# TARGET T0412 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 250.168 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.092 0.060 0.030 0.052 0.050 0.062 0.109 0.123 0.150 0.145 0.126 2 N 0.242 0.176 0.117 0.184 0.114 0.066 0.048 0.023 0.016 0.009 0.005 3 A 0.243 0.144 0.102 0.142 0.102 0.080 0.081 0.044 0.032 0.019 0.011 4 L 0.110 0.077 0.063 0.112 0.098 0.111 0.145 0.098 0.090 0.061 0.036 5 F 0.156 0.115 0.121 0.170 0.133 0.097 0.090 0.046 0.036 0.022 0.013 6 S 0.026 0.070 0.080 0.088 0.068 0.077 0.133 0.115 0.132 0.113 0.098 7 S 0.036 0.038 0.072 0.096 0.127 0.181 0.215 0.104 0.073 0.038 0.021 8 R 0.265 0.122 0.210 0.189 0.096 0.052 0.038 0.014 0.009 0.004 0.002 9 D 0.013 0.055 0.118 0.167 0.177 0.176 0.163 0.067 0.037 0.017 0.010 10 I 0.003 0.005 0.036 0.015 0.014 0.026 0.093 0.126 0.221 0.244 0.218 11 L 0.008 0.015 0.077 0.129 0.191 0.234 0.244 0.063 0.027 0.009 0.003 12 E 0.048 0.058 0.670 0.164 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.007 0.012 0.024 0.073 0.290 0.200 0.177 0.142 0.074 14 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.010 0.094 0.147 0.238 0.248 0.253 15 Q 0.001 0.006 0.380 0.273 0.195 0.095 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 16 D 0.002 0.018 0.236 0.203 0.250 0.193 0.082 0.012 0.003 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.050 0.107 0.265 0.311 0.255 18 H 0.001 0.001 0.004 0.013 0.054 0.149 0.436 0.181 0.104 0.041 0.016 19 M 0.011 0.028 0.807 0.115 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.012 0.056 0.118 0.114 0.171 0.253 0.222 0.037 0.012 0.004 0.001 21 T 0.004 0.007 0.006 0.011 0.012 0.018 0.102 0.181 0.248 0.232 0.179 22 G 0.556 0.183 0.066 0.090 0.058 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 23 E 0.014 0.030 0.095 0.111 0.125 0.169 0.251 0.104 0.060 0.029 0.012 24 T 0.005 0.007 0.015 0.023 0.028 0.045 0.130 0.171 0.199 0.197 0.179 25 V 0.005 0.003 0.006 0.008 0.009 0.024 0.116 0.135 0.210 0.230 0.254 26 A 0.007 0.017 0.068 0.103 0.110 0.130 0.158 0.132 0.123 0.095 0.058 27 I 0.002 0.005 0.009 0.014 0.017 0.036 0.110 0.149 0.212 0.237 0.210 28 A 0.005 0.006 0.010 0.022 0.027 0.035 0.101 0.156 0.239 0.215 0.183 29 T 0.010 0.017 0.012 0.047 0.065 0.107 0.217 0.160 0.152 0.118 0.095 30 K 0.039 0.068 0.088 0.167 0.179 0.150 0.139 0.078 0.053 0.027 0.013 31 N 0.230 0.189 0.102 0.196 0.107 0.075 0.055 0.023 0.013 0.007 0.003 32 D 0.477 0.214 0.084 0.129 0.056 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 33 I 0.024 0.042 0.021 0.080 0.086 0.124 0.226 0.164 0.124 0.073 0.036 34 Y 0.036 0.106 0.061 0.220 0.214 0.167 0.122 0.039 0.020 0.010 0.005 35 L 0.004 0.004 0.005 0.015 0.022 0.040 