# TARGET T0412 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 365 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.592 0.233 0.107 0.048 0.016 0.004 0.001 2 N 0.492 0.251 0.130 0.084 0.033 0.009 0.001 3 A 0.373 0.270 0.153 0.116 0.063 0.023 0.003 4 L 0.251 0.231 0.199 0.175 0.103 0.036 0.005 5 F 0.241 0.303 0.233 0.148 0.057 0.016 0.003 6 S 0.055 0.070 0.099 0.215 0.300 0.227 0.034 7 S 0.049 0.144 0.235 0.309 0.198 0.060 0.004 8 R 0.194 0.378 0.246 0.124 0.046 0.012 0.001 9 D 0.035 0.126 0.249 0.335 0.192 0.057 0.006 10 I 0.012 0.024 0.034 0.111 0.320 0.451 0.048 11 L 0.028 0.155 0.318 0.313 0.154 0.031 0.002 12 E 0.164 0.458 0.262 0.093 0.019 0.003 0.001 13 V 0.017 0.047 0.139 0.360 0.330 0.102 0.004 14 L 0.013 0.027 0.047 0.164 0.399 0.326 0.023 15 Q 0.053 0.361 0.373 0.170 0.038 0.004 0.001 16 D 0.083 0.303 0.339 0.211 0.055 0.008 0.001 17 I 0.007 0.018 0.039 0.137 0.395 0.377 0.027 18 H 0.018 0.079 0.189 0.358 0.272 0.079 0.006 19 M 0.147 0.417 0.268 0.121 0.037 0.009 0.001 20 E 0.072 0.161 0.229 0.287 0.190 0.054 0.006 21 T 0.043 0.079 0.092 0.192 0.283 0.263 0.048 22 G 0.073 0.189 0.232 0.254 0.168 0.070 0.013 23 E 0.031 0.109 0.174 0.244 0.233 0.168 0.041 24 T 0.004 0.017 0.047 0.143 0.292 0.364 0.134 25 V 0.002 0.005 0.012 0.041 0.122 0.367 0.452 26 A 0.004 0.006 0.013 0.035 0.091 0.306 0.546 27 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.041 0.256 0.683 28 A 0.003 0.006 0.012 0.039 0.126 0.441 0.373 29 T 0.008 0.025 0.059 0.143 0.284 0.363 0.118 30 K 0.022 0.082 0.160 0.309 0.291 0.115 0.021 31 N 0.192 0.360 0.272 0.124 0.040 0.010 0.002 32 D 0.308 0.399 0.176 0.084 0.026 0.007 0.001 33 I 0.057 0.149 0.221 0.292 0.203 0.072 0.007 34 Y 0.030 0.106 0.208 0.281 0.239 0.123 0.013 35 L 0.008 0.027 0.059 0.142 0.289 0.377 0.098 36 Q 0.015 0.034 0.074 0.161 0.264 0.341 0.112 37 Y 0.004 0.015 0.034 0.091 0.201 0.417 0.238 38 I 0.002 0.003 0.008 0.031 0.109 0.382 0.464 39 Q 0.010 0.042 0.080 0.182 0.232 0.274 0.180 40 I 0.016 0.069 0.130 0.212 0.235 0.219 0.119 41 I 0.014 0.032 0.058 0.125 0.256 0.348 0.165 42 E 0.051 0.100 0.128 0.194 0.224 0.227 0.076 43 S 0.105 0.147 0.162 0.198 0.185 0.153 0.050 44 V 0.157 0.214 0.210 0.181 0.130 0.085 0.023 45 H 0.138 0.211 0.187 0.197 0.154 0.089 0.024 46 A 0.121 0.149 0.175 0.213 0.186 0.116 0.039 47 L 0.078 0.088 0.108 0.164 0.211 0.243 0.108 48 R 0.080 0.106 0.143 0.201 0.210 0.186 0.074 49 F 0.052 0.054 0.069 0.128 0.210 0.313 0.173 50 H 0.078 0.115 0.150 0.214 0.211 0.162 0.069 51 V 0.070 0.085 0.112 0.184 0.231 0.219 0.098 52 D 0.124 0.194 0.184 0.194 0.147 0.106 0.051 53 E 0.110 0.140 0.159 0.188 0.186 0.150 0.067 54 N 0.133 0.151 0.155 0.181 0.176 0.149 0.054 55 A 0.099 0.166 0.168 0.206 0.181 0.129 0.050 56 I 0.074 0.109 0.131 0.171 0.203 0.213 0.099 57 R 0.031 0.054 0.073 0.150 0.238 0.292 0.162 58 P 0.037 0.048 0.069 0.114 0.179 0.272 0.281 59 L 0.010 0.015 0.024 0.056 0.114 0.282 0.499 60 T 0.008 0.016 0.028 0.064 