# TARGET T0412 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.003 0.027 0.042 0.035 0.076 0.810 2 N 0.014 0.021 0.116 0.085 0.045 0.148 0.571 3 A 0.011 0.009 0.213 0.096 0.091 0.284 0.297 4 L 0.014 0.008 0.170 0.081 0.110 0.314 0.303 5 F 0.022 0.035 0.043 0.036 0.287 0.079 0.498 6 S 0.016 0.013 0.026 0.018 0.169 0.054 0.704 7 S 0.012 0.007 0.251 0.380 0.046 0.109 0.195 8 R 0.007 0.008 0.218 0.614 0.030 0.052 0.072 9 D 0.006 0.009 0.267 0.549 0.018 0.069 0.081 10 I 0.001 0.002 0.076 0.834 0.009 0.029 0.049 11 L 0.001 0.001 0.017 0.911 0.015 0.011 0.044 12 E 0.001 0.001 0.018 0.948 0.006 0.011 0.016 13 V 0.001 0.001 0.011 0.958 0.006 0.011 0.012 14 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 17 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 18 H 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.013 0.002 19 M 0.001 0.001 0.012 0.919 0.001 0.065 0.002 20 E 0.001 0.001 0.012 0.838 0.008 0.128 0.012 21 T 0.004 0.004 0.020 0.427 0.045 0.434 0.066 22 G 0.011 0.003 0.011 0.062 0.205 0.520 0.187 23 E 0.125 0.006 0.006 0.018 0.253 0.026 0.566 24 T 0.687 0.014 0.006 0.017 0.063 0.012 0.202 25 V 0.944 0.003 0.002 0.006 0.009 0.003 0.032 26 A 0.975 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.012 27 I 0.975 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.012 28 A 0.954 0.002 0.001 0.004 0.006 0.005 0.028 29 T 0.851 0.007 0.002 0.007 0.012 0.009 0.112 30 K 0.633 0.009 0.005 0.009 0.052 0.033 0.258 31 N 0.175 0.010 0.024 0.025 0.164 0.498 0.103 32 D 0.050 0.002 0.022 0.007 0.119 0.735 0.066 33 I 0.200 0.007 0.013 0.004 0.224 0.120 0.432 34 Y 0.555 0.009 0.004 0.003 0.131 0.039 0.259 35 L 0.933 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.054 36 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 37 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 I 0.985 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 39 Q 0.954 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.035 40 I 0.913 0.003 0.003 0.004 0.015 0.005 0.058 41 I 0.834 0.011 0.004 0.007 0.036 0.009 0.100 42 E 0.608 0.007 0.008 0.009 0.079 0.026 0.262 43 S 0.350 0.011 0.020 0.013 0.118 0.059 0.429 44 V 0.225 0.013 0.046 0.027 0.246 0.108 0.335 45 H 0.236 0.007 0.051 0.018 0.334 0.122 0.233 46 A 0.389 0.010 0.041 0.022 0.124 0.086 0.329 47 L 0.688 0.011 0.018 0.017 0.041 0.030 0.196 48 R 0.833 0.011 0.006 0.010 0.017 0.013 0.109 49 F 0.845 0.007 0.003 0.006 0.018 0.013 0.108 50 H 0.799 0.013 0.002 0.004 0.024 0.015 0.143 51 V 0.505 0.030 0.002 0.004 0.062 0.017 0.379 52 D 0.211 0.015 0.006 0.003 0.069 0.030 0.667 53 E 0.035 0.004 0.109 0.038 0.097 0.657 0.059 54 N 0.038 0.003 0.134 0.025 0.097 0.641 0.062 55 A 0.178 0.030 0.080 0.024 0.151 0.093 0.445 56 I 0.354 0.048 0.017 0.017 0.104 0.036 0.424 57 R 0.432 0.026 0.010 0.014 0.218 