0.131 0.169 0.228 0.201 0.180 36 Q 0.006 0.015 0.022 0.136 0.178 0.182 0.203 0.122 0.077 0.040 0.018 37 Y 0.003 0.011 0.013 0.036 0.045 0.062 0.162 0.182 0.208 0.169 0.110 38 I 0.004 0.007 0.020 0.046 0.052 0.060 0.129 0.157 0.205 0.184 0.136 39 Q 0.027 0.045 0.075 0.147 0.166 0.148 0.190 0.103 0.061 0.028 0.011 40 I 0.029 0.082 0.108 0.200 0.142 0.119 0.136 0.080 0.057 0.033 0.014 41 I 0.045 0.041 0.052 0.075 0.079 0.093 0.170 0.139 0.142 0.102 0.061 42 E 0.121 0.160 0.096 0.180 0.152 0.107 0.095 0.042 0.025 0.013 0.008 43 S 0.057 0.087 0.068 0.096 0.075 0.069 0.125 0.122 0.130 0.106 0.063 44 V 0.154 0.101 0.063 0.148 0.152 0.139 0.111 0.056 0.040 0.022 0.014 45 H 0.132 0.088 0.085 0.156 0.128 0.117 0.143 0.067 0.043 0.026 0.014 46 A 0.053 0.057 0.072 0.134 0.118 0.119 0.146 0.101 0.089 0.069 0.042 47 L 0.021 0.015 0.029 0.026 0.022 0.034 0.104 0.139 0.216 0.224 0.170 48 R 0.013 0.035 0.057 0.164 0.173 0.164 0.154 0.101 0.068 0.043 0.028 49 F 0.013 0.025 0.059 0.045 0.048 0.063 0.132 0.139 0.183 0.168 0.124 50 H 0.035 0.043 0.049 0.151 0.164 0.137 0.179 0.102 0.075 0.042 0.023 51 V 0.025 0.022 0.015 0.032 0.035 0.049 0.124 0.145 0.204 0.201 0.149 52 D 0.151 0.222 0.113 0.209 0.126 0.076 0.050 0.023 0.016 0.009 0.005 53 E 0.300 0.165 0.076 0.148 0.096 0.079 0.071 0.030 0.019 0.010 0.005 54 N 0.488 0.126 0.042 0.083 0.061 0.050 0.051 0.033 0.029 0.022 0.015 55 A 0.156 0.167 0.061 0.184 0.136 0.091 0.089 0.046 0.034 0.020 0.015 56 I 0.046 0.059 0.028 0.107 0.120 0.127 0.158 0.117 0.098 0.077 0.063 57 R 0.029 0.053 0.030 0.122 0.173 0.167 0.187 0.109 0.071 0.039 0.021 58 P 0.040 0.029 0.022 0.080 0.107 0.118 0.168 0.136 0.131 0.100 0.070 59 L 0.013 0.007 0.006 0.021 0.031 0.046 0.123 0.156 0.222 0.206 0.169 60 T 0.017 0.019 0.020 0.054 0.061 0.098 0.199 0.168 0.166 0.114 0.084 61 M 0.010 0.012 0.014 0.026 0.024 0.037 0.108 0.155 0.201 0.224 0.188 62 S 0.015 0.015 0.016 0.034 0.038 0.055 0.133 0.155 0.199 0.181 0.160 63 S 0.013 0.011 0.016 0.029 0.033 0.048 0.129 0.144 0.206 0.205 0.166 64 N 0.008 0.014 0.016 0.044 0.064 0.083 0.169 0.160 0.187 0.151 0.104 65 G 0.011 0.011 0.017 0.035 0.042 0.064 0.162 0.181 0.208 0.165 0.106 66 W 0.009 0.011 0.030 0.043 0.059 0.090 0.184 0.164 0.165 0.137 0.108 67 M 0.004 0.005 0.027 0.015 0.010 0.015 0.059 0.121 0.211 0.265 0.268 68 L 0.002 0.003 0.021 0.016 0.016 0.024 0.081 0.140 0.227 0.239 0.230 69 M 0.001 0.002 0.015 0.009 0.010 0.017 0.074 0.118 0.233 0.277 0.244 70 S 0.001 0.003 0.017 0.021 0.030 0.053 0.185 0.179 0.230 0.173 0.108 71 T 0.008 0.013 0.031 0.040 0.055 0.101 0.286 0.168 0.158 0.093 0.050 72 M 0.002 0.004 0.006 0.013 0.027 0.052 0.146 0.179 0.191 0.215 