# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2807 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.012 0.013 0.013 0.014 0.036 0.003 0.886 2 W 0.024 0.022 0.040 0.121 0.191 0.065 0.003 0.534 3 K 0.020 0.038 0.107 0.202 0.358 0.043 0.003 0.228 4 A 0.024 0.170 0.106 0.164 0.219 0.037 0.004 0.276 5 V 0.032 0.131 0.295 0.140 0.255 0.025 0.004 0.117 6 M 0.013 0.151 0.275 0.203 0.260 0.013 0.004 0.080 7 N 0.009 0.090 0.337 0.149 0.292 0.013 0.006 0.103 8 A 0.035 0.090 0.246 0.124 0.239 0.040 0.013 0.212 9 W 0.038 0.080 0.238 0.112 0.174 0.074 0.015 0.269 10 N 0.030 0.046 0.160 0.091 0.189 0.082 0.014 0.387 11 G 0.071 0.035 0.108 0.049 0.112 0.079 0.015 0.531 12 T 0.084 0.029 0.094 0.062 0.121 0.100 0.011 0.499 13 E 0.052 0.029 0.096 0.079 0.109 0.099 0.007 0.530 14 S 0.057 0.042 0.056 0.072 0.118 0.090 0.007 0.558 15 Q 0.096 0.040 0.052 0.067 0.122 0.097 0.012 0.514 16 S 0.118 0.045 0.045 0.061 0.099 0.111 0.018 0.502 17 K 0.124 0.041 0.047 0.058 0.073 0.103 0.017 0.537 18 N 0.070 0.033 0.037 0.059 0.079 0.181 0.013 0.528 19 V 0.061 0.034 0.042 0.040 0.089 0.083 0.008 0.643 20 S 0.031 0.031 0.032 0.039 0.065 0.313 0.009 0.479 21 N 0.162 0.029 0.034 0.030 0.049 0.143 0.030 0.523 22 I 0.164 0.097 0.064 0.046 0.071 0.135 0.017 0.406 23 Q 0.056 0.035 0.038 0.028 0.034 0.170 0.012 0.626 24 S 0.092 0.041 0.049 0.029 0.060 0.088 0.018 0.624 25 Y 0.172 0.046 0.077 0.054 0.065 0.127 0.017 0.443 26 S 0.071 0.034 0.063 0.038 0.056 0.103 0.011 0.625 27 F 0.071 0.036 0.205 0.043 0.104 0.066 0.009 0.466 28 E 0.020 0.039 0.041 0.016 0.046 0.235 0.005 0.598 29 D 0.009 0.029 0.031 0.003 0.022 0.060 0.003 0.844 30 M 0.009 0.117 0.012 0.002 0.009 0.243 0.004 0.604 31 K 0.046 0.138 0.006 0.002 0.004 0.650 0.009 0.145 32 R 0.036 0.840 0.002 0.001 0.002 0.039 0.003 0.076 33 I 0.025 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 34 V 0.052 0.894 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.034 35 G 0.184 0.700 0.002 0.003 0.003 0.004 0.068 0.035 36 K 0.279 0.544 0.009 0.010 0.006 0.008 0.070 0.073 37 H 0.191 0.247 0.047 0.011 0.008 0.050 0.144 0.302 38 D 0.309 0.078 0.079 0.017 0.012 0.048 0.036 0.421 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 N 0.046 0.002 0.098 0.035 0.022 0.299 0.009 0.488 41 V 0.373 0.003 0.168 0.033 0.029 0.051 0.011 0.332 42 V 0.011 0.001 0.692 0.100 0.107 0.028 0.001 0.059 43 L 0.002 0.001 0.830 0.040 0.038 0.029 0.001 0.060 44 V 0.001 0.001 0.836 0.057 0.089 0.005 0.001 0.012 45 D 0.001 0.001 0.638 0.113 0.137 0.024 0.001 0.087 46 V 0.001 0.001 0.568 0.058 0.135 0.043 0.001 0.193 47 R 0.003 0.001 0.252 0.060 0.079 0.336 0.003 0.266 48 E 0.007 0.001 0.057 0.022 0.042 0.191 0.003 0.676 49 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 50 S 0.003 0.002 0.003 0.004 0.010 0.359 0.001 0.618 51 E 0.485 0.014 0.006 0.006 0.010 0.118 0.023 0.338 52 Y 0.477 0.192 0.011 0.021 0.024 0.043 0.007 0.225 53 S 0.172 0.250 0.022 0.062 0.084 0.110 0.010 0.290 54 I 0.111 0.293 0.026 0.046 0.087 0.044 0.017 0.376 55 V 0.217 0.233 0.044 0.066 0.107 0.063 0.031 0.239 56 H 0.161 0.090 0.081 0.071 0.080 0.059 0.047 0.412 57 I 0.066 0.055 0.211 0.117 0.122 0.111 0.011 0.307 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 59 A 0.016 0.006 0.065 0.032 0.079 0.190 0.006 0.607 60 S 0.266 0.016 0.125 0.030 0.041 0.047 0.010 0.465 61 I 0.091 0.022 0.232 0.155 0.180 0.070 0.008 0.240 62 N 0.041 0.017 0.108 0.088 0.156 0.057 0.011 0.522 63 V 0.061 0.009 0.253 0.147 0.191 0.068 0.005 0.266 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 65 Y 0.013 0.004 0.084 0.036 0.186 0.080 0.003 0.593 66 R 0.064 0.014 0.021 0.019 0.022 0.290 0.011 0.559 67 S 0.472 0.009 0.010 0.007 0.011 0.084 0.050 0.356 68 H 0.387 0.044 0.035 0.016 0.029 0.099 0.008 0.381 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 70 D 0.020 0.009 0.006 0.006 0.025 0.171 0.005 0.758 71 A 0.482 0.047 