# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2807 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.035 0.120 0.133 0.001 0.026 0.005 0.002 0.004 0.001 0.057 0.084 0.482 0.001 0.005 0.016 2 W 0.008 0.016 0.137 0.125 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.066 0.585 0.001 0.001 0.006 3 K 0.004 0.017 0.091 0.293 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.548 0.001 0.001 0.002 4 A 0.001 0.003 0.028 0.375 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.563 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.008 0.018 0.243 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.706 0.001 0.001 0.001 6 M 0.001 0.004 0.006 0.265 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.689 0.001 0.001 0.001 7 N 0.001 0.012 0.009 0.173 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.781 0.001 0.001 0.006 8 A 0.003 0.007 0.018 0.205 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.731 0.001 0.001 0.010 9 W 0.004 0.007 0.071 0.124 0.047 0.042 0.041 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.569 0.066 0.003 0.007 10 N 0.006 0.046 0.037 0.222 0.008 0.035 0.007 0.057 0.002 0.002 0.018 0.014 0.434 0.010 0.086 0.016 11 G 0.009 0.030 0.023 0.207 0.012 0.054 0.011 0.004 0.033 0.028 0.025 0.031 0.344 0.020 0.009 0.160 12 T 0.176 0.049 0.102 0.150 0.008 0.032 0.013 0.010 0.004 0.002 0.035 0.035 0.313 0.012 0.025 0.034 13 E 0.018 0.060 0.176 0.179 0.019 0.121 0.025 0.012 0.007 0.006 0.029 0.048 0.238 0.016 0.013 0.033 14 S 0.030 0.074 0.084 0.188 0.027 0.136 0.020 0.021 0.006 0.004 0.085 0.041 0.225 0.020 0.018 0.020 15 Q 0.021 0.136 0.072 0.262 0.009 0.053 0.012 0.024 0.014 0.008 0.072 0.083 0.165 0.006 0.022 0.042 16 S 0.047 0.057 0.138 0.213 0.022 0.101 0.048 0.007 0.016 0.008 0.037 0.067 0.166 0.024 0.010 0.039 17 K 0.043 0.090 0.278 0.295 0.004 0.024 0.008 0.022 0.005 0.002 0.042 0.025 0.115 0.002 0.023 0.023 18 N 0.017 0.059 0.131 0.322 0.010 0.206 0.012 0.005 0.017 0.008 0.011 0.045 0.108 0.005 0.003 0.041 19 V 0.062 0.052 0.154 0.265 0.025 0.078 0.020 0.011 0.003 0.002 0.153 0.017 0.131 0.009 0.007 0.012 20 S 0.010 0.165 0.089 0.267 0.019 0.127 0.011 0.028 0.007 0.004 0.032 0.130 0.077 0.009 0.013 0.012 21 N 0.024 0.089 0.088 0.217 0.042 0.121 0.041 0.023 0.020 0.009 0.081 0.039 0.125 0.022 0.014 0.046 22 I 0.051 0.097 0.156 0.156 0.014 0.095 0.033 0.035 0.015 0.006 0.082 0.061 0.114 0.010 0.043 0.033 23 Q 0.047 0.139 0.144 0.156 0.005 0.101 0.015 0.022 0.021 0.014 0.065 0.071 0.116 0.005 0.021 0.059 24 S 0.088 0.120 0.212 0.216 0.009 0.069 0.020 0.007 0.022 0.004 0.041 0.050 0.078 0.009 0.011 0.045 25 Y 0.047 0.050 0.382 0.337 0.002 0.029 0.005 0.007 0.003 0.002 0.024 0.029 0.056 0.001 0.009 0.017 26 S 0.018 0.052 0.213 0.262 0.009 0.305 0.008 0.003 0.005 0.003 0.010 0.026 0.061 0.002 0.001 0.022 27 F 0.023 0.061 0.117 0.382 0.008 0.091 0.006 0.008 0.002 0.001 0.177 0.024 0.091 0.001 0.002 0.004 28 E 0.001 0.027 0.013 0.061 0.002 0.550 0.001 0.004 0.001 0.002 0.028 0.207 0.100 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.012 0.003 0.010 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.639 0.064 0.216 0.001 0.001 0.001 30 M 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.715 