# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.044 0.011 0.002 0.021 0.014 0.033 0.083 0.002 0.001 0.004 0.787 2 N 0.038 0.011 0.002 0.020 0.012 0.021 0.139 0.002 0.001 0.006 0.749 3 A 0.126 0.018 0.004 0.026 0.010 0.020 0.241 0.002 0.001 0.013 0.541 4 L 0.190 0.063 0.009 0.039 0.013 0.023 0.192 0.003 0.001 0.012 0.457 5 F 0.087 0.073 0.008 0.038 0.017 0.024 0.141 0.003 0.001 0.019 0.589 6 S 0.069 0.075 0.018 0.038 0.016 0.031 0.207 0.003 0.001 0.007 0.536 7 S 0.070 0.134 0.005 0.039 0.012 0.044 0.156 0.002 0.001 0.005 0.533 8 R 0.055 0.219 0.003 0.015 0.007 0.014 0.175 0.002 0.001 0.008 0.502 9 D 0.061 0.385 0.006 0.008 0.004 0.006 0.198 0.003 0.001 0.006 0.324 10 I 0.060 0.733 0.009 0.006 0.001 0.005 0.044 0.004 0.001 0.001 0.137 11 L 0.016 0.861 0.005 0.004 0.002 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.095 12 E 0.006 0.769 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.209 13 V 0.011 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.087 14 L 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 15 Q 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 16 D 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 17 I 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 18 H 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 M 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 20 E 0.069 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.010 21 T 0.184 0.719 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 0.018 22 G 0.354 0.232 0.112 0.009 0.005 0.007 0.006 0.118 0.001 0.012 0.146 23 E 0.072 0.020 0.750 0.016 0.008 0.005 0.046 0.006 0.001 0.001 0.075 24 T 0.025 0.009 0.017 0.053 0.035 0.025 0.111 0.004 0.001 0.002 0.720 25 V 0.017 0.014 0.006 0.097 0.259 0.482 0.031 0.001 0.001 0.001 0.092 26 A 0.009 0.009 0.001 0.173 0.312 0.418 0.023 0.001 0.001 0.001 0.053 27 I 0.003 0.004 0.001 0.061 0.391 0.501 0.006 0.001 0.001 0.001 0.032 28 A 0.002 0.006 0.001 0.055 0.372 0.525 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 29 T 0.001 0.005 0.001 0.020 0.467 0.463 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 30 K 0.002 0.007 0.001 0.019 0.390 0.515 0.012 0.001 0.001 0.001 0.054 31 N 0.008 0.006 0.001 0.018 0.248 0.442 0.049 0.001 0.001 0.003 0.225 32 D 0.055 0.005 0.002 0.026 0.094 0.197 0.087 0.001 0.001 0.016 0.518 33 I 0.155 0.007 0.012 0.029 0.091 0.111 0.261 0.001 0.001 0.014 0.319 34 Y 0.104 0.007 0.003 0.067 0.243 0.238 0.116 0.001 0.001 0.015 0.207 35 L 0.035 0.009 0.007 0.084 0.259 0.359 0.042 0.001 0.001 0.004 0.202 36 Q 0.006 0.002 0.001 0.121 0.417 0.426 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 37 Y 0.003 0.003 0.001 0.095 0.334 0.470 0.015 0.001 0.001 0.001 0.079 38 I 0.002 0.004 0.001 0.235 0.226 0.515 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 39 Q 0.002 0.005 0.001 0.145 0.369 0.422 0.017 0.001 0.001 0.001 0.039 40 I 0.003 0.010 0.001 0.160 0.225 0.413 0.024 0.001 0.001 0.002 0.160 41 I 0.007 0.014 0.001 0.141 0.218 0.470 0.031 0.001 0.001 0.004 0.115 42 E 0.023 0.017 0.002 0.059 0.117 0.175 0.096 0.001 0.001 0.006 0.503 43 S 0.037 0.024 0.003 0.035 0.081 0.149 0.072 0.003 0.001 0.006 0.590 44 V 0.077 0.018 0.004 0.025 