0.164 73 N 0.039 0.505 0.112 0.151 0.080 0.048 0.034 0.014 0.008 0.005 0.003 74 D 0.335 0.167 0.081 0.178 0.142 0.059 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 75 K 0.948 0.036 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.013 0.024 0.042 0.143 0.146 0.214 0.249 0.088 0.049 0.021 0.011 77 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.042 0.191 0.218 0.236 0.178 0.112 78 D 0.004 0.015 0.383 0.231 0.162 0.131 0.053 0.014 0.005 0.002 0.001 79 N 0.012 0.041 0.649 0.170 0.077 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 80 T 0.002 0.003 0.014 0.018 0.029 0.068 0.214 0.175 0.202 0.165 0.111 81 V 0.001 0.001 0.012 0.009 0.015 0.035 0.171 0.199 0.242 0.200 0.115 82 R 0.007 0.035 0.558 0.193 0.116 0.052 0.026 0.008 0.003 0.002 0.001 83 R 0.013 0.041 0.269 0.153 0.140 0.142 0.135 0.051 0.032 0.018 0.008 84 A 0.043 0.023 0.023 0.034 0.041 0.073 0.185 0.162 0.185 0.147 0.084 85 N 0.272 0.150 0.093 0.124 0.078 0.078 0.089 0.045 0.038 0.022 0.012 86 T 0.058 0.065 0.089 0.091 0.084 0.095 0.141 0.111 0.113 0.095 0.058 87 I 0.113 0.138 0.092 0.152 0.109 0.090 0.111 0.068 0.059 0.042 0.026 88 T 0.116 0.080 0.061 0.122 0.129 0.115 0.142 0.091 0.074 0.045 0.025 89 Q 0.044 0.060 0.056 0.123 0.138 0.142 0.164 0.103 0.083 0.051 0.036 90 K 0.124 0.120 0.083 0.161 0.147 0.118 0.113 0.063 0.042 0.021 0.009 91 D 0.552 0.113 0.059 0.102 0.060 0.041 0.037 0.017 0.011 0.006 0.003 92 G 0.372 0.161 0.054 0.119 0.097 0.064 0.066 0.031 0.021 0.011 0.005 93 I 0.052 0.055 0.020 0.054 0.050 0.068 0.136 0.139 0.161 0.163 0.103 94 R 0.066 0.068 0.051 0.195 0.192 0.166 0.148 0.058 0.035 0.014 0.006 95 F 0.021 0.035 0.037 0.054 0.083 0.111 0.204 0.176 0.152 0.085 0.042 96 E 0.024 0.372 0.119 0.233 0.109 0.064 0.041 0.020 0.010 0.006 0.003 97 V 0.028 0.024 0.021 0.066 0.139 0.194 0.232 0.133 0.093 0.048 0.022 98 D 0.815 0.099 0.053 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.010 0.052 0.140 0.465 0.208 0.082 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.012 0.093 0.167 0.241 0.264 0.209 101 M 0.001 0.002 0.074 0.131 0.184 0.300 0.231 0.052 0.017 0.005 0.002 102 A 0.003 0.015 0.873 0.081 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.001 0.002 0.015 0.039 0.072 0.236 0.434 0.135 0.043 0.018 0.005 104 I 0.001 0.001 0.016 0.002 0.004 0.010 0.126 0.177 0.277 0.248 0.139 105 R 0.003 0.009 0.564 0.203 0.114 0.065 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.011 0.444 0.256 0.183 0.075 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 107 V 0.001 0.002 0.044 0.007 0.010 0.022 0.136 0.161 0.253 0.214 0.150 108 R 0.001 0.002 0.051 0.051 0.085 0.127 0.351 0.170 0.098 0.046 0.018 109 