# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.266 0.072 0.004 0.019 0.009 0.016 0.086 0.015 0.002 0.053 0.460 2 N 0.070 0.050 0.003 0.027 0.013 0.023 0.118 0.004 0.001 0.086 0.605 3 A 0.027 0.042 0.002 0.028 0.013 0.026 0.131 0.003 0.001 0.163 0.565 4 L 0.035 0.077 0.003 0.028 0.030 0.026 0.144 0.004 0.001 0.091 0.561 5 F 0.064 0.226 0.005 0.031 0.025 0.022 0.116 0.006 0.001 0.065 0.439 6 S 0.047 0.519 0.003 0.013 0.009 0.011 0.050 0.009 0.001 0.051 0.286 7 S 0.056 0.815 0.001 0.004 0.002 0.004 0.014 0.009 0.001 0.016 0.079 8 R 0.034 0.655 0.004 0.010 0.007 0.009 0.036 0.003 0.001 0.101 0.140 9 D 0.007 0.774 0.004 0.005 0.005 0.004 0.020 0.002 0.001 0.089 0.089 10 I 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.012 0.014 11 L 0.011 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.046 0.016 12 E 0.004 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.064 0.035 13 V 0.006 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.024 0.016 14 L 0.008 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.034 0.006 15 Q 0.006 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.037 0.027 16 D 0.018 0.876 0.007 0.001 0.002 0.002 0.010 0.006 0.001 0.027 0.050 17 I 0.026 0.108 0.017 0.004 0.001 0.003 0.025 0.008 0.004 0.753 0.050 18 H 0.022 0.039 0.110 0.005 0.004 0.004 0.073 0.010 0.098 0.553 0.082 19 M 0.302 0.035 0.005 0.005 0.004 0.006 0.054 0.010 0.004 0.027 0.549 20 E 0.114 0.017 0.006 0.005 0.004 0.006 0.077 0.003 0.001 0.042 0.723 21 T 0.011 0.013 0.002 0.006 0.004 0.009 0.132 0.002 0.001 0.014 0.806 22 G 0.024 0.032 0.002 0.007 0.008 0.027 0.159 0.004 0.001 0.038 0.700 23 E 0.009 0.035 0.002 0.030 0.200 0.207 0.096 0.003 0.001 0.035 0.383 24 T 0.007 0.021 0.001 0.096 0.087 0.351 0.060 0.002 0.001 0.062 0.312 25 V 0.006 0.013 0.001 0.087 0.206 0.425 0.029 0.001 0.001 0.082 0.152 26 A 0.005 0.007 0.001 0.098 0.299 0.406 0.021 0.001 0.001 0.057 0.104 27 I 0.004 0.003 0.001 0.062 0.364 0.384 0.018 0.001 0.001 0.046 0.115 28 A 0.003 0.002 0.003 0.052 0.344 0.432 0.019 0.001 0.002 0.046 0.096 29 T 0.058 0.005 0.002 0.038 0.234 0.256 0.044 0.003 0.002 0.049 0.309 30 K 0.300 0.005 0.002 0.017 0.064 0.053 0.060 0.005 0.002 0.052 0.441 31 N 0.027 0.005 0.001 0.008 0.011 0.026 0.109 0.001 0.001 0.013 0.798 32 D 0.014 0.010 0.001 0.011 0.020 0.074 0.121 0.001 0.001 0.028 0.720 33 I 0.008 0.013 0.001 0.020 0.282 0.198 0.076 0.001 0.001 0.039 0.361 34 Y 0.006 0.023 0.001 0.053 0.165 0.346 0.051 0.001 0.001 0.048 0.306 35 L 0.005 0.023 0.001 0.046 0.271 0.378 0.032 0.002 0.001 0.040 0.202 36 Q 0.003 0.022 0.001 0.095 0.322 0.412 0.017 0.001 0.001 0.036 0.090 37 Y 0.011 0.030 0.002 0.084 0.266 0.424 0.018 0.002 0.001 0.061 0.102 38 I 0.019 0.026 0.002 0.090 0.329 0.282 0.030 0.004 0.001 0.066 0.151 39 Q 0.011 0.013 0.002 0.083 0.301 0.406 0.023 0.002 0.001 0.050 0.108 40 I 0.037 0.018 0.003 0.055 0.158 0.237 0.064 0.003 0.001 0.080 0.344 41 I 0.040 0.015 0.005 0.059 0.137 0.146 0.108 0.004 0.002 0.074 0.410 42 E 0.049 0.018 0.004 0.038 0.057 0.074 0.106 0.004 0.002 0.042 0.607 43 S 0.159 0.044 0.004 0.018 0.024 0.048 0.105 0.011 0.002 0.046 0.538 44 V 0.094 0.028 0.003 0.015 0.020 0.033 0.126 0.007 0.001 0.045 0.629 45 H 0.043 0.035 0.004 0.037 0.054 0.130 0.121 0.005 