# TARGET T0412 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1761 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.692 0.172 0.086 0.031 0.013 0.005 0.001 2 N 0.568 0.190 0.128 0.072 0.029 0.011 0.002 3 A 0.596 0.227 0.106 0.045 0.018 0.007 0.001 4 L 0.416 0.231 0.172 0.104 0.053 0.021 0.003 5 F 0.335 0.180 0.160 0.184 0.101 0.037 0.003 6 S 0.373 0.310 0.188 0.085 0.032 0.011 0.001 7 S 0.200 0.151 0.171 0.189 0.190 0.093 0.006 8 R 0.219 0.289 0.189 0.198 0.081 0.021 0.002 9 D 0.235 0.412 0.180 0.116 0.040 0.015 0.001 10 I 0.058 0.081 0.148 0.317 0.267 0.124 0.006 11 L 0.127 0.249 0.335 0.211 0.062 0.015 0.002 12 E 0.386 0.449 0.116 0.040 0.008 0.002 0.001 13 V 0.031 0.094 0.277 0.327 0.234 0.035 0.001 14 L 0.009 0.016 0.049 0.184 0.401 0.325 0.016 15 Q 0.142 0.341 0.372 0.109 0.029 0.006 0.001 16 D 0.143 0.416 0.271 0.125 0.038 0.007 0.001 17 I 0.026 0.048 0.090 0.251 0.386 0.191 0.009 18 H 0.104 0.201 0.281 0.270 0.111 0.030 0.003 19 M 0.418 0.370 0.137 0.055 0.017 0.004 0.001 20 E 0.209 0.316 0.238 0.146 0.069 0.021 0.003 21 T 0.039 0.080 0.135 0.244 0.292 0.184 0.026 22 G 0.120 0.290 0.232 0.204 0.095 0.049 0.010 23 E 0.032 0.070 0.116 0.205 0.296 0.220 0.061 24 T 0.014 0.030 0.055 0.107 0.205 0.348 0.241 25 V 0.006 0.010 0.020 0.047 0.122 0.399 0.395 26 A 0.017 0.034 0.055 0.119 0.194 0.279 0.301 27 I 0.010 0.016 0.023 0.049 0.119 0.369 0.413 28 A 0.013 0.020 0.036 0.087 0.187 0.390 0.267 29 T 0.032 0.061 0.103 0.193 0.261 0.260 0.089 30 K 0.092 0.141 0.206 0.239 0.184 0.112 0.026 31 N 0.252 0.243 0.206 0.151 0.090 0.047 0.011 32 D 0.351 0.289 0.171 0.102 0.048 0.031 0.008 33 I 0.133 0.174 0.199 0.209 0.178 0.091 0.016 34 Y 0.083 0.181 0.229 0.252 0.142 0.093 0.020 35 L 0.020 0.035 0.079 0.156 0.301 0.331 0.078 36 Q 0.022 0.038 0.064 0.110 0.198 0.384 0.184 37 Y 0.015 0.021 0.041 0.089 0.170 0.378 0.285 38 I 0.017 0.019 0.033 0.068 0.164 0.363 0.336 39 Q 0.049 0.109 0.148 0.222 0.185 0.180 0.108 40 I 0.059 0.093 0.145 0.198 0.217 0.209 0.078 41 I 0.078 0.099 0.133 0.209 0.226 0.204 0.051 42 E 0.180 0.212 0.205 0.171 0.124 0.087 0.021 43 S 0.174 0.159 0.157 0.186 0.177 0.118 0.029 44 V 0.280 0.229 0.203 0.149 0.077 0.049 0.013 45 H 0.228 0.220 0.190 0.164 0.107 0.071 0.019 46 A 0.153 0.170 0.209 0.180 0.150 0.105 0.032 47 L 0.046 0.048 0.060 0.128 0.235 0.359 0.123 48 R 0.090 0.144 0.211 0.236 0.175 0.107 0.038 49 F 0.073 0.085 0.101 0.158 0.211 0.274 0.099 50 H 0.102 0.143 0.163 0.208 0.186 0.148 0.049 51 V 0.084 0.081 0.111 0.194 0.242 0.215 0.072 52 D 0.237 0.261 0.208 0.150 0.086 0.045 0.013 53 E 0.217 0.202 0.172 0.182 0.121 0.084 0.023 54 N 0.236 0.217 0.183 0.153 0.114 0.076 0.021 55 A 0.183 0.202 0.204 0.180 0.113 0.085 0.034 56 I 0.093 0.129 0.159 0.211 0.209 0.147 0.052 57 R 0.061 0.089 0.118 0.180 0.217 0.225 0.109 58 P 0.046 0.053 0.072 0.121 0.192 0.274 0.242 59 L 0.022 0.023 0.031 0.056 0.112 