E 0.004 0.022 0.734 0.121 0.073 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.006 0.034 0.114 0.181 0.194 0.201 0.166 0.061 0.026 0.013 0.004 111 G 0.102 0.059 0.065 0.045 0.047 0.064 0.160 0.148 0.157 0.106 0.047 112 Y 0.020 0.052 0.067 0.128 0.140 0.139 0.205 0.108 0.073 0.044 0.025 113 A 0.016 0.015 0.042 0.027 0.029 0.036 0.102 0.134 0.209 0.221 0.170 114 S 0.027 0.076 0.067 0.189 0.184 0.143 0.139 0.075 0.054 0.028 0.019 115 A 0.099 0.114 0.064 0.099 0.092 0.100 0.141 0.109 0.093 0.058 0.032 116 E 0.381 0.135 0.070 0.136 0.098 0.072 0.049 0.024 0.016 0.010 0.006 117 H 0.189 0.135 0.055 0.134 0.102 0.088 0.111 0.068 0.053 0.038 0.027 118 I 0.066 0.053 0.022 0.061 0.064 0.074 0.122 0.124 0.139 0.140 0.136 119 P 0.174 0.107 0.048 0.121 0.098 0.095 0.115 0.073 0.068 0.052 0.049 120 F 0.101 0.070 0.046 0.101 0.096 0.107 0.136 0.094 0.091 0.078 0.079 121 V 0.080 0.082 0.055 0.155 0.140 0.123 0.136 0.084 0.068 0.048 0.030 122 G 0.067 0.054 0.033 0.102 0.119 0.117 0.145 0.107 0.107 0.083 0.067 123 G 0.005 0.006 0.007 0.019 0.029 0.044 0.120 0.169 0.216 0.209 0.174 124 G 0.002 0.004 0.005 0.024 0.046 0.090 0.210 0.204 0.180 0.127 0.107 125 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.051 0.127 0.222 0.266 0.316 126 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.035 0.100 0.202 0.292 0.359 127 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.032 0.087 0.205 0.291 0.373 128 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.065 0.140 0.246 0.279 0.244 129 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.029 0.104 0.183 0.227 0.225 0.207 130 L 0.001 0.003 0.003 0.011 0.019 0.032 0.091 0.151 0.213 0.240 0.238 131 P 0.014 0.025 0.019 0.098 0.150 0.167 0.195 0.137 0.100 0.056 0.039 132 M 0.041 0.045 0.023 0.097 0.104 0.120 0.156 0.133 0.115 0.094 0.071 133 T 0.098 0.077 0.032 0.118 0.112 0.113 0.134 0.095 0.088 0.071 0.062 134 I 0.109 0.077 0.033 0.088 0.075 0.091 0.138 0.098 0.101 0.092 0.098 135 Q 0.268 0.155 0.050 0.135 0.101 0.078 0.074 0.042 0.038 0.032 0.027 136 G 0.170 0.136 0.048 0.149 0.135 0.106 0.099 0.056 0.045 0.033 0.025 137 Q 0.009 0.023 0.010 0.068 0.119 0.129 0.193 0.144 0.127 0.100 0.077 138 P 0.006 0.008 0.006 0.028 0.061 0.100 0.174 0.171 0.183 0.141 0.121 139 V 0.003 0.002 0.002 0.009 0.018 0.035 0.132 0.181 0.220 0.197 0.202 140 T 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.056 0.123 0.215 0.267 0.311 141 M 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.044 0.113 0.224 0.281 0.316 142 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.047 0.114 0.208 0.282 0.327 143 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.014 0.059 0.110 