# TARGET T0412 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 365 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.122 0.180 0.068 0.013 0.298 0.008 0.014 0.071 0.093 0.087 0.046 2 N 0.041 0.078 0.029 0.013 0.094 0.016 0.031 0.271 0.299 0.103 0.024 3 A 0.092 0.043 0.018 0.007 0.090 0.010 0.036 0.169 0.156 0.320 0.059 4 L 0.042 0.253 0.101 0.028 0.138 0.024 0.028 0.202 0.098 0.059 0.026 5 F 0.052 0.273 0.112 0.007 0.106 0.004 0.016 0.269 0.076 0.048 0.036 6 S 0.008 0.007 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 0.565 0.328 0.067 0.005 7 S 0.002 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.838 0.129 0.004 0.001 8 R 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.010 0.047 0.828 0.096 0.010 0.001 9 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.028 0.813 0.104 0.040 0.002 10 I 0.004 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.489 0.214 0.263 0.012 11 L 0.001 0.022 0.008 0.001 0.007 0.001 0.005 0.854 0.095 0.005 0.001 12 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.935 0.048 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.950 0.034 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.069 0.011 0.001 15 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.030 0.004 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.067 0.004 0.001 18 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.928 0.054 0.006 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.852 0.081 0.006 0.001 20 E 0.002 0.003 0.005 0.005 0.003 0.014 0.138 0.678 0.105 0.044 0.002 21 T 0.002 0.773 0.183 0.003 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.036 0.007 0.006 0.011 0.008 0.003 0.004 0.008 0.011 0.536 0.370 23 E 0.046 0.485 0.093 0.009 0.267 0.010 0.020 0.023 0.010 0.024 0.013 24 T 0.306 0.061 0.004 0.003 0.556 0.004 0.005 0.008 0.003 0.007 0.041 25 V 0.324 0.068 0.007 0.008 0.533 0.018 0.009 0.006 0.002 0.004 0.021 26 A 0.397 0.039 0.004 0.003 0.513 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.028 27 I 0.323 0.053 0.005 0.001 0.553 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.054 28 A 0.245 0.143 0.016 0.002 0.539 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 29 T 0.162 0.357 0.054 0.002 0.396 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.021 30 K 0.196 0.106 0.094 0.067 0.116 0.089 0.046 0.108 0.058 0.034 0.086 31 N 0.005 0.042 0.150 0.474 0.014 0.151 0.076 0.053 0.026 0.006 0.002 32 D 0.007 0.043 0.051 0.203 0.011 0.087 0.115 0.155 0.164 0.142 0.021 33 I 0.038 0.215 0.073 0.033 0.104 0.044 0.048 0.060 0.090 0.244 0.050 34 Y 0.155 0.155 0.028 0.008 0.541 0.005 0.014 0.010 0.011 0.036 0.038 35 L 0.349 0.043 0.001 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 36 Q 0.256 0.068 0.003 0.001 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 37 Y 0.368 0.069 0.004 0.001 0.533 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 38 I 0.586 0.026 0.002 0.003 0.295 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.078 39 Q 0.209 0.202 0.034 0.027 0.419 0.035 0.017 0.008 0.006 0.009 0.034 40 I 0.307 0.104 0.028 0.002 0.441 0.002 0.002 0.004 0.004 0.017 0.089 41 I 0.203 0.236 0.078 0.024 0.350 0.019 0.014 0.014 0.010 0.011 0.042 42 E 0.128 0.175 0.129 0.095 0.153 0.057 0.047 0.040 0.052 0.062 0.063 43 S 0.095 0.300 0.184 0.033 