# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2807 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.463 0.118 0.110 0.101 0.082 0.030 0.056 0.013 0.021 0.006 0.001 2 W 0.451 0.275 0.188 0.037 0.019 0.019 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 3 K 0.570 0.258 0.076 0.019 0.050 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 4 A 0.532 0.291 0.085 0.022 0.039 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 5 V 0.621 0.292 0.035 0.015 0.017 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 M 0.706 0.127 0.063 0.028 0.047 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 7 N 0.615 0.116 0.067 0.091 0.052 0.020 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 8 A 0.571 0.196 0.080 0.087 0.028 0.014 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 9 W 0.375 0.223 0.175 0.120 0.033 0.033 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 10 N 0.279 0.139 0.220 0.181 0.049 0.033 0.069 0.005 0.020 0.004 0.001 11 G 0.180 0.069 0.157 0.107 0.142 0.048 0.096 0.110 0.016 0.074 0.001 12 T 0.279 0.265 0.226 0.132 0.044 0.024 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 13 E 0.297 0.218 0.256 0.079 0.056 0.045 0.015 0.002 0.028 0.004 0.001 14 S 0.301 0.189 0.272 0.096 0.045 0.048 0.016 0.002 0.025 0.002 0.003 15 Q 0.328 0.232 0.183 0.126 0.057 0.029 0.014 0.003 0.025 0.002 0.001 16 S 0.213 0.224 0.253 0.132 0.067 0.047 0.026 0.004 0.032 0.003 0.001 17 K 0.225 0.309 0.219 0.130 0.045 0.026 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 18 N 0.105 0.196 0.338 0.084 0.086 0.090 0.039 0.006 0.045 0.010 0.001 19 V 0.399 0.187 0.246 0.086 0.026 0.024 0.006 0.001 0.019 0.002 0.004 20 S 0.427 0.131 0.192 0.147 0.032 0.031 0.019 0.003 0.015 0.003 0.001 21 N 0.239 0.141 0.192 0.186 0.079 0.049 0.050 0.015 0.037 0.010 0.001 22 I 0.257 0.217 0.297 0.117 0.033 0.028 0.022 0.003 0.022 0.002 0.002 23 Q 0.241 0.204 0.287 0.116 0.041 0.045 0.033 0.004 0.023 0.004 0.002 24 S 0.211 0.241 0.258 0.126 0.069 0.037 0.025 0.004 0.023 0.003 0.002 25 Y 0.157 0.394 0.235 0.074 0.066 0.032 0.010 0.002 0.028 0.001 0.001 26 S 0.136 0.367 0.313 0.048 0.039 0.066 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 27 F 0.185 0.379 0.255 0.057 0.048 0.047 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 28 E 0.219 0.150 0.386 0.034 0.055 0.096 0.011 0.001 0.044 0.004 0.001 29 D 0.913 0.006 0.054 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 M 0.987 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.982 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.981 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.969 0.010 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 V 0.833 0.010 0.018 0.122 0.007 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 35 G 0.599 0.014 0.053 0.163 0.021 0.009 0.044 0.064 0.009 0.024 0.001 36 K 0.444 0.046 0.144 0.316 0.008 0.017 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 37 H 0.150 0.068 0.139 0.440 0.019 0.041 0.107 0.014 0.012 0.009 0.001 38 D 0.019 0.141 0.265 0.030 0.041 0.054 0.102 0.003 0.319 0.024 0.001 39 P 0.553 0.005 0.283 0.067 0.006 0.007 0.003 0.001 0.002 0.003 0.071 40 N 0.131 0.071 0.083 0.486 0.069 0.046 0.052 0.045 0.012 0.005 0.001 41 V 0.021 0.604 0.240 0.043 0.052 0.016 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 42 V 0.007 0.789 0.158 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 L 0.006 0.527 0.282 0.006 