0.013 0.288 58 P 0.402 0.019 0.024 0.032 0.075 0.037 0.412 59 L 0.374 0.033 0.050 0.060 0.098 0.078 0.307 60 T 0.363 0.042 0.049 0.063 0.128 0.114 0.241 61 M 0.222 0.043 0.061 0.080 0.122 0.120 0.353 62 S 0.128 0.033 0.032 0.117 0.121 0.141 0.429 63 S 0.049 0.015 0.030 0.209 0.160 0.323 0.214 64 N 0.026 0.006 0.029 0.580 0.074 0.174 0.111 65 G 0.023 0.002 0.033 0.799 0.053 0.034 0.055 66 W 0.022 0.003 0.019 0.914 0.014 0.011 0.017 67 M 0.025 0.002 0.021 0.931 0.004 0.015 0.003 68 L 0.014 0.002 0.017 0.917 0.002 0.045 0.002 69 M 0.013 0.002 0.059 0.718 0.005 0.189 0.014 70 S 0.016 0.003 0.114 0.309 0.044 0.431 0.083 71 T 0.020 0.017 0.094 0.102 0.107 0.493 0.166 72 M 0.011 0.022 0.005 0.011 0.659 0.017 0.275 73 N 0.005 0.008 0.004 0.010 0.171 0.007 0.795 74 D 0.001 0.001 0.055 0.899 0.004 0.033 0.009 75 K 0.001 0.001 0.027 0.962 0.001 0.009 0.001 76 A 0.001 0.001 0.033 0.960 0.001 0.004 0.002 77 I 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.003 0.001 78 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 79 N 0.001 0.001 0.006 0.969 0.001 0.024 0.001 80 T 0.001 0.001 0.009 0.947 0.002 0.033 0.008 81 V 0.004 0.005 0.027 0.876 0.025 0.041 0.022 82 R 0.004 0.002 0.042 0.772 0.012 0.146 0.022 83 R 0.003 0.001 0.042 0.622 0.033 0.245 0.054 84 A 0.006 0.006 0.041 0.378 0.100 0.227 0.242 85 N 0.016 0.011 0.062 0.126 0.126 0.258 0.402 86 T 0.037 0.015 0.083 0.089 0.148 0.094 0.534 87 I 0.075 0.014 0.076 0.078 0.173 0.104 0.480 88 T 0.106 0.047 0.049 0.047 0.146 0.106 0.499 89 Q 0.056 0.033 0.025 0.027 0.162 0.064 0.633 90 K 0.043 0.027 0.014 0.015 0.161 0.045 0.696 91 D 0.006 0.003 0.021 0.026 0.088 0.813 0.042 92 G 0.008 0.003 0.024 0.009 0.188 0.684 0.084 93 I 0.064 0.039 0.020 0.014 0.213 0.045 0.605 94 R 0.138 0.095 0.010 0.012 0.106 0.050 0.590 95 F 0.088 0.083 0.002 0.008 0.218 0.010 0.592 96 E 0.023 0.045 0.001 0.008 0.065 0.002 0.856 97 V 0.001 0.001 0.009 0.982 0.001 0.004 0.005 98 D 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.002 0.001 99 D 0.001 0.001 0.010 0.988 0.001 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 101 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 104 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 107 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.009 0.004 108 R 0.001 0.001 0.011 0.953 0.005 0.021 0.008 109 E 0.002 0.002 0.025 0.771 0.009 0.189 0.002 110 Q 0.001 0.001 0.018 0.157 0.014 0.803 0.007 111 G 0.014 0.002 0.023 0.070 0.170 0.604 0.118 112 Y 0.198 0.030 0.029 0.050 0.111 0.110 0.471 113 A 0.633 0.067 0.021 0.018 0.060 0.025 0.176 114 S 0.657 0.029 0.017 0.020 0.045 0.026 0.206 115 A 0.486 0.029 0.017 0.017 0.101 0.040 0.310 116 E 0.089 0.004 0.048 0.020 0.126 0.653 0.060 117 H 0.083 0.006 0.047 0.017 0.153 0.604 0.090 118 I 0.261 0.049 0.022 0.015 0.201 