# TARGET T0412 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.298 0.162 0.200 0.106 0.092 0.021 0.040 0.023 0.019 0.038 0.001 2 N 0.257 0.082 0.143 0.286 0.027 0.058 0.095 0.012 0.035 0.004 0.003 3 A 0.266 0.200 0.229 0.135 0.078 0.020 0.028 0.022 0.011 0.010 0.001 4 L 0.251 0.274 0.207 0.133 0.033 0.039 0.023 0.007 0.027 0.004 0.001 5 F 0.123 0.325 0.278 0.058 0.067 0.051 0.022 0.003 0.069 0.004 0.001 6 S 0.198 0.101 0.441 0.060 0.028 0.109 0.019 0.003 0.030 0.008 0.003 7 S 0.779 0.023 0.046 0.111 0.009 0.016 0.004 0.003 0.005 0.003 0.001 8 R 0.865 0.017 0.026 0.072 0.005 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 9 D 0.714 0.014 0.043 0.127 0.007 0.037 0.031 0.007 0.018 0.002 0.001 10 I 0.835 0.015 0.020 0.107 0.001 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 11 L 0.939 0.008 0.030 0.010 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 E 0.984 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 H 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 T 0.362 0.003 0.015 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.012 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.089 0.867 0.001 0.020 0.001 23 E 0.015 0.121 0.781 0.012 0.020 0.043 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 T 0.038 0.473 0.386 0.022 0.053 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 V 0.007 0.837 0.034 0.004 0.106 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 A 0.005 0.854 0.091 0.001 0.023 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 27 I 0.016 0.825 0.084 0.005 0.024 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 28 A 0.014 0.755 0.088 0.006 0.098 0.018 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 29 T 0.014 0.812 0.086 0.006 0.054 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 30 K 0.216 0.292 0.281 0.077 0.020 0.064 0.006 0.001 0.040 0.003 0.001 31 N 0.087 0.133 0.135 0.182 0.100 0.042 0.226 0.008 0.067 0.020 0.001 32 D 0.082 0.016 0.029 0.158 0.028 0.021 0.490 0.149 0.008 0.017 0.001 33 I 0.103 0.378 0.207 0.182 0.069 0.013 0.027 0.008 0.011 0.002 0.001 34 Y 0.025 0.579 0.255 0.022 0.053 0.032 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 35 L 0.007 0.636 0.308 0.002 0.027 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 Q 0.006 0.871 0.070 0.003 0.029 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.656 0.307 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 I 0.019 0.827 0.069 0.008 0.023 0.022 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 39 Q 0.010 0.700 0.166 0.002 0.088 0.017 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 40 I 0.039 0.598 0.243 0.016 0.023 0.052 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 41 I 0.035 0.562 0.237 0.010 0.057 0.041 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 42 E 0.197 0.200 0.406 0.097 0.025 0.043 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 43 S 0.091 0.163 0.296 0.037 0.328 0.017 0.009 0.012 0.008 0.037 0.001 44 V 0.451 0.127 0.093 0.258 0.027 0.016 0.008 0.005 0.010 0.003 0.001 45 H 0.074 0.352 0.181 0.045 0.196 0.016 0.051 0.005 0.072 0.008 0.001 46 A 0.144 0.155 0.571 0.032 0.019 0.046 0.005 0.002 0.012 0.002 0.014 47 L 0.075 0.555 0.184 0.060 0.072 0.026 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 48 R 0.039 0.547 0.216 0.030 0.086 0.042 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 49 F 0.031 0.654 0.133 0.036 0.087 0.025 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 50 H 0.019 0.584 0.165 0.021 0.076 0.057 0.020 0.001 0.055 0.002 0.001 51 V 0.038 0.508 0.322 0.022 0.059 0.029 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 52 D 0.015 0.213 0.531 0.010 0.043 0.096 0.008 0.001 0.079 0.003 0.001 53 E 0.519 0.042 0.282 0.119 0.006 0.011 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 54 N 0.103 0.005 0.027 0.148 0.016 