# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.080 0.097 0.061 0.036 0.123 0.039 0.052 0.228 0.120 0.118 0.046 2 N 0.053 0.129 0.073 0.033 0.106 0.035 0.061 0.241 0.119 0.117 0.033 3 A 0.071 0.096 0.052 0.022 0.104 0.019 0.036 0.205 0.121 0.221 0.053 4 L 0.058 0.195 0.077 0.015 0.142 0.018 0.031 0.235 0.119 0.081 0.029 5 F 0.049 0.126 0.069 0.015 0.090 0.024 0.057 0.373 0.100 0.067 0.031 6 S 0.045 0.121 0.037 0.009 0.055 0.009 0.027 0.399 0.135 0.133 0.030 7 S 0.019 0.024 0.008 0.004 0.035 0.005 0.007 0.612 0.231 0.043 0.012 8 R 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.006 0.015 0.777 0.169 0.013 0.002 9 D 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.008 0.874 0.064 0.035 0.002 10 I 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.815 0.125 0.036 0.003 11 L 0.002 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.910 0.066 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.024 0.001 0.001 13 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.969 0.015 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.002 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.022 0.002 0.001 18 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.074 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.874 0.112 0.001 0.001 20 E 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 0.203 0.660 0.071 0.037 0.006 21 T 0.009 0.763 0.097 0.008 0.036 0.006 0.050 0.017 0.006 0.007 0.002 22 G 0.014 0.001 0.002 0.015 0.002 0.010 0.005 0.013 0.012 0.440 0.487 23 E 0.020 0.607 0.128 0.008 0.168 0.004 0.020 0.011 0.009 0.018 0.008 24 T 0.348 0.065 0.004 0.002 0.519 0.007 0.012 0.005 0.003 0.005 0.030 25 V 0.224 0.078 0.006 0.005 0.654 0.006 0.008 0.003 0.002 0.002 0.012 26 A 0.235 0.051 0.003 0.001 0.692 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 27 I 0.273 0.075 0.007 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 28 A 0.231 0.121 0.011 0.002 0.566 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.057 29 T 0.291 0.178 0.040 0.014 0.309 0.007 0.010 0.005 0.004 0.014 0.128 30 K 0.125 0.110 0.101 0.218 0.119 0.129 0.055 0.024 0.024 0.033 0.062 31 N 0.017 0.120 0.112 0.315 0.031 0.166 0.114 0.049 0.045 0.023 0.010 32 D 0.085 0.023 0.036 0.056 0.052 0.023 0.015 0.026 0.043 0.508 0.133 33 I 0.084 0.339 0.100 0.009 0.239 0.021 0.031 0.043 0.045 0.055 0.036 34 Y 0.182 0.179 0.029 0.008 0.373 0.026 0.086 0.027 0.018 0.033 0.040 35 L 0.387 0.057 0.004 0.002 0.519 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.016 36 Q 0.139 0.120 0.008 0.003 0.683 0.011 0.012 0.008 0.002 0.003 0.012 37 Y 0.450 0.026 0.002 0.001 0.493 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 38 I 0.277 0.104 0.013 0.010 0.439 0.010 0.006 0.013 0.007 0.015 0.107 39 Q 0.205 0.151 0.035 0.010 0.478 0.012 0.018 0.017 0.010 0.018 0.046 40 I 0.247 0.154 0.029 0.011 0.382 0.008 0.014 0.030 0.023 0.036 0.067 41 I 0.206 0.179 0.035 0.020 0.305 0.025 0.032 0.047 0.035 0.043 0.073 42 E 0.125 0.154 0.104 0.053 0.181 0.084 0.085 0.058 0.050 0.066 0.041 43 S 0.142 0.207 0.128 0.035 0.278 0.023 0.025 0.049 0.038 0.044 0.031 44 V 0.117 0.102 0.038 0.032 0.132 