# TARGET T0411 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0411.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2807 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.073 0.034 0.022 0.092 0.018 0.022 0.249 0.099 0.196 0.121 2 W 0.176 0.135 0.019 0.004 0.287 0.006 0.017 0.242 0.061 0.018 0.035 3 K 0.171 0.084 0.010 0.005 0.243 0.013 0.021 0.381 0.037 0.012 0.022 4 A 0.196 0.123 0.005 0.001 0.250 0.004 0.010 0.349 0.028 0.015 0.019 5 V 0.252 0.047 0.002 0.001 0.234 0.006 0.014 0.357 0.026 0.029 0.032 6 M 0.113 0.063 0.010 0.011 0.157 0.019 0.036 0.471 0.072 0.016 0.032 7 N 0.107 0.047 0.016 0.010 0.135 0.023 0.074 0.406 0.093 0.052 0.039 8 A 0.129 0.124 0.027 0.005 0.200 0.008 0.031 0.250 0.071 0.110 0.046 9 W 0.161 0.147 0.030 0.011 0.247 0.018 0.062 0.156 0.061 0.052 0.053 10 N 0.094 0.128 0.062 0.058 0.153 0.061 0.077 0.161 0.069 0.077 0.059 11 G 0.132 0.144 0.081 0.035 0.218 0.023 0.041 0.112 0.057 0.101 0.056 12 T 0.114 0.175 0.088 0.024 0.224 0.020 0.045 0.126 0.077 0.071 0.037 13 E 0.105 0.146 0.063 0.024 0.190 0.024 0.053 0.153 0.102 0.090 0.049 14 S 0.115 0.154 0.057 0.021 0.198 0.022 0.044 0.154 0.106 0.084 0.045 15 Q 0.086 0.114 0.060 0.029 0.145 0.033 0.064 0.174 0.116 0.125 0.053 16 S 0.136 0.137 0.067 0.020 0.214 0.017 0.035 0.126 0.076 0.110 0.062 17 K 0.087 0.176 0.077 0.033 0.168 0.039 0.058 0.135 0.076 0.103 0.048 18 N 0.117 0.237 0.128 0.021 0.246 0.013 0.020 0.062 0.037 0.072 0.045 19 V 0.139 0.128 0.044 0.013 0.207 0.016 0.032 0.151 0.142 0.076 0.052 20 S 0.062 0.168 0.087 0.037 0.132 0.040 0.088 0.181 0.106 0.068 0.031 21 N 0.114 0.085 0.053 0.029 0.140 0.025 0.058 0.133 0.093 0.202 0.068 22 I 0.099 0.226 0.105 0.026 0.211 0.024 0.034 0.096 0.065 0.076 0.036 23 Q 0.075 0.127 0.081 0.046 0.130 0.048 0.057 0.147 0.112 0.118 0.059 24 S 0.129 0.169 0.060 0.017 0.229 0.018 0.031 0.096 0.087 0.110 0.054 25 Y 0.097 0.242 0.072 0.014 0.287 0.023 0.032 0.082 0.047 0.065 0.039 26 S 0.177 0.158 0.054 0.008 0.364 0.008 0.015 0.050 0.022 0.075 0.070 27 F 0.074 0.389 0.133 0.022 0.171 0.017 0.018 0.060 0.026 0.052 0.038 28 E 0.014 0.505 0.254 0.011 0.064 0.004 0.007 0.105 0.021 0.007 0.008 29 D 0.005 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.743 0.217 0.008 0.003 30 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.872 0.097 0.014 0.001 31 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.905 0.071 0.011 0.001 32 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.893 0.088 0.009 0.001 33 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.810 0.133 0.021 0.001 34 V 0.005 0.032 0.010 0.002 0.009 0.004 0.051 0.652 0.180 0.052 0.004 35 G 0.033 0.043 0.022 0.008 0.040 0.010 0.083 0.292 0.257 0.178 0.034 36 K 0.089 0.086 0.053 0.011 0.095 0.017 0.108 0.201 0.124 0.172 0.042 37 H 0.049 0.102 0.108 0.069 0.073 0.063 0.134 0.047 0.046 0.267 0.042 38 D 0.272 0.083 0.058 0.007 0.538 0.002 0.002 0.005 0.005 0.013 0.015 39 P 0.050 0.107 0.041 0.014 0.110 0.051 0.142 0.161 0.271 0.030 0.023 40 N 0.068 0.107 0.061 0.042 0.114 0.047 0.087 0.027 0.026 0.282 0.138 41 V 0.271 0.113 0.006 0.001 0.594 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 42 V 0.143 0.041 0.002 0.001 0.808 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 43 L 0.392 0.018 0.001 0.001 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 44 V 0.158 0.222 0.031 0.011 0.504 0.014 0.008 0.003 0.002 0.007 0.042 45 D 0.300 0.081 0.014 