0.128 0.293 0.462 61 M 0.005 0.009 0.015 0.037 0.105 0.291 0.538 62 S 0.009 0.015 0.020 0.045 0.110 0.262 0.539 63 S 0.005 0.011 0.017 0.040 0.073 0.236 0.618 64 N 0.002 0.008 0.016 0.042 0.073 0.221 0.639 65 G 0.002 0.005 0.013 0.039 0.098 0.312 0.531 66 W 0.002 0.006 0.011 0.037 0.140 0.329 0.474 67 M 0.001 0.003 0.009 0.024 0.066 0.258 0.639 68 L 0.001 0.004 0.012 0.032 0.087 0.389 0.474 69 M 0.002 0.005 0.015 0.060 0.173 0.490 0.256 70 S 0.002 0.010 0.022 0.083 0.258 0.508 0.116 71 T 0.010 0.056 0.177 0.309 0.284 0.150 0.015 72 M 0.011 0.063 0.159 0.318 0.321 0.115 0.012 73 N 0.235 0.518 0.188 0.050 0.008 0.001 0.001 74 D 0.322 0.364 0.214 0.083 0.015 0.002 0.001 75 K 0.725 0.244 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 76 A 0.051 0.248 0.368 0.239 0.084 0.009 0.001 77 I 0.005 0.024 0.111 0.345 0.412 0.100 0.002 78 D 0.067 0.391 0.366 0.141 0.031 0.004 0.001 79 N 0.175 0.533 0.215 0.062 0.013 0.002 0.001 80 T 0.008 0.039 0.136 0.349 0.367 0.099 0.002 81 V 0.012 0.033 0.132 0.367 0.348 0.103 0.004 82 R 0.321 0.446 0.166 0.052 0.013 0.003 0.001 83 R 0.287 0.397 0.214 0.079 0.019 0.003 0.001 84 A 0.139 0.203 0.250 0.256 0.121 0.030 0.002 85 N 0.397 0.364 0.151 0.058 0.023 0.006 0.001 86 T 0.133 0.144 0.194 0.300 0.185 0.042 0.002 87 I 0.353 0.346 0.184 0.087 0.025 0.004 0.001 88 T 0.333 0.303 0.184 0.114 0.051 0.014 0.001 89 Q 0.163 0.174 0.194 0.245 0.170 0.050 0.004 90 K 0.224 0.222 0.216 0.202 0.104 0.030 0.003 91 D 0.455 0.295 0.129 0.073 0.033 0.013 0.002 92 G 0.296 0.277 0.200 0.135 0.065 0.023 0.003 93 I 0.138 0.186 0.186 0.226 0.168 0.086 0.009 94 R 0.105 0.155 0.182 0.233 0.202 0.112 0.010 95 F 0.168 0.213 0.197 0.195 0.158 0.063 0.007 96 E 0.144 0.344 0.263 0.181 0.057 0.011 0.001 97 V 0.043 0.159 0.277 0.305 0.170 0.043 0.003 98 D 0.497 0.397 0.085 0.017 0.003 0.001 0.001 99 D 0.068 0.357 0.363 0.168 0.037 0.006 0.001 100 M 0.001 0.006 0.029 0.143 0.485 0.325 0.011 101 M 0.006 0.110 0.312 0.359 0.176 0.035 0.002 102 A 0.081 0.549 0.268 0.081 0.016 0.004 0.001 103 R 0.001 0.011 0.096 0.364 0.408 0.116 0.004 104 I 0.002 0.005 0.011 0.069 0.379 0.500 0.033 105 R 0.044 0.349 0.365 0.191 0.045 0.005 0.001 106 Q 0.070 0.272 0.404 0.208 0.040 0.005 0.001 107 V 0.011 0.031 0.050 0.165 0.408 0.319 0.018 108 R 0.047 0.149 0.264 0.329 0.171 0.038 0.003 109 E 0.522 0.344 0.094 0.030 0.008 0.002 0.001 110 Q 0.158 0.275 0.266 0.199 0.079 0.020 0.003 111 G 0.169 0.167 0.168 0.212 0.161 0.103 0.020 112 Y 0.143 0.158 0.192 0.209 0.183 0.094 0.021 113 A 0.181 0.171 0.157 0.204 0.185 0.084 0.017 114 S 0.161 0.191 0.187 0.216 0.162 0.069 0.014 115 A 0.281 0.266 0.186 0.151 0.074 0.031 0.010 116 E 0.320 0.317 0.174 0.106 0.052 0.023 0.009 117 H 0.322 0.250 0.167 0.137 0.077 0.035 0.012 118 I 0.161 0.163 0.149 0.187 0.189 0.118 0.034 119 P 0.180 0.202 0.191 0.203 0.142 0.071 0.011 120 F 0.127 0.172 0.164 0.210 0.196 0.109 0.023 121 V 0.086 0.186 0.209 0.224 0.165 0.107 0.023 122 