0.041 0.101 0.077 0.002 0.001 0.006 0.650 45 H 0.109 0.019 0.006 0.025 0.056 0.065 0.186 0.002 0.001 0.016 0.515 46 A 0.070 0.011 0.004 0.016 0.025 0.036 0.097 0.002 0.001 0.006 0.732 47 L 0.093 0.043 0.006 0.060 0.146 0.234 0.101 0.001 0.001 0.007 0.310 48 R 0.083 0.039 0.004 0.096 0.167 0.204 0.099 0.002 0.001 0.008 0.299 49 F 0.033 0.038 0.004 0.090 0.220 0.236 0.040 0.002 0.001 0.002 0.334 50 H 0.028 0.026 0.002 0.115 0.216 0.404 0.032 0.001 0.001 0.002 0.173 51 V 0.018 0.020 0.002 0.075 0.214 0.282 0.046 0.001 0.001 0.002 0.340 52 D 0.010 0.010 0.001 0.038 0.089 0.164 0.088 0.001 0.001 0.002 0.598 53 E 0.034 0.009 0.001 0.026 0.041 0.090 0.101 0.001 0.001 0.003 0.693 54 N 0.094 0.020 0.002 0.031 0.065 0.093 0.224 0.002 0.001 0.033 0.437 55 A 0.333 0.022 0.012 0.030 0.039 0.051 0.146 0.002 0.001 0.014 0.351 56 I 0.104 0.021 0.009 0.037 0.054 0.107 0.096 0.002 0.001 0.006 0.565 57 R 0.058 0.012 0.004 0.068 0.211 0.226 0.088 0.001 0.001 0.003 0.329 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 59 L 0.012 0.007 0.001 0.084 0.165 0.463 0.036 0.001 0.001 0.001 0.230 60 T 0.072 0.046 0.001 0.134 0.160 0.151 0.078 0.001 0.001 0.005 0.352 61 M 0.054 0.057 0.003 0.109 0.141 0.193 0.044 0.001 0.001 0.003 0.395 62 S 0.066 0.074 0.002 0.103 0.104 0.162 0.097 0.001 0.001 0.004 0.388 63 S 0.060 0.089 0.003 0.061 0.062 0.090 0.201 0.002 0.001 0.008 0.425 64 N 0.036 0.091 0.004 0.017 0.009 0.017 0.363 0.002 0.001 0.010 0.450 65 G 0.143 0.136 0.007 0.019 0.007 0.020 0.207 0.004 0.001 0.026 0.431 66 W 0.138 0.445 0.027 0.015 0.008 0.014 0.167 0.003 0.001 0.005 0.179 67 M 0.020 0.685 0.010 0.011 0.030 0.023 0.037 0.002 0.001 0.003 0.179 68 L 0.021 0.791 0.005 0.007 0.017 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 0.106 69 M 0.024 0.904 0.001 0.003 0.015 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 0.029 70 S 0.058 0.826 0.002 0.005 0.015 0.015 0.003 0.021 0.001 0.001 0.054 71 T 0.144 0.698 0.010 0.007 0.013 0.012 0.008 0.046 0.001 0.001 0.061 72 M 0.321 0.393 0.046 0.018 0.007 0.014 0.023 0.055 0.001 0.001 0.121 73 N 0.045 0.134 0.069 0.011 0.003 0.009 0.221 0.022 0.001 0.003 0.484 74 D 0.012 0.023 0.016 0.013 0.001 0.003 0.019 0.002 0.001 0.012 0.899 75 K 0.011 0.022 0.016 0.002 0.001 0.001 0.434 0.001 0.001 0.005 0.508 76 A 0.128 0.055 0.004 0.002 0.001 0.001 0.616 0.001 0.001 0.007 0.187 77 I 0.064 0.802 0.004 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.117 78 D 0.004 0.930 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 79 N 0.008 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.075 80 T 0.033 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.026 81 V 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 82 R 0.009 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.024 83 R 0.043 0.881 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.038 84 A 0.127 0.766 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.047 85 N 0.166 0.487 0.038 0.007 0.004 0.005 0.017 0.067 0.001 0.003 0.205 86 T 0.145 0.252 0.243 0.016 0.007 0.009 0.037 0.023 0.001 0.003 0.267 87 I 0.115 0.176 0.028 0.036 0.018 0.023 0.098 0.016 0.001 0.006 0.485 88 T 0.084 0.135 0.015 0.025 0.017 0.021 0.139 