# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.142 0.067 0.013 0.008 0.011 0.078 0.056 0.625 2 N 0.069 0.058 0.008 0.006 0.011 0.110 0.077 0.660 3 A 0.032 0.051 0.010 0.005 0.009 0.098 0.305 0.489 4 L 0.049 0.161 0.016 0.010 0.013 0.147 0.146 0.458 5 F 0.069 0.239 0.023 0.010 0.014 0.104 0.121 0.418 6 S 0.041 0.614 0.011 0.004 0.006 0.037 0.092 0.195 7 S 0.042 0.797 0.007 0.002 0.003 0.017 0.061 0.070 8 R 0.023 0.702 0.015 0.006 0.006 0.029 0.116 0.103 9 D 0.007 0.890 0.007 0.002 0.002 0.013 0.040 0.039 10 I 0.008 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 11 L 0.010 0.911 0.005 0.001 0.001 0.003 0.059 0.010 12 E 0.006 0.883 0.009 0.001 0.001 0.005 0.074 0.022 13 V 0.007 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 14 L 0.012 0.956 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 15 Q 0.006 0.934 0.005 0.001 0.001 0.004 0.024 0.027 16 D 0.025 0.902 0.006 0.001 0.001 0.006 0.020 0.039 17 I 0.068 0.087 0.030 0.004 0.003 0.021 0.745 0.043 18 H 0.030 0.055 0.023 0.005 0.004 0.030 0.728 0.125 19 M 0.215 0.061 0.011 0.002 0.005 0.049 0.055 0.603 20 E 0.089 0.014 0.014 0.005 0.005 0.098 0.073 0.701 21 T 0.026 0.032 0.016 0.005 0.017 0.165 0.043 0.695 22 G 0.021 0.040 0.022 0.007 0.028 0.160 0.026 0.697 23 E 0.017 0.092 0.103 0.170 0.162 0.092 0.053 0.311 24 T 0.014 0.105 0.118 0.116 0.241 0.054 0.101 0.250 25 V 0.005 0.027 0.124 0.257 0.324 0.024 0.143 0.097 26 A 0.003 0.008 0.101 0.415 0.375 0.009 0.055 0.034 27 I 0.006 0.004 0.056 0.439 0.362 0.013 0.051 0.069 28 A 0.002 0.002 0.093 0.256 0.517 0.018 0.042 0.071 29 T 0.060 0.003 0.057 0.197 0.408 0.040 0.051 0.184 30 K 0.238 0.004 0.024 0.086 0.093 0.070 0.061 0.424 31 N 0.029 0.006 0.011 0.031 0.106 0.099 0.013 0.705 32 D 0.009 0.007 0.022 0.020 0.139 0.135 0.025 0.642 33 I 0.004 0.014 0.052 0.271 0.343 0.058 0.039 0.219 34 Y 0.003 0.030 0.078 0.313 0.390 0.020 0.033 0.132 35 L 0.002 0.024 0.113 0.341 0.368 0.014 0.033 0.104 36 Q 0.002 0.017 0.148 0.416 0.370 0.005 0.023 0.020 37 Y 0.012 0.058 0.101 0.326 0.388 0.010 0.065 0.041 38 I 0.021 0.072 0.094 0.278 0.366 0.018 0.050 0.099 39 Q 0.013 0.024 0.039 0.347 0.414 0.019 0.055 0.089 40 I 0.026 0.034 0.041 0.145 0.234 0.067 0.117 0.336 41 I 0.042 0.028 0.042 0.202 0.253 0.066 0.090 0.277 42 E 0.075 0.018 0.020 0.078 0.088 0.088 0.047 0.585 43 S 0.116 0.043 0.009 0.024 0.036 0.079 0.046 0.645 44 V 0.057 0.027 0.020 0.022 0.035 0.111 0.036 0.690 45 H 0.080 0.046 0.027 0.049 0.083 0.108 0.052 0.554 46 A 0.036 0.027 0.033 0.054 0.108 0.087 0.064 0.591 47 L 0.024 0.029 0.049 0.129 0.201 0.091 0.045 0.432 48 R 0.010 0.014 0.065 0.247 0.346 0.048 0.031 0.239 49 F 0.012 0.017 0.066 0.156 0.227 0.068 0.040 0.413 50 H 0.019 0.016 0.168 0.249 0.245 0.045 0.102 0.155 51 V 0.170 0.020 0.050 0.095 0.102 0.076 0.062 0.426 52 D 0.345 0.032 0.023 0.037 0.042 0.044 0.089 0.387 53 E 0.051 0.014 0.015 0.019 0.054 0.110 0.018 0.718 54 N 0.023 0.009 0.022 0.036 0.078 0.082 0.048 0.702 55 A 0.012 0.022 0.028 0.121 0.133 0.112 0.040 0.531 56 I 0.009 0.014 0.069 0.058 0.109 0.095 0.079 0.568 57 R 0.075 0.058 0.046 0.201 0.159 0.078 0.104 0.281 58 P 0.057 0.069 0.071 0.051 0.089 0.060 0.201 0.403 59 L 0.023 0.087 0.099 0.081 0.152 0.104 0.139 0.315 60 T 0.011 0.075 0.136 0.073 0.136 0.050 