# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1761 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.200 0.085 0.020 0.028 0.036 0.098 0.068 0.466 2 N 0.207 0.031 0.018 0.011 0.022 0.104 0.122 0.484 3 A 0.045 0.031 0.024 0.018 0.033 0.143 0.103 0.602 4 L 0.032 0.045 0.010 0.011 0.014 0.138 0.035 0.714 5 F 0.070 0.086 0.013 0.016 0.012 0.129 0.059 0.616 6 S 0.137 0.362 0.012 0.009 0.009 0.061 0.098 0.312 7 S 0.172 0.283 0.011 0.005 0.005 0.058 0.077 0.389 8 R 0.108 0.222 0.017 0.012 0.009 0.067 0.092 0.472 9 D 0.027 0.427 0.014 0.003 0.010 0.044 0.043 0.432 10 I 0.018 0.817 0.004 0.002 0.003 0.016 0.038 0.103 11 L 0.017 0.870 0.002 0.002 0.001 0.006 0.080 0.022 12 E 0.017 0.843 0.004 0.001 0.001 0.006 0.080 0.049 13 V 0.013 0.906 0.003 0.001 0.001 0.003 0.044 0.029 14 L 0.008 0.883 0.007 0.001 0.001 0.006 0.076 0.018 15 Q 0.015 0.875 0.004 0.002 0.001 0.008 0.054 0.041 16 D 0.052 0.824 0.005 0.001 0.001 0.008 0.046 0.063 17 I 0.075 0.065 0.048 0.005 0.003 0.056 0.608 0.139 18 H 0.051 0.078 0.080 0.007 0.006 0.120 0.358 0.300 19 M 0.089 0.015 0.017 0.001 0.001 0.083 0.028 0.766 20 E 0.138 0.024 0.017 0.003 0.002 0.119 0.090 0.606 21 T 0.010 0.021 0.033 0.003 0.005 0.174 0.036 0.719 22 G 0.008 0.015 0.054 0.005 0.013 0.144 0.042 0.720 23 E 0.006 0.079 0.197 0.125 0.085 0.120 0.103 0.284 24 T 0.020 0.039 0.250 0.049 0.193 0.083 0.059 0.307 25 V 0.007 0.021 0.172 0.158 0.258 0.058 0.184 0.142 26 A 0.004 0.015 0.197 0.194 0.367 0.031 0.072 0.120 27 I 0.004 0.006 0.168 0.309 0.352 0.023 0.055 0.085 28 A 0.003 0.001 0.112 0.376 0.314 0.033 0.066 0.094 29 T 0.072 0.002 0.043 0.181 0.271 0.081 0.082 0.269 30 K 0.252 0.003 0.019 0.058 0.092 0.097 0.060 0.420 31 N 0.026 0.002 0.005 0.011 0.021 0.134 0.012 0.788 32 D 0.013 0.007 0.005 0.029 0.045 0.155 0.033 0.713 33 I 0.005 0.009 0.029 0.105 0.216 0.126 0.059 0.451 34 Y 0.002 0.012 0.096 0.304 0.397 0.033 0.060 0.097 35 L 0.001 0.004 0.073 0.323 0.346 0.037 0.031 0.186 36 Q 0.001 0.008 0.198 0.428 0.303 0.007 0.039 0.015 37 Y 0.012 0.018 0.090 0.331 0.406 0.018 0.054 0.072 38 I 0.018 0.024 0.128 0.332 0.262 0.037 0.069 0.130 39 Q 0.023 0.025 0.119 0.187 0.320 0.052 0.078 0.196 40 I 0.034 0.024 0.109 0.159 0.271 0.074 0.081 0.249 41 I 0.027 0.016 0.074 0.110 0.160 0.108 0.081 0.424 42 E 0.050 0.014 0.058 0.066 0.109 0.104 0.058 0.541 43 S 0.136 0.026 0.026 0.035 0.052 0.099 0.088 0.539 44 V 0.057 0.011 0.020 0.020 0.029 0.122 0.053 0.688 45 H 0.059 0.026 0.037 0.049 0.113 0.102 0.090 0.523 46 A 0.024 0.008 0.054 0.053 0.136 0.117 0.069 0.540 47 L 0.012 0.007 0.077 0.142 0.221 0.100 0.057 0.385 48 R 0.008 0.005 0.095 0.134 0.312 0.074 0.051 0.320 49 F 0.009 0.003 0.110 0.179 0.311 0.071 0.036 0.282 50 H 0.008 0.002 0.055 0.158 0.161 0.108 0.058 0.451 51 V 0.064 0.003 0.053 0.096 0.115 0.090 0.054 0.525 52 D 0.374 0.017 0.035 0.034 0.053 0.070 0.114 0.303 53 E 0.038 0.005 0.014 0.019 0.024 0.106 0.018 0.776 54 N 0.038 0.006 0.022 0.032 0.083 0.115 0.054 0.650 55 A 0.012 0.009 0.057 0.102 0.143 0.117 0.050 0.510 56 I 0.018 0.006 0.036 0.043 0.066 0.113 0.053 0.665 57 R 0.031 0.050 0.057 0.147 0.111 0.125 0.122 0.356 58 P 0.071 0.047 0.037 0.033 0.078 0.115 0.078 0.540 59 L 0.043 0.120 0.060 0.066 0.083 0.105 0.196 0.327 60 T 0.028 0.089 0.081 