0.198 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.920 0.001 0.001 0.002 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.989 0.001 0.001 0.002 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.871 0.098 0.001 0.002 34 V 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.010 0.742 0.006 0.216 0.006 35 G 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.007 0.005 0.002 0.010 0.332 0.098 0.004 0.516 36 K 0.255 0.005 0.054 0.004 0.001 0.011 0.025 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.416 0.034 0.133 0.041 37 H 0.006 0.163 0.293 0.010 0.001 0.004 0.015 0.002 0.008 0.002 0.006 0.005 0.056 0.005 0.020 0.403 38 D 0.181 0.015 0.103 0.060 0.011 0.323 0.128 0.002 0.006 0.002 0.007 0.021 0.078 0.027 0.009 0.027 39 P 0.025 0.274 0.299 0.053 0.001 0.063 0.007 0.024 0.001 0.001 0.186 0.005 0.028 0.003 0.018 0.014 40 N 0.005 0.800 0.016 0.142 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 41 V 0.053 0.002 0.563 0.376 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 V 0.002 0.002 0.750 0.239 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.006 0.939 0.036 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.051 0.003 0.917 0.004 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.011 0.002 0.479 0.014 0.476 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.023 0.248 0.027 0.429 0.021 0.062 0.002 0.015 0.004 0.001 0.159 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.003 0.274 0.056 0.538 0.004 0.044 0.001 0.011 0.007 0.004 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.002 48 E 0.003 0.012 0.039 0.081 0.014 0.792 0.004 0.003 0.004 0.005 0.013 0.013 0.013 0.001 0.001 0.003 49 P 0.004 0.038 0.009 0.022 0.003 0.094 0.001 0.007 0.001 0.001 0.769 0.016 0.031 0.001 0.002 0.002 50 S 0.002 0.096 0.003 0.017 0.001 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.077 0.749 0.028 0.001 0.002 0.002 51 E 0.023 0.067 0.114 0.066 0.002 0.020 0.024 0.002 0.005 0.001 0.036 0.117 0.450 0.008 0.015 0.050 52 Y 0.011 0.019 0.322 0.061 0.002 0.018 0.018 0.003 0.002 0.001 0.013 0.019 0.461 0.002 0.017 0.030 53 S 0.017 0.034 0.122 0.111 0.019 0.114 0.040 0.006 0.003 0.004 0.023 0.032 0.416 0.026 0.004 0.028 54 I 0.028 0.074 0.103 0.241 0.010 0.060 0.014 0.031 0.007 0.002 0.105 0.028 0.230 0.011 0.040 0.016 55 V 0.011 0.101 0.117 0.435 0.005 0.021 0.015 0.005 0.022 0.006 0.015 0.039 0.127 0.005 0.009 0.067 56 H 0.098 0.035 0.259 0.372 0.011 0.025 0.019 0.004 0.006 0.002 0.008 0.008 0.105 0.002 0.004 0.042 57 I 0.019 0.010 0.173 0.138 0.237 0.164 0.080 0.012 0.002 0.007 0.026 0.008 0.070 0.049 0.002 0.004 58 P 0.007 0.083 0.027 0.167 0.033 0.086 0.006 0.360 0.005 0.004 0.065 0.030 0.049 0.010 0.068 0.002 59 A 0.007 0.073 0.013 0.231 0.009 0.036 0.004 0.023 0.251 0.071 0.057 0.068 0.057 0.002 0.012 0.086 60 S 0.293 0.040 0.177 0.200 0.018 0.021 0.035 0.004 0.017 0.008 0.019 0.033 0.066 0.010 0.005 0.053 61 I 0.038 0.049 0.450 0.254 0.005 0.077 0.011 0.026 0.003 0.002 0.009 0.008 0.042 0.001 0.018 0.008 62 N 0.014 0.134 0.170 0.533 0.004 0.030 0.006 0.003 0.023 0.004 0.005 0.004 0.014 0.001 0.001 0.057 63 V 0.059 0.016 0.105 0.741 0.007 0.029 