# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1761 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.199 0.084 0.004 0.013 0.015 0.030 0.065 0.017 0.002 0.040 0.531 2 N 0.242 0.028 0.003 0.021 0.026 0.028 0.070 0.013 0.002 0.073 0.494 3 A 0.034 0.014 0.002 0.027 0.028 0.033 0.142 0.004 0.001 0.046 0.671 4 L 0.030 0.031 0.002 0.021 0.019 0.024 0.140 0.004 0.001 0.037 0.691 5 F 0.090 0.062 0.004 0.021 0.038 0.030 0.137 0.009 0.001 0.049 0.560 6 S 0.157 0.157 0.003 0.014 0.022 0.031 0.074 0.013 0.001 0.040 0.486 7 S 0.188 0.198 0.002 0.013 0.013 0.017 0.050 0.010 0.001 0.030 0.479 8 R 0.063 0.148 0.002 0.026 0.018 0.021 0.100 0.007 0.001 0.069 0.546 9 D 0.023 0.283 0.003 0.013 0.008 0.013 0.078 0.006 0.002 0.074 0.498 10 I 0.012 0.887 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.003 0.001 0.008 0.075 11 L 0.033 0.898 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.021 0.035 12 E 0.014 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.039 0.044 13 V 0.009 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.017 14 L 0.020 0.897 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.040 0.027 15 Q 0.015 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 0.025 16 D 0.025 0.822 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.051 0.079 17 I 0.051 0.051 0.018 0.006 0.003 0.004 0.023 0.009 0.010 0.704 0.123 18 H 0.119 0.044 0.109 0.011 0.004 0.006 0.096 0.008 0.062 0.233 0.308 19 M 0.263 0.013 0.011 0.008 0.003 0.004 0.047 0.006 0.008 0.038 0.599 20 E 0.074 0.003 0.002 0.007 0.003 0.003 0.099 0.003 0.001 0.043 0.762 21 T 0.011 0.004 0.001 0.009 0.003 0.006 0.231 0.001 0.001 0.035 0.699 22 G 0.008 0.006 0.001 0.027 0.010 0.018 0.212 0.001 0.001 0.066 0.652 23 E 0.007 0.018 0.001 0.134 0.061 0.081 0.141 0.001 0.001 0.062 0.494 24 T 0.004 0.008 0.001 0.182 0.089 0.215 0.074 0.001 0.001 0.085 0.341 25 V 0.003 0.002 0.001 0.308 0.163 0.264 0.031 0.001 0.001 0.137 0.090 26 A 0.002 0.002 0.001 0.417 0.155 0.250 0.024 0.001 0.001 0.066 0.083 27 I 0.002 0.004 0.001 0.413 0.227 0.193 0.019 0.001 0.001 0.033 0.108 28 A 0.004 0.002 0.001 0.151 0.220 0.380 0.041 0.001 0.001 0.038 0.161 29 T 0.057 0.012 0.004 0.053 0.118 0.203 0.111 0.003 0.002 0.069 0.369 30 K 0.221 0.009 0.004 0.037 0.062 0.085 0.089 0.005 0.002 0.050 0.435 31 N 0.081 0.011 0.002 0.019 0.029 0.037 0.155 0.002 0.001 0.034 0.629 32 D 0.016 0.008 0.001 0.021 0.026 0.072 0.116 0.001 0.001 0.046 0.693 33 I 0.003 0.009 0.001 0.044 0.100 0.103 0.178 0.001 0.001 0.064 0.496 34 Y 0.001 0.011 0.001 0.115 0.205 0.449 0.055 0.001 0.001 0.043 0.118 35 L 0.001 0.005 0.001 0.109 0.281 0.437 0.033 0.001 0.001 0.052 0.080 36 Q 0.001 0.012 0.001 0.228 0.366 0.334 0.009 0.001 0.001 0.024 0.026 37 Y 0.004 0.020 0.001 0.176 0.257 0.459 0.010 0.001 0.001 0.031 0.042 38 I 0.009 0.040 0.001 0.175 0.298 0.299 0.023 0.001 0.001 0.057 0.096 39 Q 0.008 0.016 0.002 0.116 0.239 0.376 0.032 0.002 0.001 0.073 0.136 40 I 0.030 0.026 0.006 0.075 0.167 0.238 0.075 0.004 0.002 0.108 0.269 41 I 0.089 0.023 0.009 0.062 0.139 0.171 0.065 0.008 0.004 0.059 0.371 42 E 0.072 0.015 0.005 0.029 0.053 0.062 0.119 0.004 0.002 0.043 0.595 43 S 0.074 0.021 0.003 0.018 0.026 0.051 0.103 0.005 0.001 0.037 0.663 44 V 0.068 0.016 0.002 