0.005 0.194 0.480 0.005 0.016 0.001 55 A 0.102 0.243 0.466 0.100 0.025 0.038 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 56 I 0.083 0.328 0.471 0.043 0.009 0.037 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 57 R 0.019 0.441 0.274 0.001 0.028 0.014 0.008 0.001 0.215 0.001 0.001 58 P 0.108 0.005 0.716 0.004 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.115 59 L 0.228 0.180 0.385 0.058 0.029 0.093 0.004 0.003 0.017 0.001 0.002 60 T 0.260 0.338 0.149 0.108 0.061 0.045 0.009 0.004 0.022 0.004 0.001 61 M 0.175 0.302 0.174 0.132 0.116 0.042 0.015 0.004 0.035 0.005 0.001 62 S 0.238 0.167 0.248 0.061 0.183 0.031 0.012 0.013 0.018 0.030 0.001 63 S 0.823 0.029 0.034 0.054 0.015 0.016 0.008 0.009 0.005 0.005 0.001 64 N 0.788 0.027 0.035 0.121 0.007 0.009 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 65 G 0.875 0.018 0.027 0.032 0.018 0.002 0.008 0.014 0.001 0.005 0.001 66 W 0.906 0.035 0.025 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 M 0.911 0.055 0.012 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 L 0.916 0.053 0.009 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 M 0.780 0.064 0.056 0.078 0.007 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 S 0.673 0.062 0.119 0.099 0.022 0.009 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 71 T 0.223 0.030 0.053 0.605 0.016 0.020 0.032 0.012 0.009 0.001 0.001 72 M 0.014 0.166 0.655 0.041 0.031 0.064 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 73 N 0.003 0.085 0.699 0.003 0.037 0.122 0.001 0.001 0.045 0.004 0.001 74 D 0.983 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.963 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.958 0.004 0.006 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.960 0.003 0.010 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.726 0.007 0.017 0.237 0.002 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 84 A 0.476 0.056 0.155 0.266 0.010 0.013 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 85 N 0.200 0.031 0.107 0.241 0.019 0.096 0.249 0.017 0.034 0.006 0.001 86 T 0.222 0.189 0.301 0.198 0.033 0.028 0.009 0.004 0.015 0.002 0.001 87 I 0.300 0.219 0.332 0.051 0.040 0.023 0.005 0.003 0.021 0.004 0.001 88 T 0.292 0.158 0.373 0.090 0.015 0.047 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 89 Q 0.218 0.191 0.329 0.122 0.032 0.061 0.011 0.003 0.030 0.002 0.001 90 K 0.252 0.284 0.193 0.092 0.080 0.019 0.011 0.006 0.046 0.017 0.001 91 D 0.288 0.029 0.309 0.270 0.011 0.026 0.045 0.004 0.007 0.005 0.005 92 G 0.046 0.011 0.055 0.126 0.029 0.007 0.189 0.516 0.006 0.015 0.001 93 I 0.048 0.288 0.553 0.031 0.024 0.030 0.006 0.002 0.016 0.001 0.001 94 R 0.038 0.465 0.354 0.025 0.023 0.056 0.009 0.001 0.026 0.002 0.001 95 F 0.030 0.350 0.440 0.035 0.078 0.049 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 96 E 0.002 0.167 0.565 0.001 0.067 0.117 0.001 0.001 0.078 0.002 0.001 97 V 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 D 0.944 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.982 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.466 0.004 0.006 0.522 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 G 0.083 0.003 0.015 0.024 0.032 0.001 0.077 0.682 0.005 0.077 0.001 112 Y 0.319 0.235 0.225 0.103 0.047 0.045 0.010 0.002 0.008 0.004 0.001 113 A 0.150 0.400 0.222 0.057 0.079 0.065 0.005 0.002 0.017 0.003 0.001 114 S 0.178 0.387 0.092 0.173 0.115 0.023 0.002 0.001 0.027 0.002 0.001 115 A 0.167 0.367 0.172 0.055 0.157 0.032 0.012 0.004 0.030 0.004 0.001 116 E 0.335 0.125 0.164 0.264 0.034 0.018 0.035 0.005 0.012 0.007 0.001 117 H 0.074 0.050 0.066 0.191 0.067 0.017 0.364 0.146 0.015 0.010 0.001 118 I 0.018 0.461 0.377 0.002 0.015 0.019 0.005 0.001 0.101 0.001 0.001 119 P 0.075 0.010 0.852 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 120 F 0.062 0.443 