0.016 0.001 0.005 0.543 89 Q 0.177 0.125 0.014 0.046 0.026 0.047 0.095 0.010 0.001 0.005 0.455 90 K 0.095 0.072 0.009 0.036 0.035 0.049 0.183 0.009 0.001 0.004 0.507 91 D 0.015 0.010 0.001 0.005 0.005 0.008 0.042 0.003 0.001 0.002 0.909 92 G 0.120 0.024 0.015 0.026 0.025 0.049 0.128 0.005 0.001 0.016 0.592 93 I 0.379 0.023 0.015 0.037 0.033 0.039 0.169 0.002 0.001 0.007 0.295 94 R 0.046 0.023 0.004 0.032 0.025 0.045 0.085 0.002 0.001 0.003 0.734 95 F 0.051 0.048 0.008 0.072 0.066 0.104 0.138 0.001 0.001 0.005 0.507 96 E 0.021 0.025 0.002 0.016 0.010 0.021 0.224 0.001 0.001 0.002 0.678 97 V 0.029 0.048 0.002 0.027 0.009 0.051 0.049 0.001 0.001 0.002 0.783 98 D 0.003 0.061 0.001 0.003 0.003 0.006 0.189 0.001 0.001 0.002 0.731 99 D 0.046 0.166 0.002 0.002 0.001 0.002 0.419 0.001 0.001 0.006 0.355 100 M 0.028 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.055 101 M 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 102 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 103 R 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 104 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 105 R 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 106 Q 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 107 V 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 108 R 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 109 E 0.014 0.957 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 110 Q 0.171 0.742 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 0.027 111 G 0.535 0.309 0.019 0.006 0.003 0.004 0.003 0.073 0.001 0.002 0.046 112 Y 0.047 0.055 0.732 0.017 0.017 0.010 0.025 0.012 0.001 0.001 0.084 113 A 0.028 0.039 0.057 0.172 0.176 0.145 0.050 0.004 0.001 0.002 0.326 114 S 0.020 0.038 0.003 0.108 0.205 0.304 0.047 0.001 0.001 0.001 0.271 115 A 0.021 0.057 0.002 0.092 0.238 0.270 0.073 0.002 0.001 0.003 0.243 116 E 0.032 0.025 0.002 0.054 0.112 0.215 0.090 0.002 0.001 0.005 0.465 117 H 0.066 0.016 0.005 0.045 0.061 0.186 0.129 0.003 0.001 0.009 0.480 118 I 0.172 0.011 0.011 0.052 0.080 0.091 0.121 0.002 0.001 0.006 0.454 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.979 120 F 0.015 0.007 0.001 0.042 0.182 0.532 0.031 0.001 0.001 0.001 0.189 121 V 0.041 0.015 0.001 0.043 0.061 0.084 0.040 0.001 0.001 0.005 0.711 122 G 0.104 0.011 0.002 0.046 0.076 0.117 0.075 0.002 0.001 0.009 0.557 123 G 0.331 0.014 0.006 0.070 0.087 0.124 0.070 0.001 0.001 0.005 0.292 124 G 0.036 0.008 0.001 0.123 0.273 0.278 0.085 0.001 0.001 0.004 0.191 125 T 0.027 0.005 0.006 0.123 0.220 0.310 0.061 0.001 0.001 0.004 0.243 126 I 0.009 0.003 0.001 0.266 0.324 0.339 0.014 0.001 0.001 0.002 0.042 127 C 0.004 0.005 0.001 0.202 0.247 0.403 0.032 0.001 0.001 0.002 0.103 128 V 0.002 0.002 0.001 0.291 0.294 0.385 0.005 0.001 0.001 0.002 0.020 129 L 0.002 0.005 0.001 0.123 0.085 0.265 0.042 0.001 0.001 0.001 0.476 130 L 0.011 0.004 0.001 0.286 0.226 0.395 0.013 0.001 0.001 0.003 0.060 131 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.025 0.001 0.001 0.001 0.956 132 M 0.026 0.003 0.001 0.052 0.094 0.274 0.041 0.001 0.001 0.002 0.505 133 T 0.054 0.009 0.001 0.028 0.036 0.057 0.126 0.001 0.001 0.006 0.683 134 I 0.152 