# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2807 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.103 0.085 0.133 0.111 0.073 0.117 0.069 0.051 0.027 0.015 2 W 0.024 0.026 0.031 0.050 0.050 0.062 0.130 0.130 0.194 0.170 0.132 3 K 0.016 0.047 0.047 0.115 0.136 0.160 0.174 0.111 0.097 0.057 0.041 4 A 0.004 0.006 0.019 0.025 0.047 0.037 0.099 0.204 0.186 0.169 0.204 5 V 0.002 0.003 0.013 0.024 0.052 0.041 0.099 0.203 0.189 0.194 0.181 6 M 0.001 0.002 0.009 0.013 0.021 0.027 0.071 0.103 0.246 0.282 0.227 7 N 0.003 0.008 0.026 0.056 0.089 0.097 0.168 0.145 0.182 0.133 0.092 8 A 0.003 0.007 0.024 0.033 0.052 0.064 0.155 0.177 0.204 0.170 0.111 9 W 0.003 0.006 0.017 0.028 0.039 0.051 0.106 0.134 0.202 0.203 0.211 10 N 0.006 0.008 0.017 0.024 0.041 0.046 0.107 0.149 0.200 0.185 0.218 11 G 0.009 0.014 0.028 0.057 0.089 0.077 0.131 0.147 0.169 0.142 0.135 12 T 0.008 0.010 0.018 0.027 0.042 0.048 0.106 0.136 0.201 0.186 0.218 13 E 0.063 0.065 0.058 0.158 0.166 0.121 0.150 0.089 0.065 0.036 0.027 14 S 0.047 0.037 0.040 0.072 0.081 0.083 0.147 0.134 0.142 0.112 0.105 15 Q 0.067 0.088 0.054 0.151 0.144 0.113 0.139 0.092 0.071 0.047 0.034 16 S 0.113 0.094 0.050 0.105 0.092 0.090 0.135 0.095 0.098 0.075 0.052 17 K 0.177 0.123 0.072 0.171 0.134 0.097 0.093 0.055 0.039 0.024 0.015 18 N 0.190 0.187 0.083 0.168 0.101 0.078 0.083 0.046 0.033 0.022 0.011 19 V 0.047 0.045 0.026 0.073 0.084 0.111 0.153 0.124 0.139 0.111 0.086 20 S 0.264 0.167 0.078 0.147 0.110 0.068 0.070 0.044 0.027 0.016 0.009 21 N 0.140 0.127 0.087 0.182 0.123 0.096 0.099 0.059 0.043 0.029 0.014 22 I 0.060 0.079 0.039 0.095 0.097 0.120 0.155 0.115 0.107 0.085 0.048 23 Q 0.242 0.219 0.071 0.191 0.107 0.057 0.053 0.032 0.016 0.009 0.004 24 S 0.200 0.108 0.074 0.145 0.112 0.103 0.101 0.068 0.043 0.031 0.016 25 Y 0.106 0.081 0.054 0.126 0.128 0.146 0.155 0.091 0.061 0.036 0.017 26 S 0.096 0.145 0.065 0.135 0.110 0.108 0.138 0.083 0.063 0.039 0.019 27 F 0.025 0.031 0.025 0.048 0.069 0.119 0.202 0.135 0.151 0.118 0.077 28 E 0.357 0.313 0.117 0.131 0.048 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 29 D 0.262 0.125 0.078 0.180 0.119 0.080 0.081 0.042 0.019 0.010 0.004 30 M 0.165 0.101 0.074 0.147 0.124 0.115 0.132 0.075 0.037 0.022 0.009 31 K 0.049 0.076 0.137 0.223 0.169 0.122 0.119 0.065 0.025 0.012 0.004 32 R 0.012 0.018 0.111 0.096 0.105 0.181 0.213 0.120 0.074 0.054 0.016 33 I 0.009 0.023 0.133 0.108 0.097 0.145 0.202 0.113 0.086 0.066 0.019 34 V 0.013 0.037 0.194 0.159 0.131 0.150 0.151 0.080 0.047 0.030 0.009 35 G 