# TARGET T0412 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0412.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 365 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.004 0.038 0.023 0.049 0.036 0.846 2 N 0.012 0.008 0.178 0.100 0.055 0.321 0.326 3 A 0.009 0.010 0.137 0.119 0.172 0.306 0.245 4 L 0.015 0.021 0.046 0.182 0.272 0.077 0.387 5 F 0.028 0.039 0.026 0.175 0.101 0.123 0.508 6 S 0.006 0.005 0.085 0.731 0.030 0.064 0.079 7 S 0.003 0.002 0.089 0.817 0.019 0.030 0.040 8 R 0.003 0.001 0.079 0.836 0.013 0.052 0.017 9 D 0.002 0.002 0.071 0.825 0.006 0.079 0.016 10 I 0.002 0.003 0.014 0.893 0.018 0.048 0.021 11 L 0.001 0.001 0.004 0.950 0.010 0.017 0.017 12 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.003 13 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 18 H 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 19 M 0.001 0.001 0.003 0.921 0.003 0.070 0.003 20 E 0.001 0.001 0.005 0.822 0.009 0.155 0.008 21 T 0.002 0.003 0.004 0.480 0.096 0.344 0.071 22 G 0.006 0.002 0.004 0.027 0.228 0.349 0.384 23 E 0.040 0.007 0.008 0.008 0.299 0.036 0.602 24 T 0.447 0.021 0.014 0.009 0.104 0.018 0.387 25 V 0.811 0.006 0.013 0.006 0.019 0.011 0.135 26 A 0.931 0.002 0.009 0.004 0.009 0.004 0.042 27 I 0.951 0.002 0.004 0.002 0.006 0.001 0.034 28 A 0.938 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.045 29 T 0.906 0.008 0.004 0.004 0.010 0.007 0.061 30 K 0.693 0.006 0.012 0.006 0.040 0.051 0.193 31 N 0.155 0.004 0.030 0.004 0.190 0.534 0.082 32 D 0.021 0.001 0.014 0.001 0.113 0.828 0.022 33 I 0.210 0.003 0.008 0.001 0.305 0.247 0.227 34 Y 0.782 0.005 0.001 0.001 0.050 0.006 0.156 35 L 0.977 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 36 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 37 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 38 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 39 Q 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 40 I 0.883 0.006 0.002 0.001 0.015 0.004 0.089 41 I 0.789 0.018 0.004 0.002 0.046 0.010 0.131 42 E 0.533 0.013 0.010 0.004 0.134 0.033 0.273 43 S 0.219 0.024 0.015 0.005 0.245 0.081 0.411 44 V 0.094 0.016 0.032 0.006 0.356 0.197 0.299 45 H 0.099 0.009 0.026 0.007 0.439 0.104 0.316 46 A 0.296 0.012 0.021 0.008 0.127 0.053 0.483 47 L 0.673 0.010 0.009 0.006 0.061 0.023 0.219 48 R 0.859 0.010 0.004 0.005 0.017 0.006 0.098 49 F 0.867 0.011 0.003 0.004 0.011 0.004 0.099 50 H 0.780 0.010 0.004 0.004 0.033 0.006 0.162 51 V 0.596 0.024 0.006 0.004 0.066 0.012 0.292 52 D 0.336 0.021 0.011 0.004 0.073 0.043 0.513 53 E 0.101 0.008 0.035 0.007 0.132 0.587 0.130 54 N 0.041 0.004 0.031 0.006 0.244 0.559 0.115 55 A 0.122 0.010 0.015 0.009 0.406 0.086 0.352 56 I 0.375 0.068 0.006 0.013 0.109 0.030 0.398 57 R 0.428 0.041 0.004 0.022 0.086 0.012 0.406 58 P 0.351 0.022 0.011 0.057 0.072 0.029 0.459 59 L 0.368 0.018 0.036 0.159 0.101 0.102 0.217 60 T 0.210 0.023 0.053 0.252 0.104 0.109 0.250 61 M 0.054 0.010 0.057 0.386 0.124 0.071 0.297 62 S 0.032 0.007 0.029 0.505 0.141 0.101 0.185 63 S 0.009 0.008 0.016 0.730 0.045 0.112 0.080 64 N 0.005 0.003 0.012 0.797 0.022 0.124 0.037 65 G 0.006 0.002 0.009 0.796 0.029 0.120 0.038 66 W 0.015 0.003 0.010 0.864 0.049 0.016 0.043 67 M 0.013 0.001 0.019 0.921 0.014 0.009 0.023 68 L 0.004 0.001 0.055 0.896 0.010 0.024 0.011 69 M 0.003 0.002 0.315 0.551 0.008 0.103 0.018 70 S 0.002 0.001 0.223 0.220 0.013 0.533 0.008 71 T 0.002 0.002 0.137 0.086 0.030 0.712 0.032 72 M 0.001 0.010 0.006 0.007 0.502 0.015 0.459 73 N 0.002 0.003 0.001 0.005 0.047 0.003 0.938 74 D 0.001 0.001 0.062 0.833 0.024 0.045 0.034 75 K 0.001 0.001 0.034 0.917 0.010 0.025 0.012 76 A 0.001 0.001 0.015 0.959 0.005 0.011 0.008 77 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.004 0.005 0.005 78 D 0.002 0.001 0.002 0.976 0.004 0.010 0.007 79 N 0.001 0.001 0.002 0.973 0.003 0.016 0.005 80 T 0.001 0.001 0.003 0.960 0.008 0.017 0.011 81 V 0.002 0.002 0.009 0.932 0.009 0.035 0.012 82 R 0.001 0.001 0.014 0.766 0.010 0.197 0.011 83 R 0.001 0.002 0.019 0.566 0.032 0.341 0.039 84 A 0.005 0.009 0.030 0.295 0.191 0.226 0.244 85 N 0.009 0.015 0.050 0.095 0.117 0.297 0.418 86 T 0.010 0.022 0.078 0.068 0.128 0.074 0.620 87 I 0.017 0.018 0.167 0.066 0.111 0.077 0.545 88 T 0.024 0.015 0.159 0.066 0.172 0.203 0.361 89 Q 0.017 0.028 0.085 0.050 0.224 0.119 0.476 90 K 0.010 0.027 0.029 0.013 0.246 0.032 0.643 91 D 0.005 0.008 0.143 0.046 0.140 0.499 0.158 92 G 0.009 0.007 0.154 0.029 0.151 0.521 0.130 93 I 0.034 