# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1761 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.069 0.030 0.024 0.022 0.036 0.087 0.013 0.719 2 N 0.076 0.040 0.037 0.023 0.036 0.108 0.012 0.668 3 A 0.073 0.043 0.025 0.018 0.025 0.359 0.014 0.443 4 L 0.228 0.059 0.027 0.015 0.026 0.203 0.033 0.409 5 F 0.288 0.082 0.072 0.024 0.029 0.117 0.022 0.367 6 S 0.037 0.042 0.038 0.014 0.017 0.128 0.006 0.717 7 S 0.046 0.053 0.039 0.014 0.031 0.099 0.007 0.710 8 R 0.079 0.084 0.023 0.013 0.021 0.268 0.009 0.503 9 D 0.088 0.103 0.011 0.008 0.010 0.431 0.008 0.341 10 I 0.163 0.383 0.026 0.005 0.012 0.087 0.015 0.309 11 L 0.061 0.582 0.032 0.007 0.011 0.053 0.006 0.247 12 E 0.005 0.082 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.885 13 V 0.023 0.574 0.007 0.002 0.005 0.049 0.003 0.338 14 L 0.021 0.887 0.005 0.001 0.002 0.018 0.002 0.065 15 Q 0.013 0.929 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.045 16 D 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 17 I 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 18 H 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 19 M 0.016 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 20 E 0.043 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 21 T 0.047 0.864 0.004 0.001 0.001 0.003 0.048 0.031 22 G 0.135 0.512 0.042 0.006 0.006 0.007 0.146 0.146 23 E 0.159 0.172 0.282 0.100 0.027 0.068 0.036 0.157 24 T 0.044 0.132 0.098 0.108 0.044 0.068 0.017 0.489 25 V 0.026 0.082 0.056 0.389 0.327 0.017 0.004 0.099 26 A 0.013 0.112 0.144 0.306 0.330 0.026 0.003 0.065 27 I 0.010 0.037 0.032 0.431 0.431 0.007 0.002 0.050 28 A 0.007 0.032 0.037 0.355 0.539 0.005 0.002 0.025 29 T 0.004 0.015 0.020 0.353 0.499 0.006 0.002 0.100 30 K 0.004 0.011 0.026 0.321 0.527 0.021 0.003 0.087 31 N 0.020 0.012 0.034 0.190 0.276 0.093 0.011 0.364 32 D 0.055 0.006 0.020 0.047 0.070 0.153 0.027 0.623 33 I 0.147 0.007 0.022 0.034 0.038 0.423 0.038 0.292 34 Y 0.137 0.010 0.036 0.082 0.101 0.325 0.021 0.288 35 L 0.024 0.009 0.055 0.214 0.337 0.049 0.004 0.309 36 Q 0.005 0.003 0.068 0.376 0.472 0.026 0.001 0.049 37 Y 0.003 0.003 0.069 0.336 0.483 0.012 0.001 0.093 38 I 0.001 0.004 0.059 0.340 0.569 0.005 0.001 0.021 39 Q 0.002 0.005 0.051 0.352 0.527 0.012 0.001 0.051 40 I 0.006 0.011 0.061 0.208 0.489 0.021 0.002 0.201 41 I 0.013 0.017 0.061 0.218 0.572 0.016 0.003 0.099 42 E 0.022 0.024 0.039 0.149 0.340 0.047 0.007 0.372 43 S 0.039 0.022 0.025 0.067 0.175 0.040 0.011 0.620 44 V 0.083 0.027 0.031 0.040 0.100 0.057 0.019 0.642 45 H 0.111 0.024 0.033 0.071 0.078 0.127 0.017 0.539 46 A 0.068 0.020 0.032 0.026 0.039 0.069 0.011 0.736 47 L 0.098 0.052 0.111 0.157 0.207 0.072 0.012 0.291 48 R 0.070 0.039 0.120 0.113 0.159 0.083 0.008 0.407 49 F 0.038 0.030 0.133 0.158 0.228 0.038 0.005 0.369 50 H 0.034 0.020 0.135 0.145 0.276 0.054 0.005 0.330 51 V 0.024 0.014 0.103 0.145 0.192 0.057 0.004 0.461 52 D 0.016 0.012 0.084 0.114 0.193 0.090 0.005 0.485 53 E 0.032 0.011 0.047 0.056 0.089 0.132 0.007 0.626 54 N 0.077 0.018 0.043 0.052 0.071 0.211 0.022 0.507 55 A 0.256 0.020 0.036 0.052 0.052 0.170 0.025 0.388 56 I 0.085 0.037 0.072 0.044 0.092 0.094 0.013 0.563 57 R 0.051 0.018 0.087 0.151 0.231 0.129 0.005 0.328 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 L 0.021 0.012 0.051 0.122 0.280 0.159 0.003 0.352 60 T 0.191 0.034 