0.054 0.085 0.134 0.160 0.100 0.044 45 H 0.085 0.175 0.114 0.034 0.192 0.040 0.081 0.081 0.061 0.096 0.042 46 A 0.249 0.139 0.022 0.007 0.326 0.010 0.031 0.056 0.038 0.057 0.066 47 L 0.218 0.126 0.017 0.006 0.479 0.012 0.015 0.031 0.020 0.021 0.055 48 R 0.187 0.138 0.016 0.005 0.544 0.014 0.024 0.024 0.011 0.014 0.024 49 F 0.227 0.116 0.019 0.004 0.554 0.004 0.004 0.011 0.006 0.013 0.042 50 H 0.263 0.135 0.025 0.008 0.440 0.009 0.011 0.024 0.009 0.029 0.048 51 V 0.103 0.292 0.124 0.023 0.233 0.029 0.028 0.067 0.038 0.029 0.034 52 D 0.160 0.150 0.195 0.044 0.246 0.033 0.030 0.058 0.025 0.030 0.026 53 E 0.021 0.191 0.036 0.029 0.060 0.032 0.127 0.256 0.207 0.029 0.012 54 N 0.034 0.032 0.051 0.076 0.028 0.034 0.025 0.090 0.060 0.455 0.115 55 A 0.055 0.324 0.084 0.011 0.268 0.008 0.023 0.094 0.039 0.066 0.027 56 I 0.248 0.119 0.035 0.015 0.243 0.022 0.024 0.079 0.050 0.063 0.100 57 R 0.064 0.316 0.183 0.047 0.178 0.035 0.026 0.083 0.029 0.020 0.021 58 P 0.216 0.162 0.035 0.010 0.309 0.008 0.022 0.128 0.042 0.025 0.042 59 L 0.167 0.113 0.031 0.010 0.244 0.018 0.025 0.185 0.105 0.048 0.055 60 T 0.150 0.151 0.038 0.012 0.311 0.021 0.041 0.145 0.046 0.044 0.040 61 M 0.147 0.151 0.039 0.015 0.267 0.024 0.045 0.147 0.050 0.068 0.046 62 S 0.128 0.146 0.142 0.041 0.166 0.032 0.042 0.158 0.053 0.057 0.036 63 S 0.027 0.029 0.028 0.018 0.035 0.025 0.075 0.543 0.143 0.051 0.026 64 N 0.032 0.113 0.059 0.074 0.046 0.042 0.078 0.307 0.124 0.107 0.018 65 G 0.023 0.046 0.044 0.077 0.032 0.033 0.017 0.418 0.118 0.150 0.043 66 W 0.044 0.053 0.011 0.007 0.081 0.007 0.033 0.547 0.135 0.061 0.022 67 M 0.184 0.050 0.007 0.002 0.262 0.005 0.010 0.377 0.074 0.012 0.017 68 L 0.048 0.058 0.008 0.004 0.090 0.012 0.045 0.572 0.130 0.017 0.017 69 M 0.064 0.018 0.006 0.002 0.063 0.006 0.023 0.385 0.374 0.039 0.019 70 S 0.012 0.033 0.010 0.004 0.031 0.012 0.120 0.466 0.256 0.048 0.008 71 T 0.032 0.035 0.014 0.003 0.040 0.005 0.074 0.118 0.134 0.507 0.038 72 M 0.033 0.438 0.274 0.008 0.140 0.005 0.011 0.017 0.017 0.042 0.017 73 N 0.018 0.659 0.196 0.002 0.072 0.002 0.004 0.021 0.012 0.007 0.007 74 D 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.002 0.016 0.463 0.476 0.024 0.001 75 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.803 0.162 0.015 0.001 76 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.876 0.053 0.058 0.004 77 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.061 0.012 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.077 0.001 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.041 0.003 0.001 80 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.934 0.042 0.006 0.001 81 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.830 0.135 0.012 0.002 82 R 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.038 0.812 0.124 0.008 0.001 83 R 0.012 0.010 0.008 0.003 0.016 0.007 0.090 0.573 0.123 0.140 0.018 84 A 0.051 0.348 0.108 0.012 0.134 0.016 0.054 0.130 0.053 0.067 0.027 85 N 0.082 0.053 0.024 0.017 0.074 0.023 0.031 0.136 0.075 0.315 0.171 86 T 0.083 0.143 0.044 0.011 0.157 0.008 0.021 0.192 0.181 0.117 0.043 87 I 0.059 0.166 0.062 0.013 0.181 