0.298 0.018 0.080 0.028 0.013 0.002 0.053 0.002 0.001 121 V 0.102 0.091 0.730 0.040 0.006 0.016 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 122 G 0.030 0.007 0.031 0.008 0.098 0.001 0.026 0.369 0.001 0.429 0.001 123 G 0.226 0.121 0.334 0.121 0.117 0.023 0.010 0.021 0.005 0.018 0.003 124 G 0.184 0.223 0.197 0.115 0.157 0.016 0.024 0.029 0.022 0.031 0.001 125 T 0.160 0.419 0.188 0.026 0.152 0.028 0.004 0.003 0.013 0.006 0.002 126 I 0.126 0.586 0.120 0.062 0.031 0.039 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 127 C 0.092 0.392 0.231 0.036 0.180 0.025 0.011 0.007 0.019 0.007 0.001 128 V 0.080 0.508 0.140 0.027 0.164 0.027 0.013 0.004 0.033 0.004 0.001 129 L 0.164 0.241 0.363 0.070 0.028 0.078 0.015 0.002 0.029 0.005 0.004 130 L 0.041 0.449 0.257 0.014 0.056 0.031 0.018 0.001 0.132 0.001 0.001 131 P 0.089 0.036 0.778 0.011 0.003 0.049 0.003 0.001 0.005 0.001 0.023 132 M 0.086 0.373 0.366 0.056 0.027 0.061 0.005 0.002 0.022 0.001 0.001 133 T 0.110 0.353 0.321 0.063 0.054 0.044 0.011 0.005 0.031 0.006 0.001 134 I 0.287 0.251 0.153 0.142 0.049 0.036 0.017 0.013 0.037 0.014 0.001 135 Q 0.063 0.054 0.134 0.205 0.017 0.023 0.449 0.006 0.037 0.009 0.001 136 G 0.003 0.001 0.007 0.006 0.016 0.001 0.070 0.848 0.001 0.048 0.001 137 Q 0.016 0.455 0.395 0.010 0.020 0.024 0.006 0.001 0.071 0.001 0.001 138 P 0.005 0.012 0.933 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 139 V 0.519 0.098 0.029 0.322 0.013 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 140 T 0.007 0.478 0.054 0.009 0.432 0.004 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 141 M 0.021 0.728 0.130 0.009 0.073 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 142 G 0.026 0.675 0.084 0.011 0.142 0.025 0.002 0.002 0.031 0.002 0.001 143 L 0.045 0.636 0.118 0.038 0.065 0.050 0.004 0.001 0.041 0.002 0.001 144 G 0.075 0.280 0.244 0.060 0.179 0.059 0.035 0.018 0.032 0.017 0.002 145 G 0.091 0.148 0.157 0.026 0.327 0.023 0.063 0.022 0.034 0.108 0.001 146 A 0.480 0.060 0.284 0.050 0.016 0.073 0.005 0.002 0.009 0.004 0.019 147 L 0.826 0.027 0.037 0.079 0.008 0.008 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 148 D 0.818 0.020 0.039 0.077 0.012 0.007 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 149 R 0.736 0.021 0.022 0.187 0.004 0.009 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 150 I 0.504 0.125 0.178 0.115 0.012 0.036 0.008 0.001 0.020 0.002 0.001 151 K 0.580 0.095 0.158 0.074 0.025 0.030 0.013 0.002 0.016 0.005 0.001 152 Q 0.853 0.014 0.053 0.057 0.006 0.005 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 153 N 0.482 0.023 0.056 0.336 0.006 0.034 0.030 0.009 0.022 0.002 0.001 154 Y 0.763 0.026 0.059 0.092 0.007 0.013 0.021 0.005 0.009 0.005 0.001 155 D 0.857 0.010 0.041 0.049 0.004 0.016 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 156 R 0.951 0.003 0.007 0.029 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 157 Y 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 Q 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 L 0.980 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.965 0.002 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 K 0.895 0.007 0.016 0.069 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 171 S 0.705 0.022 0.046 0.198 0.006 0.007 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 172 D 0.409 0.040 0.117 0.325 0.015 0.028 0.033 0.007 0.024 0.002 0.001 173 S 0.396 0.073 0.145 0.212 0.065 0.014 0.035 0.032 0.007 0.021 0.001 174 F 0.305 0.106 0.191 0.264 0.045 0.027 0.024 0.016 0.011 0.010 0.001 175 H 0.195 0.264 0.271 0.118 0.043 0.036 0.015 0.003 0.050 0.004 0.001 176 Q 0.092 0.172 0.558 0.010 0.031 0.035 0.018 0.001 0.076 0.004 0.002 177 P 0.167 0.020 0.689 0.024 0.001 0.052 0.002 0.001 0.005 0.001 0.040 178 I 0.285 0.161 0.331 0.091 0.043 0.034 0.016 0.014 0.016 0.007 0.001