# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.659 0.200 0.079 0.041 0.016 0.004 0.001 2 N 0.632 0.210 0.093 0.045 0.015 0.005 0.001 3 A 0.416 0.252 0.182 0.101 0.033 0.014 0.002 4 L 0.238 0.184 0.228 0.199 0.109 0.039 0.004 5 F 0.241 0.303 0.229 0.139 0.063 0.021 0.003 6 S 0.092 0.102 0.120 0.195 0.251 0.203 0.037 7 S 0.069 0.154 0.209 0.246 0.200 0.112 0.010 8 R 0.191 0.319 0.258 0.147 0.061 0.022 0.002 9 D 0.045 0.134 0.272 0.302 0.187 0.053 0.008 10 I 0.012 0.024 0.036 0.098 0.302 0.442 0.086 11 L 0.016 0.093 0.244 0.395 0.184 0.065 0.003 12 E 0.261 0.482 0.154 0.072 0.024 0.007 0.001 13 V 0.011 0.050 0.153 0.345 0.297 0.133 0.012 14 L 0.009 0.022 0.047 0.127 0.380 0.371 0.045 15 Q 0.066 0.270 0.318 0.222 0.096 0.027 0.002 16 D 0.092 0.253 0.300 0.234 0.093 0.025 0.003 17 I 0.018 0.027 0.050 0.142 0.315 0.387 0.061 18 H 0.060 0.133 0.221 0.279 0.211 0.085 0.011 19 M 0.167 0.265 0.265 0.186 0.077 0.035 0.005 20 E 0.158 0.223 0.225 0.203 0.127 0.054 0.009 21 T 0.082 0.080 0.104 0.195 0.248 0.226 0.065 22 G 0.122 0.184 0.228 0.186 0.152 0.099 0.029 23 E 0.063 0.112 0.165 0.213 0.202 0.176 0.069 24 T 0.024 0.035 0.062 0.119 0.203 0.304 0.252 25 V 0.006 0.007 0.012 0.033 0.100 0.355 0.487 26 A 0.010 0.021 0.039 0.082 0.163 0.327 0.359 27 I 0.005 0.009 0.014 0.032 0.096 0.339 0.503 28 A 0.005 0.011 0.020 0.052 0.114 0.362 0.437 29 T 0.013 0.035 0.072 0.154 0.252 0.316 0.157 30 K 0.033 0.095 0.173 0.253 0.238 0.167 0.041 31 N 0.146 0.245 0.217 0.185 0.126 0.069 0.011 32 D 0.184 0.268 0.227 0.166 0.094 0.051 0.011 33 I 0.086 0.130 0.183 0.250 0.225 0.108 0.019 34 Y 0.041 0.127 0.187 0.248 0.207 0.160 0.031 35 L 0.020 0.028 0.050 0.130 0.252 0.385 0.136 36 Q 0.016 0.049 0.108 0.204 0.260 0.279 0.084 37 Y 0.008 0.022 0.043 0.086 0.196 0.391 0.254 38 I 0.007 0.017 0.032 0.078 0.164 0.396 0.305 39 Q 0.034 0.107 0.155 0.226 0.257 0.172 0.050 40 I 0.033 0.100 0.159 0.244 0.238 0.182 0.044 41 I 0.034 0.059 0.112 0.215 0.308 0.237 0.035 42 E 0.152 0.238 0.221 0.191 0.124 0.065 0.009 43 S 0.244 0.226 0.175 0.163 0.117 0.064 0.011 44 V 0.272 0.233 0.213 0.163 0.076 0.036 0.007 45 H 0.255 0.242 0.209 0.166 0.080 0.040 0.007 46 A 0.217 0.229 0.191 0.169 0.117 0.062 0.015 47 L 0.078 0.084 0.105 0.199 0.280 0.211 0.043 48 R 0.090 0.195 0.223 0.233 0.147 0.096 0.016 49 F 0.053 0.070 0.106 0.209 0.277 0.240 0.045 50 H 0.112 0.214 0.227 0.218 0.147 0.072 0.011 51 V 0.090 0.108 0.171 0.271 0.225 0.119 0.017 52 D 0.330 0.324 0.189 0.094 0.043 0.018 0.003 53 E 0.251 0.207 0.191 0.200 0.100 0.043 0.007 54 N 0.451 0.278 0.120 0.073 0.050 0.024 0.005 55 A 0.166 0.198 0.186 0.211 0.135 0.082 0.022 56 I 0.093 0.107 0.162 0.204 0.222 0.163 0.049 57 R 0.092 0.115 0.140 0.181 0.202 0.195 0.074 58 P 0.073 0.073 0.079 0.116 0.172 0.266 0.220 59 L 0.042 0.031 0.043 0.094 0.130 0.275 0.385 60 T 0.034 0.037 0.043 0.068 0.126 0.290 0.402 61 M 0.046 