0.014 0.154 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 44 V 0.009 0.867 0.054 0.007 0.034 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 45 D 0.005 0.153 0.473 0.013 0.066 0.176 0.042 0.001 0.069 0.002 0.001 46 V 0.312 0.200 0.251 0.082 0.076 0.021 0.005 0.001 0.027 0.003 0.022 47 R 0.185 0.333 0.256 0.104 0.044 0.047 0.007 0.005 0.013 0.003 0.002 48 E 0.012 0.188 0.602 0.004 0.022 0.036 0.005 0.001 0.127 0.002 0.002 49 P 0.535 0.003 0.401 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 50 S 0.750 0.024 0.106 0.075 0.010 0.018 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 51 E 0.630 0.046 0.081 0.190 0.013 0.016 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 52 Y 0.450 0.154 0.139 0.170 0.027 0.017 0.017 0.003 0.020 0.002 0.001 53 S 0.482 0.141 0.182 0.091 0.027 0.029 0.027 0.002 0.013 0.002 0.003 54 I 0.405 0.213 0.107 0.184 0.034 0.018 0.018 0.002 0.015 0.002 0.001 55 V 0.195 0.220 0.195 0.230 0.057 0.032 0.036 0.003 0.026 0.004 0.001 56 H 0.105 0.213 0.355 0.120 0.043 0.081 0.048 0.006 0.023 0.004 0.002 57 I 0.025 0.405 0.323 0.009 0.024 0.025 0.006 0.001 0.178 0.004 0.001 58 P 0.267 0.006 0.624 0.026 0.003 0.018 0.002 0.001 0.003 0.001 0.050 59 A 0.198 0.066 0.116 0.208 0.087 0.025 0.058 0.205 0.010 0.027 0.001 60 S 0.116 0.239 0.282 0.129 0.107 0.042 0.035 0.017 0.021 0.010 0.001 61 I 0.131 0.469 0.232 0.096 0.025 0.020 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 62 N 0.090 0.229 0.319 0.111 0.067 0.118 0.031 0.004 0.021 0.005 0.005 63 V 0.016 0.484 0.284 0.005 0.041 0.012 0.003 0.001 0.152 0.002 0.001 64 P 0.067 0.006 0.829 0.004 0.003 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 65 Y 0.583 0.059 0.207 0.099 0.015 0.016 0.005 0.002 0.011 0.001 0.002 66 R 0.431 0.079 0.194 0.132 0.059 0.034 0.037 0.010 0.015 0.008 0.001 67 S 0.269 0.095 0.159 0.369 0.026 0.034 0.022 0.005 0.015 0.004 0.002 68 H 0.085 0.178 0.407 0.018 0.038 0.022 0.016 0.001 0.222 0.012 0.001 69 P 0.732 0.002 0.207 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 70 D 0.600 0.022 0.073 0.245 0.012 0.018 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 71 A 0.641 0.031 0.110 0.120 0.028 0.014 0.027 0.012 0.009 0.007 0.001 72 F 0.567 0.058 0.079 0.251 0.010 0.009 0.014 0.002 0.009 0.001 0.001 73 A 0.307 0.105 0.236 0.178 0.035 0.053 0.047 0.003 0.031 0.003 0.002 74 L 0.206 0.173 0.436 0.100 0.012 0.045 0.010 0.001 0.011 0.002 0.005 75 D 0.019 0.100 0.603 0.010 0.027 0.085 0.009 0.001 0.139 0.007 0.001 76 P 0.920 0.001 0.060 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 77 L 0.971 0.001 0.004 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.916 0.004 0.006 0.067 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 F 0.944 0.009 0.008 0.030 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.980 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.968 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.905 0.010 0.007 0.066 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 83 I 0.518 0.017 0.048 0.371 0.002 0.004 0.036 0.001 0.004 0.001 0.001 84 G 0.166 0.016 0.049 0.117 0.019 0.013 0.335 0.234 0.004 0.046 0.001 85 I 0.056 0.234 0.534 0.031 0.022 0.017 0.008 0.001 0.095 0.001 0.001 86 P 0.225 0.007 0.664 0.033 0.002 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 87 K 0.034 0.310 0.346 0.013 0.035 0.022 0.005 0.001 0.232 0.002 0.001 88 P 0.195 0.004 0.684 0.018 