0.294 0.462 60 T 0.022 0.026 0.029 0.059 0.114 0.282 0.467 61 M 0.018 0.022 0.024 0.054 0.098 0.224 0.559 62 S 0.009 0.011 0.012 0.024 0.056 0.216 0.673 63 S 0.010 0.017 0.021 0.049 0.091 0.222 0.590 64 N 0.009 0.022 0.028 0.067 0.127 0.232 0.515 65 G 0.005 0.011 0.019 0.047 0.128 0.285 0.506 66 W 0.003 0.008 0.019 0.051 0.127 0.290 0.502 67 M 0.002 0.003 0.008 0.018 0.067 0.335 0.566 68 L 0.002 0.004 0.008 0.027 0.088 0.353 0.518 69 M 0.003 0.003 0.007 0.017 0.063 0.365 0.542 70 S 0.005 0.012 0.030 0.071 0.153 0.476 0.254 71 T 0.015 0.056 0.141 0.259 0.260 0.229 0.040 72 M 0.015 0.044 0.156 0.334 0.270 0.167 0.014 73 N 0.247 0.401 0.212 0.088 0.038 0.013 0.001 74 D 0.433 0.349 0.138 0.064 0.014 0.002 0.001 75 K 0.595 0.289 0.084 0.026 0.005 0.001 0.001 76 A 0.190 0.362 0.302 0.109 0.032 0.005 0.001 77 I 0.015 0.043 0.119 0.329 0.389 0.102 0.003 78 D 0.105 0.314 0.359 0.176 0.040 0.006 0.001 79 N 0.128 0.387 0.285 0.135 0.054 0.010 0.001 80 T 0.017 0.048 0.123 0.226 0.355 0.220 0.012 81 V 0.010 0.023 0.069 0.232 0.387 0.253 0.026 82 R 0.119 0.334 0.312 0.163 0.057 0.014 0.001 83 R 0.128 0.314 0.256 0.181 0.088 0.030 0.003 84 A 0.053 0.102 0.165 0.282 0.266 0.122 0.011 85 N 0.233 0.390 0.200 0.122 0.038 0.015 0.002 86 T 0.107 0.158 0.187 0.251 0.223 0.070 0.004 87 I 0.161 0.253 0.233 0.220 0.097 0.034 0.002 88 T 0.188 0.256 0.239 0.181 0.096 0.036 0.003 89 Q 0.213 0.196 0.212 0.208 0.126 0.041 0.004 90 K 0.367 0.291 0.176 0.116 0.036 0.013 0.002 91 D 0.501 0.277 0.130 0.060 0.023 0.008 0.001 92 G 0.225 0.247 0.225 0.178 0.089 0.033 0.004 93 I 0.095 0.128 0.178 0.228 0.229 0.130 0.012 94 R 0.108 0.207 0.250 0.233 0.135 0.061 0.006 95 F 0.098 0.152 0.218 0.255 0.187 0.082 0.007 96 E 0.150 0.267 0.223 0.183 0.117 0.052 0.008 97 V 0.087 0.138 0.221 0.283 0.196 0.068 0.006 98 D 0.330 0.397 0.172 0.077 0.018 0.005 0.001 99 D 0.103 0.299 0.295 0.203 0.080 0.018 0.001 100 M 0.011 0.017 0.036 0.130 0.461 0.329 0.016 101 M 0.036 0.181 0.360 0.323 0.084 0.016 0.001 102 A 0.266 0.472 0.197 0.049 0.012 0.003 0.001 103 R 0.021 0.125 0.290 0.331 0.201 0.030 0.001 104 I 0.003 0.006 0.029 0.156 0.499 0.293 0.015 105 R 0.111 0.464 0.329 0.076 0.016 0.003 0.001 106 Q 0.046 0.324 0.329 0.229 0.063 0.009 0.001 107 V 0.007 0.016 0.045 0.175 0.520 0.229 0.009 108 R 0.027 0.140 0.250 0.368 0.162 0.048 0.005 109 E 0.292 0.404 0.208 0.066 0.022 0.006 0.001 110 Q 0.091 0.230 0.251 0.264 0.123 0.037 0.004 111 G 0.054 0.141 0.176 0.237 0.236 0.141 0.014 112 Y 0.046 0.117 0.157 0.237 0.243 0.175 0.027 113 A 0.055 0.064 0.096 0.160 0.231 0.326 0.068 114 S 0.060 0.122 0.192 0.283 0.215 0.104 0.023 115 A 0.151 0.187 0.170 0.189 0.145 0.119 0.038 116 E 0.216 0.196 0.210 0.165 0.116 0.072 0.024 117 H 0.207 0.264 0.215 0.173 0.077 0.048 0.015 118 I 0.063 0.079 0.124 0.208 0.272 0.210 0.044 119 P 0.098 0.105 0.118 0.164 0.205 0.225 0.084 120 F 0.122 0.156 0.161 