0.047 0.047 0.081 0.148 0.272 0.359 62 S 0.043 0.046 0.038 0.070 0.108 0.269 0.426 63 S 0.028 0.031 0.041 0.081 0.116 0.272 0.432 64 N 0.027 0.037 0.052 0.099 0.151 0.237 0.397 65 G 0.018 0.028 0.036 0.056 0.140 0.309 0.412 66 W 0.014 0.030 0.050 0.083 0.164 0.275 0.383 67 M 0.010 0.011 0.020 0.052 0.094 0.275 0.539 68 L 0.006 0.008 0.013 0.037 0.100 0.325 0.511 69 M 0.008 0.013 0.020 0.051 0.130 0.360 0.419 70 S 0.014 0.047 0.087 0.145 0.261 0.339 0.108 71 T 0.036 0.158 0.261 0.271 0.174 0.090 0.011 72 M 0.029 0.066 0.161 0.319 0.302 0.116 0.007 73 N 0.262 0.313 0.210 0.123 0.074 0.018 0.001 74 D 0.472 0.337 0.120 0.053 0.016 0.003 0.001 75 K 0.584 0.335 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 76 A 0.152 0.365 0.285 0.158 0.035 0.005 0.001 77 I 0.029 0.061 0.157 0.315 0.357 0.080 0.002 78 D 0.110 0.343 0.323 0.172 0.045 0.007 0.001 79 N 0.197 0.412 0.246 0.116 0.026 0.004 0.001 80 T 0.013 0.047 0.128 0.304 0.355 0.146 0.007 81 V 0.028 0.058 0.128 0.240 0.353 0.179 0.014 82 R 0.155 0.387 0.283 0.125 0.040 0.010 0.001 83 R 0.146 0.300 0.271 0.203 0.064 0.014 0.001 84 A 0.066 0.102 0.199 0.287 0.258 0.083 0.004 85 N 0.224 0.338 0.225 0.134 0.060 0.017 0.001 86 T 0.143 0.166 0.227 0.242 0.169 0.051 0.003 87 I 0.342 0.325 0.188 0.097 0.039 0.008 0.001 88 T 0.360 0.299 0.192 0.105 0.033 0.010 0.001 89 Q 0.256 0.187 0.215 0.200 0.107 0.032 0.003 90 K 0.480 0.275 0.138 0.072 0.026 0.008 0.001 91 D 0.507 0.287 0.116 0.061 0.022 0.007 0.001 92 G 0.210 0.259 0.225 0.184 0.086 0.033 0.004 93 I 0.086 0.124 0.150 0.225 0.260 0.142 0.013 94 R 0.079 0.187 0.267 0.241 0.150 0.069 0.006 95 F 0.088 0.181 0.255 0.252 0.167 0.053 0.005 96 E 0.108 0.216 0.229 0.213 0.162 0.065 0.006 97 V 0.034 0.084 0.169 0.315 0.262 0.128 0.008 98 D 0.318 0.402 0.176 0.069 0.028 0.008 0.001 99 D 0.087 0.273 0.338 0.231 0.059 0.011 0.001 100 M 0.009 0.018 0.037 0.103 0.403 0.389 0.040 101 M 0.011 0.088 0.257 0.433 0.168 0.042 0.001 102 A 0.248 0.510 0.151 0.062 0.023 0.005 0.001 103 R 0.018 0.087 0.248 0.408 0.194 0.044 0.002 104 I 0.010 0.024 0.052 0.132 0.408 0.351 0.024 105 R 0.117 0.370 0.317 0.141 0.047 0.008 0.001 106 Q 0.132 0.395 0.291 0.146 0.030 0.005 0.001 107 V 0.019 0.031 0.075 0.214 0.413 0.233 0.015 108 R 0.047 0.124 0.234 0.337 0.198 0.056 0.003 109 E 0.305 0.407 0.177 0.073 0.028 0.009 0.001 110 Q 0.120 0.219 0.302 0.260 0.075 0.022 0.002 111 G 0.147 0.198 0.172 0.206 0.183 0.086 0.008 112 Y 0.050 0.107 0.181 0.268 0.241 0.135 0.019 113 A 0.079 0.086 0.116 0.207 0.244 0.216 0.053 114 S 0.083 0.139 0.200 0.258 0.199 0.100 0.021 115 A 0.174 0.238 0.196 0.183 0.128 0.065 0.016 116 E 0.181 0.243 0.219 0.190 0.105 0.050 0.011 117 H 0.250 0.247 0.185 0.170 0.088 0.048 0.011 118 I 0.107 0.129 0.162 0.213 0.198 0.150 0.040 119 P 0.094 0.084 0.098 0.182 0.224 0.227 0.092 120 F 0.102 0.139 0.162 0.194 0.182 0.160 0.061 121 V 0.086 0.134 