0.255 0.011 0.016 0.034 0.029 0.023 0.021 44 V 0.102 0.066 0.032 0.038 0.102 0.055 0.124 0.106 0.163 0.152 0.061 45 H 0.054 0.266 0.282 0.066 0.173 0.014 0.018 0.028 0.025 0.049 0.026 46 A 0.242 0.173 0.033 0.008 0.368 0.010 0.017 0.037 0.028 0.027 0.056 47 L 0.158 0.201 0.033 0.008 0.493 0.008 0.011 0.021 0.016 0.023 0.028 48 R 0.354 0.073 0.014 0.005 0.430 0.007 0.012 0.020 0.011 0.015 0.059 49 F 0.208 0.147 0.029 0.015 0.449 0.017 0.016 0.031 0.019 0.022 0.048 50 H 0.234 0.133 0.036 0.009 0.390 0.005 0.009 0.020 0.015 0.062 0.086 51 V 0.103 0.303 0.195 0.032 0.240 0.013 0.016 0.027 0.016 0.030 0.025 52 D 0.058 0.248 0.354 0.083 0.144 0.022 0.013 0.029 0.013 0.017 0.020 53 E 0.027 0.070 0.037 0.073 0.043 0.120 0.263 0.218 0.100 0.034 0.015 54 N 0.029 0.044 0.051 0.064 0.035 0.018 0.017 0.050 0.072 0.501 0.119 55 A 0.078 0.319 0.091 0.019 0.254 0.014 0.026 0.059 0.049 0.070 0.022 56 I 0.204 0.168 0.123 0.021 0.257 0.009 0.026 0.042 0.033 0.059 0.057 57 R 0.026 0.467 0.265 0.039 0.116 0.017 0.022 0.024 0.011 0.006 0.008 58 P 0.125 0.321 0.082 0.007 0.329 0.007 0.013 0.041 0.023 0.016 0.037 59 L 0.155 0.125 0.031 0.011 0.250 0.026 0.068 0.125 0.095 0.052 0.062 60 T 0.175 0.141 0.052 0.015 0.300 0.012 0.023 0.083 0.054 0.074 0.072 61 M 0.176 0.130 0.028 0.022 0.258 0.024 0.026 0.118 0.093 0.068 0.057 62 S 0.070 0.152 0.096 0.047 0.133 0.024 0.039 0.183 0.124 0.096 0.036 63 S 0.051 0.033 0.021 0.018 0.060 0.022 0.048 0.389 0.187 0.135 0.036 64 N 0.011 0.025 0.014 0.016 0.014 0.018 0.063 0.563 0.209 0.056 0.012 65 G 0.016 0.035 0.051 0.067 0.020 0.010 0.010 0.449 0.145 0.172 0.026 66 W 0.015 0.043 0.013 0.004 0.047 0.004 0.042 0.691 0.119 0.016 0.004 67 M 0.087 0.036 0.010 0.005 0.101 0.014 0.049 0.598 0.074 0.011 0.015 68 L 0.033 0.042 0.010 0.013 0.085 0.029 0.082 0.586 0.090 0.020 0.010 69 M 0.092 0.022 0.004 0.005 0.082 0.028 0.038 0.360 0.225 0.100 0.042 70 S 0.036 0.077 0.029 0.031 0.093 0.057 0.089 0.324 0.187 0.050 0.028 71 T 0.048 0.058 0.012 0.004 0.047 0.005 0.035 0.034 0.051 0.621 0.085 72 M 0.009 0.546 0.316 0.015 0.085 0.005 0.004 0.001 0.002 0.011 0.005 73 N 0.015 0.678 0.255 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 74 D 0.004 0.004 0.002 0.001 0.011 0.006 0.009 0.643 0.300 0.017 0.003 75 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.885 0.094 0.005 0.001 76 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.902 0.062 0.024 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.052 0.010 0.001 78 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.052 0.002 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.942 0.044 0.005 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.899 0.079 0.011 0.001 81 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.806 0.141 0.024 0.003 82 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.065 0.758 0.143 0.016 0.001 83 R 0.009 0.021 0.009 0.007 0.015 0.009 0.092 0.478 0.129 0.219 0.011 84 A 0.028 0.545 0.146 0.005 0.168 0.005 0.009 0.034 0.023 0.029 0.008 85 N 0.171 0.074 0.031 0.019 0.095 0.009 0.018 0.080 0.078 0.249 0.175 86 T 0.080 0.308 0.149 0.017 0.212 0.005 0.009 0.063 0.050 0.069 0.038 87 I 0.045 0.360 0.166 0.020 0.181 0.012 0.020 0.088 0.067 0.025 0.016 88 T 0.088 0.266 0.118 0.007 0.179 0.009 0.031 0.154 0.084 0.037 0.026 89 Q 0.116 