0.001 0.053 0.516 46 A 0.028 0.023 0.002 0.047 0.057 0.158 0.099 0.005 0.001 0.073 0.507 47 L 0.018 0.023 0.002 0.070 0.166 0.203 0.068 0.003 0.001 0.071 0.375 48 R 0.014 0.021 0.001 0.081 0.167 0.260 0.054 0.003 0.001 0.061 0.339 49 F 0.013 0.015 0.001 0.105 0.176 0.209 0.055 0.002 0.001 0.050 0.372 50 H 0.024 0.015 0.012 0.095 0.184 0.224 0.059 0.005 0.008 0.106 0.268 51 V 0.114 0.012 0.003 0.049 0.072 0.095 0.088 0.007 0.003 0.056 0.500 52 D 0.409 0.009 0.002 0.019 0.022 0.029 0.058 0.009 0.001 0.041 0.400 53 E 0.041 0.005 0.001 0.021 0.017 0.033 0.114 0.002 0.001 0.019 0.745 54 N 0.019 0.004 0.001 0.018 0.013 0.041 0.114 0.001 0.001 0.042 0.745 55 A 0.012 0.006 0.001 0.029 0.192 0.146 0.091 0.002 0.001 0.042 0.479 56 I 0.016 0.007 0.001 0.059 0.063 0.103 0.096 0.002 0.001 0.059 0.593 57 R 0.016 0.012 0.002 0.060 0.191 0.185 0.078 0.003 0.001 0.062 0.391 58 P 0.027 0.017 0.002 0.067 0.083 0.153 0.084 0.004 0.001 0.114 0.449 59 L 0.015 0.019 0.002 0.072 0.164 0.220 0.083 0.003 0.001 0.099 0.323 60 T 0.021 0.041 0.002 0.049 0.116 0.168 0.072 0.002 0.001 0.233 0.295 61 M 0.011 0.090 0.004 0.046 0.146 0.149 0.074 0.003 0.001 0.213 0.263 62 S 0.057 0.424 0.003 0.019 0.035 0.038 0.045 0.006 0.001 0.187 0.187 63 S 0.037 0.668 0.003 0.009 0.018 0.024 0.038 0.006 0.001 0.053 0.144 64 N 0.012 0.633 0.002 0.014 0.013 0.017 0.060 0.005 0.001 0.049 0.196 65 G 0.008 0.684 0.002 0.028 0.015 0.108 0.023 0.003 0.001 0.050 0.080 66 W 0.016 0.244 0.004 0.033 0.051 0.078 0.036 0.003 0.001 0.465 0.069 67 M 0.007 0.034 0.005 0.027 0.021 0.034 0.037 0.002 0.002 0.785 0.047 68 L 0.064 0.220 0.019 0.055 0.062 0.079 0.071 0.014 0.004 0.225 0.187 69 M 0.131 0.147 0.012 0.027 0.034 0.045 0.061 0.014 0.002 0.126 0.401 70 S 0.035 0.068 0.006 0.048 0.029 0.048 0.092 0.004 0.001 0.070 0.599 71 T 0.015 0.086 0.004 0.025 0.014 0.040 0.098 0.003 0.001 0.044 0.671 72 M 0.020 0.212 0.009 0.019 0.014 0.008 0.080 0.006 0.001 0.042 0.590 73 N 0.063 0.826 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.001 0.031 0.032 74 D 0.030 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.018 0.023 75 K 0.011 0.514 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.416 0.043 76 A 0.003 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.896 0.013 77 I 0.010 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.021 0.012 78 D 0.016 0.843 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.050 0.072 79 N 0.012 0.790 0.007 0.002 0.001 0.003 0.019 0.003 0.001 0.043 0.118 80 T 0.062 0.743 0.015 0.004 0.002 0.004 0.027 0.033 0.003 0.044 0.063 81 V 0.131 0.142 0.199 0.014 0.005 0.006 0.068 0.022 0.051 0.200 0.161 82 R 0.215 0.063 0.013 0.014 0.006 0.011 0.125 0.009 0.006 0.104 0.436 83 R 0.055 0.041 0.003 0.013 0.003 0.007 0.100 0.006 0.001 0.031 0.741 84 A 0.065 0.021 0.008 0.021 0.009 0.011 0.158 0.004 0.001 0.067 0.634 85 N 0.036 0.040 0.003 0.017 0.007 0.020 0.124 0.007 0.001 0.070 0.676 86 T 0.067 0.025 0.001 0.013 0.016 0.017 0.103 0.009 0.001 0.043 0.704 87 I 0.068 0.017 0.003 0.067 0.034 0.043 0.113 0.004 0.002 0.084 0.566 88 T 0.036 0.011 0.002 0.033 0.015 0.034 0.124 0.003 0.001 0.054 0.686 89 Q 0.071 0.013 0.002 0.046 0.014 0.022 0.115 0.004 0.001 0.039 0.674 90 K 0.225 0.021 0.002 0.018 0.017 0.021 