# TARGET T0412 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1764 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.675 0.185 0.072 0.042 0.019 0.006 0.001 2 N 0.496 0.233 0.139 0.082 0.037 0.012 0.002 3 A 0.506 0.256 0.129 0.072 0.026 0.009 0.001 4 L 0.315 0.280 0.192 0.131 0.061 0.019 0.002 5 F 0.278 0.205 0.193 0.173 0.108 0.037 0.006 6 S 0.288 0.298 0.205 0.130 0.056 0.020 0.003 7 S 0.214 0.183 0.192 0.212 0.139 0.055 0.005 8 R 0.257 0.239 0.209 0.169 0.094 0.028 0.003 9 D 0.276 0.338 0.213 0.114 0.044 0.013 0.002 10 I 0.104 0.133 0.185 0.252 0.222 0.094 0.010 11 L 0.268 0.357 0.228 0.105 0.034 0.008 0.001 12 E 0.502 0.336 0.105 0.037 0.013 0.005 0.001 13 V 0.047 0.103 0.183 0.277 0.256 0.122 0.012 14 L 0.029 0.046 0.080 0.256 0.358 0.210 0.020 15 Q 0.139 0.418 0.292 0.121 0.025 0.005 0.001 16 D 0.058 0.198 0.364 0.270 0.091 0.017 0.001 17 I 0.010 0.013 0.027 0.111 0.386 0.410 0.044 18 H 0.028 0.081 0.220 0.367 0.237 0.061 0.006 19 M 0.245 0.442 0.197 0.076 0.029 0.010 0.001 20 E 0.069 0.190 0.302 0.275 0.126 0.034 0.004 21 T 0.026 0.040 0.071 0.208 0.338 0.266 0.051 22 G 0.079 0.208 0.203 0.205 0.177 0.095 0.033 23 E 0.019 0.052 0.095 0.188 0.207 0.261 0.179 24 T 0.004 0.012 0.021 0.053 0.129 0.361 0.419 25 V 0.003 0.007 0.025 0.093 0.210 0.352 0.310 26 A 0.005 0.009 0.015 0.034 0.097 0.349 0.491 27 I 0.003 0.005 0.006 0.016 0.070 0.351 0.548 28 A 0.002 0.007 0.016 0.058 0.189 0.453 0.276 29 T 0.004 0.017 0.047 0.136 0.295 0.387 0.114 30 K 0.016 0.072 0.155 0.289 0.292 0.154 0.022 31 N 0.075 0.224 0.278 0.230 0.133 0.051 0.008 32 D 0.185 0.289 0.224 0.167 0.089 0.038 0.008 33 I 0.062 0.109 0.176 0.244 0.235 0.150 0.024 34 Y 0.047 0.120 0.204 0.242 0.222 0.137 0.028 35 L 0.012 0.022 0.049 0.128 0.267 0.396 0.126 36 Q 0.022 0.075 0.142 0.241 0.263 0.209 0.049 37 Y 0.017 0.037 0.082 0.174 0.284 0.327 0.079 38 I 0.021 0.024 0.036 0.104 0.244 0.414 0.158 39 Q 0.063 0.149 0.189 0.243 0.194 0.131 0.031 40 I 0.078 0.185 0.230 0.238 0.161 0.086 0.022 41 I 0.064 0.117 0.164 0.247 0.236 0.144 0.027 42 E 0.196 0.254 0.207 0.168 0.105 0.057 0.013 43 S 0.253 0.205 0.174 0.166 0.124 0.066 0.013 44 V 0.320 0.261 0.189 0.127 0.068 0.028 0.006 45 H 0.244 0.249 0.208 0.167 0.086 0.037 0.008 46 A 0.208 0.210 0.187 0.169 0.120 0.081 0.025 47 L 0.095 0.091 0.112 0.178 0.238 0.221 0.064 48 R 0.132 0.200 0.210 0.204 0.140 0.086 0.029 49 F 0.114 0.090 0.102 0.178 0.239 0.213 0.062 50 H 0.146 0.203 0.212 0.202 0.135 0.079 0.023 51 V 0.130 0.138 0.162 0.208 0.201 0.127 0.034 52 D 0.302 0.266 0.197 0.130 0.067 0.029 0.010 53 E 0.331 0.242 0.176 0.135 0.075 0.031 0.009 54 N 0.286 0.201 0.165 0.154 0.106 0.064 0.024 55 A 0.121 0.165 0.175 0.192 0.177 0.130 0.041 56 I 0.044 0.081 0.130 0.185 0.212 0.211 0.137 57 R 0.033 0.054 0.079 0.152 0.223 0.278 0.181 58 P 0.023 0.041 0.063 0.094 0.155 0.299 0.326 59 L 0.017 0.032 0.052 0.090 0.138 0.292 0.378 60 T 0.021 0.024 0.031 0.064 0.135 0.284 