0.037 0.119 0.037 0.212 0.116 0.445 94 R 0.061 0.049 0.025 0.030 0.140 0.089 0.606 95 F 0.058 0.071 0.009 0.019 0.288 0.045 0.510 96 E 0.022 0.047 0.001 0.025 0.172 0.009 0.724 97 V 0.001 0.001 0.012 0.964 0.006 0.009 0.008 98 D 0.001 0.001 0.009 0.970 0.005 0.013 0.003 99 D 0.001 0.001 0.008 0.977 0.002 0.011 0.002 100 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 101 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 102 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.010 0.002 103 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.003 104 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.003 105 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.010 0.002 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.012 0.003 107 V 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 0.008 0.008 108 R 0.002 0.001 0.004 0.967 0.004 0.015 0.007 109 E 0.003 0.001 0.006 0.894 0.007 0.084 0.006 110 Q 0.002 0.001 0.004 0.471 0.022 0.489 0.011 111 G 0.010 0.001 0.003 0.087 0.130 0.630 0.139 112 Y 0.094 0.024 0.006 0.030 0.144 0.046 0.656 113 A 0.403 0.067 0.011 0.023 0.090 0.021 0.386 114 S 0.358 0.039 0.018 0.024 0.135 0.041 0.385 115 A 0.221 0.020 0.015 0.027 0.103 0.038 0.576 116 E 0.077 0.007 0.178 0.190 0.105 0.302 0.141 117 H 0.048 0.004 0.191 0.192 0.120 0.350 0.095 118 I 0.090 0.011 0.191 0.221 0.116 0.215 0.157 119 P 0.136 0.042 0.094 0.174 0.131 0.116 0.307 120 F 0.167 0.023 0.067 0.087 0.175 0.108 0.372 121 V 0.062 0.010 0.067 0.047 0.205 0.496 0.113 122 G 0.103 0.004 0.033 0.012 0.159 0.563 0.127 123 G 0.576 0.012 0.006 0.003 0.072 0.019 0.312 124 G 0.864 0.005 0.002 0.001 0.025 0.004 0.099 125 T 0.963 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 126 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 127 C 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 128 V 0.905 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.084 129 L 0.836 0.006 0.001 0.001 0.016 0.002 0.139 130 L 0.704 0.009 0.002 0.001 0.037 0.007 0.239 131 P 0.582 0.090 0.004 0.002 0.086 0.019 0.216 132 M 0.139 0.015 0.011 0.003 0.083 0.065 0.684 133 T 0.023 0.006 0.024 0.004 0.182 0.645 0.116 134 I 0.013 0.005 0.020 0.004 0.242 0.658 0.058 135 Q 0.027 0.003 0.005 0.002 0.677 0.136 0.151 136 G 0.164 0.019 0.003 0.002 0.153 0.024 0.635 137 Q 0.648 0.020 0.001 0.001 0.023 0.002 0.307 138 P 0.913 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.055 139 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 140 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 141 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 142 G 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 143 L 0.833 0.003 0.003 0.003 0.029 0.005 0.125 144 G 0.530 0.007 0.009 0.009 0.137 0.019 0.289 145 G 0.179 0.023 0.029 0.026 0.260 0.044 0.439 146 A 0.103 0.023 0.109 0.076 0.180 0.147 0.362 147 L 0.071 0.013 0.252 0.107 0.118 0.217 0.222 148 D 0.071 0.011 0.212 0.122 0.163 0.204 0.217 149 R 0.069 0.018 0.150 0.111 0.175 0.192 0.285 150 I 0.034 0.023 0.030 0.060 0.266 0.055 0.532 151 K 0.011 0.005 0.009 0.052 0.130 0.022 0.770 152 Q 0.001 0.001 0.072 0.802 0.035 0.063 0.026 153 N 0.001 0.001 0.074 0.813 0.028 0.064 0.018 154 Y 0.001 0.001 0.080 0.833 0.014 0.049 0.023 155 D 0.001 0.001 0.016 0.935 0.009 0.024 0.014 156 R 0.001 0.001 0.010 0.910 0.010 0.054 0.014 157 Y 0.001 0.001 0.008 0.904 0.008 0.061 0.017 158 L 0.001 0.001 0.003 0.937 0.015 0.019 0.025 159 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.007 0.008 0.008 160 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.003 161 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 162 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 164 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.002 166 Q 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.003 167 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.003 168 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.013 0.006 169 K 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.006 0.008 170 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.003 0.013 0.004 171 S 0.001 0.001 0.006 0.936 0.004 0.050 0.004 172 D 0.001 0.001 0.007 0.896 0.009 0.079 0.008 173 S 0.001 0.001 0.005 0.470 0.071 0.394 0.058 174 F 0.001 0.002 0.005 0.039 0.120 0.593 0.241 175 H 0.007 0.014 0.011 0.016 0.212 0.094 0.646 176 Q 0.036 0.028 0.017 0.022 0.227 0.037 0.632 177 P 0.017 0.011 0.007 0.009 0.004 0.026 0.927 178 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999