0.013 0.027 0.028 0.150 0.003 0.001 0.047 0.647 45 H 0.051 0.018 0.003 0.037 0.051 0.096 0.157 0.003 0.001 0.060 0.525 46 A 0.014 0.006 0.001 0.035 0.049 0.092 0.107 0.001 0.001 0.047 0.646 47 L 0.011 0.005 0.001 0.122 0.162 0.258 0.097 0.002 0.001 0.058 0.284 48 R 0.007 0.003 0.001 0.161 0.140 0.212 0.079 0.001 0.001 0.048 0.349 49 F 0.007 0.004 0.001 0.226 0.193 0.172 0.058 0.001 0.001 0.037 0.301 50 H 0.019 0.006 0.001 0.167 0.103 0.145 0.144 0.002 0.001 0.057 0.355 51 V 0.043 0.013 0.004 0.095 0.074 0.079 0.096 0.004 0.001 0.056 0.535 52 D 0.246 0.024 0.002 0.048 0.033 0.046 0.121 0.010 0.001 0.043 0.425 53 E 0.130 0.035 0.001 0.032 0.024 0.041 0.092 0.006 0.001 0.029 0.610 54 N 0.045 0.013 0.001 0.035 0.036 0.063 0.117 0.003 0.001 0.054 0.632 55 A 0.024 0.014 0.002 0.066 0.072 0.162 0.090 0.004 0.001 0.058 0.510 56 I 0.009 0.007 0.001 0.033 0.081 0.057 0.102 0.002 0.001 0.084 0.624 57 R 0.021 0.023 0.003 0.061 0.162 0.119 0.142 0.003 0.001 0.099 0.367 58 P 0.040 0.027 0.001 0.051 0.063 0.090 0.117 0.004 0.001 0.126 0.479 59 L 0.068 0.076 0.003 0.075 0.111 0.128 0.069 0.005 0.001 0.107 0.356 60 T 0.023 0.164 0.004 0.072 0.068 0.086 0.097 0.003 0.001 0.080 0.403 61 M 0.017 0.261 0.013 0.068 0.058 0.086 0.094 0.005 0.003 0.132 0.263 62 S 0.067 0.521 0.004 0.016 0.030 0.034 0.066 0.010 0.002 0.106 0.144 63 S 0.040 0.770 0.002 0.007 0.012 0.009 0.019 0.003 0.001 0.058 0.080 64 N 0.006 0.699 0.002 0.011 0.016 0.014 0.019 0.002 0.001 0.096 0.134 65 G 0.003 0.863 0.002 0.008 0.013 0.029 0.006 0.002 0.001 0.044 0.030 66 W 0.010 0.139 0.002 0.014 0.045 0.054 0.013 0.004 0.001 0.669 0.050 67 M 0.004 0.038 0.005 0.017 0.056 0.038 0.012 0.002 0.002 0.798 0.029 68 L 0.047 0.165 0.026 0.074 0.096 0.086 0.050 0.004 0.011 0.317 0.123 69 M 0.115 0.072 0.018 0.055 0.090 0.110 0.036 0.011 0.009 0.140 0.344 70 S 0.081 0.029 0.004 0.031 0.051 0.081 0.106 0.006 0.004 0.064 0.545 71 T 0.020 0.027 0.002 0.023 0.013 0.020 0.302 0.002 0.001 0.057 0.533 72 M 0.027 0.134 0.002 0.009 0.004 0.003 0.313 0.005 0.001 0.054 0.448 73 N 0.086 0.733 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.011 0.001 0.034 0.115 74 D 0.048 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 0.037 75 K 0.013 0.361 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.544 0.068 76 A 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.946 0.011 77 I 0.010 0.912 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.047 0.015 78 D 0.027 0.827 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.074 0.055 79 N 0.016 0.833 0.006 0.001 0.002 0.002 0.009 0.004 0.004 0.069 0.055 80 T 0.072 0.699 0.014 0.002 0.001 0.002 0.028 0.005 0.008 0.092 0.077 81 V 0.188 0.137 0.042 0.005 0.003 0.003 0.067 0.014 0.018 0.319 0.203 82 R 0.161 0.062 0.015 0.008 0.003 0.004 0.114 0.011 0.013 0.144 0.466 83 R 0.071 0.049 0.005 0.009 0.004 0.004 0.058 0.005 0.003 0.048 0.743 84 A 0.068 0.018 0.003 0.016 0.006 0.008 0.111 0.006 0.002 0.106 0.655 85 N 0.062 0.028 0.004 0.019 0.006 0.011 0.135 0.006 0.002 0.088 0.638 86 T 0.130 0.021 0.002 0.021 0.009 0.012 0.106 0.006 0.001 0.053 0.639 87 I 0.067 0.010 0.002 0.047 0.014 0.016 0.112 0.003 0.001 0.061 0.667 88 T 0.021 0.006 0.002 0.032 0.010 0.019 0.157 0.002 0.001 0.037 0.713 89 Q 0.063 