0.114 0.006 0.001 0.052 0.525 91 D 0.020 0.020 0.001 0.019 0.010 0.024 0.153 0.002 0.001 0.021 0.730 92 G 0.018 0.053 0.002 0.030 0.026 0.051 0.115 0.003 0.001 0.037 0.666 93 I 0.081 0.101 0.002 0.042 0.069 0.054 0.097 0.005 0.001 0.048 0.500 94 R 0.041 0.087 0.001 0.040 0.029 0.048 0.115 0.003 0.001 0.030 0.605 95 F 0.009 0.135 0.003 0.037 0.044 0.040 0.082 0.001 0.001 0.021 0.627 96 E 0.020 0.915 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.008 0.039 97 V 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.007 98 D 0.008 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.021 99 D 0.007 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.043 0.033 100 M 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.003 101 M 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 102 A 0.001 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 0.023 103 R 0.005 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.025 0.005 104 I 0.004 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.018 0.003 105 R 0.004 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.023 106 Q 0.016 0.724 0.005 0.002 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.194 0.040 107 V 0.017 0.103 0.385 0.004 0.002 0.002 0.025 0.021 0.079 0.332 0.030 108 R 0.537 0.086 0.012 0.006 0.003 0.005 0.058 0.018 0.006 0.069 0.201 109 E 0.037 0.036 0.002 0.007 0.003 0.006 0.052 0.003 0.001 0.019 0.833 110 Q 0.017 0.024 0.004 0.029 0.008 0.019 0.167 0.002 0.001 0.029 0.702 111 G 0.019 0.044 0.003 0.053 0.023 0.131 0.117 0.007 0.001 0.137 0.463 112 Y 0.028 0.018 0.002 0.031 0.104 0.056 0.104 0.004 0.001 0.048 0.604 113 A 0.013 0.009 0.011 0.279 0.066 0.105 0.073 0.003 0.006 0.070 0.364 114 S 0.108 0.009 0.002 0.089 0.038 0.082 0.086 0.006 0.001 0.080 0.500 115 A 0.278 0.005 0.001 0.067 0.017 0.029 0.072 0.004 0.001 0.100 0.426 116 E 0.004 0.004 0.001 0.040 0.017 0.043 0.114 0.001 0.001 0.022 0.755 117 H 0.021 0.011 0.001 0.022 0.031 0.065 0.090 0.002 0.001 0.045 0.711 118 I 0.036 0.006 0.005 0.025 0.274 0.091 0.095 0.005 0.003 0.104 0.355 119 P 0.070 0.006 0.001 0.047 0.034 0.061 0.101 0.003 0.001 0.051 0.626 120 F 0.304 0.006 0.002 0.025 0.034 0.058 0.087 0.005 0.001 0.073 0.406 121 V 0.016 0.003 0.001 0.035 0.017 0.041 0.157 0.001 0.001 0.030 0.699 122 G 0.015 0.008 0.001 0.041 0.032 0.097 0.143 0.002 0.001 0.046 0.614 123 G 0.012 0.006 0.001 0.058 0.191 0.157 0.131 0.003 0.001 0.058 0.382 124 G 0.006 0.007 0.001 0.176 0.147 0.308 0.075 0.002 0.001 0.054 0.222 125 T 0.009 0.005 0.001 0.150 0.174 0.356 0.046 0.002 0.001 0.080 0.177 126 I 0.005 0.002 0.001 0.213 0.240 0.347 0.031 0.001 0.001 0.044 0.115 127 C 0.008 0.002 0.001 0.202 0.191 0.324 0.038 0.001 0.001 0.067 0.165 128 V 0.005 0.002 0.001 0.227 0.211 0.336 0.038 0.001 0.001 0.037 0.142 129 L 0.014 0.004 0.001 0.130 0.143 0.278 0.073 0.002 0.001 0.083 0.270 130 L 0.017 0.005 0.001 0.078 0.130 0.166 0.124 0.004 0.001 0.061 0.413 131 P 0.052 0.009 0.003 0.045 0.061 0.104 0.121 0.006 0.003 0.075 0.520 132 M 0.087 0.006 0.004 0.025 0.027 0.055 0.135 0.006 0.004 0.075 0.575 133 T 0.281 0.003 0.001 0.016 0.013 0.024 0.096 0.005 0.001 0.051 0.509 134 I 0.176 0.003 0.001 0.016 0.010 0.020 0.110 0.002 0.001 0.042 0.620 135 Q 0.007 0.002 0.001 0.021 0.009 