0.186 0.068 0.019 0.163 0.025 0.058 0.091 0.051 0.165 0.058 90 K 0.011 0.339 0.518 0.050 0.052 0.004 0.001 0.008 0.005 0.007 0.005 91 D 0.005 0.012 0.009 0.018 0.008 0.064 0.158 0.503 0.200 0.019 0.004 92 G 0.016 0.042 0.023 0.008 0.027 0.003 0.006 0.079 0.166 0.585 0.046 93 I 0.047 0.309 0.088 0.009 0.222 0.007 0.018 0.104 0.080 0.092 0.025 94 R 0.201 0.131 0.065 0.006 0.235 0.004 0.013 0.114 0.068 0.092 0.071 95 F 0.011 0.412 0.119 0.024 0.088 0.039 0.104 0.125 0.040 0.027 0.011 96 E 0.070 0.525 0.207 0.002 0.150 0.001 0.001 0.015 0.004 0.012 0.014 97 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.788 0.198 0.007 0.001 98 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.059 0.001 0.001 99 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.902 0.069 0.023 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.050 0.006 0.001 101 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.056 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.027 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.049 0.012 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.080 0.004 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.045 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.962 0.028 0.002 0.001 107 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.936 0.045 0.005 0.001 108 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.776 0.190 0.010 0.003 109 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.059 0.825 0.090 0.011 0.001 110 Q 0.002 0.572 0.335 0.019 0.027 0.004 0.010 0.015 0.005 0.011 0.001 111 G 0.066 0.034 0.024 0.022 0.027 0.012 0.010 0.024 0.023 0.460 0.298 112 Y 0.110 0.258 0.063 0.018 0.273 0.018 0.025 0.081 0.059 0.047 0.048 113 A 0.188 0.167 0.021 0.004 0.449 0.003 0.008 0.041 0.019 0.047 0.053 114 S 0.137 0.275 0.074 0.018 0.319 0.024 0.035 0.044 0.018 0.028 0.028 115 A 0.137 0.224 0.193 0.043 0.280 0.011 0.007 0.028 0.015 0.023 0.041 116 E 0.024 0.044 0.032 0.045 0.050 0.035 0.055 0.349 0.294 0.057 0.016 117 H 0.032 0.062 0.041 0.024 0.052 0.022 0.049 0.235 0.218 0.230 0.033 118 I 0.111 0.135 0.032 0.009 0.220 0.008 0.027 0.159 0.119 0.130 0.053 119 P 0.160 0.093 0.029 0.013 0.157 0.023 0.064 0.159 0.101 0.123 0.077 120 F 0.086 0.231 0.217 0.092 0.188 0.022 0.018 0.045 0.028 0.044 0.030 121 V 0.022 0.079 0.040 0.073 0.044 0.122 0.282 0.182 0.113 0.032 0.012 122 G 0.086 0.034 0.047 0.049 0.055 0.021 0.022 0.048 0.086 0.407 0.147 123 G 0.291 0.124 0.009 0.005 0.370 0.004 0.007 0.015 0.020 0.050 0.104 124 G 0.155 0.036 0.015 0.068 0.244 0.101 0.124 0.071 0.043 0.091 0.053 125 T 0.162 0.187 0.044 0.015 0.504 0.003 0.003 0.017 0.011 0.032 0.021 126 I 0.273 0.087 0.016 0.006 0.515 0.004 0.006 0.013 0.006 0.020 0.053 127 C 0.244 0.131 0.058 0.014 0.342 0.007 0.005 0.008 0.007 0.052 0.132 128 V 0.041 0.508 0.136 0.006 0.279 0.002 0.004 0.005 0.003 0.006 0.010 129 L 0.258 0.219 0.049 0.002 0.422 0.002 0.003 0.005 0.002 0.006 0.032 130 L 0.123 0.312 0.104 0.009 0.343 0.017 0.020 0.027 0.006 0.008 0.029 131 P 0.061 0.310 0.033 0.017 0.360 0.030 0.027 0.047 0.019 0.062 0.034 132 M 0.064 0.223 0.483 0.065 0.072 0.015 0.012 0.027 0.016 0.009 0.015 133 T 0.003 0.005 0.021 0.021 0.004 0.034 0.054 0.447 0.358 0.047 0.005 134 I 0.004 0.541 0.224 0.082 0.033 0.014 0.036 0.033 0.019 0.012 0.002 