0.049 0.063 0.189 0.139 0.123 0.114 0.141 0.085 0.049 0.034 0.014 36 K 0.099 0.079 0.120 0.125 0.117 0.108 0.149 0.094 0.054 0.038 0.016 37 H 0.168 0.249 0.121 0.136 0.089 0.076 0.080 0.040 0.021 0.014 0.006 38 D 0.208 0.279 0.083 0.140 0.096 0.067 0.059 0.033 0.017 0.011 0.007 39 P 0.618 0.164 0.038 0.069 0.040 0.023 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 40 N 0.329 0.188 0.067 0.174 0.093 0.057 0.050 0.022 0.011 0.006 0.003 41 V 0.005 0.008 0.011 0.022 0.033 0.071 0.119 0.127 0.223 0.218 0.162 42 V 0.005 0.027 0.027 0.094 0.131 0.204 0.218 0.117 0.096 0.055 0.027 43 L 0.001 0.003 0.011 0.014 0.022 0.037 0.078 0.121 0.215 0.253 0.245 44 V 0.002 0.002 0.005 0.011 0.024 0.052 0.097 0.130 0.222 0.253 0.201 45 D 0.008 0.013 0.018 0.070 0.109 0.085 0.164 0.198 0.151 0.114 0.069 46 V 0.003 0.004 0.009 0.014 0.025 0.038 0.079 0.117 0.217 0.248 0.245 47 R 0.014 0.022 0.022 0.063 0.106 0.119 0.213 0.159 0.136 0.090 0.056 48 E 0.075 0.262 0.119 0.196 0.101 0.078 0.080 0.039 0.028 0.015 0.007 49 P 0.258 0.119 0.050 0.141 0.124 0.098 0.108 0.052 0.028 0.014 0.010 50 S 0.671 0.136 0.048 0.066 0.028 0.016 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 51 E 0.061 0.106 0.070 0.191 0.151 0.134 0.133 0.070 0.043 0.027 0.015 52 Y 0.015 0.020 0.019 0.030 0.044 0.082 0.127 0.134 0.185 0.201 0.143 53 S 0.081 0.186 0.168 0.236 0.132 0.076 0.059 0.032 0.017 0.010 0.004 54 I 0.075 0.070 0.115 0.177 0.141 0.129 0.117 0.080 0.048 0.033 0.016 55 V 0.155 0.085 0.058 0.125 0.108 0.110 0.124 0.099 0.067 0.045 0.024 56 H 0.042 0.068 0.036 0.113 0.116 0.123 0.176 0.133 0.098 0.060 0.036 57 I 0.008 0.008 0.010 0.018 0.032 0.045 0.091 0.124 0.186 0.209 0.269 58 P 0.199 0.173 0.118 0.210 0.140 0.059 0.049 0.026 0.015 0.008 0.004 59 A 0.077 0.057 0.047 0.142 0.129 0.121 0.174 0.103 0.077 0.047 0.027 60 S 0.007 0.009 0.008 0.021 0.029 0.039 0.065 0.097 0.198 0.231 0.296 61 I 0.019 0.030 0.020 0.081 0.115 0.141 0.199 0.142 0.126 0.081 0.047 62 N 0.017 0.026 0.046 0.083 0.092 0.104 0.129 0.115 0.144 0.130 0.114 63 V 0.005 0.005 0.007 0.015 0.029 0.050 0.099 0.123 0.213 0.219 0.235 64 P 0.071 0.094 0.052 0.175 0.151 0.093 0.128 0.092 0.074 0.047 0.025 65 Y 0.018 0.019 0.019 0.051 0.068 0.107 0.174 0.141 0.169 0.133 0.101 66 R 0.201 0.138 0.085 0.184 0.128 0.083 0.081 0.045 0.029 0.017 0.010 67 S 0.177 0.175 0.075 0.174 0.113 0.087 0.091 0.051 0.030 0.017 0.010 68 H 0.067 0.068 0.030 0.066 0.070 0.082 0.121 0.113 0.140 0.126 0.119 69 P 0.259 0.162 0.051 0.141 0.113 0.078 0.086 0.051 0.030 0.019 0.009 