRP..L
  63 ....EGAVSMGVA..Y...RLD..VTYLESCT.H...M.E..GTP..AR...P.AIGA.VRS..V
  64 ....GETSLCGRL..D...GAY..VRVTGFQE.S...R.Y..ELR..YV...L.RVGK.RLA..L
  65 ....NESVFFGVL..D...GTA..VKVMAVQA.S...R.L..PLR..YI...I.EVGY.RAA..L
  66 ....GLTFYVGVL..S...GQD..IVLTDVFQ.G...S.Y..PIR..LV...L.PKGA.RMP..A
  67 ....GETAYVTVP..F...GDE..ALCIDTAT.G...S.Y..PLS..ANt..L.KVGS.RRP..L
  68 ....GDAAFFSLR..Q...GTH..SLCLLREE.G...N.Y..PLKs.HV...L.QAGD.RHP..L
  69 ....GELTHVSLL..Q...GDV..LSPALHFD.P...MtH..GTQ..VA...F.DESE.ILP..L
  70 ....GQTVHMVIK..E...GFE..GVYIEKLE.S...F.R..SLP..MI...L.RTGM.RAP..L
  71 ....HELVRLTVV..N...EGT..LAWLAASQ.G...A.A..PGL..MY...S.P-SM.HGPiaL
  72 ....GDAAFCVVR..D...GAL..SRCIARHV.G...T.H..PVQv.LV...I.QVGT.RQP..L
  73 ....GHTAFMTIR..S...ELD..AISIARAD.P...D.P..TKP..MDepaI.ELGV.HRP..L
  74 ....GETAVMIVR..V...GTQ..ALCLRKSE.P...D.K..ALK..YT...F.AVNQ.LLP..L
  75 ....GDTLFLTVR..T...GND..TLCVDRRI.G...V.Y..PIQv.LS...I.KVGA.RRP..L
  76 ....---------..-...---..--------.-...-.S..MVR..MC...A.PLGS.RLP..L
  77 ....HESCSAAVL..D...RTE..IVYVLRVP.T...H.K..IMT..IN...L.SIGS.RLP..A
  78 ....HESCSAAVL..D...RTE..IVYVLRVP.T...H.K..IMT..IN...L.SIGS.RLP..A
  79 ....NETASFFVR..H...GHE..MEAITGEV.A...P.Q..ALR..YT...I.EVGR.PVP..L
  80 ....GLTVTMGTR..D...RLS..VVLLEVCR.P...P.SlaQLV..VN...F.DAGT.HMP..L
  81 ....RQHVHVGVV..E...GFD..VLFAERIEaS...G.S..PVP..LR...S.IVAG.RLP..L
  82 ....GWPSDVALF..D...HDS..MLVVETSR.E...P.G..PMF..LN...R.RPGY.RAP..V
  83 ....GVPVYYATY..R...DGE..IEVMCVSD.T...P.G..TPA..VE...E.WADF.RET..G
  84 ....GLTTVLSIA..V...GPN..IFYVDYCS.S...D.P..RFA..YL...A.ENYV.RRS..L
  85 ....GVPVYFAVY..R...DGE..IEVVCVAD.T...P.G..NPA..VE...E.WADF.RET..G
  86 ....ADAAFAIVR..E...GAA..SHCIARHV.G...T.H..PVQi.LV...I.QVGT.RQP..L
  87 ....GQPTWWVVE..E...HGR..GIFVESAI.P...P.G..TRR..IY...G.RVGK.RSY..L
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 119 ....---------..-...---..--------.-...-.-..---..--...-.----.---..-
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 126 ....GGRCIVTLR..S...GEE..LIVAASAG.Q...G.H..IPG..IA...T.LVGQ.RLP..-


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