0.002 0.546 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.039 46 V 0.221 0.119 0.024 0.006 0.342 0.010 0.014 0.020 0.043 0.087 0.116 47 R 0.064 0.364 0.182 0.045 0.178 0.042 0.043 0.010 0.008 0.037 0.027 48 E 0.048 0.493 0.263 0.013 0.135 0.004 0.005 0.007 0.007 0.012 0.012 49 P 0.057 0.191 0.080 0.012 0.118 0.012 0.028 0.180 0.274 0.029 0.020 50 S 0.017 0.065 0.028 0.012 0.037 0.027 0.067 0.354 0.318 0.063 0.013 51 E 0.090 0.091 0.025 0.006 0.128 0.008 0.040 0.224 0.100 0.235 0.052 52 Y 0.119 0.158 0.052 0.010 0.211 0.016 0.032 0.176 0.101 0.076 0.049 53 S 0.101 0.109 0.046 0.022 0.171 0.038 0.060 0.208 0.112 0.073 0.058 54 I 0.125 0.128 0.048 0.018 0.187 0.026 0.052 0.154 0.089 0.116 0.057 55 V 0.074 0.224 0.106 0.037 0.193 0.033 0.063 0.091 0.044 0.080 0.056 56 H 0.221 0.125 0.083 0.015 0.248 0.011 0.023 0.029 0.019 0.138 0.088 57 I 0.061 0.342 0.253 0.063 0.151 0.022 0.013 0.026 0.021 0.022 0.027 58 P 0.036 0.229 0.111 0.069 0.078 0.065 0.162 0.131 0.081 0.024 0.013 59 A 0.037 0.054 0.052 0.055 0.051 0.030 0.034 0.102 0.159 0.340 0.086 60 S 0.199 0.146 0.027 0.005 0.355 0.008 0.021 0.062 0.061 0.073 0.044 61 I 0.120 0.210 0.047 0.016 0.391 0.024 0.032 0.055 0.028 0.032 0.044 62 N 0.303 0.070 0.030 0.011 0.329 0.012 0.017 0.024 0.015 0.082 0.106 63 V 0.033 0.439 0.256 0.037 0.125 0.022 0.017 0.020 0.012 0.023 0.017 64 P 0.106 0.320 0.173 0.018 0.218 0.008 0.019 0.051 0.037 0.025 0.025 65 Y 0.039 0.068 0.026 0.009 0.057 0.013 0.028 0.251 0.393 0.084 0.032 66 R 0.019 0.085 0.042 0.031 0.048 0.044 0.143 0.292 0.178 0.094 0.024 67 S 0.082 0.107 0.059 0.017 0.111 0.014 0.042 0.095 0.049 0.359 0.066 68 H 0.051 0.372 0.217 0.015 0.155 0.008 0.009 0.067 0.037 0.043 0.023 69 P 0.023 0.066 0.037 0.020 0.038 0.030 0.053 0.395 0.282 0.040 0.015 70 D 0.028 0.045 0.033 0.015 0.037 0.016 0.073 0.321 0.260 0.153 0.021 71 A 0.020 0.074 0.035 0.009 0.044 0.010 0.051 0.309 0.293 0.132 0.022 72 F 0.046 0.096 0.037 0.011 0.086 0.020 0.067 0.205 0.185 0.201 0.048 73 A 0.109 0.151 0.088 0.012 0.190 0.012 0.034 0.148 0.072 0.131 0.054 74 L 0.046 0.269 0.104 0.030 0.120 0.042 0.064 0.119 0.038 0.138 0.030 75 D 0.052 0.447 0.236 0.006 0.214 0.002 0.002 0.017 0.006 0.010 0.009 76 P 0.005 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 0.571 0.386 0.007 0.005 77 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.851 0.112 0.011 0.001 78 E 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.872 0.066 0.036 0.002 79 F 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.880 0.085 0.018 0.002 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.812 0.168 0.008 0.001 81 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.818 0.155 0.007 0.001 82 Q 0.005 0.006 0.004 0.001 0.005 0.002 0.165 0.561 0.187 0.060 0.003 83 I 0.028 0.330 0.086 0.006 0.065 0.012 0.067 0.197 0.118 0.075 0.018 84 G 0.053 0.043 0.032 0.025 0.046 0.028 0.073 0.089 0.093 0.395 0.122 85 I 0.076 0.316 0.166 0.009 0.238 0.006 0.020 0.041 0.036 0.069 0.024 86 P 0.073 0.217 0.093 0.027 0.160 0.030 0.062 0.051 0.082 0.145 0.061 87 K 0.060 0.319 0.328 0.021 0.167 0.008 0.013 0.015 0.017 0.034 0.019 88 P 0.059 0.241 0.150 0.036 0.118 0.035 0.063 0.064 0.136 0.072 0.026 89 D 0.083 0.269 0.257 0.024 0.188 0.010 0.015 0.037 0.060 0.041 0.017 90 S 0.034 0.067 0.034 0.010 0.067 0.018 0.050 0.211 0.396 0.090 0.022 91 A 0.092 0.051 0.033 0.018 0.131 0.023 0.049 0.068 0.074 0.373 0.087 92 K 0.096 