0.173 0.196 0.185 0.158 0.067 122 G 0.059 0.094 0.110 0.163 0.194 0.214 0.168 123 G 0.011 0.015 0.028 0.066 0.166 0.342 0.372 124 G 0.006 0.011 0.022 0.049 0.129 0.317 0.465 125 T 0.002 0.002 0.005 0.012 0.043 0.214 0.723 126 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.139 0.837 127 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.142 0.825 128 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.183 0.787 129 L 0.002 0.005 0.010 0.038 0.078 0.268 0.600 130 L 0.003 0.008 0.015 0.055 0.140 0.417 0.362 131 P 0.015 0.057 0.120 0.219 0.278 0.244 0.066 132 M 0.048 0.105 0.162 0.236 0.235 0.180 0.033 133 T 0.124 0.196 0.229 0.219 0.135 0.082 0.016 134 I 0.226 0.207 0.192 0.185 0.118 0.060 0.012 135 Q 0.259 0.230 0.172 0.145 0.116 0.063 0.015 136 G 0.098 0.158 0.169 0.203 0.195 0.137 0.040 137 Q 0.024 0.041 0.072 0.146 0.269 0.323 0.125 138 P 0.011 0.021 0.042 0.091 0.201 0.369 0.265 139 V 0.002 0.003 0.006 0.012 0.058 0.299 0.621 140 T 0.001 0.002 0.004 0.012 0.032 0.157 0.791 141 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.120 0.865 142 G 0.001 0.002 0.003 0.010 0.031 0.153 0.799 143 L 0.001 0.003 0.004 0.014 0.043 0.230 0.704 144 G 0.005 0.013 0.020 0.065 0.119 0.336 0.442 145 G 0.010 0.026 0.046 0.094 0.223 0.348 0.253 146 A 0.029 0.070 0.085 0.141 0.205 0.304 0.168 147 L 0.053 0.118 0.180 0.218 0.230 0.156 0.045 148 D 0.144 0.261 0.225 0.180 0.121 0.061 0.009 149 R 0.073 0.139 0.223 0.268 0.195 0.092 0.010 150 I 0.060 0.077 0.142 0.264 0.305 0.143 0.009 151 K 0.306 0.363 0.215 0.081 0.029 0.005 0.001 152 Q 0.501 0.354 0.098 0.038 0.009 0.001 0.001 153 N 0.418 0.319 0.155 0.079 0.025 0.005 0.001 154 Y 0.086 0.127 0.275 0.345 0.139 0.027 0.001 155 D 0.684 0.284 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 156 R 0.233 0.474 0.195 0.083 0.014 0.001 0.001 157 Y 0.015 0.042 0.084 0.188 0.425 0.230 0.015 158 L 0.007 0.055 0.200 0.428 0.233 0.076 0.002 159 E 0.181 0.490 0.220 0.077 0.026 0.006 0.001 160 L 0.007 0.039 0.189 0.419 0.274 0.069 0.005 161 L 0.002 0.008 0.015 0.038 0.271 0.583 0.082 162 L 0.008 0.078 0.310 0.427 0.147 0.029 0.001 163 N 0.184 0.532 0.182 0.073 0.025 0.005 0.001 164 G 0.011 0.054 0.134 0.324 0.340 0.132 0.005 165 V 0.013 0.048 0.135 0.311 0.366 0.124 0.003 166 Q 0.216 0.490 0.212 0.063 0.016 0.003 0.001 167 Q 0.103 0.266 0.365 0.215 0.044 0.006 0.001 168 L 0.037 0.037 0.074 0.200 0.436 0.205 0.011 169 K 0.178 0.342 0.266 0.154 0.050 0.009 0.001 170 K 0.361 0.395 0.152 0.067 0.020 0.005 0.001 171 S 0.158 0.212 0.266 0.249 0.091 0.023 0.001 172 D 0.213 0.174 0.211 0.226 0.136 0.037 0.002 173 S 0.492 0.306 0.130 0.048 0.018 0.006 0.001 174 F 0.330 0.201 0.193 0.170 0.082 0.023 0.002 175 H 0.502 0.268 0.129 0.063 0.029 0.009 0.001 176 Q 0.568 0.225 0.111 0.065 0.023 0.008 0.001 177 P 0.751 0.165 0.051 0.021 0.008 0.003 0.001 178 I 0.686 0.181 0.076 0.039 0.013 0.005 0.001