0.330 0.188 61 M 0.025 0.390 0.063 0.074 0.067 0.055 0.105 0.220 62 S 0.072 0.619 0.053 0.021 0.030 0.041 0.055 0.110 63 S 0.019 0.806 0.008 0.012 0.013 0.022 0.030 0.089 64 N 0.006 0.895 0.006 0.002 0.009 0.011 0.027 0.044 65 G 0.006 0.863 0.008 0.006 0.011 0.007 0.084 0.016 66 W 0.011 0.439 0.021 0.031 0.032 0.017 0.429 0.020 67 M 0.005 0.130 0.025 0.015 0.024 0.009 0.771 0.021 68 L 0.084 0.530 0.042 0.036 0.076 0.030 0.146 0.054 69 M 0.126 0.059 0.054 0.044 0.063 0.051 0.436 0.167 70 S 0.013 0.090 0.034 0.028 0.038 0.081 0.320 0.397 71 T 0.041 0.196 0.020 0.015 0.028 0.130 0.047 0.523 72 M 0.044 0.426 0.012 0.011 0.006 0.107 0.032 0.362 73 N 0.031 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.038 74 D 0.038 0.914 0.002 0.001 0.001 0.004 0.021 0.020 75 K 0.014 0.451 0.008 0.002 0.001 0.015 0.456 0.054 76 A 0.011 0.175 0.008 0.001 0.001 0.007 0.783 0.015 77 I 0.012 0.913 0.002 0.001 0.001 0.005 0.052 0.016 78 D 0.014 0.904 0.007 0.001 0.001 0.006 0.016 0.051 79 N 0.015 0.784 0.011 0.002 0.003 0.020 0.065 0.100 80 T 0.056 0.772 0.016 0.002 0.002 0.020 0.075 0.057 81 V 0.253 0.332 0.037 0.006 0.005 0.044 0.157 0.166 82 R 0.077 0.180 0.031 0.004 0.005 0.085 0.219 0.399 83 R 0.099 0.194 0.020 0.002 0.004 0.069 0.095 0.516 84 A 0.057 0.065 0.046 0.009 0.010 0.116 0.131 0.567 85 N 0.058 0.070 0.026 0.009 0.012 0.101 0.104 0.620 86 T 0.116 0.075 0.022 0.009 0.012 0.097 0.056 0.612 87 I 0.094 0.045 0.030 0.023 0.027 0.154 0.049 0.576 88 T 0.027 0.016 0.030 0.012 0.023 0.119 0.070 0.704 89 Q 0.121 0.017 0.023 0.013 0.016 0.125 0.061 0.624 90 K 0.358 0.035 0.023 0.019 0.019 0.073 0.106 0.368 91 D 0.029 0.014 0.016 0.009 0.022 0.112 0.014 0.785 92 G 0.015 0.010 0.043 0.027 0.076 0.093 0.028 0.709 93 I 0.053 0.074 0.032 0.091 0.077 0.100 0.058 0.515 94 R 0.035 0.084 0.036 0.045 0.050 0.101 0.036 0.612 95 F 0.014 0.121 0.033 0.041 0.035 0.077 0.061 0.618 96 E 0.028 0.888 0.003 0.003 0.002 0.007 0.028 0.041 97 V 0.018 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 98 D 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 99 D 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.008 100 M 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 101 M 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 102 A 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.020 103 R 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.005 104 I 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 105 R 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.015 106 Q 0.030 0.742 0.028 0.002 0.002 0.012 0.133 0.051 107 V 0.176 0.380 0.066 0.004 0.002 0.031 0.284 0.057 108 R 0.552 0.149 0.024 0.002 0.002 0.026 0.054 0.192 109 E 0.027 0.039 0.004 0.001 0.001 0.039 0.015 0.874 110 Q 0.008 0.032 0.027 0.004 0.012 0.129 0.050 0.738 111 G 0.040 0.062 0.071 0.055 0.065 0.167 0.144 0.397 112 Y 0.078 0.037 0.071 0.098 0.078 0.113 0.075 0.450 113 A 0.024 0.013 0.120 0.077 0.139 0.095 0.085 0.447 114 S 0.084 0.009 0.050 0.057 0.104 0.095 0.076 0.526 115 A 0.267 0.012 0.026 0.062 0.048 0.086 0.070 0.429 116 E 0.009 0.004 0.015 0.022 0.057 0.119 0.013 0.761 117 H 0.027 0.009 0.017 0.024 0.082 0.114 0.028 0.698 118 I 0.038 0.013 0.031 0.179 0.105 0.124 0.064 0.445 119 P 0.059 0.018 0.019 0.047 0.056 0.092 0.030 