# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.413 0.163 0.050 0.107 0.082 0.052 0.054 0.034 0.023 0.014 0.008 2 N 0.229 0.151 0.054 0.139 0.118 0.088 0.086 0.055 0.040 0.026 0.014 3 A 0.283 0.141 0.056 0.139 0.107 0.078 0.082 0.047 0.036 0.021 0.012 4 L 0.079 0.055 0.042 0.099 0.106 0.122 0.162 0.114 0.103 0.074 0.045 5 F 0.089 0.106 0.074 0.158 0.133 0.117 0.129 0.078 0.057 0.039 0.019 6 S 0.035 0.050 0.045 0.080 0.072 0.095 0.167 0.141 0.135 0.115 0.067 7 S 0.044 0.047 0.043 0.109 0.133 0.159 0.173 0.113 0.086 0.061 0.034 8 R 0.310 0.112 0.131 0.156 0.092 0.066 0.058 0.028 0.022 0.017 0.008 9 D 0.054 0.068 0.072 0.197 0.176 0.147 0.141 0.068 0.041 0.025 0.011 10 I 0.003 0.009 0.012 0.013 0.014 0.023 0.083 0.136 0.237 0.262 0.208 11 L 0.008 0.017 0.044 0.116 0.163 0.263 0.227 0.089 0.040 0.024 0.008 12 E 0.270 0.092 0.484 0.112 0.021 0.010 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 13 V 0.003 0.011 0.019 0.052 0.070 0.175 0.300 0.171 0.108 0.062 0.029 14 L 0.001 0.002 0.006 0.006 0.008 0.017 0.079 0.139 0.241 0.275 0.226 15 Q 0.026 0.026 0.395 0.226 0.155 0.099 0.048 0.013 0.006 0.005 0.001 16 D 0.011 0.030 0.516 0.208 0.124 0.062 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.014 0.086 0.123 0.252 0.259 0.252 18 H 0.006 0.011 0.050 0.061 0.086 0.143 0.272 0.132 0.114 0.076 0.047 19 M 0.016 0.026 0.627 0.161 0.099 0.034 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 20 E 0.018 0.036 0.107 0.106 0.114 0.231 0.247 0.073 0.040 0.020 0.009 21 T 0.013 0.007 0.010 0.013 0.015 0.032 0.113 0.168 0.220 0.217 0.192 22 G 0.217 0.167 0.120 0.153 0.114 0.083 0.071 0.031 0.022 0.015 0.008 23 E 0.021 0.043 0.112 0.133 0.139 0.141 0.158 0.101 0.080 0.046 0.026 24 T 0.008 0.010 0.019 0.025 0.034 0.056 0.137 0.145 0.208 0.193 0.165 25 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.024 0.074 0.126 0.223 0.264 0.267 26 A 0.003 0.013 0.045 0.076 0.097 0.120 0.176 0.180 0.138 0.093 0.059 27 I 0.001 0.003 0.012 0.012 0.013 0.026 0.096 0.144 0.232 0.256 0.206 28 A 0.003 0.004 0.010 0.012 0.010 0.021 0.083 0.111 0.234 0.239 0.273 29 T 0.007 0.010 0.023 0.048 0.047 0.102 0.195 0.165 0.167 0.121 0.115 30 K 0.012 0.027 0.035 0.091 0.110 0.164 0.200 0.142 0.100 0.068 0.050 31 N 0.153 0.161 0.083 0.174 0.148 0.086 0.092 0.044 0.030 0.020 0.010 32 D 0.390 0.179 0.048 0.128 0.090 0.049 0.048 0.027 0.019 0.014 0.008 33 I 0.061 0.051 0.029 0.090 0.098 0.131 0.153 0.115 0.116 0.093 0.062 34 Y 0.033 0.072 0.063 0.171 0.169 0.133 0.141 0.079 0.071 0.044 0.025 35 L 0.003 0.008 0.016 0.029 0.039 0.078 0.152 0.175 0.194 0.178 0.128 36 Q 0.006 0.019 0.044 0.107 0.133 0.153 0.196 0.152 0.096 