70 D 0.338 0.178 0.119 0.173 0.078 0.043 0.032 0.019 0.011 0.006 0.003 71 A 0.146 0.101 0.055 0.134 0.116 0.111 0.134 0.088 0.058 0.037 0.021 72 F 0.067 0.073 0.036 0.107 0.110 0.115 0.155 0.133 0.101 0.063 0.039 73 A 0.204 0.129 0.108 0.160 0.123 0.075 0.082 0.057 0.032 0.018 0.010 74 L 0.125 0.095 0.086 0.151 0.129 0.107 0.123 0.080 0.050 0.034 0.020 75 D 0.166 0.242 0.085 0.151 0.108 0.066 0.075 0.049 0.030 0.019 0.009 76 P 0.278 0.138 0.052 0.134 0.115 0.086 0.094 0.054 0.028 0.014 0.007 77 L 0.449 0.096 0.083 0.122 0.078 0.050 0.058 0.033 0.016 0.009 0.005 78 E 0.123 0.140 0.134 0.228 0.153 0.081 0.078 0.037 0.016 0.008 0.004 79 F 0.008 0.014 0.023 0.041 0.062 0.091 0.169 0.164 0.183 0.151 0.093 80 E 0.030 0.035 0.095 0.144 0.170 0.144 0.179 0.104 0.054 0.034 0.011 81 K 0.028 0.064 0.419 0.245 0.110 0.058 0.041 0.020 0.009 0.005 0.002 82 Q 0.016 0.031 0.093 0.116 0.117 0.155 0.190 0.116 0.081 0.057 0.029 83 I 0.018 0.014 0.020 0.030 0.045 0.077 0.161 0.158 0.199 0.169 0.108 84 G 0.111 0.148 0.214 0.217 0.135 0.062 0.054 0.031 0.015 0.008 0.004 85 I 0.058 0.050 0.107 0.118 0.124 0.126 0.166 0.101 0.071 0.050 0.029 86 P 0.217 0.158 0.071 0.126 0.102 0.085 0.109 0.063 0.037 0.022 0.011 87 K 0.251 0.228 0.076 0.159 0.098 0.062 0.059 0.034 0.018 0.009 0.005 88 P 0.238 0.086 0.043 0.089 0.090 0.087 0.123 0.087 0.068 0.052 0.036 89 D 0.262 0.302 0.076 0.138 0.078 0.048 0.044 0.022 0.014 0.010 0.005 90 S 0.179 0.225 0.059 0.169 0.120 0.089 0.076 0.041 0.023 0.014 0.006 91 A 0.376 0.184 0.042 0.112 0.074 0.059 0.058 0.039 0.026 0.020 0.010 92 K 0.090 0.097 0.057 0.180 0.150 0.124 0.137 0.085 0.045 0.024 0.010 93 E 0.047 0.099 0.078 0.219 0.172 0.141 0.117 0.064 0.034 0.020 0.008 94 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.031 0.068 0.087 0.244 0.300 0.249 95 I 0.004 0.011 0.017 0.058 0.091 0.153 0.192 0.142 0.145 0.120 0.067 96 F 0.002 0.003 0.010 0.013 0.021 0.038 0.075 0.113 0.229 0.272 0.223 97 Y 0.003 0.006 0.013 0.033 0.067 0.080 0.148 0.172 0.186 0.162 0.131 98 C 0.004 0.004 0.008 0.019 0.031 0.048 0.115 0.152 0.227 0.207 0.184 99 A 0.053 0.078 0.075 0.177 0.169 0.126 0.138 0.083 0.052 0.029 0.020 100 S 0.050 0.080 0.051 0.124 0.128 0.112 0.171 0.126 0.079 0.047 0.032 101 G 0.185 0.080 0.038 0.096 0.093 0.093 0.133 0.095 0.080 0.062 0.045 102 K 0.266 0.141 0.080 0.161 0.105 0.074 0.076 0.043 0.026 0.018 0.011 103 R 0.024 0.076 0.043 0.105 0.124 0.171 0.177 0.106 0.084 0.060 0.030 104 G 0.010 0.018 0.015 0.034 0.059 0.072 0.128 0.143 0.189 0.165 0.167 105 G 0.125 0.047 