0.201 0.284 0.313 144 G 0.002 0.004 0.006 0.015 0.021 0.034 0.109 0.170 0.224 0.210 0.205 145 G 0.007 0.015 0.012 0.029 0.044 0.071 0.149 0.153 0.178 0.179 0.163 146 A 0.009 0.027 0.022 0.073 0.095 0.098 0.161 0.147 0.156 0.124 0.089 147 L 0.034 0.044 0.037 0.135 0.186 0.179 0.178 0.084 0.066 0.035 0.023 148 D 0.294 0.115 0.124 0.143 0.096 0.075 0.078 0.033 0.022 0.012 0.008 149 R 0.012 0.017 0.029 0.068 0.086 0.138 0.228 0.153 0.118 0.093 0.056 150 I 0.003 0.007 0.013 0.017 0.027 0.057 0.153 0.150 0.197 0.202 0.173 151 K 0.079 0.159 0.297 0.242 0.125 0.053 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 152 Q 0.390 0.141 0.248 0.148 0.048 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 153 N 0.228 0.129 0.165 0.115 0.074 0.071 0.093 0.048 0.036 0.024 0.018 154 Y 0.003 0.007 0.023 0.035 0.056 0.172 0.351 0.170 0.106 0.053 0.024 155 D 0.029 0.057 0.440 0.163 0.122 0.095 0.064 0.018 0.008 0.003 0.001 156 R 0.059 0.071 0.558 0.178 0.074 0.037 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 157 Y 0.004 0.014 0.049 0.059 0.080 0.124 0.235 0.162 0.143 0.085 0.045 158 L 0.001 0.001 0.017 0.008 0.011 0.030 0.142 0.165 0.238 0.213 0.175 159 E 0.004 0.012 0.386 0.203 0.189 0.130 0.059 0.012 0.004 0.001 0.001 160 L 0.005 0.026 0.415 0.205 0.149 0.102 0.062 0.020 0.009 0.004 0.002 161 L 0.001 0.002 0.011 0.006 0.008 0.019 0.099 0.140 0.251 0.261 0.202 162 L 0.001 0.002 0.020 0.012 0.018 0.043 0.197 0.196 0.220 0.177 0.114 163 N 0.006 0.021 0.620 0.197 0.100 0.035 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 164 G 0.006 0.031 0.168 0.119 0.135 0.202 0.228 0.061 0.030 0.013 0.006 165 V 0.004 0.002 0.019 0.010 0.010 0.023 0.117 0.148 0.268 0.244 0.156 166 Q 0.024 0.016 0.109 0.090 0.090 0.160 0.289 0.119 0.062 0.030 0.012 167 Q 0.008 0.031 0.623 0.176 0.086 0.043 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 168 L 0.009 0.014 0.075 0.040 0.057 0.111 0.223 0.151 0.141 0.112 0.068 169 K 0.046 0.044 0.138 0.127 0.114 0.109 0.168 0.102 0.081 0.049 0.023 170 K 0.063 0.101 0.409 0.158 0.116 0.068 0.053 0.018 0.009 0.004 0.002 171 S 0.118 0.128 0.205 0.202 0.143 0.092 0.067 0.025 0.013 0.006 0.002 172 D 0.156 0.160 0.122 0.139 0.122 0.093 0.100 0.049 0.034 0.018 0.009 173 S 0.114 0.112 0.071 0.098 0.095 0.088 0.131 0.096 0.091 0.065 0.039 174 F 0.200 0.098 0.049 0.103 0.108 0.101 0.133 0.082 0.065 0.041 0.021 175 H 0.114 0.099 0.053 0.126 0.110 0.105 0.132 0.096 0.080 0.052 0.034 176 Q 0.078 0.108 0.069 0.145 0.126 0.118 0.121 0.087 0.071 0.049 0.028 177 P 0.214 0.140 0.060 0.133 0.108 0.088 0.091 0.064 0.051 0.033 0.018 178 I 0.127 0.057 0.024 0.065 0.073 0.081 0.133 0.130 0.137 0.107 0.067