0.063 0.031 37 Y 0.001 0.004 0.014 0.018 0.018 0.028 0.082 0.166 0.215 0.248 0.206 38 I 0.001 0.002 0.008 0.010 0.009 0.021 0.066 0.107 0.223 0.279 0.273 39 Q 0.007 0.018 0.087 0.138 0.133 0.148 0.179 0.106 0.091 0.063 0.029 40 I 0.008 0.020 0.050 0.094 0.096 0.163 0.222 0.125 0.108 0.073 0.041 41 I 0.008 0.008 0.016 0.023 0.027 0.045 0.125 0.177 0.216 0.210 0.144 42 E 0.108 0.151 0.102 0.164 0.129 0.086 0.098 0.067 0.046 0.035 0.014 43 S 0.062 0.061 0.065 0.099 0.080 0.107 0.146 0.106 0.106 0.099 0.068 44 V 0.186 0.124 0.073 0.155 0.131 0.097 0.091 0.052 0.043 0.031 0.018 45 H 0.208 0.150 0.060 0.140 0.106 0.093 0.102 0.055 0.044 0.028 0.015 46 A 0.099 0.082 0.057 0.140 0.120 0.122 0.122 0.080 0.079 0.060 0.040 47 L 0.020 0.021 0.023 0.048 0.059 0.094 0.172 0.176 0.165 0.126 0.096 48 R 0.037 0.078 0.084 0.223 0.169 0.126 0.119 0.065 0.051 0.032 0.015 49 F 0.009 0.011 0.020 0.025 0.030 0.052 0.127 0.156 0.215 0.194 0.161 50 H 0.051 0.084 0.075 0.183 0.163 0.104 0.128 0.076 0.063 0.049 0.025 51 V 0.021 0.024 0.027 0.057 0.055 0.093 0.156 0.147 0.167 0.142 0.110 52 D 0.176 0.269 0.085 0.199 0.124 0.056 0.042 0.020 0.014 0.009 0.006 53 E 0.313 0.164 0.042 0.122 0.113 0.070 0.080 0.043 0.027 0.015 0.010 54 N 0.625 0.162 0.035 0.077 0.043 0.019 0.015 0.009 0.007 0.005 0.003 55 A 0.061 0.058 0.037 0.151 0.123 0.150 0.171 0.089 0.080 0.049 0.032 56 I 0.043 0.046 0.048 0.121 0.125 0.124 0.170 0.112 0.099 0.062 0.050 57 R 0.014 0.031 0.036 0.099 0.131 0.184 0.214 0.122 0.089 0.051 0.030 58 P 0.029 0.045 0.069 0.106 0.102 0.127 0.166 0.114 0.110 0.078 0.055 59 L 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.014 0.055 0.144 0.212 0.278 0.278 60 T 0.007 0.010 0.023 0.029 0.039 0.057 0.126 0.150 0.194 0.210 0.155 61 M 0.003 0.006 0.021 0.023 0.031 0.047 0.122 0.146 0.183 0.234 0.185 62 S 0.009 0.012 0.031 0.045 0.054 0.076 0.160 0.152 0.168 0.161 0.131 63 S 0.003 0.004 0.010 0.011 0.016 0.026 0.078 0.140 0.204 0.234 0.274 64 N 0.007 0.013 0.031 0.055 0.065 0.106 0.177 0.123 0.172 0.146 0.105 65 G 0.003 0.005 0.021 0.020 0.033 0.075 0.162 0.158 0.216 0.162 0.144 66 W 0.002 0.006 0.030 0.042 0.062 0.169 0.241 0.142 0.135 0.107 0.064 67 M 0.001 0.002 0.009 0.008 0.011 0.020 0.052 0.113 0.207 0.281 0.296 68 L 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.025 0.087 0.202 0.224 0.233 0.199 69 M 0.001 0.002 0.012 0.008 0.007 0.017 0.060 0.102 0.250 0.272 0.270 70 S 0.001 0.002 0.016 0.012 0.015 0.053 0.169 0.190 0.214 0.187 0.142 71 T 0.006 0.012 0.065 0.084 0.095 0.112 0.242 0.163 0.105 0.084 0.031 72 M 0.002 0.007 0.014 0.018 0.025 0.054 0.164 0.251 0.184 0.191 0.092 73 N 0.045 0.325 0.117 0.175 