0.035 0.418 119 P 0.252 0.077 0.019 0.017 0.079 0.044 0.511 120 F 0.158 0.038 0.033 0.017 0.126 0.055 0.572 121 V 0.098 0.017 0.043 0.024 0.157 0.405 0.257 122 G 0.083 0.012 0.026 0.023 0.169 0.474 0.212 123 G 0.171 0.013 0.011 0.028 0.141 0.037 0.598 124 G 0.368 0.017 0.006 0.013 0.111 0.017 0.468 125 T 0.861 0.009 0.007 0.009 0.025 0.013 0.075 126 I 0.935 0.004 0.005 0.009 0.007 0.003 0.038 127 C 0.954 0.002 0.003 0.003 0.011 0.002 0.025 128 V 0.951 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.035 129 L 0.838 0.005 0.002 0.002 0.024 0.004 0.124 130 L 0.495 0.008 0.003 0.004 0.060 0.004 0.427 131 P 0.524 0.006 0.002 0.003 0.046 0.020 0.400 132 M 0.306 0.428 0.001 0.003 0.018 0.018 0.228 133 T 0.053 0.014 0.001 0.001 0.017 0.042 0.873 134 I 0.006 0.001 0.006 0.001 0.078 0.754 0.154 135 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.063 0.925 0.006 136 G 0.014 0.001 0.007 0.001 0.502 0.395 0.080 137 Q 0.123 0.017 0.001 0.001 0.114 0.004 0.740 138 P 0.650 0.040 0.001 0.001 0.029 0.002 0.278 139 V 0.937 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.048 140 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 141 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 142 G 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 143 L 0.910 0.002 0.003 0.006 0.007 0.005 0.067 144 G 0.587 0.009 0.010 0.011 0.094 0.033 0.256 145 G 0.304 0.019 0.028 0.036 0.233 0.057 0.322 146 A 0.192 0.018 0.087 0.152 0.138 0.092 0.322 147 L 0.041 0.007 0.272 0.395 0.059 0.111 0.115 148 D 0.023 0.007 0.203 0.451 0.095 0.157 0.065 149 R 0.017 0.008 0.233 0.452 0.050 0.145 0.094 150 I 0.024 0.013 0.108 0.450 0.092 0.084 0.229 151 K 0.020 0.006 0.091 0.382 0.057 0.098 0.345 152 Q 0.002 0.002 0.143 0.607 0.042 0.160 0.044 153 N 0.002 0.004 0.141 0.530 0.026 0.222 0.075 154 Y 0.001 0.002 0.076 0.733 0.023 0.054 0.110 155 D 0.001 0.001 0.025 0.925 0.010 0.024 0.015 156 R 0.001 0.001 0.018 0.953 0.005 0.018 0.005 157 Y 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.010 0.002 158 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 164 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 166 Q 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.021 0.001 167 Q 0.001 0.001 0.006 0.950 0.001 0.040 0.004 168 L 0.001 0.002 0.013 0.904 0.010 0.039 0.030 169 K 0.001 0.003 0.032 0.813 0.013 0.079 0.059 170 K 0.001 0.001 0.094 0.636 0.021 0.221 0.026 171 S 0.001 0.001 0.102 0.478 0.028 0.328 0.062 172 D 0.002 0.005 0.171 0.206 0.063 0.361 0.192 173 S 0.004 0.005 0.086 0.104 0.089 0.504 0.209 174 F 0.015 0.008 0.081 0.089 0.174 0.310 0.322 175 H 0.024 0.020 0.060 0.032 0.371 0.092 0.400 176 Q 0.016 0.011 0.047 0.017 0.329 0.079 0.502 177 P 0.009 0.012 0.008 0.008 0.035 0.016 0.911 178 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992