135 Q 0.015 0.026 0.017 0.018 0.017 0.005 0.004 0.009 0.020 0.600 0.268 136 G 0.029 0.561 0.115 0.005 0.210 0.010 0.022 0.013 0.009 0.018 0.007 137 Q 0.411 0.075 0.006 0.001 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 138 P 0.202 0.115 0.025 0.064 0.361 0.099 0.069 0.015 0.005 0.006 0.039 139 V 0.176 0.148 0.021 0.005 0.619 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.018 140 T 0.290 0.040 0.004 0.001 0.629 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.030 141 M 0.233 0.068 0.006 0.003 0.644 0.007 0.009 0.006 0.002 0.005 0.017 142 G 0.237 0.113 0.019 0.002 0.571 0.002 0.003 0.006 0.003 0.005 0.039 143 L 0.321 0.059 0.013 0.013 0.282 0.019 0.037 0.058 0.031 0.049 0.119 144 G 0.073 0.085 0.055 0.100 0.107 0.042 0.059 0.045 0.058 0.288 0.088 145 G 0.013 0.196 0.380 0.226 0.058 0.040 0.023 0.027 0.014 0.016 0.007 146 A 0.105 0.196 0.073 0.014 0.192 0.013 0.034 0.151 0.096 0.068 0.057 147 L 0.044 0.045 0.013 0.013 0.076 0.037 0.072 0.269 0.323 0.084 0.023 148 D 0.046 0.076 0.043 0.018 0.098 0.030 0.074 0.314 0.185 0.088 0.027 149 R 0.107 0.104 0.031 0.005 0.122 0.008 0.038 0.112 0.084 0.302 0.086 150 I 0.069 0.375 0.140 0.017 0.180 0.013 0.017 0.047 0.029 0.077 0.035 151 K 0.017 0.612 0.248 0.007 0.076 0.001 0.001 0.020 0.006 0.005 0.006 152 Q 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.732 0.224 0.012 0.002 153 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.850 0.119 0.012 0.003 154 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.801 0.125 0.061 0.001 155 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.898 0.083 0.009 0.001 156 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.891 0.079 0.003 0.001 157 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.896 0.061 0.016 0.001 158 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.767 0.161 0.061 0.002 159 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.070 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.036 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.951 0.033 0.004 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.054 0.007 0.001 163 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.040 0.002 0.001 164 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.029 0.009 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.053 0.007 0.001 166 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.066 0.007 0.001 167 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.928 0.056 0.004 0.001 168 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.915 0.056 0.012 0.001 169 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.819 0.151 0.016 0.002 170 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.820 0.142 0.008 0.001 171 S 0.003 0.006 0.003 0.001 0.006 0.004 0.086 0.625 0.195 0.066 0.003 172 D 0.030 0.052 0.023 0.011 0.039 0.027 0.201 0.440 0.091 0.070 0.016 173 S 0.023 0.399 0.211 0.059 0.089 0.041 0.043 0.053 0.027 0.043 0.013 174 F 0.049 0.034 0.033 0.130 0.039 0.028 0.016 0.037 0.041 0.443 0.148 175 H 0.106 0.160 0.113 0.047 0.198 0.020 0.023 0.050 0.067 0.147 0.069 176 Q 0.043 0.406 0.212 0.033 0.183 0.009 0.016 0.036 0.025 0.017 0.020 177 P 0.136 0.222 0.080 0.009 0.282 0.011 0.031 0.066 0.051 0.055 0.057 178 I 0.108 0.151 0.080 0.025 0.222 0.027 0.043 0.103 0.078 0.115 0.049