0.022 0.039 0.069 0.491 0.180 61 M 0.016 0.188 0.050 0.039 0.025 0.047 0.464 0.171 62 S 0.031 0.731 0.009 0.010 0.011 0.018 0.081 0.109 63 S 0.013 0.903 0.004 0.004 0.004 0.006 0.023 0.043 64 N 0.005 0.904 0.004 0.003 0.004 0.006 0.043 0.030 65 G 0.012 0.869 0.008 0.003 0.009 0.005 0.081 0.012 66 W 0.040 0.195 0.026 0.016 0.026 0.025 0.618 0.054 67 M 0.010 0.030 0.058 0.028 0.031 0.050 0.706 0.088 68 L 0.026 0.099 0.257 0.039 0.037 0.102 0.273 0.167 69 M 0.055 0.056 0.307 0.014 0.015 0.090 0.222 0.240 70 S 0.036 0.037 0.124 0.018 0.013 0.144 0.067 0.561 71 T 0.010 0.019 0.028 0.005 0.010 0.166 0.032 0.729 72 M 0.008 0.158 0.059 0.003 0.005 0.116 0.040 0.609 73 N 0.021 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.017 74 D 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.010 75 K 0.006 0.521 0.004 0.001 0.001 0.015 0.394 0.059 76 A 0.001 0.167 0.011 0.001 0.001 0.016 0.776 0.028 77 I 0.002 0.914 0.004 0.001 0.001 0.004 0.070 0.006 78 D 0.006 0.893 0.004 0.001 0.001 0.006 0.071 0.019 79 N 0.007 0.826 0.004 0.001 0.001 0.014 0.059 0.087 80 T 0.031 0.737 0.024 0.001 0.003 0.025 0.102 0.078 81 V 0.134 0.128 0.066 0.003 0.003 0.055 0.482 0.129 82 R 0.057 0.076 0.013 0.004 0.004 0.098 0.303 0.447 83 R 0.032 0.079 0.017 0.002 0.004 0.138 0.060 0.668 84 A 0.060 0.032 0.046 0.004 0.006 0.180 0.155 0.518 85 N 0.026 0.068 0.032 0.007 0.006 0.171 0.079 0.610 86 T 0.059 0.055 0.038 0.005 0.009 0.125 0.053 0.657 87 I 0.070 0.031 0.059 0.023 0.024 0.141 0.134 0.519 88 T 0.017 0.010 0.052 0.011 0.020 0.157 0.051 0.683 89 Q 0.061 0.018 0.042 0.013 0.024 0.137 0.042 0.662 90 K 0.297 0.040 0.024 0.012 0.019 0.099 0.094 0.414 91 D 0.027 0.021 0.032 0.013 0.013 0.157 0.029 0.708 92 G 0.031 0.039 0.057 0.012 0.036 0.129 0.096 0.600 93 I 0.038 0.069 0.078 0.050 0.053 0.116 0.071 0.526 94 R 0.030 0.062 0.054 0.028 0.037 0.123 0.054 0.612 95 F 0.009 0.152 0.077 0.017 0.031 0.090 0.076 0.548 96 E 0.025 0.893 0.003 0.001 0.002 0.006 0.047 0.024 97 V 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.009 98 D 0.006 0.876 0.002 0.001 0.001 0.006 0.079 0.030 99 D 0.005 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.014 100 M 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 101 M 0.004 0.841 0.002 0.001 0.001 0.003 0.145 0.005 102 A 0.002 0.873 0.001 0.001 0.001 0.003 0.102 0.018 103 R 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.012 104 I 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 105 R 0.004 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.035 106 Q 0.014 0.788 0.010 0.001 0.001 0.009 0.130 0.048 107 V 0.056 0.242 0.081 0.009 0.003 0.025 0.521 0.062 108 R 0.402 0.082 0.040 0.005 0.007 0.041 0.151 0.272 109 E 0.086 0.044 0.029 0.003 0.006 0.081 0.036 0.716 110 Q 0.012 0.024 0.096 0.008 0.020 0.149 0.052 0.639 111 G 0.028 0.055 0.133 0.044 0.065 0.140 0.084 0.452 112 Y 0.034 0.015 0.060 0.061 0.073 0.122 0.039 0.596 113 A 0.017 0.011 0.182 0.109 0.152 0.092 0.079 0.357 114 S 0.088 0.015 0.135 0.074 0.123 0.085 0.083 0.396 115 A 0.160 0.012 0.063 0.035 0.063 0.102 0.095 0.470 116 E 0.013 0.011 0.045 0.051 0.070 0.119 0.034 0.657 117 H 0.033 0.016 0.029 0.053 0.107 0.117 0.048 0.597 118 I 0.033 0.014 0.049 0.164 0.113 0.125 0.092 0.409 119 P 0.074 0.011 0.032 0.043 0.068 