0.441 61 M 0.021 0.028 0.034 0.058 0.122 0.282 0.454 62 S 0.016 0.027 0.050 0.091 0.115 0.242 0.459 63 S 0.015 0.015 0.022 0.049 0.105 0.237 0.557 64 N 0.006 0.010 0.012 0.025 0.065 0.240 0.641 65 G 0.003 0.005 0.014 0.049 0.093 0.233 0.602 66 W 0.003 0.006 0.012 0.027 0.066 0.249 0.637 67 M 0.001 0.003 0.006 0.018 0.057 0.257 0.658 68 L 0.001 0.003 0.007 0.028 0.098 0.399 0.463 69 M 0.002 0.006 0.010 0.029 0.113 0.449 0.391 70 S 0.002 0.005 0.012 0.049 0.199 0.521 0.212 71 T 0.002 0.025 0.097 0.245 0.309 0.288 0.034 72 M 0.003 0.028 0.104 0.304 0.368 0.175 0.017 73 N 0.187 0.408 0.237 0.107 0.045 0.014 0.001 74 D 0.353 0.404 0.169 0.056 0.015 0.003 0.001 75 K 0.606 0.251 0.091 0.034 0.013 0.004 0.001 76 A 0.060 0.279 0.318 0.215 0.095 0.031 0.002 77 I 0.008 0.020 0.067 0.284 0.427 0.181 0.013 78 D 0.071 0.289 0.360 0.214 0.056 0.009 0.001 79 N 0.185 0.458 0.256 0.080 0.017 0.003 0.001 80 T 0.019 0.035 0.086 0.257 0.389 0.203 0.011 81 V 0.010 0.017 0.057 0.207 0.402 0.285 0.022 82 R 0.123 0.376 0.306 0.148 0.037 0.008 0.001 83 R 0.118 0.312 0.292 0.193 0.067 0.017 0.001 84 A 0.028 0.063 0.131 0.267 0.322 0.173 0.016 85 N 0.209 0.309 0.234 0.144 0.073 0.027 0.005 86 T 0.224 0.227 0.197 0.188 0.116 0.043 0.005 87 I 0.199 0.271 0.223 0.167 0.095 0.040 0.005 88 T 0.246 0.273 0.211 0.161 0.078 0.028 0.003 89 Q 0.281 0.239 0.209 0.157 0.085 0.025 0.003 90 K 0.453 0.258 0.150 0.090 0.038 0.011 0.002 91 D 0.456 0.244 0.142 0.092 0.046 0.018 0.003 92 G 0.313 0.263 0.189 0.136 0.069 0.026 0.003 93 I 0.188 0.167 0.187 0.226 0.158 0.067 0.008 94 R 0.180 0.243 0.216 0.190 0.115 0.050 0.007 95 F 0.081 0.140 0.199 0.241 0.213 0.106 0.020 96 E 0.139 0.341 0.261 0.160 0.075 0.021 0.002 97 V 0.044 0.177 0.296 0.296 0.148 0.036 0.002 98 D 0.634 0.264 0.068 0.023 0.008 0.002 0.001 99 D 0.111 0.380 0.337 0.134 0.032 0.006 0.001 100 M 0.007 0.010 0.026 0.180 0.452 0.308 0.016 101 M 0.013 0.111 0.293 0.383 0.163 0.035 0.002 102 A 0.096 0.473 0.304 0.100 0.022 0.004 0.001 103 R 0.004 0.028 0.125 0.280 0.372 0.181 0.010 104 I 0.001 0.002 0.006 0.047 0.303 0.566 0.074 105 R 0.020 0.214 0.406 0.276 0.068 0.014 0.001 106 Q 0.032 0.253 0.358 0.271 0.076 0.010 0.001 107 V 0.003 0.008 0.026 0.141 0.389 0.396 0.036 108 R 0.010 0.052 0.158 0.346 0.318 0.107 0.009 109 E 0.230 0.424 0.202 0.093 0.037 0.012 0.002 110 Q 0.084 0.180 0.259 0.273 0.145 0.051 0.008 111 G 0.068 0.131 0.177 0.216 0.195 0.168 0.046 112 Y 0.109 0.157 0.159 0.190 0.186 0.160 0.039 113 A 0.053 0.053 0.077 0.154 0.277 0.297 0.089 114 S 0.077 0.121 0.146 0.210 0.218 0.179 0.050 115 A 0.148 0.195 0.198 0.193 0.152 0.092 0.023 116 E 0.219 0.246 0.230 0.169 0.089 0.035 0.012 117 H 0.364 0.289 0.148 0.097 0.055 0.034 0.013 118 I 0.048 0.079 0.120 0.200 0.270 0.227 0.057 119 P 0.054 0.106 0.151 0.213 0.244 0.183 0.050 120 F 0.042 0.103 0.152 0.228 0.244 0.183 0.048 121 V 0.050 0.166 0.197 0.219 0.183 0.138 0.047 122 G 0.021 0.074 0.126 