0.010 0.002 0.024 0.011 0.015 0.115 0.004 0.001 0.039 0.715 90 K 0.251 0.010 0.001 0.033 0.014 0.020 0.124 0.005 0.001 0.072 0.469 91 D 0.021 0.011 0.001 0.025 0.009 0.014 0.158 0.001 0.001 0.026 0.734 92 G 0.027 0.017 0.001 0.053 0.024 0.042 0.107 0.004 0.001 0.056 0.669 93 I 0.077 0.019 0.001 0.075 0.043 0.064 0.090 0.006 0.001 0.057 0.568 94 R 0.014 0.015 0.001 0.097 0.035 0.037 0.132 0.002 0.001 0.048 0.620 95 F 0.009 0.064 0.001 0.044 0.028 0.022 0.169 0.003 0.001 0.054 0.605 96 E 0.056 0.826 0.001 0.005 0.004 0.003 0.010 0.008 0.001 0.015 0.072 97 V 0.100 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.009 0.029 98 D 0.014 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.016 0.038 99 D 0.019 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.040 0.032 100 M 0.008 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.012 101 M 0.010 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.026 102 A 0.007 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.028 0.025 103 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 104 I 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 105 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 106 Q 0.009 0.842 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.104 0.019 107 V 0.038 0.223 0.286 0.003 0.001 0.002 0.018 0.013 0.086 0.276 0.054 108 R 0.509 0.213 0.041 0.003 0.001 0.001 0.022 0.011 0.051 0.036 0.112 109 E 0.117 0.070 0.004 0.008 0.002 0.002 0.033 0.007 0.004 0.027 0.728 110 Q 0.008 0.027 0.002 0.017 0.004 0.005 0.145 0.003 0.002 0.082 0.707 111 G 0.050 0.039 0.006 0.053 0.010 0.035 0.164 0.010 0.003 0.173 0.459 112 Y 0.036 0.036 0.008 0.085 0.028 0.017 0.139 0.005 0.002 0.062 0.581 113 A 0.030 0.021 0.008 0.121 0.039 0.063 0.134 0.007 0.003 0.055 0.519 114 S 0.167 0.023 0.004 0.088 0.027 0.054 0.079 0.011 0.002 0.044 0.502 115 A 0.228 0.008 0.002 0.106 0.035 0.055 0.070 0.008 0.001 0.048 0.439 116 E 0.014 0.004 0.001 0.045 0.019 0.030 0.112 0.001 0.001 0.012 0.764 117 H 0.013 0.006 0.001 0.062 0.028 0.062 0.103 0.002 0.001 0.026 0.696 118 I 0.023 0.003 0.002 0.042 0.071 0.075 0.169 0.003 0.001 0.052 0.560 119 P 0.073 0.009 0.002 0.034 0.038 0.041 0.119 0.005 0.001 0.041 0.637 120 F 0.182 0.006 0.001 0.041 0.026 0.032 0.071 0.005 0.001 0.039 0.597 121 V 0.018 0.005 0.001 0.053 0.027 0.032 0.162 0.001 0.001 0.039 0.662 122 G 0.010 0.013 0.001 0.089 0.042 0.137 0.104 0.001 0.001 0.058 0.545 123 G 0.012 0.025 0.002 0.105 0.140 0.125 0.161 0.002 0.001 0.064 0.362 124 G 0.015 0.010 0.002 0.168 0.177 0.355 0.057 0.002 0.001 0.076 0.138 125 T 0.011 0.007 0.001 0.145 0.154 0.215 0.090 0.001 0.001 0.068 0.306 126 I 0.013 0.010 0.001 0.243 0.234 0.263 0.046 0.002 0.001 0.026 0.162 127 C 0.013 0.002 0.001 0.121 0.165 0.339 0.051 0.001 0.001 0.048 0.260 128 V 0.007 0.003 0.001 0.151 0.222 0.254 0.055 0.001 0.001 0.027 0.279 129 L 0.008 0.002 0.001 0.103 0.153 0.250 0.072 0.001 0.001 0.035 0.376 130 L 0.012 0.003 0.001 0.146 0.177 0.170 0.097 0.001 0.001 0.042 0.351 131 P 0.009 0.003 0.001 0.136 0.081 0.111 0.131 0.001 0.001 0.042 0.486 132 M 0.043 0.007 0.005 0.065 0.085 0.117 0.136 0.004 0.001 0.052 0.486 133 T 0.499 0.004 0.001 0.023 0.019 0.037 0.038 0.006 0.001 0.026 0.346 134 I 0.233 0.002 0.001 0.028 