0.114 0.069 0.080 0.035 0.019 0.017 0.004 74 D 0.427 0.136 0.086 0.119 0.082 0.052 0.052 0.026 0.010 0.007 0.003 75 K 0.723 0.085 0.082 0.067 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 76 A 0.049 0.082 0.082 0.173 0.119 0.151 0.180 0.066 0.049 0.035 0.014 77 I 0.001 0.006 0.014 0.016 0.029 0.062 0.191 0.223 0.207 0.143 0.107 78 D 0.022 0.033 0.370 0.208 0.171 0.108 0.057 0.018 0.008 0.005 0.001 79 N 0.033 0.036 0.618 0.165 0.076 0.041 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 80 T 0.003 0.009 0.027 0.033 0.041 0.106 0.285 0.171 0.155 0.100 0.070 81 V 0.002 0.003 0.013 0.010 0.014 0.031 0.116 0.165 0.230 0.221 0.197 82 R 0.013 0.027 0.556 0.184 0.122 0.051 0.027 0.011 0.005 0.004 0.001 83 R 0.016 0.048 0.278 0.203 0.157 0.134 0.108 0.027 0.016 0.009 0.003 84 A 0.014 0.010 0.014 0.019 0.027 0.061 0.184 0.201 0.201 0.162 0.106 85 N 0.209 0.222 0.121 0.159 0.104 0.065 0.061 0.026 0.017 0.011 0.004 86 T 0.034 0.048 0.109 0.108 0.082 0.102 0.140 0.106 0.114 0.090 0.066 87 I 0.209 0.138 0.101 0.152 0.120 0.081 0.091 0.044 0.033 0.021 0.011 88 T 0.202 0.206 0.090 0.155 0.117 0.070 0.074 0.036 0.025 0.018 0.009 89 Q 0.063 0.070 0.048 0.101 0.096 0.130 0.155 0.113 0.093 0.069 0.062 90 K 0.286 0.220 0.093 0.154 0.101 0.054 0.045 0.022 0.013 0.008 0.004 91 D 0.472 0.172 0.074 0.127 0.068 0.033 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 92 G 0.170 0.106 0.049 0.126 0.110 0.119 0.130 0.070 0.062 0.036 0.020 93 I 0.044 0.058 0.034 0.083 0.094 0.129 0.201 0.120 0.115 0.080 0.042 94 R 0.098 0.093 0.109 0.184 0.157 0.106 0.122 0.056 0.037 0.025 0.012 95 F 0.095 0.069 0.088 0.110 0.118 0.104 0.139 0.109 0.078 0.055 0.036 96 E 0.086 0.432 0.096 0.142 0.085 0.048 0.055 0.021 0.018 0.012 0.005 97 V 0.033 0.034 0.017 0.064 0.106 0.163 0.252 0.187 0.081 0.040 0.023 98 D 0.738 0.064 0.109 0.053 0.014 0.009 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 99 D 0.025 0.047 0.092 0.348 0.234 0.142 0.081 0.021 0.006 0.002 0.001 100 M 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.007 0.049 0.083 0.240 0.306 0.306 101 M 0.002 0.004 0.041 0.093 0.194 0.270 0.289 0.058 0.031 0.013 0.005 102 A 0.011 0.014 0.879 0.066 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 R 0.001 0.004 0.032 0.031 0.043 0.180 0.467 0.112 0.075 0.041 0.014 104 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.013 0.098 0.179 0.269 0.215 0.211 105 R 0.021 0.014 0.508 0.179 0.119 0.088 0.046 0.015 0.006 0.005 0.001 106 Q 0.003 0.011 0.543 0.185 0.151 0.062 0.035 0.007 0.003 0.001 0.001 107 V 0.001 0.002 0.010 0.003 0.004 0.014 0.103 0.126 0.224 0.253 0.260 108 R 0.006 0.007 0.059 0.051 0.076 0.153 