0.372 0.102 0.012 0.306 0.012 0.018 0.012 0.012 0.028 0.032 93 E 0.237 0.103 0.007 0.003 0.615 0.006 0.009 0.003 0.002 0.005 0.010 94 L 0.158 0.047 0.001 0.001 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.241 0.009 0.001 0.001 0.747 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 96 F 0.270 0.049 0.004 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 97 Y 0.330 0.089 0.009 0.003 0.421 0.005 0.004 0.003 0.001 0.013 0.122 98 C 0.199 0.196 0.139 0.026 0.272 0.012 0.011 0.019 0.009 0.032 0.085 99 A 0.045 0.050 0.049 0.188 0.043 0.188 0.072 0.163 0.074 0.079 0.048 100 S 0.013 0.269 0.132 0.227 0.031 0.107 0.122 0.038 0.020 0.034 0.009 101 G 0.025 0.022 0.035 0.102 0.020 0.022 0.011 0.058 0.078 0.436 0.192 102 K 0.049 0.222 0.074 0.013 0.121 0.017 0.036 0.289 0.091 0.061 0.027 103 R 0.058 0.196 0.056 0.020 0.078 0.018 0.033 0.312 0.085 0.099 0.044 104 G 0.016 0.037 0.013 0.005 0.018 0.003 0.006 0.777 0.090 0.024 0.011 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.063 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.015 0.005 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.002 0.001 108 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 109 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.003 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.071 0.003 0.001 112 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.752 0.224 0.001 0.001 113 S 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.002 0.265 0.550 0.123 0.042 0.001 114 H 0.006 0.653 0.163 0.009 0.026 0.010 0.037 0.035 0.013 0.039 0.009 115 G 0.070 0.022 0.018 0.026 0.038 0.010 0.009 0.020 0.022 0.418 0.347 116 Y 0.192 0.180 0.066 0.016 0.293 0.009 0.021 0.055 0.048 0.066 0.055 117 S 0.030 0.148 0.073 0.095 0.073 0.120 0.215 0.122 0.066 0.037 0.021 118 N 0.220 0.094 0.048 0.023 0.260 0.020 0.038 0.056 0.043 0.127 0.070 119 T 0.250 0.093 0.016 0.003 0.549 0.007 0.007 0.018 0.016 0.016 0.024 120 S 0.146 0.154 0.032 0.004 0.589 0.006 0.010 0.016 0.006 0.007 0.030 121 L 0.333 0.081 0.020 0.005 0.312 0.006 0.011 0.012 0.008 0.069 0.145 122 Y 0.041 0.381 0.323 0.051 0.114 0.018 0.009 0.014 0.008 0.016 0.026 123 P 0.031 0.091 0.059 0.102 0.039 0.075 0.172 0.238 0.124 0.045 0.025 124 G 0.018 0.061 0.097 0.168 0.027 0.045 0.030 0.123 0.077 0.319 0.034 125 S 0.037 0.278 0.097 0.011 0.118 0.008 0.015 0.232 0.092 0.087 0.025 126 M 0.010 0.013 0.003 0.001 0.011 0.002 0.005 0.758 0.165 0.018 0.014 127 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.911 0.058 0.006 0.001 128 D 0.008 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.896 0.040 0.025 0.001 129 W 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.929 0.046 0.018 0.001 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.804 0.185 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.202 0.673 0.103 0.014 0.001 132 H 0.001 0.745 0.172 0.008 0.007 0.008 0.034 0.013 0.003 0.007 0.001 133 G 0.028 0.014 0.014 0.037 0.011 0.008 0.003 0.005 0.008 0.442 0.430 134 G 0.039 0.412 0.175 0.049 0.110 0.023 0.018 0.034 0.041 0.067 0.030 135 D 0.079 0.363 0.106 0.021 0.238 0.011 0.037 0.041 0.040 0.036 0.027 136 K 0.285 0.079 0.025 0.006 0.306 0.010 0.038 0.048 0.067 0.073 0.063 137 L 0.091 0.330 0.110 0.024 0.297 0.036 0.025 0.019 0.013 0.028 0.028 138 D 0.167 0.272 0.112 0.012 0.347 0.007 0.008 0.013 0.010 0.019 0.034 139 L 0.121 0.164 0.073 0.018 0.215 0.019 0.033 0.103 0.123 0.073 0.058