0.025 0.129 0.001 0.001 0.020 0.786 136 G 0.010 0.004 0.001 0.034 0.042 0.068 0.153 0.001 0.001 0.062 0.626 137 Q 0.005 0.006 0.001 0.094 0.239 0.188 0.108 0.002 0.001 0.068 0.289 138 P 0.006 0.006 0.001 0.188 0.120 0.243 0.066 0.002 0.001 0.104 0.265 139 V 0.003 0.004 0.001 0.203 0.239 0.360 0.028 0.001 0.001 0.058 0.104 140 T 0.006 0.004 0.001 0.296 0.191 0.293 0.027 0.001 0.001 0.062 0.118 141 M 0.007 0.003 0.001 0.313 0.231 0.272 0.026 0.001 0.001 0.041 0.104 142 G 0.014 0.006 0.001 0.306 0.149 0.247 0.048 0.002 0.001 0.061 0.165 143 L 0.019 0.011 0.002 0.248 0.127 0.191 0.089 0.002 0.001 0.040 0.271 144 G 0.033 0.036 0.003 0.142 0.076 0.144 0.128 0.005 0.002 0.043 0.388 145 G 0.061 0.090 0.010 0.063 0.045 0.060 0.138 0.011 0.004 0.046 0.472 146 A 0.314 0.268 0.004 0.022 0.011 0.018 0.062 0.033 0.001 0.043 0.223 147 L 0.251 0.248 0.004 0.012 0.010 0.018 0.058 0.031 0.001 0.050 0.319 148 D 0.067 0.158 0.005 0.031 0.015 0.030 0.086 0.005 0.001 0.081 0.521 149 R 0.045 0.085 0.007 0.022 0.019 0.042 0.103 0.005 0.002 0.232 0.438 150 I 0.059 0.147 0.008 0.020 0.022 0.015 0.106 0.011 0.002 0.079 0.530 151 K 0.376 0.314 0.003 0.008 0.004 0.006 0.036 0.019 0.001 0.036 0.197 152 Q 0.047 0.305 0.003 0.008 0.004 0.005 0.073 0.004 0.001 0.024 0.528 153 N 0.020 0.783 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.024 0.146 154 Y 0.029 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.010 0.025 155 D 0.011 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.049 0.051 156 R 0.003 0.911 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.033 0.040 157 Y 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.017 0.006 158 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.005 159 E 0.002 0.274 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.700 0.014 160 L 0.003 0.451 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.504 0.017 161 L 0.011 0.946 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.012 0.006 162 L 0.007 0.759 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.176 0.042 163 N 0.003 0.776 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.130 0.067 164 G 0.015 0.939 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.010 0.010 165 V 0.022 0.913 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.016 0.023 166 Q 0.020 0.830 0.012 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 0.026 0.090 167 Q 0.054 0.392 0.012 0.007 0.001 0.003 0.050 0.008 0.002 0.273 0.197 168 L 0.050 0.212 0.075 0.010 0.004 0.005 0.085 0.030 0.024 0.373 0.132 169 K 0.190 0.111 0.045 0.009 0.007 0.006 0.084 0.023 0.026 0.110 0.389 170 K 0.174 0.047 0.004 0.007 0.003 0.005 0.073 0.009 0.002 0.029 0.647 171 S 0.072 0.026 0.006 0.011 0.004 0.007 0.095 0.012 0.003 0.038 0.726 172 D 0.106 0.009 0.004 0.011 0.004 0.008 0.109 0.005 0.001 0.035 0.707 173 S 0.035 0.003 0.001 0.006 0.004 0.007 0.081 0.002 0.001 0.030 0.831 174 F 0.013 0.001 0.001 0.014 0.010 0.010 0.111 0.001 0.001 0.017 0.821 175 H 0.041 0.003 0.001 0.029 0.010 0.016 0.130 0.001 0.001 0.036 0.733 176 Q 0.030 0.003 0.001 0.015 0.007 0.010 0.125 0.002 0.001 0.031 0.777 177 P 0.045 0.007 0.001 0.027 0.006 0.010 0.133 0.003 0.001 0.030 0.738 178 I 0.051 0.013 0.001 0.025 0.011 0.016 0.150 0.003 0.001 0.044 0.686