0.324 0.138 0.093 0.065 0.028 109 E 0.014 0.026 0.819 0.086 0.029 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.012 0.017 0.066 0.103 0.153 0.270 0.262 0.072 0.028 0.012 0.005 111 G 0.353 0.083 0.061 0.057 0.046 0.056 0.120 0.067 0.075 0.054 0.028 112 Y 0.048 0.067 0.062 0.114 0.133 0.130 0.165 0.099 0.095 0.052 0.035 113 A 0.013 0.018 0.068 0.030 0.020 0.030 0.076 0.089 0.194 0.210 0.252 114 S 0.022 0.047 0.048 0.125 0.153 0.120 0.191 0.108 0.087 0.056 0.042 115 A 0.117 0.240 0.098 0.141 0.104 0.075 0.071 0.049 0.045 0.031 0.028 116 E 0.247 0.107 0.046 0.153 0.148 0.098 0.089 0.044 0.030 0.022 0.014 117 H 0.260 0.128 0.051 0.142 0.108 0.082 0.092 0.058 0.041 0.024 0.014 118 I 0.056 0.064 0.042 0.129 0.127 0.104 0.149 0.123 0.097 0.066 0.044 119 P 0.068 0.054 0.058 0.114 0.090 0.114 0.167 0.103 0.105 0.070 0.057 120 F 0.073 0.063 0.068 0.130 0.130 0.109 0.145 0.085 0.075 0.061 0.062 121 V 0.084 0.086 0.058 0.173 0.135 0.131 0.141 0.072 0.057 0.036 0.026 122 G 0.246 0.118 0.054 0.147 0.113 0.095 0.095 0.047 0.042 0.025 0.018 123 G 0.012 0.011 0.013 0.020 0.031 0.043 0.119 0.160 0.197 0.201 0.193 124 G 0.020 0.030 0.019 0.050 0.074 0.116 0.222 0.141 0.151 0.089 0.088 125 T 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.011 0.058 0.112 0.254 0.278 0.270 126 I 0.001 0.002 0.006 0.006 0.010 0.017 0.076 0.111 0.203 0.238 0.331 127 C 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.028 0.064 0.164 0.218 0.508 128 V 0.001 0.002 0.005 0.010 0.020 0.032 0.087 0.180 0.228 0.184 0.250 129 L 0.004 0.006 0.011 0.023 0.038 0.051 0.130 0.155 0.198 0.192 0.192 130 L 0.004 0.005 0.008 0.019 0.025 0.045 0.125 0.169 0.217 0.189 0.196 131 P 0.033 0.039 0.031 0.111 0.130 0.142 0.173 0.135 0.100 0.060 0.046 132 M 0.053 0.045 0.033 0.083 0.102 0.116 0.167 0.140 0.108 0.091 0.062 133 T 0.122 0.095 0.053 0.150 0.134 0.104 0.106 0.073 0.063 0.057 0.043 134 I 0.143 0.074 0.035 0.093 0.090 0.090 0.122 0.092 0.091 0.083 0.087 135 Q 0.243 0.166 0.057 0.160 0.118 0.076 0.068 0.038 0.031 0.024 0.020 136 G 0.182 0.103 0.052 0.137 0.123 0.096 0.108 0.065 0.055 0.041 0.036 137 Q 0.042 0.044 0.033 0.097 0.115 0.123 0.178 0.120 0.111 0.079 0.059 138 P 0.020 0.025 0.027 0.052 0.066 0.104 0.209 0.155 0.155 0.099 0.090 139 V 0.003 0.005 0.012 0.013 0.022 0.038 0.133 0.167 0.234 0.198 0.174 140 T 0.002 0.003 0.007 0.006 0.010 0.018 0.081 0.141 0.243 0.214 0.277 141 M 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.013 0.061 0.105 0.237 0.273 0.293 142 G 0.001 0.002 0.006 0.005 0.010 0.016 0.061 0.107 0.212 0.230 0.349 143 L 0.002 0.002 0.004 0.006 0.012 0.015 0.056 0.106 0.211 0.250 0.337 144 G 0.005 0.006 