# TARGET T0412 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.009 0.026 0.020 0.249 0.680 2 N 0.015 0.017 0.129 0.044 0.436 0.359 3 A 0.011 0.007 0.196 0.045 0.445 0.295 4 L 0.020 0.013 0.174 0.056 0.425 0.313 5 F 0.034 0.034 0.035 0.037 0.345 0.515 6 S 0.031 0.018 0.020 0.037 0.214 0.679 7 S 0.014 0.006 0.293 0.400 0.133 0.154 8 R 0.020 0.004 0.388 0.412 0.104 0.072 9 D 0.023 0.006 0.390 0.399 0.104 0.078 10 I 0.004 0.002 0.093 0.842 0.023 0.036 11 L 0.004 0.002 0.030 0.910 0.024 0.030 12 E 0.002 0.001 0.034 0.925 0.026 0.012 13 V 0.001 0.001 0.022 0.962 0.010 0.006 14 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.003 0.002 15 Q 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 16 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 17 I 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 18 H 0.001 0.001 0.010 0.977 0.009 0.003 19 M 0.001 0.001 0.016 0.961 0.018 0.004 20 E 0.001 0.001 0.019 0.893 0.049 0.036 21 T 0.004 0.003 0.024 0.506 0.150 0.311 22 G 0.007 0.001 0.004 0.004 0.182 0.802 23 E 0.162 0.004 0.014 0.005 0.222 0.592 24 T 0.832 0.004 0.003 0.002 0.056 0.103 25 V 0.969 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 26 A 0.980 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 27 I 0.984 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 28 A 0.972 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 29 T 0.957 0.004 0.001 0.001 0.018 0.019 30 K 0.675 0.006 0.001 0.002 0.290 0.026 31 N 0.114 0.003 0.005 0.002 0.821 0.055 32 D 0.048 0.004 0.006 0.001 0.897 0.044 33 I 0.315 0.015 0.005 0.001 0.533 0.132 34 Y 0.796 0.010 0.001 0.001 0.061 0.131 35 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 36 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 37 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 I 0.987 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 39 Q 0.982 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 40 I 0.971 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 41 I 0.914 0.002 0.001 0.009 0.023 0.051 42 E 0.680 0.007 0.004 0.013 0.128 0.167 43 S 0.293 0.007 0.016 0.018 0.374 0.291 44 V 0.215 0.009 0.035 0.010 0.435 0.297 45 H 0.331 0.012 0.025 0.007 0.366 0.259 46 A 0.522 0.006 0.018 0.007 0.176 0.271 47 L 0.798 0.007 0.007 0.005 0.056 0.128 48 R 0.876 0.005 0.003 0.005 0.034 0.077 49 F 0.897 0.006 0.002 0.004 0.022 0.069 50 H 0.832 0.004 0.001 0.003 0.043 0.116 51 V 0.682 0.019 0.002 0.004 0.058 0.235 52 D 0.448 0.014 0.009 0.006 0.363 0.160 53 E 0.197 0.013 0.028 0.016 0.597 0.149 54 N 0.075 0.007 0.032 0.010 0.747 0.129 55 A 0.328 0.031 0.025 0.013 0.489 0.115 56 I 0.422 0.068 0.011 0.026 0.166 0.307 57 R 0.344 0.037 0.012 0.034 0.234 0.339 58 P 0.241 0.016 0.026 0.063 0.257 0.396 59 L 0.256 0.032 0.064 0.137 0.218 0.293 60 T 0.213 0.033 0.119 0.221 0.209 0.205 61 M 0.148 0.031 0.118 0.393 0.153 0.157 62 S 0.037 0.015 0.060 0.643 0.099 0.146 63 S 0.009 0.002 0.035 0.896 0.030 0.027 64 N 0.004 0.001 0.016 0.944 0.019 0.016 65 G 0.003 0.001 0.009 0.966 0.015 0.007 66 W 0.006 0.001 0.008 0.960 0.020 0.005 67 M 0.009 0.001 0.014 0.948 0.024 0.003 68 L 0.005 0.001 0.014 0.967 0.012 0.002 69 M 0.004 0.001 0.041 0.935 0.018 0.001 70 S 0.005 0.001 0.039 0.925 0.023 0.008 71 T 0.009 0.005 0.040 0.583 0.099 0.265 72 M 0.007 0.020 0.004 0.071 0.120 0.778 73 N 0.003 0.004 0.001 0.018 0.037 0.937 74 D 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.006 75 K 0.001 0.001 0.008 0.990 0.002 0.001 76 A 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 79 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 80 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 81 V 0.001 0.001 0.008 0.974 0.012 0.004 82 R 0.001 0.001 0.014 0.958 0.020 0.007 83 R 0.002 0.001 0.012 0.914 0.034 0.038 84 A 0.003 0.003 