0.217 0.234 0.224 0.103 123 G 0.003 0.009 0.024 0.083 0.250 0.427 0.204 124 G 0.001 0.003 0.014 0.071 0.208 0.381 0.322 125 T 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.251 0.708 126 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.149 0.830 127 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.125 0.851 128 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.183 0.782 129 L 0.001 0.003 0.009 0.030 0.092 0.308 0.557 130 L 0.001 0.004 0.012 0.040 0.140 0.404 0.399 131 P 0.005 0.028 0.059 0.126 0.217 0.339 0.226 132 M 0.004 0.017 0.043 0.121 0.269 0.436 0.111 133 T 0.027 0.096 0.181 0.275 0.265 0.133 0.024 134 I 0.106 0.240 0.285 0.219 0.109 0.034 0.007 135 Q 0.393 0.299 0.149 0.090 0.045 0.019 0.006 136 G 0.098 0.266 0.258 0.215 0.117 0.039 0.006 137 Q 0.019 0.105 0.218 0.312 0.230 0.099 0.017 138 P 0.001 0.005 0.018 0.081 0.287 0.471 0.137 139 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.124 0.464 0.391 140 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.191 0.787 141 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.075 0.918 142 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.085 0.905 143 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.129 0.851 144 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.063 0.294 0.622 145 G 0.001 0.006 0.015 0.051 0.147 0.410 0.371 146 A 0.003 0.011 0.030 0.086 0.214 0.440 0.216 147 L 0.013 0.051 0.121 0.215 0.290 0.250 0.060 148 D 0.077 0.211 0.229 0.221 0.157 0.086 0.019 149 R 0.028 0.125 0.230 0.289 0.221 0.094 0.012 150 I 0.016 0.042 0.119 0.303 0.385 0.129 0.006 151 K 0.273 0.408 0.231 0.072 0.014 0.002 0.001 152 Q 0.534 0.322 0.102 0.033 0.008 0.002 0.001 153 N 0.383 0.359 0.161 0.073 0.021 0.004 0.001 154 Y 0.074 0.209 0.310 0.287 0.106 0.013 0.001 155 D 0.633 0.255 0.080 0.024 0.006 0.001 0.001 156 R 0.338 0.468 0.154 0.033 0.006 0.001 0.001 157 Y 0.014 0.044 0.126 0.341 0.378 0.096 0.002 158 L 0.015 0.108 0.234 0.408 0.201 0.033 0.001 159 E 0.106 0.522 0.290 0.072 0.010 0.001 0.001 160 L 0.004 0.024 0.182 0.439 0.301 0.047 0.001 161 L 0.001 0.001 0.002 0.014 0.187 0.726 0.069 162 L 0.005 0.059 0.285 0.453 0.167 0.031 0.001 163 N 0.014 0.264 0.398 0.248 0.068 0.008 0.001 164 G 0.001 0.005 0.026 0.134 0.415 0.395 0.023 165 V 0.001 0.006 0.024 0.156 0.432 0.351 0.030 166 Q 0.082 0.453 0.313 0.116 0.029 0.006 0.001 167 Q 0.038 0.216 0.366 0.307 0.067 0.006 0.001 168 L 0.007 0.014 0.042 0.199 0.437 0.280 0.021 169 K 0.077 0.297 0.342 0.213 0.064 0.008 0.001 170 K 0.414 0.426 0.123 0.030 0.006 0.001 0.001 171 S 0.175 0.256 0.270 0.216 0.070 0.011 0.001 172 D 0.194 0.198 0.229 0.250 0.107 0.021 0.001 173 S 0.519 0.310 0.107 0.046 0.015 0.003 0.001 174 F 0.343 0.238 0.196 0.144 0.064 0.014 0.001 175 H 0.399 0.292 0.177 0.094 0.030 0.006 0.001 176 Q 0.734 0.181 0.055 0.022 0.006 0.001 0.001 177 P 0.800 0.131 0.042 0.019 0.007 0.001 0.001 178 I 0.600 0.204 0.113 0.059 0.020 0.004 0.001