0.011 0.007 0.017 0.041 0.012 0.384 72 F 0.302 0.089 0.022 0.019 0.024 0.128 0.013 0.402 73 A 0.349 0.072 0.045 0.024 0.038 0.070 0.023 0.380 74 L 0.363 0.070 0.037 0.013 0.020 0.071 0.025 0.403 75 D 0.065 0.045 0.015 0.010 0.018 0.344 0.010 0.491 76 P 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 77 L 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.554 0.001 0.434 78 E 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.902 0.007 0.025 79 F 0.060 0.861 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.059 80 E 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 81 K 0.034 0.900 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.042 82 Q 0.063 0.888 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.014 83 I 0.117 0.816 0.006 0.006 0.005 0.004 0.021 0.025 84 G 0.120 0.463 0.126 0.015 0.009 0.044 0.088 0.136 85 I 0.218 0.206 0.155 0.027 0.019 0.030 0.044 0.301 86 P 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.988 87 K 0.042 0.010 0.031 0.025 0.036 0.084 0.007 0.766 88 P 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.987 89 D 0.048 0.007 0.015 0.050 0.066 0.216 0.005 0.592 90 S 0.023 0.002 0.004 0.002 0.004 0.017 0.002 0.945 91 A 0.095 0.006 0.021 0.011 0.016 0.389 0.025 0.436 92 K 0.828 0.001 0.019 0.008 0.004 0.037 0.033 0.070 93 E 0.084 0.006 0.164 0.038 0.025 0.177 0.007 0.498 94 L 0.010 0.001 0.444 0.123 0.123 0.153 0.002 0.145 95 I 0.002 0.001 0.756 0.050 0.093 0.043 0.001 0.055 96 F 0.001 0.001 0.658 0.121 0.177 0.011 0.001 0.031 97 Y 0.001 0.001 0.779 0.066 0.107 0.009 0.001 0.038 98 C 0.001 0.001 0.629 0.061 0.083 0.058 0.001 0.167 99 A 0.002 0.001 0.355 0.034 0.087 0.184 0.002 0.336 100 S 0.005 0.001 0.075 0.009 0.023 0.357 0.007 0.523 101 G 0.300 0.002 0.050 0.008 0.015 0.110 0.053 0.461 102 K 0.278 0.012 0.038 0.010 0.009 0.219 0.013 0.420 103 R 0.051 0.016 0.017 0.006 0.010 0.241 0.004 0.653 104 G 0.106 0.042 0.013 0.005 0.028 0.118 0.005 0.684 105 G 0.047 0.055 0.009 0.003 0.013 0.149 0.003 0.720 106 E 0.030 0.156 0.008 0.002 0.007 0.173 0.002 0.621 107 A 0.028 0.645 0.004 0.001 0.003 0.049 0.002 0.268 108 Q 0.006 0.912 0.002 0.001 0.002 0.026 0.001 0.050 109 K 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 110 V 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 111 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 112 S 0.028 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 113 S 0.054 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 114 H 0.278 0.499 0.006 0.001 0.001 0.003 0.192 0.021 115 G 0.418 0.046 0.051 0.003 0.001 0.009 0.396 0.076 116 Y 0.047 0.037 0.656 0.027 0.007 0.066 0.014 0.147 117 S 0.013 0.011 0.242 0.029 0.016 0.159 0.006 0.525 118 N 0.071 0.014 0.111 0.018 0.034 0.158 0.012 0.582 119 T 0.136 0.022 0.271 0.039 0.045 0.075 0.008 0.404 120 S 0.027 0.008 0.411 0.182 0.154 0.079 0.005 0.133 121 L 0.027 0.022 0.169 0.054 0.067 0.098 0.010 0.553 122 Y 0.043 0.013 0.362 0.069 0.174 0.063 0.005 0.271 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 G 0.012 0.002 0.046 0.011 0.025 0.116 0.003 0.784 125 S 0.188 0.015 0.028 0.009 0.018 0.113 0.009 0.619 126 M 0.120 0.063 0.053 0.012 0.060 0.101 0.006 0.587 127 N 0.011 0.065 0.010 0.005 0.022 0.154 0.002 0.730 128 D 0.048 0.171 0.008 0.006 0.012 0.276 0.006 0.474 129 W 0.055 0.733 0.003 0.003 0.007 0.080 0.003 0.116 130 V 0.042 0.894 0.003 0.004 0.005 0.014 0.003 0.034 131 S 0.039 0.909 0.002 0.002 0.004 0.003 0.010 0.030 132 H 0.267 0.530 0.005 0.004 0.007 0.005 0.132 0.049 133 G 0.427 0.145 0.023 0.009 0.007 0.011 0.266 0.111 134 G 0.160 0.065 0.290 0.038 0.017 0.085 0.048 0.298 135 D 0.009 0.003 0.030 0.007 0.004 0.041 0.004 0.902 136 K 0.032 0.005 0.075 0.034 0.079 0.068 0.007 0.701 137 L 0.106 0.009 0.183 0.098 0.088 0.128 0.007 0.381 138 D 0.027 0.009 0.042 0.047 0.050 0.139 0.004 0.683 139 L 0.027 0.012 0.069 0.040 0.134 0.041 0.004 0.673