0.067 0.064 0.108 0.099 0.006 0.430 61 M 0.163 0.125 0.085 0.070 0.125 0.078 0.009 0.345 62 S 0.088 0.156 0.072 0.071 0.126 0.107 0.011 0.370 63 S 0.073 0.173 0.043 0.035 0.072 0.102 0.013 0.489 64 N 0.034 0.269 0.021 0.016 0.043 0.195 0.024 0.399 65 G 0.129 0.276 0.019 0.033 0.045 0.124 0.031 0.342 66 W 0.050 0.467 0.045 0.042 0.042 0.088 0.009 0.258 67 M 0.015 0.535 0.039 0.099 0.095 0.035 0.004 0.178 68 L 0.008 0.845 0.021 0.028 0.061 0.006 0.001 0.028 69 M 0.009 0.933 0.010 0.009 0.024 0.001 0.001 0.012 70 S 0.035 0.886 0.013 0.007 0.020 0.004 0.009 0.026 71 T 0.417 0.391 0.007 0.008 0.015 0.007 0.088 0.067 72 M 0.326 0.319 0.042 0.019 0.029 0.037 0.096 0.130 73 N 0.030 0.051 0.008 0.003 0.003 0.414 0.026 0.463 74 D 0.025 0.020 0.005 0.001 0.001 0.050 0.006 0.892 75 K 0.012 0.030 0.010 0.001 0.001 0.228 0.002 0.718 76 A 0.008 0.033 0.001 0.001 0.001 0.823 0.001 0.133 77 I 0.067 0.780 0.003 0.001 0.001 0.030 0.002 0.116 78 D 0.021 0.962 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 79 N 0.008 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 80 T 0.029 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.030 81 V 0.026 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 82 R 0.053 0.845 0.028 0.002 0.001 0.009 0.024 0.039 83 R 0.124 0.731 0.014 0.002 0.001 0.011 0.036 0.081 84 A 0.168 0.617 0.021 0.002 0.002 0.015 0.045 0.131 85 N 0.133 0.343 0.041 0.007 0.005 0.053 0.048 0.371 86 T 0.110 0.162 0.103 0.017 0.016 0.071 0.034 0.488 87 I 0.136 0.153 0.085 0.034 0.021 0.107 0.017 0.447 88 T 0.070 0.117 0.035 0.026 0.026 0.131 0.011 0.584 89 Q 0.150 0.192 0.061 0.018 0.034 0.113 0.027 0.405 90 K 0.242 0.132 0.057 0.021 0.028 0.111 0.026 0.383 91 D 0.021 0.023 0.013 0.004 0.006 0.022 0.006 0.904 92 G 0.143 0.049 0.052 0.014 0.028 0.125 0.048 0.540 93 I 0.448 0.026 0.045 0.011 0.011 0.155 0.015 0.289 94 R 0.032 0.034 0.037 0.014 0.022 0.074 0.004 0.784 95 F 0.061 0.047 0.057 0.020 0.045 0.235 0.005 0.530 96 E 0.078 0.059 0.022 0.006 0.011 0.303 0.004 0.517 97 V 0.050 0.152 0.019 0.003 0.008 0.105 0.004 0.659 98 D 0.012 0.141 0.007 0.001 0.001 0.124 0.002 0.713 99 D 0.024 0.257 0.002 0.001 0.001 0.346 0.003 0.368 100 M 0.057 0.799 0.002 0.001 0.001 0.061 0.003 0.077 101 M 0.031 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 102 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 103 R 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 104 I 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 R 0.005 0.968 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.018 106 Q 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 107 V 0.010 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 108 R 0.003 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 109 E 0.009 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 110 Q 0.046 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.071 0.016 111 G 0.547 0.196 0.027 0.002 0.002 0.002 0.186 0.037 112 Y 0.046 0.140 0.621 0.046 0.013 0.020 0.012 0.103 113 A 0.024 0.069 0.222 0.106 0.091 0.037 0.008 0.443 114 S 0.091 0.060 0.104 0.107 0.139 0.065 0.009 0.424 115 A 0.050 0.043 0.102 0.079 0.081 0.119 0.008 0.518 116 E 0.032 0.017 0.068 0.040 0.052 0.168 0.011 0.612 117 H 0.133 0.017 0.035 0.028 0.048 0.231 0.027 0.481 118 I 0.202 0.016 0.043 0.032 0.039 0.130 0.016 0.522 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.990 