0.031 0.056 0.230 0.122 0.052 0.028 88 T 0.107 0.185 0.056 0.011 0.233 0.013 0.057 0.165 0.074 0.066 0.032 89 Q 0.107 0.140 0.098 0.023 0.142 0.018 0.040 0.117 0.090 0.151 0.075 90 K 0.043 0.257 0.290 0.052 0.121 0.042 0.038 0.080 0.039 0.023 0.014 91 D 0.020 0.155 0.066 0.068 0.041 0.053 0.128 0.209 0.174 0.063 0.022 92 G 0.036 0.040 0.038 0.031 0.040 0.014 0.023 0.089 0.083 0.514 0.093 93 I 0.059 0.354 0.085 0.008 0.257 0.007 0.013 0.087 0.048 0.050 0.031 94 R 0.170 0.171 0.046 0.009 0.194 0.019 0.029 0.134 0.066 0.073 0.089 95 F 0.039 0.292 0.158 0.026 0.127 0.038 0.056 0.159 0.042 0.041 0.023 96 E 0.088 0.443 0.168 0.007 0.125 0.003 0.005 0.088 0.012 0.029 0.032 97 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.769 0.210 0.005 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.077 0.002 0.001 99 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.025 0.009 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.027 0.004 0.001 101 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.062 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.014 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.014 0.004 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.048 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.020 0.001 0.001 107 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.935 0.039 0.004 0.001 108 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.794 0.179 0.006 0.001 109 E 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.163 0.663 0.091 0.052 0.011 110 Q 0.013 0.485 0.216 0.020 0.058 0.015 0.132 0.032 0.013 0.013 0.005 111 G 0.061 0.032 0.035 0.084 0.032 0.037 0.021 0.023 0.021 0.328 0.327 112 Y 0.140 0.198 0.045 0.018 0.306 0.007 0.014 0.038 0.034 0.092 0.109 113 A 0.232 0.173 0.026 0.007 0.419 0.012 0.012 0.027 0.016 0.023 0.054 114 S 0.154 0.200 0.092 0.034 0.294 0.039 0.038 0.050 0.027 0.023 0.048 115 A 0.139 0.145 0.147 0.057 0.242 0.045 0.033 0.063 0.042 0.038 0.049 116 E 0.055 0.174 0.086 0.060 0.090 0.062 0.112 0.143 0.115 0.072 0.032 117 H 0.083 0.113 0.104 0.041 0.116 0.019 0.020 0.038 0.041 0.292 0.133 118 I 0.086 0.389 0.102 0.008 0.331 0.006 0.009 0.019 0.016 0.019 0.018 119 P 0.178 0.206 0.071 0.019 0.257 0.029 0.038 0.047 0.033 0.040 0.083 120 F 0.217 0.121 0.106 0.083 0.188 0.050 0.053 0.045 0.028 0.046 0.064 121 V 0.039 0.121 0.113 0.236 0.063 0.127 0.104 0.078 0.050 0.049 0.022 122 G 0.059 0.051 0.123 0.373 0.044 0.068 0.028 0.034 0.032 0.141 0.046 123 G 0.093 0.102 0.066 0.075 0.168 0.043 0.043 0.092 0.110 0.148 0.061 124 G 0.153 0.171 0.061 0.035 0.210 0.052 0.055 0.048 0.050 0.102 0.061 125 T 0.230 0.136 0.024 0.008 0.490 0.011 0.017 0.014 0.013 0.021 0.035 126 I 0.259 0.109 0.011 0.004 0.538 0.007 0.012 0.010 0.009 0.007 0.035 127 C 0.310 0.095 0.013 0.004 0.491 0.007 0.008 0.006 0.006 0.009 0.051 128 V 0.177 0.188 0.025 0.007 0.515 0.009 0.011 0.007 0.005 0.012 0.044 129 L 0.298 0.135 0.026 0.008 0.389 0.004 0.007 0.006 0.006 0.025 0.096 130 L 0.101 0.361 0.142 0.014 0.308 0.009 0.008 0.007 0.007 0.013 0.031 131 P 0.119 0.372 0.129 0.011 0.302 0.009 0.011 0.011 0.010 0.008 0.018 132 M 0.088 0.225 