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.008 0.011 0.001 0.001 0.003 64 P 0.002 0.017 0.037 0.099 0.035 0.750 0.002 0.009 0.001 0.001 0.011 0.017 0.014 0.004 0.001 0.001 65 Y 0.002 0.062 0.004 0.100 0.017 0.060 0.002 0.019 0.005 0.001 0.669 0.017 0.030 0.002 0.005 0.003 66 R 0.008 0.094 0.013 0.097 0.003 0.025 0.003 0.012 0.010 0.005 0.040 0.627 0.047 0.003 0.008 0.008 67 S 0.049 0.107 0.202 0.141 0.003 0.021 0.027 0.007 0.022 0.004 0.020 0.031 0.179 0.004 0.015 0.168 68 H 0.023 0.010 0.259 0.069 0.014 0.233 0.074 0.003 0.004 0.003 0.020 0.012 0.247 0.007 0.006 0.016 69 P 0.013 0.089 0.071 0.037 0.031 0.126 0.022 0.041 0.001 0.003 0.270 0.051 0.201 0.025 0.012 0.007 70 D 0.006 0.069 0.011 0.053 0.022 0.067 0.013 0.052 0.022 0.010 0.154 0.290 0.136 0.042 0.041 0.012 71 A 0.022 0.041 0.064 0.035 0.006 0.020 0.034 0.012 0.021 0.007 0.091 0.108 0.323 0.035 0.087 0.094 72 F 0.072 0.040 0.143 0.039 0.002 0.022 0.024 0.009 0.009 0.005 0.025 0.065 0.316 0.007 0.059 0.163 73 A 0.091 0.033 0.258 0.056 0.007 0.088 0.041 0.004 0.007 0.005 0.032 0.029 0.237 0.017 0.008 0.087 74 L 0.024 0.191 0.459 0.151 0.001 0.011 0.005 0.006 0.002 0.002 0.021 0.017 0.063 0.001 0.009 0.038 75 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.036 0.001 0.001 0.001 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.977 0.010 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.950 0.001 0.001 0.008 79 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.002 80 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.001 0.001 81 K 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.973 0.002 0.002 0.007 82 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.127 0.819 0.002 0.005 83 I 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.108 0.003 0.852 0.003 84 G 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.935 85 I 0.813 0.001 0.086 0.017 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.003 0.004 86 P 0.002 0.065 0.849 0.042 0.001 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.007 87 K 0.018 0.022 0.022 0.623 0.013 0.232 0.005 0.003 0.013 0.006 0.010 0.015 0.009 0.001 0.001 0.007 88 P 0.050 0.140 0.141 0.313 0.031 0.081 0.007 0.030 0.003 0.002 0.128 0.043 0.020 0.004 0.002 0.005 89 D 0.003 0.056 0.014 0.093 0.024 0.634 0.007 0.024 0.010 0.003 0.034 0.071 0.016 0.003 0.005 0.002 90 S 0.015 0.104 0.037 0.068 0.005 0.073 0.005 0.023 0.010 0.003 0.553 0.041 0.030 0.002 0.012 0.020 91 A 0.036 0.576 0.056 0.146 0.001 0.008 0.004 0.004 0.031 0.002 0.008 0.076 0.005 0.001 0.007 0.037 92 K 0.068 0.045 0.520 0.322 0.001 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.014 93 E 0.011 0.050 0.666 0.263 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 L 0.002 0.002 0.072 0.921 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.002 0.051 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.033 0.003 0.864 0.016 0.075 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.001 0.008 0.001 0.037 0.035 0.894 0.001 0.006 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.143 0.001 0.019 0.203 0.015 0.006 0.022 0.002 0.005 0.555 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 100 S 0.004 0.071 0.009 0.035 0.004 0.035 0.004 0.310 0.028 