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 89 D 0.147 0.180 0.382 0.099 0.040 0.056 0.017 0.007 0.067 0.005 0.001 90 S 0.611 0.026 0.250 0.064 0.010 0.011 0.007 0.001 0.005 0.004 0.011 91 A 0.130 0.035 0.076 0.614 0.027 0.027 0.063 0.015 0.008 0.003 0.001 92 K 0.024 0.378 0.420 0.029 0.041 0.012 0.028 0.002 0.062 0.001 0.002 93 E 0.021 0.181 0.709 0.011 0.014 0.039 0.003 0.001 0.008 0.001 0.013 94 L 0.003 0.815 0.138 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 I 0.001 0.868 0.091 0.001 0.021 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 F 0.002 0.852 0.078 0.001 0.035 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 97 Y 0.004 0.772 0.106 0.003 0.061 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 98 C 0.022 0.413 0.325 0.012 0.107 0.064 0.007 0.001 0.046 0.003 0.001 99 A 0.301 0.189 0.241 0.083 0.091 0.031 0.019 0.002 0.031 0.007 0.006 100 S 0.153 0.064 0.156 0.314 0.093 0.022 0.134 0.026 0.012 0.026 0.001 101 G 0.055 0.012 0.045 0.020 0.068 0.008 0.092 0.441 0.004 0.254 0.001 102 K 0.552 0.077 0.260 0.059 0.016 0.024 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 103 R 0.593 0.083 0.153 0.089 0.028 0.035 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 104 G 0.949 0.006 0.012 0.009 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 105 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.949 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.104 0.001 0.016 0.842 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 115 G 0.011 0.001 0.007 0.007 0.003 0.002 0.270 0.637 0.001 0.062 0.001 116 Y 0.119 0.178 0.426 0.152 0.027 0.062 0.017 0.003 0.013 0.002 0.001 117 S 0.199 0.145 0.327 0.184 0.037 0.040 0.038 0.005 0.014 0.009 0.001 118 N 0.092 0.130 0.150 0.180 0.191 0.083 0.101 0.028 0.024 0.019 0.002 119 T 0.071 0.635 0.129 0.066 0.071 0.012 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 120 S 0.049 0.594 0.226 0.025 0.048 0.036 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 121 L 0.046 0.581 0.240 0.024 0.040 0.042 0.004 0.001 0.021 0.001 0.002 122 Y 0.021 0.468 0.300 0.006 0.047 0.023 0.003 0.001 0.129 0.002 0.001 123 P 0.076 0.025 0.797 0.023 0.006 0.038 0.007 0.001 0.006 0.001 0.022 124 G 0.076 0.029 0.097 0.044 0.086 0.014 0.048 0.435 0.004 0.167 0.001 125 S 0.186 0.077 0.273 0.082 0.132 0.075 0.043 0.038 0.019 0.074 0.001 126 M 0.819 0.032 0.083 0.040 0.008 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 127 N 0.959 0.009 0.013 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.967 0.007 0.004 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 W 0.980 0.007 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.977 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.963 0.003 0.002 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 132 H 0.180 0.003 0.022 0.771 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 133 G 0.007 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.186 0.747 0.001 0.040 0.001 134 G 0.018 0.121 0.718 0.015 0.037 0.012 0.024 0.010 0.022 0.021 0.001 135 D 0.131 0.025 0.745 0.035 0.007 0.037 0.004 0.001 0.007 0.002 0.006 136 K 0.145 0.237 0.318 0.144 0.054 0.075 0.006 0.002 0.015 0.001 0.002 137 L 0.088 0.609 0.155 0.049 0.053 0.017 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 138 D 0.032 0.173 0.539 0.025 0.043 0.118 0.012 0.001 0.054 0.001 0.003 139 L 0.390 0.115 0.304 0.087 0.029 0.030 0.006 0.001 0.027 0.003 0.009