0.079 0.154 0.151 0.120 0.147 0.091 0.048 0.026 0.013 106 E 0.030 0.071 0.103 0.270 0.191 0.126 0.122 0.046 0.024 0.011 0.006 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.045 0.142 0.215 0.573 108 Q 0.001 0.001 0.004 0.013 0.053 0.093 0.168 0.150 0.193 0.190 0.135 109 K 0.005 0.018 0.418 0.219 0.145 0.080 0.063 0.026 0.015 0.009 0.003 110 V 0.001 0.002 0.017 0.029 0.051 0.208 0.308 0.120 0.126 0.094 0.044 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 0.168 0.302 0.495 112 S 0.007 0.012 0.032 0.077 0.159 0.171 0.266 0.129 0.078 0.045 0.023 113 S 0.014 0.072 0.418 0.209 0.114 0.080 0.044 0.021 0.013 0.010 0.005 114 H 0.026 0.023 0.022 0.045 0.074 0.189 0.273 0.158 0.094 0.061 0.034 115 G 0.303 0.199 0.031 0.099 0.060 0.051 0.082 0.069 0.051 0.034 0.022 116 Y 0.018 0.016 0.014 0.039 0.059 0.089 0.140 0.134 0.163 0.152 0.177 117 S 0.227 0.218 0.130 0.177 0.118 0.051 0.037 0.021 0.010 0.006 0.003 118 N 0.149 0.158 0.058 0.218 0.139 0.097 0.094 0.048 0.022 0.012 0.006 119 T 0.014 0.008 0.005 0.010 0.016 0.030 0.056 0.079 0.186 0.266 0.330 120 S 0.064 0.095 0.050 0.238 0.213 0.130 0.099 0.058 0.030 0.016 0.008 121 L 0.017 0.036 0.041 0.074 0.076 0.122 0.135 0.115 0.151 0.140 0.092 122 Y 0.004 0.007 0.005 0.016 0.029 0.056 0.115 0.125 0.211 0.195 0.237 123 P 0.295 0.155 0.055 0.177 0.123 0.063 0.059 0.035 0.021 0.011 0.006 124 G 0.215 0.064 0.048 0.139 0.122 0.103 0.120 0.077 0.052 0.037 0.023 125 S 0.022 0.046 0.016 0.064 0.078 0.111 0.153 0.124 0.155 0.134 0.096 126 M 0.005 0.010 0.005 0.023 0.040 0.063 0.123 0.147 0.215 0.195 0.173 127 N 0.156 0.093 0.128 0.204 0.167 0.098 0.078 0.040 0.020 0.010 0.005 128 D 0.147 0.118 0.129 0.274 0.140 0.071 0.068 0.029 0.013 0.007 0.003 129 W 0.003 0.003 0.003 0.009 0.013 0.030 0.061 0.081 0.226 0.278 0.293 130 V 0.021 0.024 0.020 0.077 0.127 0.130 0.226 0.153 0.107 0.076 0.038 131 S 0.025 0.125 0.385 0.225 0.098 0.065 0.034 0.018 0.012 0.009 0.003 132 H 0.055 0.059 0.054 0.105 0.124 0.198 0.191 0.096 0.063 0.036 0.020 133 G 0.562 0.176 0.027 0.064 0.031 0.023 0.040 0.032 0.022 0.016 0.007 134 G 0.099 0.071 0.028 0.091 0.096 0.136 0.156 0.102 0.100 0.073 0.048 135 D 0.403 0.284 0.082 0.119 0.060 0.021 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 136 K 0.189 0.115 0.044 0.135 0.117 0.111 0.122 0.078 0.047 0.028 0.015 137 L 0.079 0.052 0.022 0.060 0.071 0.114 0.187 0.148 0.122 0.088 0.058 138 D 0.172 0.322 0.104 0.217 0.099 0.038 0.025 0.013 0.006 0.003 0.002 139 L 0.130 0.057 0.035 0.082 0.098 0.107 0.149 0.119 0.099 0.073 0.053