0.010 0.017 0.033 0.036 0.098 0.169 0.206 0.191 0.229 145 G 0.007 0.011 0.017 0.034 0.060 0.072 0.159 0.194 0.179 0.163 0.105 146 A 0.012 0.022 0.026 0.061 0.081 0.103 0.209 0.166 0.136 0.111 0.073 147 L 0.018 0.017 0.022 0.091 0.119 0.159 0.196 0.145 0.109 0.074 0.049 148 D 0.202 0.089 0.109 0.166 0.135 0.091 0.077 0.044 0.035 0.035 0.018 149 R 0.035 0.081 0.069 0.156 0.155 0.117 0.129 0.085 0.070 0.065 0.039 150 I 0.003 0.009 0.010 0.016 0.017 0.044 0.100 0.126 0.192 0.252 0.228 151 K 0.176 0.150 0.197 0.239 0.129 0.045 0.033 0.014 0.007 0.006 0.002 152 Q 0.489 0.143 0.158 0.099 0.052 0.024 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 153 N 0.182 0.296 0.075 0.149 0.086 0.077 0.073 0.023 0.019 0.014 0.005 154 Y 0.009 0.016 0.013 0.035 0.057 0.153 0.299 0.195 0.123 0.063 0.038 155 D 0.496 0.087 0.275 0.083 0.025 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 156 R 0.082 0.099 0.274 0.298 0.129 0.077 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 157 Y 0.001 0.004 0.006 0.006 0.008 0.018 0.088 0.149 0.260 0.238 0.221 158 L 0.001 0.003 0.015 0.036 0.086 0.263 0.327 0.139 0.072 0.042 0.016 159 E 0.032 0.021 0.884 0.051 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.001 0.003 0.027 0.047 0.081 0.218 0.379 0.150 0.062 0.025 0.009 161 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.029 0.051 0.208 0.362 0.338 162 L 0.001 0.003 0.080 0.119 0.283 0.271 0.186 0.033 0.014 0.008 0.002 163 N 0.004 0.014 0.776 0.109 0.058 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 164 G 0.001 0.002 0.008 0.006 0.008 0.036 0.238 0.212 0.222 0.186 0.082 165 V 0.002 0.003 0.013 0.013 0.017 0.048 0.207 0.227 0.220 0.149 0.100 166 Q 0.053 0.028 0.638 0.142 0.051 0.045 0.022 0.010 0.005 0.004 0.001 167 Q 0.005 0.023 0.208 0.194 0.183 0.207 0.139 0.025 0.010 0.004 0.001 168 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.043 0.124 0.225 0.277 0.317 169 K 0.022 0.028 0.235 0.167 0.184 0.140 0.128 0.046 0.024 0.022 0.006 170 K 0.012 0.027 0.709 0.132 0.071 0.026 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 171 S 0.024 0.031 0.060 0.063 0.074 0.158 0.282 0.134 0.089 0.055 0.029 172 D 0.194 0.082 0.054 0.069 0.069 0.101 0.179 0.104 0.076 0.049 0.024 173 S 0.463 0.195 0.159 0.089 0.035 0.020 0.015 0.009 0.007 0.005 0.002 174 F 0.120 0.071 0.076 0.098 0.093 0.126 0.152 0.101 0.078 0.052 0.033 175 H 0.282 0.168 0.063 0.113 0.087 0.067 0.081 0.051 0.041 0.030 0.017 176 Q 0.210 0.140 0.071 0.113 0.099 0.100 0.100 0.064 0.048 0.033 0.023 177 P 0.307 0.170 0.103 0.125 0.094 0.068 0.054 0.032 0.022 0.016 0.009 178 I 0.220 0.091 0.052 0.101 0.096 0.113 0.128 0.076 0.059 0.042 0.022