0.679 120 F 0.212 0.042 0.019 0.050 0.068 0.076 0.115 0.418 121 V 0.035 0.010 0.028 0.031 0.046 0.141 0.091 0.618 122 G 0.070 0.030 0.029 0.036 0.086 0.099 0.232 0.417 123 G 0.028 0.032 0.034 0.074 0.118 0.146 0.079 0.489 124 G 0.013 0.012 0.103 0.105 0.480 0.075 0.057 0.156 125 T 0.008 0.004 0.066 0.173 0.415 0.032 0.071 0.231 126 I 0.005 0.001 0.141 0.359 0.390 0.026 0.024 0.054 127 C 0.005 0.001 0.115 0.177 0.396 0.032 0.036 0.239 128 V 0.003 0.001 0.088 0.394 0.380 0.036 0.012 0.087 129 L 0.006 0.001 0.111 0.097 0.223 0.083 0.038 0.440 130 L 0.044 0.005 0.051 0.204 0.169 0.102 0.080 0.345 131 P 0.067 0.006 0.051 0.071 0.086 0.094 0.094 0.531 132 M 0.129 0.007 0.027 0.028 0.040 0.098 0.068 0.603 133 T 0.273 0.008 0.023 0.018 0.026 0.078 0.045 0.530 134 I 0.099 0.006 0.012 0.012 0.017 0.104 0.025 0.725 135 Q 0.010 0.004 0.018 0.012 0.044 0.125 0.022 0.764 136 G 0.007 0.005 0.032 0.028 0.059 0.131 0.060 0.678 137 Q 0.036 0.037 0.070 0.176 0.153 0.094 0.178 0.254 138 P 0.012 0.026 0.096 0.093 0.141 0.069 0.102 0.461 139 V 0.006 0.019 0.321 0.156 0.306 0.035 0.066 0.091 140 T 0.007 0.020 0.274 0.109 0.306 0.032 0.108 0.144 141 M 0.016 0.017 0.244 0.302 0.258 0.031 0.052 0.080 142 G 0.034 0.031 0.240 0.134 0.260 0.054 0.089 0.158 143 L 0.031 0.079 0.121 0.088 0.158 0.112 0.059 0.352 144 G 0.028 0.068 0.136 0.045 0.084 0.103 0.050 0.487 145 G 0.060 0.130 0.080 0.078 0.067 0.104 0.101 0.379 146 A 0.175 0.337 0.026 0.019 0.025 0.059 0.067 0.293 147 L 0.173 0.334 0.028 0.019 0.026 0.050 0.095 0.274 148 D 0.079 0.282 0.018 0.019 0.024 0.064 0.052 0.461 149 R 0.042 0.101 0.042 0.026 0.028 0.087 0.123 0.551 150 I 0.088 0.244 0.019 0.018 0.017 0.085 0.122 0.408 151 K 0.313 0.295 0.013 0.006 0.008 0.040 0.098 0.227 152 Q 0.044 0.157 0.007 0.006 0.006 0.080 0.063 0.637 153 N 0.047 0.526 0.006 0.002 0.003 0.035 0.087 0.293 154 Y 0.051 0.772 0.002 0.001 0.001 0.014 0.074 0.085 155 D 0.018 0.870 0.003 0.001 0.001 0.011 0.034 0.061 156 R 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.030 157 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 158 L 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 159 E 0.003 0.245 0.003 0.001 0.001 0.002 0.742 0.006 160 L 0.005 0.558 0.004 0.001 0.001 0.002 0.426 0.005 161 L 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 162 L 0.009 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.038 0.032 163 N 0.005 0.914 0.004 0.001 0.001 0.006 0.040 0.030 164 G 0.017 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 165 V 0.045 0.902 0.012 0.001 0.001 0.004 0.024 0.013 166 Q 0.033 0.807 0.013 0.001 0.001 0.013 0.030 0.104 167 Q 0.044 0.366 0.065 0.001 0.001 0.027 0.353 0.144 168 L 0.052 0.263 0.097 0.001 0.001 0.025 0.496 0.065 169 K 0.126 0.147 0.060 0.003 0.003 0.059 0.211 0.391 170 K 0.094 0.067 0.022 0.002 0.002 0.076 0.056 0.681 171 S 0.105 0.038 0.043 0.004 0.005 0.107 0.094 0.604 172 D 0.150 0.019 0.016 0.005 0.007 0.121 0.035 0.648 173 S 0.063 0.007 0.014 0.004 0.007 0.113 0.036 0.755 174 F 0.024 0.006 0.024 0.009 0.013 0.185 0.031 0.707 175 H 0.042 0.007 0.040 0.010 0.021 0.138 0.045 0.698 176 Q 0.069 0.009 0.029 0.016 0.016 0.124 0.046 0.690 177 P 0.059 0.016 0.036 0.012 0.018 0.104 0.060 0.696 178 I 0.062 0.020 0.033 0.020 0.033 0.124 0.052 0.656