# TARGET T0412 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 365 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.005 0.089 0.089 0.494 0.316 2 N 0.010 0.006 0.127 0.110 0.506 0.241 3 A 0.012 0.011 0.084 0.127 0.475 0.290 4 L 0.017 0.010 0.023 0.158 0.404 0.389 5 F 0.010 0.010 0.017 0.170 0.236 0.558 6 S 0.004 0.003 0.040 0.835 0.066 0.052 7 S 0.003 0.001 0.046 0.868 0.052 0.030 8 R 0.002 0.001 0.049 0.892 0.034 0.022 9 D 0.001 0.002 0.034 0.927 0.019 0.017 10 I 0.001 0.001 0.008 0.940 0.016 0.034 11 L 0.001 0.001 0.004 0.922 0.014 0.059 12 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.007 13 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 18 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.006 0.001 19 M 0.001 0.001 0.003 0.983 0.011 0.003 20 E 0.001 0.001 0.007 0.971 0.014 0.008 21 T 0.001 0.001 0.005 0.932 0.019 0.042 22 G 0.003 0.001 0.001 0.036 0.078 0.881 23 E 0.084 0.003 0.003 0.022 0.135 0.752 24 T 0.661 0.010 0.004 0.012 0.075 0.238 25 V 0.897 0.005 0.004 0.009 0.030 0.055 26 A 0.938 0.002 0.007 0.007 0.018 0.029 27 I 0.938 0.002 0.009 0.007 0.020 0.023 28 A 0.945 0.001 0.005 0.005 0.024 0.020 29 T 0.945 0.001 0.003 0.003 0.029 0.018 30 K 0.861 0.006 0.005 0.005 0.090 0.033 31 N 0.433 0.018 0.015 0.012 0.466 0.057 32 D 0.078 0.002 0.026 0.010 0.829 0.055 33 I 0.202 0.004 0.016 0.008 0.659 0.111 34 Y 0.864 0.006 0.001 0.002 0.060 0.067 35 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 36 Q 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 39 Q 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 40 I 0.799 0.004 0.001 0.001 0.036 0.159 41 I 0.653 0.020 0.002 0.002 0.106 0.217 42 E 0.443 0.008 0.009 0.004 0.253 0.284 43 S 0.243 0.013 0.011 0.004 0.435 0.294 44 V 0.225 0.015 0.025 0.005 0.485 0.245 45 H 0.319 0.013 0.022 0.005 0.354 0.286 46 A 0.625 0.013 0.014 0.005 0.154 0.189 47 L 0.809 0.006 0.005 0.004 0.058 0.118 48 R 0.869 0.010 0.003 0.004 0.028 0.085 49 F 0.872 0.007 0.002 0.004 0.026 0.089 50 H 0.798 0.008 0.003 0.005 0.048 0.138 51 V 0.569 0.021 0.004 0.006 0.127 0.273 52 D 0.234 0.019 0.005 0.004 0.628 0.111 53 E 0.086 0.008 0.007 0.004 0.811 0.084 54 N 0.054 0.003 0.006 0.002 0.853 0.082 55 A 0.412 0.032 0.005 0.004 0.444 0.102 56 I 0.631 0.055 0.003 0.008 0.085 0.218 57 R 0.580 0.043 0.007 0.015 0.118 0.237 58 P 0.452 0.016 0.026 0.027 0.205 0.272 59 L 0.383 0.023 0.069 0.040 0.244 0.241 60 T 0.403 0.038 0.068 0.044 0.221 0.227 61 M 0.339 0.033 0.058 0.082 0.190 0.298 62 S 0.163 0.021 0.038 0.126 0.347 0.305 63 S 0.025 0.004 0.060 0.629 0.209 0.073 64 N 0.019 0.004 0.046 0.705 0.197 0.029 65 G 0.009 0.002 0.027 0.844 0.101 0.018 66 W 0.008 0.002 0.013 0.941 0.027 0.009 67 M 0.019 0.004 0.019 0.920 0.031 0.007 68 L 0.023 0.002 0.023 0.897 0.042 0.014 69 M 0.028 0.003 0.044 0.825 0.071 0.029 70 S 0.024 0.003 0.060 0.691 0.151 0.072 71 T 0.018 0.005 0.032 0.280 0.305 0.360 72 M 0.008 0.013 0.004 0.036 0.187 0.752 73 N 0.002 0.004 0.002 0.029 0.104 0.859 74 D 0.001 0.001 0.011 0.935 0.029 0.024 75 K 0.001 0.001 0.007 0.958 0.027 0.008 76 A 0.001 0.001 0.008 0.976 0.012 0.003 77 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.005 78 D 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.002 79 N 0.001 0.001 0.004 0.975 0.016 0.005 80 T 0.001 0.001 0.004 0.970 0.017 0.009 81 V 0.001 0.001 0.014 0.955 0.021 0.009 82 R 0.001 0.001 0.025 0.910 0.037 0.027 83 R 0.002 0.001 0.022 0.708 0.111 0.157 84 A 0.010 0.006 0.019 0.362 0.172 0.431 85 N 0.012 0.006 0.021 0.112 0.179 0.671 86 T 0.016 0.010 0.078 0.105 0.272 0.519 87 I 0.023 0.011 0.116 0.093 0.268 0.490 88 T 0.048 0.024 0.100 0.079 0.295 0.453 89 Q 0.042 0.018 0.033 0.051 0.279 0.577 90 K 0.031 0.053 0.017 0.028 0.622 0.248 91 D 0.022 0.010 0.041 0.040 0.751 0.137 