120 F 0.038 0.009 0.044 0.049 0.138 0.121 0.004 0.597 121 V 0.088 0.011 0.026 0.026 0.052 0.042 0.004 0.752 122 G 0.093 0.032 0.037 0.042 0.103 0.086 0.012 0.595 123 G 0.173 0.046 0.092 0.067 0.095 0.081 0.011 0.435 124 G 0.044 0.069 0.102 0.156 0.187 0.087 0.010 0.346 125 T 0.048 0.062 0.092 0.182 0.240 0.092 0.006 0.278 126 I 0.020 0.092 0.101 0.261 0.362 0.032 0.004 0.129 127 C 0.011 0.073 0.089 0.339 0.404 0.014 0.003 0.068 128 V 0.015 0.059 0.065 0.316 0.396 0.019 0.004 0.126 129 L 0.020 0.045 0.039 0.175 0.525 0.011 0.007 0.177 130 L 0.019 0.022 0.067 0.321 0.468 0.022 0.006 0.076 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.992 132 M 0.013 0.003 0.049 0.129 0.313 0.033 0.002 0.458 133 T 0.073 0.005 0.045 0.227 0.209 0.072 0.006 0.363 134 I 0.053 0.006 0.044 0.091 0.105 0.082 0.005 0.614 135 Q 0.014 0.002 0.028 0.018 0.029 0.192 0.005 0.712 136 G 0.229 0.003 0.028 0.015 0.029 0.204 0.060 0.432 137 Q 0.341 0.004 0.064 0.055 0.031 0.235 0.013 0.257 138 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.992 139 V 0.006 0.001 0.065 0.230 0.563 0.062 0.001 0.071 140 T 0.031 0.003 0.245 0.161 0.321 0.035 0.001 0.204 141 M 0.013 0.005 0.285 0.206 0.314 0.025 0.001 0.150 142 G 0.016 0.006 0.406 0.108 0.203 0.061 0.003 0.196 143 L 0.018 0.007 0.411 0.117 0.194 0.048 0.003 0.203 144 G 0.013 0.010 0.254 0.082 0.176 0.107 0.006 0.351 145 G 0.035 0.010 0.186 0.037 0.069 0.185 0.007 0.472 146 A 0.017 0.007 0.028 0.007 0.020 0.085 0.004 0.831 147 L 0.053 0.032 0.042 0.020 0.048 0.142 0.010 0.654 148 D 0.111 0.058 0.025 0.013 0.022 0.161 0.012 0.598 149 R 0.278 0.156 0.024 0.012 0.021 0.101 0.023 0.385 150 I 0.199 0.317 0.039 0.012 0.030 0.087 0.017 0.299 151 K 0.109 0.311 0.016 0.013 0.022 0.113 0.017 0.399 152 Q 0.101 0.219 0.013 0.005 0.010 0.060 0.014 0.578 153 N 0.136 0.219 0.011 0.003 0.005 0.219 0.032 0.374 154 Y 0.323 0.268 0.013 0.003 0.004 0.040 0.032 0.317 155 D 0.043 0.315 0.014 0.002 0.002 0.083 0.010 0.531 156 R 0.060 0.239 0.007 0.001 0.001 0.185 0.007 0.501 157 Y 0.090 0.539 0.010 0.001 0.002 0.067 0.005 0.286 158 L 0.029 0.801 0.008 0.001 0.002 0.036 0.002 0.121 159 E 0.010 0.860 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.108 160 L 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 161 L 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 162 L 0.015 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 163 N 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 164 G 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.029 165 V 0.021 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 166 Q 0.019 0.899 0.013 0.001 0.001 0.015 0.007 0.047 167 Q 0.018 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 168 L 0.035 0.940 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 169 K 0.023 0.936 0.007 0.001 0.001 0.003 0.006 0.024 170 K 0.063 0.835 0.015 0.002 0.002 0.005 0.020 0.059 171 S 0.196 0.614 0.017 0.002 0.001 0.009 0.059 0.102 172 D 0.176 0.449 0.033 0.007 0.003 0.036 0.072 0.224 173 S 0.180 0.191 0.093 0.008 0.006 0.086 0.067 0.369 174 F 0.314 0.095 0.103 0.015 0.009 0.131 0.039 0.294 175 H 0.147 0.084 0.087 0.025 0.024 0.107 0.020 0.506 176 Q 0.054 0.036 0.051 0.020 0.026 0.127 0.007 0.678 177 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 178 I 0.043 0.014 0.039 0.034 0.064 0.091 0.004 0.710