0.111 0.039 0.621 120 F 0.187 0.033 0.028 0.034 0.060 0.102 0.081 0.476 121 V 0.033 0.019 0.038 0.022 0.051 0.134 0.060 0.644 122 G 0.018 0.053 0.048 0.081 0.130 0.141 0.093 0.438 123 G 0.019 0.049 0.043 0.097 0.166 0.113 0.061 0.452 124 G 0.014 0.071 0.111 0.231 0.300 0.052 0.067 0.155 125 T 0.027 0.051 0.135 0.132 0.349 0.045 0.123 0.138 126 I 0.012 0.028 0.132 0.276 0.317 0.038 0.085 0.113 127 C 0.013 0.008 0.140 0.157 0.467 0.037 0.049 0.129 128 V 0.011 0.011 0.157 0.248 0.345 0.046 0.046 0.136 129 L 0.021 0.007 0.047 0.102 0.211 0.092 0.051 0.470 130 L 0.027 0.013 0.095 0.193 0.201 0.085 0.075 0.312 131 P 0.020 0.004 0.030 0.083 0.140 0.100 0.033 0.590 132 M 0.012 0.002 0.052 0.065 0.066 0.106 0.048 0.650 133 T 0.341 0.004 0.019 0.057 0.045 0.063 0.050 0.421 134 I 0.430 0.003 0.013 0.005 0.015 0.055 0.035 0.443 135 Q 0.005 0.001 0.018 0.009 0.017 0.115 0.014 0.820 136 G 0.003 0.001 0.009 0.013 0.039 0.136 0.025 0.773 137 Q 0.003 0.007 0.147 0.366 0.164 0.083 0.090 0.139 138 P 0.017 0.005 0.050 0.041 0.086 0.075 0.024 0.703 139 V 0.005 0.024 0.310 0.251 0.223 0.031 0.089 0.067 140 T 0.007 0.009 0.323 0.072 0.219 0.055 0.047 0.268 141 M 0.004 0.011 0.313 0.264 0.213 0.030 0.087 0.080 142 G 0.024 0.028 0.243 0.109 0.263 0.056 0.090 0.186 143 L 0.025 0.054 0.239 0.232 0.155 0.058 0.078 0.158 144 G 0.031 0.038 0.099 0.054 0.120 0.108 0.087 0.462 145 G 0.045 0.070 0.139 0.071 0.098 0.112 0.126 0.340 146 A 0.201 0.186 0.026 0.024 0.033 0.086 0.118 0.326 147 L 0.185 0.210 0.016 0.020 0.024 0.078 0.082 0.385 148 D 0.086 0.144 0.015 0.017 0.029 0.077 0.051 0.580 149 R 0.045 0.064 0.050 0.018 0.048 0.134 0.176 0.465 150 I 0.069 0.159 0.025 0.026 0.025 0.107 0.079 0.510 151 K 0.484 0.117 0.004 0.005 0.006 0.041 0.084 0.259 152 Q 0.067 0.124 0.004 0.004 0.003 0.073 0.034 0.692 153 N 0.073 0.301 0.008 0.001 0.003 0.052 0.103 0.457 154 Y 0.052 0.648 0.002 0.002 0.001 0.027 0.065 0.202 155 D 0.061 0.757 0.002 0.002 0.001 0.014 0.051 0.111 156 R 0.009 0.857 0.002 0.001 0.002 0.009 0.022 0.098 157 Y 0.003 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.010 158 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 159 E 0.004 0.240 0.005 0.001 0.001 0.003 0.740 0.008 160 L 0.002 0.885 0.003 0.001 0.001 0.004 0.085 0.021 161 L 0.006 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 162 L 0.005 0.874 0.003 0.001 0.001 0.005 0.091 0.022 163 N 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.025 164 G 0.009 0.929 0.004 0.001 0.001 0.003 0.032 0.023 165 V 0.082 0.723 0.004 0.001 0.001 0.011 0.137 0.042 166 Q 0.038 0.636 0.004 0.001 0.001 0.024 0.081 0.215 167 Q 0.017 0.055 0.046 0.001 0.002 0.128 0.312 0.440 168 L 0.031 0.275 0.069 0.004 0.003 0.086 0.349 0.184 169 K 0.051 0.051 0.103 0.002 0.002 0.134 0.202 0.455 170 K 0.142 0.061 0.022 0.003 0.001 0.098 0.068 0.604 171 S 0.060 0.026 0.039 0.002 0.003 0.123 0.048 0.700 172 D 0.059 0.011 0.078 0.003 0.004 0.099 0.027 0.721 173 S 0.043 0.007 0.018 0.004 0.008 0.116 0.036 0.768 174 F 0.007 0.003 0.045 0.008 0.012 0.139 0.016 0.770 175 H 0.068 0.007 0.022 0.011 0.019 0.114 0.040 0.719 176 Q 0.136 0.009 0.018 0.011 0.012 0.106 0.049 0.659 177 P 0.040 0.006 0.022 0.007 0.013 0.104 0.025 0.783 178 I 0.041 0.011 0.027 0.017 0.034 0.116 0.042 0.712