92 G 0.018 0.007 0.060 0.029 0.777 0.111 93 I 0.054 0.024 0.066 0.026 0.724 0.106 94 R 0.084 0.037 0.047 0.049 0.422 0.361 95 F 0.045 0.100 0.022 0.054 0.283 0.495 96 E 0.012 0.014 0.008 0.066 0.206 0.694 97 V 0.001 0.001 0.012 0.970 0.011 0.007 98 D 0.001 0.001 0.007 0.976 0.014 0.004 99 D 0.001 0.001 0.006 0.987 0.006 0.001 100 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 101 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 104 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 106 Q 0.001 0.001 0.002 0.981 0.011 0.006 107 V 0.002 0.001 0.005 0.964 0.020 0.009 108 R 0.003 0.001 0.010 0.950 0.023 0.013 109 E 0.005 0.001 0.016 0.894 0.051 0.033 110 Q 0.008 0.001 0.015 0.715 0.094 0.168 111 G 0.013 0.002 0.008 0.025 0.186 0.765 112 Y 0.118 0.010 0.016 0.016 0.252 0.588 113 A 0.446 0.019 0.020 0.013 0.208 0.294 114 S 0.493 0.054 0.014 0.008 0.159 0.272 115 A 0.421 0.011 0.013 0.009 0.192 0.355 116 E 0.040 0.003 0.336 0.161 0.386 0.074 117 H 0.011 0.002 0.347 0.274 0.330 0.036 118 I 0.041 0.022 0.225 0.189 0.462 0.062 119 P 0.063 0.039 0.032 0.133 0.357 0.375 120 F 0.104 0.088 0.021 0.059 0.641 0.088 121 V 0.106 0.011 0.029 0.048 0.753 0.052 122 G 0.087 0.002 0.021 0.012 0.820 0.058 123 G 0.395 0.012 0.009 0.005 0.506 0.072 124 G 0.816 0.019 0.002 0.005 0.051 0.107 125 T 0.930 0.009 0.001 0.002 0.019 0.039 126 I 0.932 0.002 0.001 0.002 0.020 0.044 127 C 0.951 0.002 0.001 0.002 0.013 0.030 128 V 0.945 0.003 0.001 0.001 0.016 0.034 129 L 0.918 0.003 0.001 0.001 0.024 0.053 130 L 0.842 0.005 0.006 0.002 0.059 0.087 131 P 0.843 0.061 0.003 0.001 0.039 0.053 132 M 0.404 0.023 0.008 0.004 0.530 0.031 133 T 0.021 0.001 0.020 0.006 0.942 0.010 134 I 0.012 0.002 0.009 0.002 0.966 0.009 135 Q 0.057 0.009 0.006 0.001 0.906 0.022 136 G 0.480 0.008 0.001 0.001 0.147 0.363 137 Q 0.927 0.014 0.001 0.001 0.011 0.048 138 P 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 139 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 140 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 141 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 142 G 0.965 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 143 L 0.911 0.004 0.003 0.004 0.026 0.052 144 G 0.797 0.014 0.005 0.010 0.071 0.104 145 G 0.462 0.014 0.007 0.010 0.199 0.309 146 A 0.209 0.008 0.054 0.037 0.375 0.318 147 L 0.100 0.009 0.277 0.068 0.383 0.163 148 D 0.100 0.011 0.300 0.091 0.365 0.133 149 R 0.081 0.020 0.199 0.069 0.376 0.255 150 I 0.044 0.021 0.032 0.042 0.302 0.559 151 K 0.013 0.006 0.019 0.070 0.346 0.545 152 Q 0.002 0.001 0.115 0.619 0.214 0.050 153 N 0.003 0.001 0.074 0.667 0.211 0.044 154 Y 0.003 0.001 0.076 0.785 0.106 0.029 155 D 0.007 0.001 0.023 0.817 0.063 0.088 156 R 0.009 0.003 0.019 0.865 0.057 0.046 157 Y 0.007 0.003 0.021 0.816 0.058 0.094 158 L 0.005 0.001 0.008 0.875 0.029 0.082 159 E 0.002 0.001 0.005 0.951 0.014 0.028 160 L 0.001 0.001 0.005 0.968 0.011 0.016 161 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.008 162 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.007 0.011 163 N 0.001 0.001 0.002 0.974 0.010 0.014 164 G 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.010 165 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.007 166 Q 0.001 0.001 0.006 0.966 0.015 0.012 167 Q 0.001 0.001 0.007 0.934 0.031 0.028 168 L 0.001 0.001 0.010 0.935 0.031 0.023 169 K 0.001 0.001 0.016 0.934 0.034 0.014 170 K 0.001 0.001 0.041 0.827 0.092 0.038 171 S 0.001 0.001 0.049 0.786 0.111 0.053 172 D 0.001 0.001 0.047 0.666 0.165 0.119 173 S 0.002 0.003 0.061 0.523 0.265 0.146 174 F 0.005 0.004 0.059 0.113 0.460 0.359 175 H 0.015 0.009 0.107 0.110 0.495 0.264 176 Q 0.045 0.015 0.084 0.072 0.380 0.404 177 P 0.031 0.009 0.031 0.036 0.203 0.690 178 I 0.004 0.004 0.014 0.015 0.088 0.875