0.009 0.019 0.302 0.006 0.001 0.162 0.001 101 G 0.007 0.011 0.050 0.010 0.005 0.035 0.011 0.004 0.110 0.189 0.110 0.032 0.137 0.002 0.011 0.275 102 K 0.371 0.040 0.024 0.016 0.010 0.021 0.009 0.008 0.003 0.004 0.094 0.232 0.137 0.013 0.006 0.011 103 R 0.009 0.020 0.064 0.014 0.005 0.106 0.015 0.012 0.002 0.005 0.108 0.239 0.379 0.005 0.014 0.005 104 G 0.002 0.005 0.009 0.004 0.001 0.040 0.001 0.002 0.001 0.003 0.124 0.114 0.686 0.001 0.002 0.005 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.281 0.592 0.001 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.170 0.817 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.979 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.021 0.011 0.005 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 114 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 0.001 115 G 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.966 116 Y 0.919 0.001 0.011 0.001 0.001 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 117 S 0.003 0.383 0.327 0.013 0.001 0.055 0.005 0.069 0.002 0.001 0.054 0.007 0.022 0.001 0.050 0.006 118 N 0.019 0.244 0.024 0.275 0.001 0.040 0.004 0.005 0.127 0.022 0.021 0.088 0.021 0.001 0.004 0.104 119 T 0.165 0.008 0.635 0.116 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.013 0.027 0.001 0.004 0.008 120 S 0.013 0.024 0.535 0.286 0.010 0.064 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.010 0.028 0.002 0.002 0.004 121 L 0.011 0.116 0.046 0.695 0.024 0.053 0.005 0.006 0.004 0.001 0.008 0.007 0.016 0.001 0.001 0.007 122 Y 0.003 0.009 0.029 0.237 0.402 0.124 0.126 0.009 0.002 0.005 0.021 0.004 0.022 0.006 0.001 0.001 123 P 0.010 0.082 0.044 0.260 0.013 0.062 0.011 0.396 0.007 0.004 0.041 0.015 0.032 0.001 0.018 0.003 124 G 0.004 0.016 0.010 0.108 0.008 0.104 0.003 0.013 0.135 0.311 0.147 0.070 0.045 0.001 0.002 0.022 125 S 0.044 0.011 0.008 0.025 0.002 0.128 0.001 0.004 0.004 0.003 0.129 0.503 0.133 0.001 0.001 0.003 126 M 0.001 0.006 0.006 0.005 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.438 0.126 0.385 0.001 0.001 0.001 127 N 0.001 0.011 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.506 0.439 0.001 0.001 0.001 128 D 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.966 0.001 0.001 0.006 129 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.982 0.002 0.001 0.002 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.002 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.950 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.954 0.002 133 G 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.011 0.001 0.001 0.012 0.005 0.013 0.910 134 G 0.941 0.001 0.015 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.011 135 D 0.042 0.095 0.652 0.024 0.001 0.043 0.003 0.003 0.001 0.001 0.061 0.011 0.044 0.001 0.003 0.017 136 K 0.023 0.213 0.069 0.370 0.010 0.080 0.009 0.002 0.005 0.001 0.027 0.155 0.020 0.009 0.001 0.005 137 L 0.006 0.046 0.284 0.446 0.029 0.030 0.050 0.010 0.001 0.001 0.018 0.017 0.048 0.004 0.006 0.004 138 D 0.008 0.042 0.090 0.248 0.043 0.308 0.073 0.041 0.007 0.005 0.020 0.020 0.061 0.007 0.007 0.019 139 L 0.032 0.049 0.033 0.148 0.050 0.066 0.028 0.054 0.032 0.019 0.381 0.023 0.046 0.010 0.012 0.017