G 0.015 0.072 0.145 0.261 0.286 0.187 0.034 123 G 0.001 0.003 0.011 0.051 0.190 0.487 0.257 124 G 0.001 0.002 0.007 0.037 0.161 0.432 0.361 125 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.152 0.833 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.089 0.904 127 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.098 0.892 128 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.134 0.849 129 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.214 0.747 130 L 0.001 0.001 0.005 0.020 0.102 0.379 0.491 131 P 0.002 0.016 0.052 0.166 0.311 0.295 0.158 132 M 0.019 0.084 0.150 0.211 0.245 0.206 0.085 133 T 0.072 0.138 0.171 0.236 0.215 0.137 0.032 134 I 0.156 0.223 0.214 0.200 0.124 0.071 0.013 135 Q 0.116 0.199 0.214 0.210 0.170 0.081 0.009 136 G 0.032 0.147 0.235 0.291 0.204 0.082 0.008 137 Q 0.004 0.018 0.052 0.156 0.306 0.375 0.089 138 P 0.001 0.002 0.008 0.039 0.158 0.456 0.336 139 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.273 0.683 140 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.138 0.847 141 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.100 0.891 142 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.026 0.156 0.807 143 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.038 0.230 0.718 144 G 0.002 0.006 0.013 0.039 0.114 0.373 0.455 145 G 0.007 0.016 0.033 0.088 0.224 0.363 0.268 146 A 0.024 0.058 0.094 0.147 0.222 0.293 0.162 147 L 0.070 0.106 0.148 0.214 0.213 0.184 0.065 148 D 0.072 0.125 0.146 0.201 0.214 0.193 0.048 149 R 0.072 0.116 0.161 0.219 0.227 0.173 0.032 150 I 0.059 0.095 0.156 0.258 0.275 0.137 0.019 151 K 0.227 0.341 0.225 0.134 0.053 0.017 0.003 152 Q 0.430 0.304 0.153 0.076 0.027 0.009 0.002 153 N 0.512 0.309 0.110 0.043 0.018 0.007 0.002 154 Y 0.093 0.173 0.237 0.255 0.176 0.060 0.006 155 D 0.042 0.112 0.212 0.289 0.239 0.098 0.008 156 R 0.244 0.386 0.218 0.105 0.036 0.011 0.001 157 Y 0.100 0.249 0.298 0.227 0.100 0.023 0.002 158 L 0.014 0.027 0.051 0.147 0.366 0.363 0.032 159 E 0.035 0.114 0.222 0.320 0.226 0.077 0.005 160 L 0.161 0.431 0.261 0.107 0.032 0.007 0.001 161 L 0.018 0.052 0.153 0.360 0.310 0.103 0.005 162 L 0.013 0.030 0.047 0.127 0.322 0.411 0.051 163 N 0.113 0.327 0.315 0.176 0.056 0.012 0.001 164 G 0.111 0.378 0.329 0.145 0.032 0.005 0.001 165 V 0.009 0.022 0.056 0.205 0.430 0.263 0.016 166 Q 0.032 0.111 0.225 0.312 0.242 0.074 0.005 167 Q 0.286 0.483 0.171 0.048 0.010 0.002 0.001 168 L 0.101 0.228 0.322 0.258 0.080 0.010 0.001 169 K 0.104 0.090 0.111 0.233 0.317 0.136 0.009 170 K 0.352 0.327 0.198 0.096 0.025 0.003 0.001 171 S 0.589 0.290 0.088 0.027 0.006 0.001 0.001 172 D 0.408 0.240 0.175 0.116 0.050 0.011 0.001 173 S 0.459 0.213 0.147 0.110 0.056 0.015 0.001 174 F 0.656 0.185 0.086 0.049 0.019 0.005 0.001 175 H 0.692 0.202 0.067 0.027 0.009 0.002 0.001 176 Q 0.680 0.186 0.076 0.043 0.012 0.003 0.001 177 P 0.773 0.155 0.047 0.019 0.005 0.001 0.001 178 I 0.755 0.134 0.058 0.036 0.013 0.003 0.001