0.085 0.025 0.155 0.034 0.074 0.103 0.120 0.054 0.036 133 T 0.096 0.108 0.159 0.057 0.102 0.046 0.098 0.140 0.077 0.073 0.046 134 I 0.034 0.078 0.063 0.086 0.055 0.066 0.144 0.205 0.150 0.091 0.029 135 Q 0.028 0.077 0.091 0.324 0.033 0.076 0.053 0.060 0.051 0.174 0.033 136 G 0.064 0.125 0.137 0.129 0.098 0.024 0.016 0.051 0.049 0.222 0.084 137 Q 0.111 0.296 0.087 0.015 0.274 0.013 0.022 0.082 0.046 0.029 0.026 138 P 0.260 0.121 0.017 0.007 0.354 0.014 0.025 0.091 0.047 0.020 0.044 139 V 0.171 0.146 0.030 0.011 0.391 0.026 0.046 0.087 0.035 0.023 0.034 140 T 0.312 0.085 0.014 0.005 0.421 0.010 0.020 0.057 0.021 0.021 0.035 141 M 0.193 0.164 0.030 0.008 0.437 0.011 0.013 0.052 0.027 0.022 0.043 142 G 0.211 0.142 0.061 0.018 0.317 0.022 0.031 0.075 0.032 0.035 0.056 143 L 0.138 0.130 0.035 0.019 0.214 0.024 0.067 0.152 0.087 0.073 0.060 144 G 0.085 0.107 0.054 0.058 0.109 0.041 0.066 0.084 0.084 0.248 0.063 145 G 0.025 0.285 0.289 0.067 0.078 0.027 0.031 0.103 0.049 0.033 0.014 146 A 0.119 0.258 0.086 0.013 0.200 0.006 0.016 0.123 0.071 0.057 0.050 147 L 0.020 0.026 0.006 0.003 0.032 0.007 0.014 0.347 0.507 0.028 0.011 148 D 0.010 0.026 0.014 0.005 0.022 0.018 0.083 0.566 0.212 0.036 0.008 149 R 0.031 0.042 0.020 0.004 0.047 0.005 0.042 0.424 0.154 0.210 0.019 150 I 0.064 0.195 0.066 0.012 0.116 0.011 0.028 0.201 0.112 0.151 0.044 151 K 0.056 0.256 0.176 0.007 0.166 0.008 0.011 0.206 0.071 0.025 0.017 152 Q 0.002 0.016 0.005 0.001 0.005 0.006 0.066 0.675 0.212 0.011 0.002 153 N 0.017 0.044 0.021 0.005 0.020 0.006 0.051 0.482 0.097 0.236 0.020 154 Y 0.014 0.020 0.004 0.002 0.024 0.002 0.004 0.641 0.187 0.084 0.018 155 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.866 0.106 0.010 0.001 156 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.037 0.011 0.001 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.035 0.008 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.037 0.001 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.016 0.001 0.001 164 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.946 0.023 0.012 0.002 165 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.098 0.005 0.001 166 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.923 0.071 0.001 0.001 167 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.921 0.049 0.012 0.001 168 L 0.012 0.005 0.002 0.001 0.011 0.002 0.017 0.804 0.110 0.029 0.007 169 K 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.005 0.015 0.794 0.152 0.014 0.003 170 K 0.006 0.006 0.003 0.002 0.008 0.004 0.050 0.651 0.166 0.095 0.008 171 S 0.040 0.064 0.050 0.011 0.067 0.023 0.106 0.403 0.129 0.085 0.021 172 D 0.034 0.169 0.058 0.028 0.062 0.042 0.103 0.212 0.113 0.145 0.034 173 S 0.037 0.029 0.028 0.025 0.035 0.017 0.031 0.142 0.124 0.432 0.100 174 F 0.046 0.238 0.095 0.016 0.163 0.013 0.044 0.152 0.108 0.096 0.029 175 H 0.083 0.132 0.071 0.028 0.142 0.030 0.056 0.095 0.089 0.196 0.079 176 Q 0.046 0.331 0.259 0.039 0.138 0.017 0.021 0.043 0.038 0.050 0.021 177 P 0.090 0.313 0.166 0.015 0.228 0.009 0.016 0.060 0.037 0.034 0.033 178 I 0.076 0.160 0.056 0.011 0.131 0.019 0.050 0.231 0.185 0.051 0.030