0.021 0.624 0.120 0.229 85 N 0.008 0.005 0.036 0.131 0.229 0.592 86 T 0.031 0.018 0.122 0.065 0.379 0.385 87 I 0.078 0.020 0.122 0.061 0.384 0.334 88 T 0.121 0.022 0.100 0.063 0.335 0.359 89 Q 0.136 0.067 0.024 0.043 0.279 0.450 90 K 0.064 0.028 0.014 0.032 0.781 0.082 91 D 0.020 0.007 0.007 0.030 0.863 0.073 92 G 0.009 0.003 0.008 0.015 0.897 0.067 93 I 0.138 0.053 0.008 0.015 0.694 0.091 94 R 0.328 0.064 0.009 0.024 0.156 0.418 95 F 0.241 0.089 0.006 0.026 0.180 0.457 96 E 0.068 0.008 0.003 0.027 0.095 0.798 97 V 0.001 0.001 0.016 0.956 0.011 0.015 98 D 0.001 0.001 0.018 0.975 0.005 0.002 99 D 0.001 0.001 0.019 0.975 0.005 0.002 100 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 101 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 108 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 109 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.008 0.002 110 Q 0.001 0.001 0.003 0.953 0.023 0.021 111 G 0.007 0.003 0.009 0.182 0.146 0.653 112 Y 0.074 0.013 0.012 0.020 0.113 0.768 113 A 0.478 0.023 0.035 0.022 0.115 0.326 114 S 0.460 0.029 0.028 0.023 0.135 0.324 115 A 0.280 0.017 0.051 0.034 0.407 0.210 116 E 0.115 0.008 0.061 0.037 0.630 0.149 117 H 0.120 0.010 0.048 0.049 0.646 0.128 118 I 0.347 0.059 0.028 0.047 0.391 0.128 119 P 0.296 0.098 0.016 0.046 0.208 0.336 120 F 0.133 0.059 0.031 0.065 0.584 0.127 121 V 0.063 0.014 0.019 0.048 0.709 0.148 122 G 0.049 0.007 0.018 0.037 0.654 0.235 123 G 0.316 0.029 0.014 0.057 0.463 0.121 124 G 0.700 0.028 0.007 0.015 0.099 0.150 125 T 0.935 0.016 0.005 0.004 0.020 0.020 126 I 0.950 0.004 0.008 0.004 0.017 0.017 127 C 0.914 0.003 0.021 0.005 0.028 0.029 128 V 0.861 0.002 0.025 0.008 0.044 0.061 129 L 0.675 0.004 0.049 0.019 0.087 0.166 130 L 0.564 0.008 0.053 0.029 0.119 0.228 131 P 0.680 0.007 0.021 0.011 0.087 0.194 132 M 0.750 0.021 0.006 0.008 0.045 0.170 133 T 0.591 0.043 0.005 0.006 0.229 0.127 134 I 0.109 0.007 0.011 0.006 0.842 0.025 135 Q 0.022 0.002 0.007 0.003 0.939 0.027 136 G 0.024 0.004 0.004 0.001 0.932 0.036 137 Q 0.360 0.033 0.001 0.001 0.356 0.248 138 P 0.685 0.018 0.001 0.001 0.041 0.255 139 V 0.941 0.003 0.001 0.001 0.012 0.043 140 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 141 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 142 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 143 L 0.931 0.001 0.001 0.001 0.015 0.052 144 G 0.667 0.003 0.005 0.002 0.081 0.242 145 G 0.309 0.011 0.012 0.006 0.205 0.456 146 A 0.183 0.035 0.050 0.030 0.274 0.428 147 L 0.027 0.006 0.542 0.126 0.213 0.085 148 D 0.014 0.003 0.623 0.136 0.177 0.047 149 R 0.010 0.003 0.640 0.179 0.133 0.034 150 I 0.023 0.025 0.165 0.334 0.238 0.216 151 K 0.013 0.009 0.068 0.298 0.384 0.227 152 Q 0.002 0.003 0.124 0.542 0.251 0.078 153 N 0.003 0.003 0.091 0.538 0.252 0.113 154 Y 0.002 0.003 0.107 0.664 0.153 0.071 155 D 0.001 0.001 0.051 0.844 0.048 0.055 156 R 0.001 0.001 0.048 0.901 0.028 0.020 157 Y 0.001 0.001 0.017 0.959 0.013 0.009 158 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 159 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 164 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 165 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 166 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 167 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 168 L 0.001 0.001 0.008 0.969 0.009 0.014 169 K 0.001 0.002 0.024 0.926 0.023 0.024 170 K 0.001 0.001 0.046 0.881 0.040 0.031 171 S 0.002 0.002 0.067 0.800 0.059 0.070 172 D 0.002 0.003 0.120 0.638 0.106 0.131 173 S 0.003 0.008 0.101 0.358 0.262 0.269 174 F 0.006 0.005 0.072 0.093 0.392 0.431 175 H 0.019 0.018 0.025 0.038 0.314 0.586 176 Q 0.014 0.017 0.011 0.024 0.216 0.718 177 P 0.010 0.018 0.007 0.015 0.138 0.812 178 I 0.005 0.005 0.002 0.004 0.061 0.922