0.199 0.162 0.135 0.065 121 V 0.142 0.159 0.145 0.177 0.166 0.132 0.080 122 G 0.088 0.120 0.124 0.163 0.166 0.187 0.153 123 G 0.039 0.040 0.043 0.077 0.149 0.311 0.341 124 G 0.037 0.048 0.055 0.105 0.157 0.265 0.333 125 T 0.021 0.023 0.026 0.049 0.098 0.273 0.510 126 I 0.015 0.017 0.021 0.043 0.093 0.274 0.537 127 C 0.013 0.016 0.020 0.043 0.089 0.230 0.590 128 V 0.009 0.011 0.015 0.033 0.079 0.280 0.573 129 L 0.024 0.041 0.075 0.136 0.198 0.236 0.289 130 L 0.025 0.046 0.064 0.127 0.210 0.343 0.184 131 P 0.042 0.079 0.131 0.183 0.262 0.225 0.078 132 M 0.036 0.045 0.068 0.145 0.259 0.354 0.093 133 T 0.100 0.174 0.245 0.228 0.166 0.072 0.014 134 I 0.133 0.193 0.200 0.240 0.145 0.074 0.015 135 Q 0.352 0.269 0.220 0.091 0.037 0.025 0.007 136 G 0.127 0.204 0.216 0.204 0.151 0.080 0.017 137 Q 0.040 0.127 0.200 0.273 0.219 0.114 0.028 138 P 0.005 0.012 0.025 0.066 0.204 0.473 0.215 139 V 0.003 0.006 0.012 0.034 0.090 0.386 0.470 140 T 0.001 0.002 0.004 0.014 0.045 0.229 0.705 141 M 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.169 0.800 142 G 0.001 0.002 0.004 0.013 0.042 0.186 0.752 143 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.038 0.224 0.722 144 G 0.003 0.007 0.013 0.034 0.089 0.296 0.558 145 G 0.008 0.020 0.035 0.084 0.158 0.319 0.378 146 A 0.013 0.025 0.039 0.087 0.188 0.364 0.283 147 L 0.039 0.067 0.147 0.212 0.254 0.199 0.082 148 D 0.108 0.223 0.231 0.198 0.129 0.091 0.020 149 R 0.064 0.128 0.248 0.258 0.210 0.085 0.007 150 I 0.045 0.053 0.108 0.224 0.375 0.188 0.008 151 K 0.225 0.390 0.243 0.106 0.030 0.006 0.001 152 Q 0.448 0.357 0.121 0.059 0.012 0.002 0.001 153 N 0.567 0.279 0.109 0.033 0.010 0.002 0.001 154 Y 0.137 0.215 0.266 0.290 0.077 0.014 0.001 155 D 0.603 0.257 0.117 0.019 0.003 0.001 0.001 156 R 0.119 0.369 0.346 0.127 0.035 0.005 0.001 157 Y 0.006 0.014 0.037 0.137 0.468 0.323 0.016 158 L 0.007 0.043 0.176 0.379 0.288 0.102 0.005 159 E 0.154 0.409 0.336 0.072 0.022 0.007 0.001 160 L 0.006 0.049 0.216 0.417 0.242 0.065 0.005 161 L 0.002 0.004 0.009 0.037 0.268 0.588 0.093 162 L 0.014 0.115 0.301 0.368 0.158 0.040 0.004 163 N 0.150 0.416 0.326 0.076 0.023 0.008 0.001 164 G 0.007 0.042 0.131 0.310 0.333 0.166 0.011 165 V 0.009 0.024 0.076 0.216 0.420 0.228 0.027 166 Q 0.146 0.455 0.266 0.097 0.028 0.007 0.001 167 Q 0.123 0.350 0.291 0.169 0.056 0.009 0.001 168 L 0.018 0.032 0.065 0.198 0.438 0.239 0.010 169 K 0.146 0.311 0.280 0.196 0.054 0.012 0.001 170 K 0.344 0.368 0.163 0.089 0.030 0.006 0.001 171 S 0.279 0.282 0.208 0.150 0.065 0.015 0.001 172 D 0.252 0.215 0.214 0.195 0.094 0.028 0.002 173 S 0.528 0.305 0.116 0.037 0.010 0.003 0.001 174 F 0.322 0.235 0.207 0.149 0.070 0.015 0.001 175 H 0.420 0.276 0.165 0.104 0.029 0.006 0.001 176 Q 0.736 0.179 0.063 0.017 0.005 0.001 0.001 177 P 0.756 0.201 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 178 I 0.479 0.238 0.150 0.084 0.042 0.007 0.001