0.014 0.002 0.022 0.031 0.046 0.113 0.001 0.001 0.013 0.607 135 Q 0.160 0.034 0.004 0.024 0.021 0.038 0.197 0.002 0.001 0.021 0.501 136 G 0.220 0.016 0.008 0.022 0.016 0.030 0.142 0.003 0.001 0.016 0.527 137 Q 0.129 0.009 0.012 0.035 0.032 0.037 0.180 0.001 0.001 0.004 0.559 138 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.968 139 V 0.012 0.011 0.001 0.155 0.156 0.360 0.062 0.001 0.001 0.002 0.239 140 T 0.042 0.061 0.001 0.227 0.150 0.150 0.061 0.001 0.001 0.006 0.301 141 M 0.043 0.078 0.001 0.280 0.146 0.231 0.024 0.001 0.001 0.006 0.189 142 G 0.055 0.094 0.003 0.278 0.127 0.167 0.056 0.002 0.001 0.005 0.215 143 L 0.037 0.080 0.004 0.208 0.172 0.197 0.031 0.002 0.001 0.003 0.266 144 G 0.029 0.061 0.009 0.166 0.072 0.163 0.073 0.003 0.001 0.005 0.420 145 G 0.037 0.050 0.008 0.111 0.083 0.111 0.094 0.002 0.001 0.006 0.498 146 A 0.007 0.023 0.002 0.017 0.013 0.034 0.082 0.001 0.001 0.001 0.818 147 L 0.039 0.103 0.004 0.044 0.040 0.122 0.111 0.002 0.001 0.005 0.531 148 D 0.061 0.218 0.002 0.012 0.021 0.029 0.124 0.003 0.001 0.006 0.525 149 R 0.269 0.291 0.006 0.008 0.009 0.017 0.059 0.008 0.001 0.006 0.328 150 I 0.204 0.564 0.015 0.009 0.008 0.016 0.024 0.009 0.001 0.002 0.150 151 K 0.086 0.436 0.014 0.012 0.014 0.018 0.027 0.010 0.001 0.003 0.380 152 Q 0.035 0.132 0.010 0.005 0.003 0.005 0.041 0.010 0.001 0.002 0.759 153 N 0.115 0.159 0.014 0.008 0.003 0.009 0.178 0.012 0.001 0.003 0.500 154 Y 0.184 0.230 0.013 0.011 0.002 0.007 0.058 0.006 0.001 0.004 0.486 155 D 0.033 0.281 0.011 0.007 0.002 0.004 0.081 0.002 0.001 0.004 0.576 156 R 0.077 0.289 0.010 0.005 0.001 0.002 0.158 0.004 0.001 0.004 0.450 157 Y 0.067 0.752 0.006 0.002 0.001 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.142 158 L 0.016 0.873 0.005 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.093 159 E 0.007 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.120 160 L 0.008 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.067 161 L 0.013 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 162 L 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 163 N 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 164 G 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 165 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 166 Q 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 167 Q 0.026 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.038 168 L 0.042 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.017 169 K 0.010 0.955 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 170 K 0.015 0.902 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.050 171 S 0.095 0.819 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.042 172 D 0.134 0.695 0.006 0.003 0.002 0.002 0.011 0.040 0.001 0.001 0.106 173 S 0.300 0.253 0.051 0.010 0.004 0.006 0.035 0.069 0.001 0.009 0.265 174 F 0.252 0.138 0.158 0.019 0.003 0.004 0.098 0.033 0.001 0.004 0.291 175 H 0.115 0.075 0.045 0.033 0.008 0.012 0.118 0.014 0.001 0.012 0.569 176 Q 0.069 0.031 0.046 0.042 0.015 0.021 0.100 0.005 0.001 0.006 0.665 177 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.979 178 I 0.020 0.003 0.001 0.018 0.014 0.036 0.103 0.001 0.001 0.001 0.804