0.013 0.020 0.084 0.002 0.001 0.026 0.591 135 Q 0.004 0.001 0.001 0.014 0.008 0.016 0.144 0.001 0.001 0.008 0.805 136 G 0.012 0.004 0.001 0.022 0.022 0.039 0.153 0.001 0.001 0.034 0.711 137 Q 0.045 0.007 0.001 0.053 0.115 0.117 0.136 0.003 0.001 0.086 0.436 138 P 0.009 0.004 0.001 0.058 0.070 0.077 0.140 0.001 0.001 0.070 0.570 139 V 0.017 0.008 0.001 0.260 0.123 0.171 0.093 0.001 0.001 0.074 0.251 140 T 0.007 0.004 0.001 0.239 0.090 0.193 0.102 0.001 0.001 0.073 0.289 141 M 0.009 0.011 0.002 0.398 0.142 0.164 0.055 0.001 0.001 0.036 0.181 142 G 0.011 0.007 0.001 0.296 0.131 0.239 0.054 0.003 0.001 0.047 0.211 143 L 0.016 0.029 0.003 0.292 0.114 0.091 0.111 0.003 0.001 0.038 0.302 144 G 0.032 0.055 0.003 0.221 0.051 0.071 0.123 0.007 0.002 0.057 0.378 145 G 0.117 0.134 0.010 0.085 0.048 0.038 0.123 0.017 0.003 0.081 0.345 146 A 0.257 0.200 0.005 0.033 0.016 0.020 0.057 0.030 0.003 0.044 0.334 147 L 0.344 0.164 0.004 0.027 0.014 0.016 0.041 0.021 0.002 0.044 0.324 148 D 0.047 0.093 0.003 0.031 0.019 0.026 0.077 0.008 0.002 0.041 0.653 149 R 0.044 0.103 0.006 0.023 0.028 0.041 0.088 0.014 0.003 0.086 0.565 150 I 0.106 0.134 0.008 0.017 0.048 0.029 0.079 0.026 0.004 0.067 0.484 151 K 0.250 0.174 0.006 0.015 0.024 0.019 0.067 0.016 0.004 0.063 0.363 152 Q 0.062 0.122 0.003 0.008 0.010 0.011 0.079 0.007 0.002 0.036 0.662 153 N 0.051 0.478 0.004 0.004 0.004 0.005 0.041 0.009 0.003 0.023 0.378 154 Y 0.099 0.676 0.003 0.003 0.004 0.004 0.019 0.012 0.002 0.022 0.157 155 D 0.060 0.597 0.002 0.004 0.004 0.004 0.052 0.006 0.001 0.068 0.201 156 R 0.015 0.748 0.002 0.003 0.002 0.002 0.023 0.004 0.001 0.063 0.138 157 Y 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.023 158 L 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 159 E 0.020 0.352 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.532 0.078 160 L 0.006 0.781 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.171 0.025 161 L 0.008 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 162 L 0.015 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.049 0.031 163 N 0.006 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.041 0.026 164 G 0.006 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.009 165 V 0.028 0.909 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.019 0.020 166 Q 0.031 0.863 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.027 0.059 167 Q 0.046 0.421 0.007 0.002 0.001 0.001 0.026 0.006 0.006 0.303 0.183 168 L 0.064 0.217 0.040 0.009 0.002 0.002 0.047 0.010 0.021 0.412 0.175 169 K 0.241 0.096 0.047 0.014 0.002 0.003 0.060 0.014 0.033 0.165 0.325 170 K 0.198 0.032 0.008 0.008 0.002 0.003 0.068 0.010 0.006 0.040 0.624 171 S 0.088 0.015 0.002 0.009 0.002 0.004 0.097 0.006 0.002 0.030 0.745 172 D 0.099 0.011 0.002 0.019 0.005 0.009 0.144 0.005 0.001 0.042 0.663 173 S 0.055 0.005 0.001 0.019 0.008 0.015 0.106 0.003 0.001 0.034 0.754 174 F 0.023 0.003 0.001 0.018 0.009 0.013 0.105 0.002 0.001 0.020 0.805 175 H 0.036 0.003 0.001 0.028 0.016 0.023 0.110 0.002 0.001 0.035 0.747 176 Q 0.041 0.003 0.001 0.022 0.016 0.021 0.115 0.001 0.001 0.030 0.750 177 P 0.030 0.005 0.001 0.021 0.015 0.021 0.117 0.001 0.001 0.027 0.763 178 I 0.025 0.009 0.001 0.028 0.021 0.035 0.123 0.001 0.001 0.033 0.724