This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA A A 4 4 NATAA L A 5 5 NATAA F A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA S A 8 8 NATAA R A 9 9 NATAA D A 10 10 NATAA I A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA Q A 16 16 NATAA D A 17 17 NATAA I A 18 18 NATAA H A 19 19 NATAA M A 20 20 NATAA E A 21 21 NATAA T A 22 22 NATAA G A 23 23 NATAA E A 24 24 NATAA T A 25 25 NATAA V A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA I A 28 28 NATAA A A 29 29 NATAA T A 30 30 NATAA K A 31 31 NATAA N A 32 32 NATAA D A 33 33 NATAA I A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA L A 36 36 NATAA Q A 37 37 NATAA Y A 38 38 NATAA I A 39 39 NATAA Q A 40 40 NATAA I A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA E A 43 43 NATAA S A 44 44 NATAA V A 45 45 NATAA H A 46 46 NATAA A A 47 47 NATAA L A 48 48 NATAA R A 49 49 NATAA F A 50 50 NATAA H A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA D A 53 53 NATAA E A 54 54 NATAA N A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA I A 57 57 NATAA R A 58 58 NATRO P A 59 59 NATAA L A 60 60 NATAA T A 61 61 NATAA M A 62 62 NATAA S A 63 63 NATAA S A 64 64 NATAA N A 65 65 NATAA G A 66 66 NATAA W A 67 67 NATAA M A 68 68 NATAA L A 69 69 NATAA M A 70 70 NATAA S A 71 71 NATAA T A 72 72 NATAA M A 73 73 NATAA N A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA K A 76 76 NATAA A A 77 77 NATAA I A 78 78 NATAA D A 79 79 NATAA N A 80 80 NATAA T A 81 81 NATAA V A 82 82 NATAA R A 83 83 NATAA R A 84 84 NATAA A A 85 85 NATAA N A 86 86 NATAA T A 87 87 NATAA I A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA Q A 90 90 NATAA K A 91 91 NATAA D A 92 92 NATAA G A 93 93 NATAA I A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA F A 96 96 NATAA E A 97 97 NATAA V A 98 98 NATAA D A 99 99 NATAA D A 100 100 NATAA M A 101 101 NATAA M A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA R A 104 104 NATAA I A 105 105 NATAA R A 106 106 NATAA Q A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA R A 109 109 NATAA E A 110 110 NATAA Q A 111 111 NATAA G A 112 112 NATAA Y A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA S A 115 115 NATAA A A 116 116 NATAA E A 117 117 NATAA H A 118 118 NATAA I A 119 119 NATRO P A 120 120 NATAA F A 121 121 NATAA V A 122 122 NATAA G A 123 123 NATAA G A 124 124 NATAA G A 125 125 NATAA T A 126 126 NATAA I A 127 127 NATRO C A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA L A 130 130 NATAA L A 131 131 NATRO P A 132 132 NATAA M A 133 133 NATAA T A 134 134 NATAA I A 135 135 NATAA Q A 136 136 NATAA G A 137 137 NATAA Q A 138 138 NATRO P A 139 139 NATAA V A 140 140 NATAA T A 141 141 NATAA M A 142 142 NATAA G A 143 143 NATAA L A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA G A 146 146 NATAA A A 147 147 NATAA L A 148 148 NATAA D A 149 149 NATAA R A 150 150 NATAA I A 151 151 NATAA K A 152 152 NATAA Q A 153 153 NATAA N A 154 154 NATAA Y A 155 155 NATAA D A 156 156 NATAA R A 157 157 NATAA Y A 158 158 NATAA L A 159 159 NATAA E A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA L A 162 162 NATAA L A 163 163 NATAA N A 164 164 NATAA G A 165 165 NATAA V A 166 166 NATAA Q A 167 167 NATAA Q A 168 168 NATAA L A 169 169 NATAA K A 170 170 NATAA K A 171 171 NATAA S A 172 172 NATAA D A 173 173 NATAA S A 174 174 NATAA F A 175 175 NATAA H A 176 176 NATAA Q A 177 177 NATRO P A 178 178 NATAA I